目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.

目的:研究WD重复结构域 63(WDR63)对人根尖牙乳头干细胞(SCAPs)体外成神经分化能力的作用.方法:通过实时荧光定量PCR检测未转染慢病毒SCAPs中WDR63 基因在成神经分化诱导 3、6、9 d的表达变化,利用慢病毒转染分别获得WDR63 稳定过表达和敲低的SCAPs,通过类神经球形成实验对各组SCAPs进行神经分化诱导,对类神经球的直径进行定量分析,免疫荧光染色实验检测SCAPs中巢蛋白(Nestin)和βⅢ-微管蛋白(βⅢ-tubulin)的表达,实时荧光定量PCR实验检测神经分化相关指标βⅢ-tubulin、神经源性分化蛋白(NeuroD)、神经细胞黏附分子(NCAM)和Nestin基因的表达.结果:未转染慢病毒SCAPs中WDR63 的表达量在成神经分化后的3、6、9 d逐渐增加(P＜0.05);过表达WDR63 后,WDR63 基因(P＜0.001)和蛋白表达增加,神经球直径增加(P＜0.01),Nestin 和 βⅢ-tubulin 神经球样细胞荧光强度增加(P＜0.01),βⅢ-tubulin、NeuroD、NCAM和Nestin基因表达升高(P＜0.05);敲低WDR63 后,WDR63 基因(P＜0.01)和蛋白的表达降低,神经球直径降低(P＜0.05),Nestin和βⅢ-tubulin神经球样细胞荧光强度减少(P＜0.05),βⅢ-tubulin、NeuroD、NCAM和Nestin基因表达降低(P＜0.05).结论:WDR63 可促进SCAPs的成神经分化功能.

Motile cilia and flagella are microtubule-based organelles important for cell locomotion and extracellular liquid flow through beating.Although axonenal dyneins that drive ciliary beat have been extensively studied in unicellular Chlamydomonas,to what extent such knowledge can be applied to vertebrate is poorly known.In Chlamydomonas,Dynein-f controls flagellar waveforms but is dispensable for beating.The flagellar assembly of its heavy chains (HCs) requires its intermediate chain (IC) IC140 but not IC138.Here we show that,unlike its Chlamydomonas counterpart,vertebrate Dynein-f is essential for ciliary beat.We confirmed that Wdr78 is the vertebrate orthologue of IC138.Wdr78 associated with Dynein-f subunits such as Dnah2 (a HC) and Wdr63 (IC140 orthologue).It was expressed as a motile cilium-specific protein in mammalian cells.Depletion of Wdr78 or Dnah2 by RNAi paralyzed mouse ependymal cilia.Zebrafish Wdr78 morphants displayed ciliopathy-related phenotypes,such as curved bodies,hydrocephalus,abnormal otolith,randomized left-right asymmetry,and pronephric cysts,accompanied with paralyzed pronephric cilia.Furthermore,all the HCs and ICs of Dynein-f failed to localize in the Wdr78-depleted mouse ependymal cilia.Therefore,both the functions and subunit dependency of Dynein-f are altered in evolution,probably to comply with ciliary roles in higher organisms.

目的 基于芯片数据采用生物信息学方法寻找卵巢癌耐化疗药物的关键分子及通路.方法 在公共基因芯片数据库(GEO)中下载卵巢癌细胞经化疗药物处理的数据集GSE47856,挑选出顺铂处理卵巢癌细胞A2780的mRNA表达谱芯片数据,使用R语言进行生物信息学分析.结果 获得27个与A2780顺铂耐药相关的差异基因,其中上调表达13个,下调表达14个,并且这些基因参与磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、P53、转化生长因子β(TGF-β)等信号通路.相关分析显示,BTG2和INHBE、SULF2和INHBE、SULF2和WDR63之间具有明显相关性.结论 卵巢癌顺铂耐药可能与BTG2、INHBE、SULF2和WDR63等基因表达相关.

目的 分析WD重复域蛋白5(WDR5)表达与肺腺癌发生、发展的关系,探讨WDR5在评估远期生存中的价值.方法 选取2010年1月1日至2014年2月8日于杭州市第三人民医院胸外科就诊且术后病理检查结果证实为肺腺癌的患者93例,采用免疫组织化学染色法分别检测WDR5在癌和癌旁正常组织中的表达水平.采用Cox比例风险回归模型对患者的生存情况作单因素、多因素分析,采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,采用log-rank检验比较WDR5高表达与低表达患者1、3及5年生存率.结果 53例(57.0％)患者肺腺癌组织中WDR5相对高表达,40例(43.0％)WDR5相对低表达;在其对应的癌旁正常组织中,30例(32.3％)WDR5相对高表达,63例(67.7％)WDR5相对低表达,与癌组织比较差异有统计学意义(P<0.01).WDR5的表达与患者的性别、年龄、肿瘤直径、T分期、病理分级均无关(均P>0.05);但与N分期和肿瘤分期均相关(均P<0.01).单因素分析显示,WDR5表达、N分期和肿瘤分期均是肺腺癌患者预后的影响因素(均P<0.01);进一步多因素分析显示,WDR5表达和N分期是肺腺癌患者预后的独立影响因素(均P<0.01).WDR5高表达患者的1、3及5年生存率分别为86.8％、41.5％和9.4％;WDR5低表达患者的1、3及5年生存率分别为95.0％、80.0％和55.0％,两者比较差异有统计学意义(P<0.01).结论 WDR5在肺腺癌组织中的表达水平高于癌旁正常肺组织.WDR5高表达与N分期和肿瘤分期相关,且WDR5高表达患者总生存期更短,是肺腺癌预后的独立影响因素.