目的:掌握淄博市流行的HIV-1感染者基因亚型，了解淄博市耐药病毒株的传播水平，为艾滋病预防控制工作提供依据。方法:收集本地区HIV-1感染者的血浆标本，采用RT-PCR和巢式PCR法扩增env基因区和pol基因区，经DNA纯化及测序后，利用HIV database数据库和Mega 6.0软件分析并确定HIV病毒亚型，使用美国斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药分析。结果:共采集HIV-1感染者血浆标本72份，通过分析发现本地区共存在4种基因亚型，其中CRF01_AE重组亚型占47.22%，CRF07_BC重组亚型占31.94%，B亚型占12.50%，B/C重组亚型占8.33%。耐药分析发现本地区未治疗患者的原发耐药率为6.98%。M184V是核苷类逆转录酶区的主要耐药突变位点，V179D为非核苷类逆转录酶区的主要耐药突变位点。结论:淄博市HIV-1感染者的基因亚型存在多样性，耐药的发生率较高，属于中度流行。亟需加强对HIV-1毒株重组亚型变异监测及耐药监测，从而预防原发性耐药和耐药毒株的传播。

目的:通过对我国人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)感染者全血样本中的HIV进行分离培养与基因型、表型鉴定，筛选符合中华预防医学会团体标准《病原微生物菌(毒)种标准株艾滋病病毒毒株建立技术规范》(T/CPMA 027—2023)评价要求的HIV标准株。方法:收集48份HIV感染者全血样本；通过分离样本中的外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cells，PBMCs)，并将其与健康人全血样本中分离得到的PBMCs共培养分离感染者体内的HIV，测定培养上清液中的p24抗原浓度和病毒滴度；对于分离成功的毒株，提取病毒RNA，对 gag、 pol基因和 env C2V3片段进行扩增测序，判断基因型、基因重组和耐药位点；通过将病毒培养上清液接种到表达CCR5或CXCR4的Ghost细胞，判断病毒嗜性；通过将病毒培养上清液接种MT-2细胞，观察合胞体的形成。 结果:从48份HIV感染者的新鲜EDTA抗凝全血中分离培养出14株病毒培养上清液的p24抗原浓度>1 ng/ml的HIV毒株；1株病毒滴度≥10 5TCID 50/ml，8株滴度≥10 4TCID 50/ml，5株滴度≥10 3TCID 50/ml；其基因型为9株B亚型、3株CRF01_AE重组型和2株CRF07_BC重组型；14株HIV毒株中11株含有耐药位点；细胞嗜性分析结果显示其中8株为CCR5嗜性，6株为CXCR4/CCR5双嗜性；14株毒株中只有2株可引起MT－2细胞病变，为合胞体诱导型。 结论:本研究共分离出14株具有HIV典型生物学、遗传学特性的HIV毒株，经评价1株为符合《病原微生物菌(毒)种标准株艾滋病病毒毒株建立技术规范》(T/CPMA 027—2023)的HIV标准株。本研究可为HIV-1标准株的筛选提供技术指导。下一步可按照标准株的共享机制完成申请及储备库建设，为HIV疫苗与药物研发等相关研究提供资源。

目的:了解2018年昆明市MSM的HIV-1基因型及耐药特征。方法:收集昆明市2018年1-12月新报告HIV-1感染的MSM的血浆样品193份，提取病毒RNA，采用巢式PCR扩增 gag、 pol和 env区基因片段，进行基因分型和耐药分析，通过Bayesian Markov Chain Monte Carlo（MCMC）方法分析昆明市MSM感染者中CRF55_01B和CRF68_01B的进化特征。 结果:193份样品中发现多个HIV-1基因型，包括CRF07_BC（39.4%，76/193）、CRF01_AE（34.2%，66/193）、独特型重组（20.2%，39/193）、CRF08_BC（3.1%，6/193）、CRF55_01B（1.6%，3/193）、B亚型（1.0%，2/193）和CRF68_01B（0.5%，1/193）。Bayesian进化分析结果显示CRF55_01B从外省进入昆明市后已开始在本地传播，而CRF68_01B可能来自于我国东部地区。2018年昆明市MSM抗病毒治疗前的HIV-1耐药株流行率为2.6%（5/190），对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变发生率最高（2.1%，4/190）。结论:昆明市MSM的HIV-1基因型多样性逐年增加。MSM未接受抗病毒治疗HIV-1感染者耐药发生率虽然较低，但存在抗病毒治疗一线药物的多重耐药株。

目的:了解我国HIV CRF01_AE亚型及其相关重组亚型的包膜糖蛋白(envelope glycoprotein，ENV)分子流行情况，建立ENV共识序列以了解氨基酸突变及蛋白质三级结构。方法:收集Los Alamos数据库中2015—2021年我国HIV-1 CRF01_AE亚型及其相关重组亚型的完整ENV基因序列，构建系统发育进化树并建立ENV共识序列，使用Protscale及PROVEAN对ENV共识序列广谱中和抗体表位中的氨基酸亲疏水性变化及有害性突变进行预测，同时分析氨基酸突变对ENV三级结构的影响。结果:系统发育分析结果显示，有70.0%（14/20）的CRF01_AE亚型序列属于进化簇4，在ENV共识序列的广谱中和抗体表位V1/V2及Loop D中分别存在4个和1个的氨基酸突变使亲疏水性发生变化，PROVEAN预测结果显示V1/V2位点的G152D及β23/V5/β24表位的M476I为有害突变。ENV共识序列的蛋白质三级结构pLDDT值为86.2，在V1/V2表位存在由于有害突变所产生的新α螺旋。结论:我国HIV-1 CRF01_AE亚型基因谱系众多，加剧了重组病毒的形成。在ENV共识序列V1/V2结构域中由于氨基酸突变使其蛋白空间结构发生改变，这种改变可能会对后续广谱中和抗体的诱导产生影响。

目的:研究嵌合腺病毒35型载体和痘苗病毒载体SIVenvT疫苗通过不同策略联合免疫小鼠所诱导的细胞和体液免疫应答。方法:通过PCR和Western blot方法对表达SIV mac239株SIVenvT基因的重组嵌合腺病毒35型(rAd5F35-SIVenvT)和重组痘苗病毒安卡拉株(rMVA-SIVenvT)进行体外鉴定。采用两种不同的策略联合免疫BALB/c小鼠，即同源载体免疫和异源载体免疫。通过ELISPOT方法检测小鼠脾脏中分泌SIV Env特异性IFN-γ的淋巴细胞数量，ELISA方法检测血清SIV gp120抗体滴度，比较两种免疫策略诱导小鼠产生细胞和体液免疫应答的差异。结果:rAd5F35-SIVenvT和rMVA-SIVenvT均能在HEK293细胞中有效表达SIVenvT蛋白。初次免疫后第4周，两组SIV Env特异性细胞免疫应答和SIV gp120抗体均达到峰值，随后呈波动下降趋势。异源免疫组诱导小鼠的应答水平高于同源组，其中第4周和第16周异源组细胞免疫应答强度显著高于同源组，第4周异源组SIV gp120抗体滴度显著高于同源组。结论:rAd5F35-SIVenvT和rMVA-SIVenvT两种载体疫苗联合免疫策略能诱导小鼠产生较强细胞和体液免疫应答。

本研究追踪了一例长期不进展的HIV-1 CRF07_BC感染者体内病毒进化的特征，并分析了该病毒中和敏感性的变化。在2016年至2020年间采集患者四个时点的血浆，所有血浆样本对Global panel假病毒的中和宽度均为100%。基于四个时点血浆，扩增了59个全长env基因片段，并成功构建了24株功能性假病毒。患者的env基因序列显示，V1和V5中潜在的N-连锁糖基化位点（PNGS）随着时间的推移显著增加。所有24株假病毒对同期和后期的自体血浆以及bNAbs（包括10E8、VRC01和12A21）敏感，但自体血浆和bNAbs对后期采样时点构建的假病毒的中和敏感性下降。本研究发现Env的V5区S465T突变与VRC01中和敏感性下降相关。

目的:分析具有高广谱中和活性的HIV-1感染者包膜蛋白( Env)基因的氨基酸及密码子使用特点。 方法:根据中和宽度是否高于90%将样本分为高广谱中和活性组(hBCN +组)和非高广谱中和活性组(hBCN -组)，采用单拷贝基因组扩增法(SGA)分离全长 Env基因，通过两组样本 Env基因的相对氨基酸使用度(RAAU)的对应性分析(COA)，并基于相似性指数 D( A， B)计算及与宿主相对密码子使用度(RSCU)的比对探讨两组毒株的氨基酸及密码子使用特点。 结果:对应性分析结果显示hBCN +组和hBCN -组毒株RAAU数据沿两个主轴分布形成两个相对独立的簇，表明两组毒株 Env基因具有相对独特的氨基酸使用模式；相似性指数分析结果显示hBCN +组(0.097)低于hBCN -组(0.102)，且两组毒株相比较，hBCN +组 Env基因与人具有相似使用模式的密码子少于hBCN -组，提示hBCN +组毒株在感染者体内的适应性较hBCN -组毒株低。 结论:hBCN +和hBCN -两组毒株的 Env基因具有相对独特的氨基酸使用模式，hBCN +组毒株对宿主的适应性较hBCN -组毒株低。

目的:对北京治疗前耐药监测发现的具有遗传相似性的两株新发重组毒株进行前病毒HIV-1 DNA近全长基因组扩增和序列分析，以了解其遗传特征和重组模式。方法:对北京佑安医院募集的2例新发重组毒株感染者，用广州海力特公司核酸提取和纯化试剂从白细胞富集层提取前病毒HIV-1 DNA。运用SimPlot 3.5软件分析重组模式和断点，并用Mega 11构建分片段最大似然法进化树验证重组事件。结果:从2个男男性行为（men who have sex with men，MSM）感染者扩增获得HIV-1近全长基因组序列。SimPlot重组断点分析显示BL6218-00和BL6017-01基因组均以CRF55_01B为骨架，分别在 gag和 env基因区，或 gag、pol、vpu/env、nef/3’LTR基因区，由CRF07_BC重组而成。2条序列的CRF07_BC片段均与来自MSM人群的CRF07_BC_N参考毒株序列聚集成单系进化簇。 结论:用前病毒DNA扩增方法从北京MSM人群发现了两株以CRF55_01B为骨架且重组模式不同的独特重组型毒株，重组亲本CRF07_BC均来自我国北方MSM人群。

目的 比较不同信号肽对SARS-CoV-2 S1、受体结合域(receptor binding domain,RBD)、RBD二聚体蛋白在Expisf9昆虫细胞中分泌表达的影响.方法 选取SARS-CoV-2 S1(M1-E661)、RBD(R319-P545)、RBD二聚体(R319-K537串联)3种蛋白的基因序列,按照N-端信号肽序列不同[内源(Endo)、蜂素honeybee melittin(HBM)、GP64、GP67、几丁质酶chitinase(Chi)、HIV-ENV]和C-端标签序列的不同,分为25组.通过Bac-to-Bac系统构建25种重组杆状病毒,建立25组三级毒种库.将B2和C4病毒分别接种至对数生长前期细胞(2.8×106个/mL)和对数生长中期细胞(1.2× 107个/mL).将各组病毒培养至100mL(500mL摇瓶),进行蛋白表达,并取样进行SDS-PAGE、Western blot和ELISA检测.S1、RBD、RBD二聚体蛋白各选择表达量较高的2组,进行重复验证.结果 B2、C4病毒接种至高密度细胞,分泌表达量未提高,接毒后培养4和5 d的分泌表达量存在显著差异.A7(Endo-S1-tag)的分泌表达量明显低于 A9(HIV-ENV-S1-tag),A4(Gp67-S1-tag)分泌表达量最高,A1(Endo-Endo-S1-tag)分泌表达量显著低于 A7(Endo-S1-tag);B6(HIV-ENV-RBD-tag)分泌表达量显著高于 B4(Gp67-RBD-tag)及其他信号肽组;C4(Gp67-RBD-dimer-tag)分泌表达量明显高于C3(Gp64-RBD-dimer-tag).分别选择每种蛋白表达量较高的2组(A4、A9;B4、B6;C3、C4)进行重复验证确定,结果显示,A4、B6、C4的分泌表达量最高.结论 S1、RBD二聚体蛋白分泌表达量最高的信号肽相同,是GP67信号肽,而RBD蛋白的最适信号肽是HIV-ENV信号肽.表明N-端序列会影响蛋白的分泌,信号肽序列有一定的通用性,但也与要表达的目的蛋白序列有关.

目的 对3条人类免疫缺陷病毒(HIV)-1亚型不确定的近似全长基因组序列(NFLG)进行基因镶嵌结构分析.方法 用近末端稀释法、系统发育树和基因重组断点分析等方法对3例男男同性恋(MSM)HIV-1感染病例进行HIV-1 NFLG扩增、基因亚型分析和基因重组图谱分析.结果 Neighbor-joining进化树分析结果显示,3条HIV-1序列均为单独分支,可能是新型重组毒株.jpHMM在线软件和SimPlot v3.5.1软件综合分析结果显示,NFLG 110和NFLG 171分别为CRF07_BC和CRF01_AE,NFLG 150为CRF01_AE和CRF07_BC二代重组毒株.基因重组断点分析结果显示,NFLG 150的重组模式是以CRF07_BC全长基因组为骨架,在gag区和env区分别插入了1个长度约为60和80 bp的CRF01_AE基因片段.结论 在MSM人群中发现1株HIV-1 CRF01_AE/CRF07_BC二代重组毒株,建议持续监测相关性传播,特别是MSM人群HIV-1新型基因重组毒株.