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云南省生食蔬菜中致病菌污染状况及其耐药性与分子特征研究
编辑人员丨4天前
目的 为分析云南省生食蔬菜中沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻性大肠埃希菌污染情况及菌株的耐药性和致病性,通过各污染菌的抗生素敏感性特征图谱及全基因组测序数据对菌株进行耐药和致病基因分析.方法 采用食品安全国家标准GB 4789.4-2016、GB 4789.30-2016、GB 4789.6-2016对180份生食蔬菜样品中的沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻大肠埃希菌进行检测和鉴定;采用肉汤稀释法对分离到的菌株进行药敏测定;同时对菌株进行全基因组测序,基因组序列经组装后通过相应的生物信息学流程进行数据分析.结果 180份生食蔬菜中共有12份样品检出了致病菌,包括生菜、香菜、折耳根等.共检出了致病菌13株,其中沙门菌7株,共7种血清型,4株存在多重耐药,耐药表型与耐药基因关联性良好,5株携带有与多重耐药相关的IncHI和IncF型质粒;单核细胞增生李斯特菌4株,1株存在多重耐药,2株携带毒力岛LIPI-3;肠聚集黏附性大肠埃希菌2株,1株存在多重耐药.结论 折耳根等具有地域特色的生食蔬菜种类致病菌检出率较高,应该持续关注,部分单核细胞增生李斯特菌菌株因含有更多的毒力基因,而具有更高的致病性;沙门菌和致泻大肠埃希氏菌多重耐药情况较为严重.
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编辑人员丨4天前
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六种市售河北道地中药饮片微生物污染情况调查与分析
编辑人员丨4天前
目的:对六种石家庄市售河北道地中药饮片进行微生物检测,分析评估河北道地中药饮片整体污染情况.方法:参考《中华人民共和国药典》(2020年版,四部通则1108和1107)中药饮片微生物限度检测方法和微生物限度标准,对六种共计 60 批次中药饮片进行需氧菌总数(TAMC)、霉菌和酵母菌总数(TYMC)、耐热菌总数及三种控制菌进行检测分析,采用平板分离法分离出可疑杂菌,并通过全自动细菌分析仪进行鉴定.结果:检测的60 批次药品中 1 g TAMC为2.68~7.36,31.7%的饮片TAMC生物负载水平超标;1 g TYMC为0.5~5.2,25%的饮片TYMC负载水平超标;耐胆盐革兰阴性菌的检出率为 11.7%;2 批次样品检出大肠埃希菌;耐热菌和沙门菌未检出;分离出包括铜绿假单胞菌在内的 17 株条件性致病菌.结论:石家庄部分市售河北道地中药饮片存在微生物污染风险,建议相关部门加大监管力度,完善中药饮片微生物控制措施和质量评价体系,保障患者用药安全.
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编辑人员丨4天前
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重庆市某高校一起鼠伤寒沙门菌引起的食源性疾病暴发事件溯源调查和病原分析
编辑人员丨4天前
目的 对重庆市某高校一起鼠伤寒沙门菌引起的食源性疾病暴发事件进行实验室病原学分析.方法 按照食品安全国家标准(GB 4789.4-2016)对11株沙门菌分离株进行生化和血清型鉴定;使用微量肉汤稀释法进行药敏测试;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因测序(WGS)进行分子分型、毒力和耐药基因分析.结果 11株沙门菌全部为鼠伤寒沙门菌;在测试的15种抗生素中,所有菌株仅对四环素耐药;所有菌株的PFGE带型一致;WGS鉴定与血清学表型实验结果一致,所有菌株均携带2个四环素类耐药基因和10个毒力岛;溯源分析结果显示所有菌株的ST型相同,wgSNP进化树显示所有菌株可聚为一簇.结论 11株鼠伤寒沙门菌序列高度同源,说明患者、环境和食品分离株来源相同,结合流行病学调查结果判定此次食源性疾病暴发事件是由食品加工人员使用器皿生熟不分引起食品污染所致.
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编辑人员丨4天前
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miR-496通过调控 LYN对胃癌细胞增殖和凋亡的影响
编辑人员丨4天前
目的:研究 miR-496在胃癌细胞中的表达情况,并探讨其在胃癌细胞增殖和凋亡过程中的作用及机制。 方法:实时荧光定量PCR(qPCR)检测 miR-496在正常胃上皮细胞株和胃癌细胞系AGS、MKN45中的的表达情况。在表达水平最低的AGS细胞中敲低 miR-496,同时设置阴性对照组和空白对照组。分别用CCK8实验和流式细胞仪检测细胞增殖和凋亡。使用生物信息学软件筛选出 miR-496的靶基因 LYN,QPCR检测转染 miR-496对 LYN表达的影响,随后进行了Rescure拯救实验,进一步研究 miR-496通过调控 LYN对胃癌细胞的作用机制。利用GraphPad Prism 9软件进行数据分析,计量资料以均数±标准差( ± s)表示,组间比较采用 t检验。 结果:miR-496在AGS、MKN45中表达显著低于胃正常上皮细胞( P<0.05)。通过转染过表达 miR-496后,可以抑制AGS细胞的增殖,同时可以使AGS细胞的凋亡比例明显升高( P<0.05)。qPCR结果显示, miR-496过表达组能够抑制 LYN的表达( P<0.05)。生物信息学分析显示, miR-496与 LYN激酶( LYN) 3’UTR区域结合,通过过表达 miR-496可抑制AGS细胞中 LYN的表达,而CCK8拯救实验显示过表达 LYN能够解除 miR-496对细胞增殖的抑制作用;流式凋亡检测显示表达 LYN能够解除 miR-496对细胞凋亡的促进作用( P<0.05)。 结论:miR-496在胃癌细胞中低表达,其通过靶向胃癌细胞中 LYN的表达抑制胃癌细胞的增殖,促进胃癌细胞的凋亡。
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编辑人员丨4天前
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湖南省慢性淋巴细胞白血病的流行病学调查:基于湖南省恶性肿瘤病例登记报告系统的测算
编辑人员丨4天前
目的:了解湖南省慢性淋巴细胞白血病(CLL)分布规律及流行病学特征。方法:按照国家肿瘤登记中心指定的审核方法和评价标准,共纳入24个肿瘤登记处上报的慢性淋巴细胞白血病登记数据。通过回顾性分析的研究方法,将入选的登记处数据按照年份、行政分区、城乡、性别、年龄分别计算发病率和死亡率并进行分析。结果:湖南省2014年—2015年新诊断CLL患者有104例,年均发病率为0.39/10万。2014年及2015年发病率分别为0.39/10万、0.39/10万;株洲市年均发病率为0.8/10万,在各地级市中发病率最高,长沙市开福区年均发病率为1.65/10万,在各区级行政区划中最高;城市发病率高于农村(城市vs农村, P=0.006);男女性别发病率比为1.7∶1;患病病例主要集中在61~70岁人群,占患病病例总数的33.65%(35/104);2014年—2015年CLL死亡患者有64例,年均死亡率为0.24/10万,2014年死亡率及2015年死亡率分别为0.22/10万、0.26/10万;衡阳市年均死亡率为0.53/10万,在各地级市中死亡率最高,长沙市芙蓉区年均死亡率为0.74/10万,在各区级行政区划中最高;城市死亡率高于农村,但差异无统计学意义( P=0.169);男女性别死亡率比为1.4∶1;死亡病例主要集中在71~80岁人群,占死亡病例总数的29.69%(19/64)。 结论:湖南省CLL发病率远低于欧美人群,主要发生在中老年人群,男性多见,城市发病率高于乡村,株洲市发病率最高。死亡CLL患者集中于中老年人群,男性较多;城市死亡率略高于农村;衡阳市死亡率最高。
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编辑人员丨4天前
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复杂性肛瘘患者肠道微生态检测及分析
编辑人员丨4天前
目的:通过16S rDNA基因测序检测复杂性肛瘘患者的肠道菌群分布,探讨其与健康人的菌群分布是否存在差异。方法:采用病例对照研究方法,回顾性收集2020年6月至12月期间杭州市第三人民医院接受手术治疗的30例复杂性肛瘘患者临床资料(复杂性肛瘘组),并按1∶1配比选择本院健康体检人群30例作为对照组(健康对照组)。病例纳入标准:(1)符合腺源性肛瘘诊断的标准,且症状持续3个月以上;(2)术前已行电子结肠镜检查排除肠道炎性反应、炎性肠病等;(3)复杂性肛瘘的定义为符合下面情况之一者:瘘管跨越2/3及以上的肛门括约肌;包含两个以上的外口或瘘管;既往已行肛瘘手术后确认复发者。排除标准:(1)合并有炎性肠病、慢性腹泻或便秘、糖尿病、消化道恶性肿瘤、肝肾功能障碍等;(2)克罗恩病、外伤、特殊感染(如放线菌病和结核病)等引起的肛瘘;(3)近1个月内使用过抗生素、益生元、益生菌等可能影响肠道微生态制剂者;(4)认知缺陷不能配合者。提取研究对象的粪便样本总DNA,扩增细菌16S rDNA基因序列的V4高变区,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序,最后进行操作分类单元(OTU)聚类、进行Alpha多样性和LEfSE数据分析,其中Chao指数或ACE指数越大,表明微生物区系的预期物种丰度越高,Simpson指数越小或Shannon指数越大,表明微生物区系多样性越高。两组间性别、年龄、体质指数(BMI)、饮酒吸烟史基线资料比较差异均无统计学意义(均 P>0.05),说明两组具有可比性。本研究观察指标包括两组的测序和质量控制、Alpha多样性分析和物种及其丰度分析以及LEfSE分析。 结果:复杂性肛瘘组与健康对照组的主要优势菌都是厚壁菌门和拟杆菌门,分别占93.4%±32.0%和87.4%±41.2%;在属水平上,复杂性肛瘘组的普雷沃菌属(4.9%±7.4%比0.1%±1.1%, P<0.001)、巨细胞菌属(3.9%±8.2%比0.5%±4.2%, P<0.05)和毛螺菌属(2.6%±5.7%比0.1%±3.4%, P<0.05)的丰度明显更高,而变形菌属(0.02%±4.2%比9.3%±14.4%, P<0.01)、肠球菌属(0.02%±2.3%比9.3%±19.6%, P<0.05)、拟杆菌属(24.7%±9.9%比29.8%±9.1%, P<0.05)和克雷伯菌属(0.4%±4.2%比3.9%±7.3%, P<0.05)相对更低。与健康对照组相比,复杂性肛瘘组肠道菌群多样性更丰富,表现为ACE指数更高[(293.30±44.00)比(218.75±33.83), t=102.069, P<0.001],Chao指数也更高[(318.40±41.99)比(250.00±46.38), t=77.818, P=0.028],Shannon指数更高[(3.36±0.29)比(2.43±0.34), t=9.657, P=0.001];而Simpson指数更低[(0.103±0.013)比(0.131±0.013), t=5.551, P=0.046],差异均有统计学意义(均 P<0.05)。韦荣菌科、Selenemondales 及厌氧菌纲(均属于厚壁菌门)的菌株总体上对两组样本肠道菌群差异的影响最大(LDA 值均>4)。 结论:与健康对照组相比,复杂性肛瘘患者肠道菌群多样性更丰富,提示某些肠道菌群及其代谢产物可能在肛瘘发病中发挥了一定的作用。
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编辑人员丨4天前
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上海地区新型冠状病毒奥密克戎变异株流行期间儿童重症监护病房防控管理经验介绍
编辑人员丨4天前
目的:总结新型冠状病毒奥密克戎变异株流行期间PICU精准防控的经验。方法:总结分析复旦大学附属儿科医院PICU 2022年3月1日至5月10日PICU精准化防控新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)的策略及管理经验。结果:根据国家及上海市新冠肺炎防控标准,我院PICU针对重症医学科的专科特点,联合院感科、医务科共同构建本次奥密克戎变异株疫情暴发阶段的精准化病房管理策略。从危重患儿收治流程、PICU病房区域划分及院感防护、患儿家属的接待管理制度和PICU工作人员"气泡管理"制度四个方面制定精准防控管理策略,并在疫情期间运行3个月内无患儿或医护人员发生新冠肺炎院内感染。期间共收治140例危重患儿,其中院内普通病房转入87例,急诊(非发热)收治48例(3例转运团队转入),发热门诊4例,管控病房1例。其中4例危重患儿入PICU时无急诊核酸检测报告。140例危重患儿中接受机械通气54例,血液净化18例,肝移植术后监护2例;合并基础疾病共78例(55.7%)。结论:上海地区本轮新冠肺炎疫情期间,我院PICU制定的危重儿童收治及病房管理流程,在确保新冠肺炎院感防控零感染同时,最大程度上保证危重症患儿的救治。
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编辑人员丨4天前
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肠杆菌科细菌黏菌素及多黏菌素B药敏试验的方法学比较
编辑人员丨4天前
目的:以微量肉汤稀释法为金标准,评价4种不同药敏方法检测多黏菌素敏感性的性能,为实验室选择可常规开展的药敏方法及临床合理用药提供参考。方法:收集福建医科大学附属第一医院2019年1—12月临床标本分离的88株非重复肠杆菌科细菌(其中6株携带mcr-1基因),分别用微量肉汤稀释法、黏菌素肉汤纸片洗脱法(CBDE)、Vitek-2?药敏分析系统、BD Phoenix TM药敏分析系统、商品化微量肉汤稀释法检测多黏菌素的MIC值。以微量肉汤稀释法为金标准,分析不同方法的基本一致性、分类一致性、极重大错误和重大错误;采用Kappa一致性检验、配对χ2检验及Spearman秩相关法对4种药敏方法与金标准之间的一致性进行统计分析。 结果:与金标准相比,CBDE、Vitek-2?药敏分析系统、BD Phoenix TM药敏分析系统和商品化微量肉汤稀释法的基本一致性分别为94.32%(83/88)、92.05%(81/88)、90.90%(80/88)和96.59%(85/88),分类一致性均为100%(88/88),未出现极重大错误和重大错误;4种药敏方法与金标准的检测结果差异无统计学意义(McNemer检验 P=1),检测多黏菌素敏感性的一致性较强(Kappa=1, P<0.001);4种药敏方法测定的MIC值与微量肉汤稀释法均呈正相关,一致性较好( r均>0.5, P均<0.05)。 结论:多黏菌素4种药敏方法在本实验室均达到了临床和实验室标准协会及欧洲抗菌药物敏感性试验委员会联合推荐的性能标准,其中商品化微量肉汤稀释法、CBDE检测性能表现最佳,目前可应用于本院临床微生物实验室日常工作中。
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编辑人员丨4天前
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mCIM和eCIM联合检测产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌的应用
编辑人员丨4天前
目的:探讨改良碳青霉烯灭活试验(modified carbapenem inactivation method, mCIM)联合EDTA改良碳青霉烯灭活试验(EDTA-modified carbapenem inactivation method, eCIM)检测感染患者分离的耐碳青霉烯肠杆菌科细菌 (Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae, CRE)碳青霉烯酶的方法对诊控CRE感染的应用价值。 方法:回顾性分析2017年1至12月天津医科大学总医院临床感染患者分离的78株非重复对碳青霉烯类抗生素耐药的肠杆菌科细菌的耐药情况,应用Vitek2 Compact全自动细菌鉴定仪鉴定至种并检测其对厄他培南和亚胺培南的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC),用分子生物学PCR试验检测其碳青霉烯酶基因 blaKPC、 blaNDM、 blaIMP和 blaVIM,基因测序确定基因型作为金标准,同时采用mCIM联合eCIM试验对所收集的细菌进行碳青霉烯酶检测。以PCR结果为标准,计算mCIM和eCIM的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值及Kappa值,进行mCIM和eCIM联合检测结果与PCR结果的一致性检验。 结果:78株碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌应用PCR法检测出碳青霉烯酶基因阳性74株,阴性4株,其中 blaKPC-2阳性60株, blaNDM-1阳性2株, blaNDM-5阳性7株, blaNDM-9阳性3株, blaIMP-4阳性1株, blaKPC-2和 blaNDM-1同时阳性1株。mCIM检测碳青霉烯酶的敏感度为100%,特异度为100%, Kappa值为1.000;mCIM和eCIM联合检测丝氨酸碳青霉烯酶敏感度为100%,特异度为100%,Kappa值为1.000;联合检测金属碳青霉烯酶敏感度为92.9%,特异度为100%, Kappa值为0.955。 结论:采用mCIM、eCIM联合试验对CRE中的碳青霉烯酶进行检测,实用性强,结果易于判读,依据CRE细菌中基因型的不同,将为临床CRE诊断与抗菌药物精准治疗和感染控制提供重要诊断依据。
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编辑人员丨4天前
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胎儿弯曲菌龟亚种中国分离株的种群结构、毒力基因及耐药性分析
编辑人员丨4天前
目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum, Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序,结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析;MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构;核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树,rhierBAPS确定其种群结构;CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因; E-test法进行药敏试验,并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析,共纳入全球41株 Cft基因组信息,其中人类来源24株,动物来源13株,未知来源4株。流行病学资料显示,24株人类来源菌株中,20株感染对象为黄种人,1例为白种人(配偶是亚裔),其余未知,差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物,包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示,中国分离株以ST46为主要序列型,美国则以ST15为主要序列型;Grapetree显示,中国分离株的遗传多态性高于美国分离株;通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群,中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切;美国分离株相对较集中(SC3),且以ST15克隆传播为主;毒力基因分析显示,与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%,而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中;15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明, Cft对环丙沙星耐药率为46.67%,对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病,其感染可能与食入或接触爬行类动物有关;本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别,应引起我们的关注。
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编辑人员丨4天前
