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SFXN3在头颈部鳞状细胞癌中的表达及其对细胞增殖的影响
编辑人员丨2024/6/15
目的·分析线粒体相关基因SFXN3(sideroflexin 3)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达及其对细胞增殖的影响.方法·从公共数据库获取与线粒体相关的基因和TCGA-HNSCC数据集,使用生物信息学方法筛选出目标基因SFXN3.使用UALCAN数据库分析SFXN3在HNSCC患者样本中的表达,并根据TCGA-HNSCC队列和GEO队列(GSE65858、GSE41613和GSE27020)对不同SFXN3表达水平的患者进行生存分析,使用TCGA-HNSCC队列和GEO队列(GSE40020、GSE210287)在治疗有应答和无应答的患者之间比较SFXN3表达水平差异.通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)在收集的HNSCC癌和癌旁组织验证SFXN3的表达情况,并检测SFXN3在人正常口腔上皮细胞和HNSCC肿瘤细胞系中的表达水平.构建稳定敲低SFXN3的HNSCC细胞株,使用Incucyte活细胞成像分析系统和平板克隆形成实验观察SFXN3对HNSCC细胞增殖能力的影响.将稳定敲低SFXN3的细胞和对照组细胞的总RNA进行转录组测序,对敲低组相比对照组差异表达下调的基因进行通路富集分析.结果·SFXN3在HNSCC患者肿瘤组织中高表达(P=0.000),SFXN3高表达组患者预后较差(均P＜0.05);治疗无应答者SFXN3表达水平高于有应答者(P=0.008),提示不良预后.并且在收集的HNSCC肿瘤组织和HNSCC细胞系上验证了SFXN3的高表达(均P＜0.05).SFXN3的表达水平敲低后,HNSCC细胞的增殖能力下降,平板克隆形成数目减少(均P＜0.05).RNA测序显示,SFXN3敲低组的HNSCC细胞差异表达下调的基因在DNA复制、细胞周期、线粒体翻译、线粒体RNA代谢过程、线粒体基因表达等通路富集.结论·SFXN3在HNSCC中高表达,与患者预后负相关.HNSCC细胞敲低SFXN3后增殖能力和平板克隆形成能力受到抑制,可能通过影响线粒体功能发挥作用.
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编辑人员丨2024/6/15
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巨噬细胞相关基因与非小细胞肺癌预后和肿瘤微环境的分析
编辑人员丨2023/9/16
非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)是一种高发病率和高死亡率的疾病,其预后和药物治疗效果存在个体化差异.因此,了解肺癌发生和发展的分子机制可以有效提高早期诊断和治疗,改善患者预后.巨噬细胞具有高度可塑性和异质性,是肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中发挥抗肿瘤作用的关键细胞之一,在肿瘤发生发展过程中起着复杂的作用.为了阐明 NSCLC 中肿瘤相关巨噬细胞(tumor-associated macrophages,TAMs)相关基因在肺癌中的发生机制,本研究采用转录组测序、单因素COX回归、LASSO回归、多因素 COX 回归分析方法,筛选出与预后最相关的 11 个基因(FCRLA、LDHA、LMOD3、MAP3K8、NT5E、PDGFB、S100P、SFXN1、TDRD1、TFAP2A、TUBB6).计算风险评分(risk score,RS),根据RS中位数将所有样本分为高风险组和低风险组,并采用CIBERSORT反卷积算法验证RS及 11 个基因与巨噬细胞的相关性.上述结果表明,本研究所建立的风险评分可用于非小细胞肺癌患者预后预测,还可评估患者的免疫浸润状态,为后续肿瘤免疫治疗及基因靶向治疗提供参考.
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编辑人员丨2023/9/16
