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环状RNA在胰腺癌中的发病机制和作为肿瘤标志物的潜力
编辑人员丨2天前
环状RNA是通过反向剪接过程形成的具有共价闭合结构的单链RNA.环状RNA的异常表达有助于多种癌症的发病机制.由于诊断困难和有限的治疗选择,胰腺癌是最致命的癌症之一.环状RNA正在成为胰腺癌的新型诊断生物标志物和治疗靶点.其在胰腺癌发生发展中充当miRNA海绵效应、抑制翻译后修饰以及充当蛋白质复合物支架.此外,环状RNA治疗应用的最新进展为克服胰腺癌提供了一种有希望的方法.本文讨论了环状RNA在胰腺癌发病机制和潜在治疗应用中的作用及其作为诊断生物标志物的实用性.
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编辑人员丨2天前
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RNA结合基序蛋白10突变体(N392S)的鉴定及其功能研究
编辑人员丨2天前
目的:RNA结合基序蛋白10(RBM10)突变体(N392S)的鉴定及探究其对肺腺癌细胞功能的影响。方法:收集天津医科大学肿瘤医院生物样本库108例肺腺癌(LUAD)组织样本,进行RBM10外显子的sanger测序。将野生型RBM10及RBM10突变体(N392S)通过慢病毒感染的方法分别转入肺癌细胞,转入空载体的细胞作为对照。采用细胞增殖实验(MTT)、平板克隆实验、划痕实验和侵袭实验分析RBM10突变体对肺癌细胞增殖和迁移能力的影响,通过实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测含有和不含第9外显子的NUMB转录本核糖核酸(RNA)水平的变化分析RBM10突变体对NUMB第9外显子的剪切调控作用。组间数据比较采用 t检验。 结果:在LUAD组织样本中检测到一种新的RBM10错义突变(N392S);与空载体对照细胞比较,表达野生型RBM10的A549-RBM10-Wild和H358-RBM10-Wild细胞增殖明显变慢(1.28±0.01比1.43±0.03, t=7.866, P<0.01;1.27±0.03比1.70±0.05, t=11.840, P<0.01),而表达突变体RBM10(N392S)的A549-RBM10-Mut和H358-RBM10-Mut细胞增殖能力高于表达野生型RBM10细胞系(1.49±0.13比1.28±0.01, t=2.851, P<0.05;1.62±0.10比1.27±0.03, t=5.823, P<0.01);在平板克隆实验中,表达RBM10突变体的A549和H358细胞克隆形成率高于表达野生型RBM10的A549和H358细胞克隆形成率(53.00±3.61比28.60±4.34, t=9.675, P<0.01;42.40±3.98比18.60±4.34, t=9.047, P<0.01);细胞划痕实验显示,野生型RBM10较对照组抑制肺腺癌细胞的迁移(56.28±13.49比100.00±10.27, t=4.465, P<0.01),而突变体较野生型则失去抑制细胞迁移的能力(138.94±20.18比56.28±13.49, t=5.898, P<0.01);Transwell实验证实,野生型RBM10较对照组抑制肺腺癌细胞的迁移(158.00±36.81比497.25±38.20, t=15.093, P<0.01),突变体较野生型RBM10失去抑制肺腺癌细胞迁移的能力(474.00±48.63比158.00±36.81, t=12.424, P<0.01);分析RBM10对NUMB第9外显子的剪切调控作用,随着野生型RBM10质粒浓度的递增,野生型RBM10促进NUMB第9外显子(NUMB-EXON 9)的跳读使得NUMB短剪接转录本水平的增加,而随着RBM10(N392S)质粒浓度的递增,NUMB短剪接转录本水平没有变化。 结论:RBM10突变体(N392S)丧失了野生型RBM10抑制LUAD细胞增殖与迁移的功能,并可能通过调控NUMB蛋白剪切影响LUAD细胞功能。
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编辑人员丨2天前
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X连锁Alport综合征 COL4A5剪接突变的致病性分析及剪接纠正
编辑人员丨2天前
目的:分析一个X连锁显性遗传Alport综合征家系 COL4A5基因的剪接突变位点,探索外显子特异性U1核小RNA(small nuclear RNA,snRNA)基因治疗的可能性。 方法:收集Alport综合征先证者及其家族成员临床资料,高通量测序技术检测先证者肾病系列基因全外显子组基因突变。用在线软件分析 COL4A5 c.546+5G>A变异引起的剪接位点改变及其致病性。用minigene实验验证和分析Alport综合征家系先证者 COL4A5基因突变位点c.546+5G>A及瞬时转染导入修饰过的U1 snRNA纠正剪接突变的效果。 结果:基因测序结果显示,先证者和其同母异父的兄长均存在 COL4A5基因半合子变异,变异位点为c.546+5G>A。在线软件分析剪接变异致病性的结果显示,突变后原有的Donor剪切位点检测不到,提示影响剪切可能性很大。杂交小基因检测结果验证了 COL4A5基因c.546+5G>A突变的异常剪接模式——外显子9缺失。经过修饰的U1 snRNA可部分纠正该异常的剪接突变,ExSpeU1(MT)、ExSpeU1(E9+1)、ExSpeU1(E9+9)、ExSpeU1(E9+11)对c.546+5G>A引发的外显子9缺失的纠正比例分别为0、43.81%、52.09%、48.12%。 结论:COL4A5新发剪接突变具有致病性,修饰过的U1 snRNA可部分纠正异常剪接。
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编辑人员丨2天前
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FBN1基因c.4336G>A突变导致35号外显子缺失可能引发马方综合征
编辑人员丨2天前
目的:探究1例马方综合征家系的遗传学病因及检出突变c.4336G>A对原纤维蛋白-1(FBN1)基因剪接效应的影响。方法:对2019年8月就诊于空军军医大学西京医院心血管外科的1例胸主动脉夹层动脉瘤患者,采用多重PCR联合二代测序技术对其进行遗传性主动脉疾病相关的15个基因的组合检测,应用Sanger测序技术对检出位点进行验证并对部分家庭成员进行同一位点的检测。通过剪接预测软件预测该突变位点对剪接的影响,并提取正常人及患者新鲜外周血中RNA,通过逆转录PCR及Sanger测序,验证突变对剪接过程的影响。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南分析检出位点的致病性。结果:基因组合检测结果显示先证者携带有FBN1基因杂合变异c.4336G>A,Sanger测序结果与二代测序结果一致。Sanger测序对部分家庭成员检测发现,该家系中还存在4名携带者,其中3例已出现胸主动脉瘤或夹层的表现;dbscSNV_ada_score 和dbscSNV_rf_score预测检出位点可能影响剪接,患者及正常人RNA经逆转录PCR并对PCR产物进行Sanger测序后,结果表明该位点导致患者FBN1基因35号外显子缺失;根据ACMG遗传变异分类标准与指南判读该位点致病等级为“致病”。结论:FBN1基因c.4336G>A位点被证实影响剪接过程,导致FBN1基因35号外显子缺失,这可能是该家系中多名马方综合征患者的致病原因。
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编辑人员丨2天前
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VPS13B基因复合杂合变异致Cohen综合征一个家系的遗传学分析
编辑人员丨2天前
目的:分析1个Cohen综合征家系的临床表型与遗传学特征,并为产前诊断提供实验依据。方法:选取2021年6月2日因"智力障碍及发育迟缓"就诊于郑州人民医院的Cohen综合征女性先证者、先证者妹妹及其家系成员(3代共11人)作为研究对象,收集先证者及先证者妹妹的临床资料。提取该家系成员外周血样品及胎儿胎盘绒毛样品基因组DNA,利用染色体微阵列技术(CMA)检测先证者染色体异常情况。利用全外显子组测序(WES)及Sanger测序,寻找先证者候选变异位点,并进行家系验证。提取家系成员外周血RNA,进行体内剪接变异体检测,应用RT-PCR分析 VPS13B基因的mRNA表达水平,并对胎龄12周的胎儿的进行产前诊断。 结果:先证者为10岁女性,临床表现为发育迟缓、躯体肥胖、高度近视、特殊面容。先证者妹妹为3岁女性,具有与先证者相同表型。CMA结果提示先证者染色体未见异常。WES结果发现先证者及其妹妹 VPS13B基因存在2个杂合变异,分别为c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)缺失移码变异及c.6940+1G>T剪接位点变异,均已有报道。母亲为c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)变异携带者,遗传自先证者外祖父。父亲为c.6940+1G>T变异携带者,遗传自先证者祖母。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,c.10076_10077delCA评级为致病性变异(PVS1+PS4+PM4+PP1),c.6940+1G>T评级为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PM3+PP1)。c.6940+1G>T剪接位点变异导致 VPS13B基因第38外显子发生跳跃,产生1个缺失69个氨基酸的转录本。与对照组相比,先证者父母在外周血中mRNA表达水平降低至65%~70%( P<0.01)、先证者及其妹妹降低至40%( P<0.001)。对胎龄12周的胎儿的产前诊断发现胎儿存在c.10076_10077delCA杂合变异。 结论:VPS13B基因的c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)缺失移码变异及c.6940+1G>T剪接位点变异考虑为该家系先证者及其妹妹患Cohen综合征的致病原因。基因检测技术可以辅助临床医师诊断Cohen综合征。
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编辑人员丨2天前
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环状RNA生物特性与非小细胞型肺癌的研究进展
编辑人员丨2天前
环状RNA(circRNA)是一类反向剪切、由下游剪接供体与上游剪接受体相连接,形成一个共价闭合环路结构的非编码RNA。它既没有5′-7甲基鸟嘌呤的帽结构,也没有3′-腺苷酸尾结构,不被核酸外切酶水解,在细胞、组织、唾液及外泌体中稳定存在。circRNA可以通过"海绵"miRNA直接参与基因转录、转录后及剪接过程,可作为模板直接翻译成多肽或蛋白质等发挥作用。近年来的研究发现,circRNA在非小细胞肺癌的发生与发展中发挥重要作用,可能成为非小细胞肺癌诊断、治疗及预测预后的生物标志物。
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编辑人员丨2天前
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非编码RNA N6-甲基腺苷修饰在糖尿病及其并发症中的作用
编辑人员丨2天前
非编码RNA(ncRNA)作为糖尿病表观遗传学的一种常见形式,在糖尿病的发生发展中扮演着重要角色。N6-甲基腺苷(m6A)是腺嘌呤(A)第6位氮原子被甲基转移酶催化形成的一种RNA甲基化修饰。m6A是已知最丰富的ncRNA修饰方式,可调控靶标RNA代谢的大多数过程,包括RNA的成熟、剪接、翻译和RNA稳定性等,从而调节下游信号通路并改变细胞生理功能。现有研究表明,ncRNA m6A修饰中在糖尿病等多种疾病中发挥重要作用。该文总结了ncRNA m6A修饰在糖尿病及其并发症中的作用,并展望未来ncRNA m6A修饰在糖尿病发生发展中的研究方向,为科学研究提供参考。
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编辑人员丨2天前
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基于多数据库分析转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因及其生物学特征
编辑人员丨2天前
目的:通过生物信息数据库的挖掘,探究转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因、生物学特征和通路。方法:使用基因表达综合(GEO)数据库中转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的样本数据集GSE8401、GSE46517和GSE12237进行差异基因筛选,设定 P<0.05及logFC>2具有统计学意义,找出差异基因(DEGs)。进一步对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology)分析和DAVID数据库通路分析,使用String数据库制作DEGs的蛋白质相互作用(PPI)网络并利用Cytoscape可视化,使用分子复合物检测(MCODE)插件用于筛选Cytoscape中PPI网络的显著交互模块,使用cytoHubba插件对网络进一步分析,采用六种算法来选择枢纽基因,最后使用GeneMARIA数据库构建了枢纽基因和具有共同生物学功能的基因的共表达网络。 结果:最终得到158个DEGs( P<0.05,logFC>2),其中45个基因显著下调,113个显著上调。筛选所得的DEGs主要GO富集为:(1)生物过程(BP):DEGs主要富集在RNA剪接的调控,通过剪接体调控mRNA的剪接,DNA重组的正调控,双链断裂修复的正调控。(2)细胞成分(CC):DEGs主要集中在核小体,焦点黏附,细胞-基质结合点,核染色体,原始溶酶体,嗜酸性颗粒体。(3)分子功能(MF):DEGs主要集中在DNA转录因子结合和RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合上。通过string数据库,获得初步的DEGs的PPI网络(度截止=2,节点分数截止=0.2,k核心=2,最大深度=100),得到158个蛋白质节点和196条连线。通过Cytoscape筛选获得显著的交互模块,模块1的MCODE得分为4.8,而其seed基因为UBE2V1。筛选出核心DEGs 5个,分别为UBE2N、UBE2V2、RBX1、UBE2B和RXRA。 结论:泛素化途径和核调控的细胞死亡和代谢在转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移中发挥重要作用。
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编辑人员丨2天前
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RNA的m 6A修饰在恶性肿瘤及其放疗中作用机制的研究进展
编辑人员丨2天前
N 6-甲基腺苷(N 6-methyladenosine,m 6A)是哺乳动物中最丰富的RNA碱基修饰,尤其是在真核信使RNA(mRNA)中。m 6A修饰可调节RNA的剪接,易位和稳定性,进而影响蛋白质的合成。m 6A修饰被RNA甲基转移酶(writers)催化;通过去甲基酶(erasers)还原;还可以被甲基化识别酶(readers)识别。基因的m 6A水平异常变化与肿瘤的发生和发展密切相关,即包括增殖、生长、侵袭和转移等。在肿瘤的放射治疗过程中,m 6A修饰通过影响DNA损伤、肿瘤干细胞生成、以及肿瘤细胞辐射敏感性等,进而影响放疗疗效。本文就RNA的m 6A修饰的表观遗传调控在恶性肿瘤中的作用以及在肿瘤放疗中作用机制的研究进展进行了综述,旨在为临床肿瘤分子靶向疗法和放射增敏剂的研发提供新的思路。
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编辑人员丨2天前
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SR蛋白家族在细胞凋亡过程中的作用及机制
编辑人员丨2天前
细胞凋亡是多基因严格控制的程序性细胞死亡方式,与多种疾病的发生发展密切相关,目前,凋亡调控的确切机制尚不完全清楚。参与细胞凋亡外源性或内源性调控的相关基因在转录水平可被选择性剪接产生不同的亚型,从而增加了细胞凋亡调控的复杂性。丝氨酸/精氨酸(SR)蛋白是前体信使RNA(pre-mRNA)剪接所需的基本剪接因子,作为选择性剪接的关键调节器,在细胞凋亡调控过程中具有重要的作用。人类SR蛋白家族根据被发现的时间顺序分别命名为富丝氨酸/精氨酸剪接因子1-12(SRSF1-12),由于其自身的特殊结构域,它们在细胞凋亡中的调控作用及机制不尽相同。本文主要综述SR蛋白家族成员在细胞凋亡中的作用和调控机制。
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编辑人员丨2天前
