目的:探究酪氨酸激酶结合蛋白(TYROBP)通过磷酯酰肌醇-3-激酶/丝氨酸苏氨酸激酶(PI3K/AKT)信号通路神经炎症及自噬过程的影响。方法:15月龄的C57BL/6J、 TYROBP－/－、淀粉样前体蛋白/早老素1( APP/ PS1)转基因雄性小鼠各10只，分为3组。八臂迷宫实验和新物体识别实验检测动物的学习记忆能力；免疫荧光检测小胶质细胞、NOD样受体家族3(NLRP3)炎症小体的活化情况；实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)检测炎症因子肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白介素-6(IL-6)、白介素-1β(IL-1β)mRNA表达情况；蛋白免疫印迹法(Western blot)检测NLRP3、裂解的半胱氨酸蛋白酶1(cleaved Caspase-1)、选择性自噬接头蛋白1(SQSTM1)、微管相关蛋白轻链3B Ⅱ(LC3B Ⅱ)、TYROBP、p-PI3K、PI3K、p-AKT、AKT蛋白的表达水平。 结果:与同月龄C57BL/6J小鼠相比， APP/ PS1小鼠学习记忆能力显著降低(均 P<0.05)；脑组织NLRP3炎症小体活化增加( P<0.05)，小胶质细胞呈激活状态，炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β的mRNA和蛋白表达水平均增加(均 P<0.05)；自噬相关蛋白LC3B-Ⅱ、SQSTM1表达增加(均 P<0.05)；TYROBP、p-PI3K、p-AKT表达增加(均 P<0.05)。与同月龄C57BL/6J小鼠相比， TYROBP－/－小鼠炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β的蛋白表达下降(均 P<0.05)，LC3B Ⅱ、SQSTM1、p-PI3K、p-AKT表达减少(均 P<0.05)。 结论:TYROBP可能通过激活PI3K/AKT信号通路促进炎症反应、抑制自噬过程，参与AD的发生发展。

目的:用生物信息学分析筛选骨肉瘤预后相关基因。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)下载GSE33382、GSE21257数据集。分析获得差异表达基因(DEGs)。对差异基因进行GO分析，构建蛋白互作网络。Cytoscape进一步筛选关键基因，对关键基因进行生存相关性分析。用临床样本验证关键基因与患者预后情况。两组间差异采用Student’s t检验。 结果:筛选下调基因43个，上调基因43个，GO分析发现差异基因主要富集在免疫应答、抗原处理和呈递、免疫反应、蛋白质加工和成熟等免疫相关过程。在分子功能中，主要参与细胞内主要组织相容性复合体(MHC)Ⅱ类受体活性、核糖体结构组成、信号和分子转导活性等。在细胞组成成分方面，主要与主要组织相容性复合体蛋白质复合物、裂解空泡、液泡、溶酶体、细胞膜、核糖体等细胞器的功能有关。筛选出10个关键基因：补体C1q A链(CIQA)、补体C1q B链(C1QB)、补体C1q C链(C1QC)、单核细胞分化抗原CD 14(CD14)、单核细胞分化抗原CD 74(CD74)、IgE受体Fc片段(FCER1G)、纤维蛋白原样蛋白2(FGL2)、组织相容性抗原(HLA-DRA)、整合素β2亚基(ITGB2)、酪氨酸激酶结合蛋白(TYROBP)。生存分析发现C1QC与骨肉瘤患者生存呈明显负相关。临床样本证实C1QC与肿瘤Enneking分期、转移显著相关( χ2＝4.288和9.809， P<0.05)，与患者生存时间呈明显负相关( χ2＝5.175， P<0.05)。 结论:生物信息学分析是有效的筛查方法，C1QC是骨肉瘤预后相关因子。

目的:比较髓样细胞触发受体2(triggering receptor expressed on myeloid cell 2，TREM2)在不同月龄酪氨酸激酶结合蛋白(tyrosine kinase binding protein，TYROBP)基因敲除小鼠和野生型小鼠不同脑区的表达差异，探讨TREM2、TYROBP与早发型阿尔茨海默病(early onset Alzheimer's disease，EOAD)的关系。方法:健康TYROBP基因敲除的小鼠根据基因测序结果分成3组：纯合型(TYROBP -/-)组、杂合型(TYROBP -/＋)组和野生型(wild type，WT)组，3组小鼠分别在2、4、6月龄各选10只，运用Western blot和RT-qPCR技术检测TREM2在前额叶、海马中的表达情况。 结果:(1)在前额叶中：Western blot和RT-qPCR共同显示，与各月龄WT组[2月龄：(0.993±0.048)，(1.654±0.033)；4月龄：(0.503±0.019)，(2.169±0.023)；6月龄：(0.600±0.036)，(1.468±0.057)]相比，TREM2蛋白和mRNA在2月龄TYROBP -/＋组[(0.746±0.062)，(1.137±0.067)]和TYROBP -/-组[(0.661±0.028)，(0.644±0.012)]的表达均降低，而在4月龄和6月龄TYROBP -/＋组[4月龄：(1.140±0.006)，(5.483±0.088)；6月龄：(0.827±0.043)，(3.020±0.082)]和TYROBP -/-组[4月龄：(1.071±0.010)，(3.012±0.150)；6月龄：(0.627±0.026)，(1.633±0.027)]的表达均升高，差异具有统计学意义( F＝12.946，134.445；725.318，289.202；12.172，202.791；均 P<0.05)，且4月龄小鼠升高更明显。(2)在海马中：Western blot显示，与各月龄WT组[2月龄：(1.268±0.036)；4月龄：(0.813±0.010)；6月龄：(0.312±0.021)]相比，TREM2蛋白在2月龄TYROBP -/＋组[(0.804±0.034)]和TYROBP -/-组[(0.534±0.020)]的表达降低，而在4月龄和6月龄TYROBP -/＋组[(0.932±0.011)；(0.769±0.031)]和TYROBP -/-组[(0.910±0.014)；(0.609±0.018)]的表达均升高，差异具有统计学意义( F＝142.807，27.884，94.067；均 P<0.05)，且4月龄小鼠升高更明显。 结论:TREM2在2月龄TYROBP基因敲除小鼠脑组织中表达降低，在4月龄和6月龄TYROBP基因敲除小鼠脑组织中表达升高，推测TREM2/TYROBP信号通路参与EOAD的病理过程并且在EOAD的不同病理阶段发挥着不同的作用。

目的:筛选大鼠神经病理性痛的关键基因。方法:在美国生物技术信息中心的基因表达数据库中，下载大鼠神经病理性痛脊髓组织的基因组数据(GSE18803)，确定神经病理性痛相关的差异表达基因，进一步分析蛋白质相互作用网络得到关键基因。通过Tabula Muris数据库对关键基因进行免疫炎症单细胞分布和表达情况的分析。结果:蛋白质相互作用网络得到10个关键基因，包括 Tyrobp、 Clec4a3、 C1qc、 Ptprc、 Laptm5、 Csf1r、 C1qa、 C1qb、 Fcgr3a和 Cd53。 Cd53、 Laptm5和 Ptprc主要在巨噬细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞和粒细胞中存在表达； Clec4a3和 Csf1r主要在单核细胞中表达， Fcgr3a主要在单核细胞和粒细胞中存在表达； Tyrobp主要在巨噬细胞、单核细胞、粒细胞和多能祖细胞中存在表达。 结论:通过生物信息学方法筛选出大鼠神经病理性痛相关的10个关键基因，并获得了其在脊髓免疫炎症细胞中的分布和表达情况。

目的:探讨Tyrobp基因参与抽动障碍模型小鼠神经炎性反应及相关作用机制。方法:6周龄C57BL/6J和Tyrobp -/-雄性小鼠各20只，按照随机数字表法分为4组：野生型对照组(WT+NS组)、Tyrobp基因敲除对照组(Tyrobp -/-+NS组)、野生型模型组(WT+IDPN组)和Tyrobp基因敲除模型组(Tyrobp -/-+IDPN组)。WT+IDPN组和Tyrobp -/-+IDPN组小鼠连续7 d按150 mg/(kg·d)的剂量腹腔注射亚氨基二丙腈(3，3-iminodipropionitrile，IDPN)以建立抽动障碍小鼠模型，WT+NS组和Tyrobp -/-+NS组小鼠腹腔注射等量生理盐水。造模结束后，对小鼠的刻板行为进行评估。采用Western blot检测大脑纹状体组织的酪氨酸激酶结合蛋白(tyrosine kinase binding protein，Tyrobp)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-1β(IL-1β)、Toll样受体4 (Toll-like receptor，TLR4)、髓样分化因子88 (myeloid differentiation factor 88，MyD88)、磷酸化的核转录因子-κB (phospho-nuclear factor kappa B，p-NF-κB) p65、磷酸化的核因子-κB抑制蛋白α (phospho-inhibitor of NF-κB alpha，p-IκBα)的蛋白表达情况。采用免疫荧光染色观察脑组织小胶质细胞激活情况。采用GraphPad Prism 8.0软件对所得数据进行统计分析，两组数据比较采用 t检验；多个样本均数比较采用单因素方差分析，进一步两两比较采用LSD检验。 结果:刻板行为评估显示，四组小鼠的运动刻板行为和分类刻板行为评分均差异有统计学意义( F＝270.9，379.7，均 P<0.01)。WT+IDPN组小鼠的运动刻板行为和分类刻板行为评分均高于Tyrobp -/-+IDPN组[运动刻板行为：(3.23±0.26)分，(2.13±0.21)分， t＝9.02， P<0.05；分类刻板行为：(45.80±4.29)分，(26.60±3.48)分， t＝12.00， P<0.05]。Western blot结果显示，各组小鼠纹状体TNF-α、IL-6、IL-1β、TLR4、Myd88、p-NF-κB p65、p-IκBα蛋白表达水平差异有统计学意义( F＝29.07，23.09，39.36，57.6，52.55，15.50，40.48，均 P<0.05)。WT+IDPN组蛋白水平高于WT+NS组( t＝8.31，7.37，8.13，11.43，10.47，6.05，9.96，均 P<0.05)，Tyrobp -/-+IDPN组蛋白水平高于Tyrobp -/-+NS组( t＝3.60，3.00，5.84，4.81，3.59，2.26，4.68，均 P<0.05)，WT+IDPN组蛋白水平高于Tyrobp -/-+IDPN组( t＝3.97，3.93，4.14，6.40，7.63，3.45，3.03，均 P<0.05)。免疫荧光显示，WT+IDPN组和Tyrobp -/-+IDPN组小鼠纹状体区小胶质细胞胞体增大，小胶质细胞呈激活状态，WT+IDPN组较Tyrobp -/-+IDPN组小鼠小胶质细胞激活形态更明显。 结论:Tyrobp可能通过TLR4/Myd88/NF-κB信号通路参与神经炎性反应介导的抽动秽语综合征的发病机制。

目的:构建不明原因复发性流产(unexplained recurrent spontaneous abortion,URSA)孕妇绒毛组织的mRNA差异性表达谱并进行功能分析,为阐明URSA的发生发展机制提供依据.方法:收集2022年3月于新疆医科大学第一附属医院妇科门诊收治的4例URSA(试验组)和4例选择性终止妊娠孕妇(对照组)的绒毛组织样本.应用转录组测序技术(RNA-seq)筛选2组差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,进一步研究差异表达mRNA的功能,并筛选出URSA的关键基因.结果:RNA-seq分析共筛选出3 350个DEGs,其中上调基因2 259个,下调基因1 091个.通过PPI网络分析,筛选出与 URSA 有关的前 10 个关键基因:TYROBP、CD74、GH1、GH2、STAT5A、HLA-DRA、STAT5B、HLA-DRB1、CISH 和HLA-A.通过GO和KEGG生物学功能分析,发现差异性表达的mRNA参与到多种白细胞分化相关免疫反应通路和同种异体免疫应答等生物学过程.结论:利用RNA-seq获得的URSA的mRNA差异性表达谱,筛选出可能与URSA有关的关键基因及生物学通路,为进一步研究URSA的发病机制和诊疗靶点提供了理论依据.

目的:探索种植体周围软组织与口腔黏膜组织的差异,揭示种植体周围微环境特征.方法:从GEO数据集下载基因芯片数据GSE43744,运用生物信息学工具对大鼠种植体周围组织和正常口腔黏膜组织的差异基因分析.结果:筛选获得1315个重要差异基因,其中 797个基因表达上调,518个基因表达下调.基因富集分析显示,相较正常口腔黏膜组织,种植体周围软组织先天免疫活动、细胞活化、炎症反应以及对外界刺激和对细菌的刺激反应相关功能基因表达显著上调,细胞外基质组织、粘附、细胞外基质多糖,对机械刺激的反应,对有毒物质的反应等相关功能表达显著下调.T细胞相关的多个分子功能和生物途径高表达,可能在种植体周围微环境中发挥重要作用.构建了 PPI网络并筛选了 7个枢纽基因,包括FCER1G、TY-ROBP、PTPRC、ITGB2、AIF1、EMR1、RAC2,这些基因可能是种植体周围微环境研究的关键基因.结论:种植体周围软组织与正常口腔黏膜中基因表达差异显著,且具有独特的微环境特征,利用PPI网络筛选的枢纽基因,可能是未来种植体周围微环境研究的关键靶点.

目的:研究SLC15A3调控和功能的完整机制.方法:通过生物信息学软件对人SLC15A3基因启动子元件和蛋白结构、理化和定位特性及其进化关系进行表征.结果:人SLC15A3基因受多种转录因子(YY1、AP-1、c-Fos、c-Jun、Sp1、NF-κB)调控.SLC15A3蛋白是由581个氨基酸残基组成的疏水不稳定蛋白,在哺乳动物中氨基酸序列有高保守性,与CD6、TYROBP、CD5、NOD2等蛋白相互作用.结论:本研究生物信息学分析结果有助于深入研究SLC15A3在炎症反应发生发展中的作用机制.

目的:通过利用生物信息学技术分析肾移植后慢性排斥反应的差异表达基因,可以筛选出与该疾病发展相关的潜在致病靶点,为寻找新的治疗靶点提供了理论依据.方法:从基因表达谱综合数据库下载基因微阵列数据,并进行交叉计算以确定差异表达基因(DEGs).将DEGs与基因本体(GO)分析是用来研究基因在不同条件下的表达差异以及其功能和相互关系的方法,而京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析则是用来探索基因在特定生物过程中的功能和通路的工具.通过对免疫细胞浸润的分布进行计算,可以将排斥组的免疫浸润结果作为性状,在加权基因共表达网络分析(WGCNA)中进行分析,以获得与排斥相关的基因.然后,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),以识别枢纽基因标记.结果:从3个数据集(GSE7392、GSE181757、GSE222889)共获得60个整合后的DEGs.通过GO及KEGG分析,GEDs主要集中在免疫应答的调节、防御反应、免疫系统过程的调节、刺激反应等.通路主要富集在抗原处理和呈递、EB病毒感染、移植物抗宿主、同种异体移植排斥、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等.再利用WGCNA和PPI网络筛选后,HLA-A、HLA-B、HLA-F、TYROBP被鉴定为枢纽基因(Hub基因).选择带有临床信息的数据GSE21374构建4个枢纽基因的诊断效能及风险预测模型图,结果认为 4个Hub基因均具有良好诊断价值(曲线下面积在 0.794-0.819).从推理上可以得出结论,HLA-A、HLA-B、HLA-F和TYROBP这4种基因可能在肾移植后慢性排斥反应的发生和进展中具有重要作用.结论:DEGs在研究肾移植后慢性排斥反应的发病机制中起到重要作用,可以通过富集分析和枢纽基因筛选,以及相关诊断效能和疾病风险预测的推断分析,为进一步研究肾移植后慢性排斥反应的发病机制和发现新的治疗靶点提供理论支持.

目的:探讨动脉粥样硬化(AS)进展中差异免疫相关基因(DIRGs)与免疫细胞的相关性及干预DIRGs中药的一般规律.方法:首先,从GEO数据库中获取GSE28829数据集,从ImmPort数据库和MSigDB数据库中下载免疫相关基因.其次,利用limma包筛选GSE28829中早期AS斑块(EAP)和晚期AS斑块(AAP)间的差异表达基因,并与免疫相关基因取交集获取DIRGs;clusterProfiler包对DIRGs进行富集分析;构建DIRGs的蛋白互作网络,筛选网络中Hub基因.然后利用CIBERSORT反卷积法分析22种免疫细胞的浸润模式,筛选差异免疫细胞,并利用Pearson法分析其与Hub基因的相关性.最后,利用Core-mine Medical数据库预测干预DIRGs的中药,收集其性味归经信息.结果:共获得63个DIRGs,筛选出10个Hub基因(CD86、TLR2、TYROBP、CCR1、ITGB2、CCL2、CCL4、CSF1R、CXCR4、CTSS).富集分析结果显示,DIRGs的分子功能、生物学过程和信号通路与免疫调节密切相关.免疫细胞浸润分析结果显示,EAP中调节性T细胞、活化的树突状细胞、静息肥大细胞比例升高;AAP中记忆性B细胞、γδ T细胞、M0巨噬细胞、M2巨噬细胞比例升高.相关性分析结果显示,EAP中CD86与M2型巨噬细胞呈正相关;AAP中CD86、CTSS、CXCR4、CSF1R、ITGB2、TYROBP与M0巨噬细胞呈正相关,CCL4、CCL2与静息肥大细胞呈负相关.频次频率结果显示,干预DIRGs的中药大多归肝经、肺经,性味多为寒、苦.结论:本研究发现在AS的进展中有10个最重要DIRGs,7种免疫细胞出现失调,其中CD86、CTSS、CXCR4、CSF1R、ITGB2、TYROBP、CCL4、CCL2与静息肥大细胞、M0和M1型巨噬细胞存在相关性;同时,发现AS进展的免疫机制与中医肝经、肺经、味苦、味甘、性寒、性温密切相关.本研究结果可为后续探索AS进展的免疫学机制,以及中医临床精准遣方用药治疗AS提供借鉴和思路.