目的:通过生物信息学的方法分析并确定膀胱癌患者的关键焦亡相关基因(PRGs)表达谱,并阐明其潜在功能.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载了对应膀胱样本的mRNA表达谱和临床数据,进行功能富集分析,包括基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书的分析(KEGG).构建评估预后的基因模型,计算风险评分,分高、低风险组评估膀胱癌的预后.评估PRGs与肿瘤免疫浸润的相关性,并构建基于它们的共表达和预测目标的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控轴.结果:我们选择了 33个PRGs,功能富集分析显示,它们主要参与细胞因子产生、炎症小体复合物、凋亡过程和NOD样受体信号通路的正调控.我们用LAS-SO Cox回归分析筛选6个基因(CASP9、PRKACA、CASP6、TNF、AIM2、GSDMB)构建PRGs模型,KM曲线提示高风险评分的膀胱癌患者的总生存时间概率低于低风险评分患者,差异有统计学意义(P＜0.001),列线图表明该模型对预后预测较准确.AIM2、CASP6与免疫细胞浸润显著相关(P＜0.05).通过构建ceRNA网络,确定了膀胱癌中的CASP6/hsa-let-7c-5p/MIR29B2CHG调控轴.结论:预后相关的PRGs与膀胱癌患者免疫细胞浸润显著相关.膀胱癌的CeRNA调控轴尚需进一步验证.

目的:探讨c-Myc调控的微小RNA(miRNA，miR)表达及其在三阴性乳腺癌(TNBC)转移中的作用机制。方法:采用慢病毒构建c-Myc低表达的人乳腺癌细胞系MDA-MB-231，分为c-Myc沉默组、阴性对照组和空白对照组，分别对不同MDA-MB-231细胞进行miRNA测序，实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证具有显著差异的hsa-let-7a、hsa-let-7c、hsa-let-7d、hsa-miR-34c和hsa-miR-98在细胞中的表达，及20例三阴性乳腺癌组织和癌旁组织中c-Myc和hsa-let-7a的表达水平。采用方差分析、Sidak方法比较多组差异分析。结果:与对照组比较，c-Myc沉默组中有126个miRNA存在显著差异，其中84个显著上调，42个显著下调。RT-qPCR验证发现与对照组比较(1.007±0.128，1.003±0.084，1.008±0.138，1.013±0.184，1.009±0.148)，在c-Myc沉默组中，hsa-miR-34c(0.693±0.167， F＝6.825， P<0.05)、hsa-miR-98下调(0.737±0.145， F＝5.260， P<0.05)，hsa-let-7a(1.474±0.349， F＝7.081， P<0.05)、hsa-let-7c(1.630±0.485， F＝7.387， P<0.05)、hsa-let-7d上调(2.104±0.636， F＝11.370， P<0.05)。 结论:c-Myc调控let-7a、let-7c、let-7d、miR-34c和miR-98影响三阴性乳腺癌侵袭转移。

目的:旨在探讨小核仁RNA宿主基因4（SNHG4）在胃癌组织中的表达、预后价值及可能作用机制。方法:运用UALCAN数据库分析SNHG4在胃癌中的表达情况；Kaplan-Meier Plotter数据库分析SNHG4与胃癌预后的关系；StarBase、Targetscan、microT-CDS数据库及Cytoscape软件构建SNHG4-miRNA-mRNA调控网络；DAVID数据库对SNHG4相关miRNA的靶基因进行生物学功能及通路分析。结果:SNHG4在胃癌组织中的表达明显高于正常组织（ P=8.882E-16）。生存分析发现SNHG4高表达的胃癌患者总体生存时间少于低表达组（ P=8.900E-05）。通过RNA调控网络的构建，发现在胃癌中hsa-let-7a-5p（ P=1.02E-03）、hsa-miR-152-3p（ P=4.51E-06）、hsa-miR-204-5p（ P=6.68E-04）和hsa-miR-363-3p（ P=8.06E-03）可作为SNHG4的结合位点。SNHG4作用于这4种miRNA进一步调控250个靶基因。对靶基因的GO注释及KEGG富集分析，发现这些靶基因在蛋白质磷酸化的调节、转录负调控、RNA聚合酶II启动子的转录等生物过程中发挥作用，且通过阻断或激活Wnt等信号通路参与胃癌的发生及发展。 结论:SNHG4可作为胃癌潜在的诊断性肿瘤标志物，判断胃癌预后情况，通过构建SNHG4-miRNA-mRNA调控网络，从分子水平研究胃癌的发病机制，为实验研究及临床研究提供明确方向。

目的:筛选早期胰腺癌患者血清外泌体差异表达的微小RNA(microRNA，miRNA)，并评估外泌体hsa-let-7f-5p对早期胰腺癌的诊断价值。方法:选取2019年1月至2020年1月间南京中医药大学附属医院行手术并经病理证实的19例早期胰腺癌患者(早期胰腺癌组)和16例慢性肿块型胰腺炎患者(胰腺炎组)，收集两组患者的血清样本，同时选取19名健康志愿者的血清样本作为正常对照组。采用exoEasy Maxi Kit试剂盒分离血清外泌体，透射电子显微镜(TEM)下观察外泌体的结构特征，纳米颗粒追踪分析观察外泌体的粒径大小，蛋白质免疫印迹法检测外泌体表面特异性蛋白标志物CD 63、CD 81表达。利用miRNeasy Serum/Plasma Kit试剂盒抽提外泌体总RNA，对其进行质检后构建小RNA文库，参照小RNA数据库，对早期胰腺癌组、胰腺炎组及正常对照组差异表达的外泌体miRNA进行筛选。通过实时荧光定量PCR法验证候选外泌体miRNA的表达量，分析各组miRNA的表达量差异。应用基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路分析候选miRNA的靶基因及代谢通路在早期胰腺癌发生与发展中的作用。 结果:TEM可见外泌体特征性碟形双层囊膜结构，粒径主峰在150 nm左右，外泌体特异性蛋白CD 63、CD 81表达阳性，对比早期胰腺癌组与胰腺炎组和正常对照组miRNA表达的差异，筛选获得特异性的肿瘤标志物外泌体hsa-let-7f-5p，其在早期胰腺癌组中的表达显著高于胰腺炎组及正常对照组( P值均<0.05)。ROC曲线分析结果显示，外泌体hsa-let-7f-5p鉴别早期胰腺癌组和胰腺炎组的AUC值为0.843(95% CI0.640~1.000)，灵敏度和特异度分别为100%和81.82%，鉴别早期胰腺癌组和正常对照组的AUC值为1.000(95% CI1.000~1.000)，灵敏度和特异度均为100%，其诊断早期胰腺癌效能与CA19-9相当( P>0.05)。GO分析结果显示，外泌体hsa-let-7f-5p的靶基因主要参与补体激活凝集素途径，表达蛋白主要分布于纤毛层，分子多发挥与一氧化氮合酶结合的功能。KEGG通路富集分析结果表明，外泌体hsa-let-7f-5p的靶基因与MAPK信号通路关系密切。 结论:血清外泌体hsa-let-7f-5p可作为早期胰腺癌诊断的潜在标志物。

目的 探讨hsa-let-7b-5p在非小细胞肺癌临床诊断和靶向治疗中的价值.方法 收集 2020 年 9 月-10 月的 13 对哈尔滨医科大学附属肿瘤医院病理类型相同的非小细胞肺癌癌组织及其癌旁组织,通过RNA-Seq获得差异表达的miRNA,并通过qRT-PCR验证候选miRNA在非小细胞肺癌组织和细胞中的表达水平.通过CCK-8 法、克隆形成实验、划痕实验和Transwell实验验证miRNA对非小细胞肺癌增殖、迁移和侵袭能力的影响.利用MiRDB、TarBase和ENCORI数据库预测靶基因,并利用FunRich工具进行基因富集分析.结果 与癌旁组织及正常支气管上皮细胞系(Human bronchial epithe-lial cell,HBE)相比,hsa-let-7b-5p在非小细胞肺癌组织及非小细胞肺癌细胞系(A549、H1299、H358 和H460)中低表达(P<0.05).hsa-let-7b-5p的高表达可以抑制非小细胞肺癌增殖、迁移和侵袭能力(P<0.01).靶基因预测及富集分析结果显示hsa-let-7b-5p的 378 个靶基因及其相关基因中,147 个基因与hsa-let-7b-5p的表达呈负相关(P<0.05).结论 Hsa-let-7b-5p对非小细胞肺癌的增殖、迁移和侵袭有抑制作用.

目的 构建 CTHRC1 基因在胃癌中的 ceRNA调控网络,并进行免疫相关性分析.方法 利用 TCGA 数据库,下载胃癌患者肿瘤组织和癌旁组织全基因组测序信息和临床信息,通过 R软件分析 CTHRC1 基因的表达与患者预后的临床相关性,同时进行多数据库和 PCR实验进行相互验证.通过 starBase数据库寻找与 CTHRC1 基因结合的靶向 miRNA、lncRNA,从而筛选出对患者总体生存率有影响的关键 miRNA和 lncRNA,并构建 ceRNA调控网络.对 CTHRC1 基因的表达情况与免疫细胞的浸润量、肿瘤微环境、甲基化、肿瘤干细胞指数等多组学的相关性进行探讨.构建 CTHRC1 基因的 PPI网络,并进行基因通路富集分析.结果 胃癌患者肿瘤组织中 CTHRC1 基因表达量明显高于正常组织,高表达 CTHRC1 基因组患者总体生存时间明显短于低表达组.Cox回归分析发现 CTHRC1 基因表达量是影响胃癌患者总体生存时间的独立危险因素.共筛选到 3 个关键 miRNA(hsa-let-7g-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-30b-5p)和 3 个关键lncRNA(MIR99AHG、CARMN、PWAR5),构建了 3 条ceRNA网络图.CTHRC1 基因高低表达组的胃癌患者,免疫细胞浸润量明显不同,且 CTHRC1 基因表达与免疫检查点基因表达均呈正相关.PPI 网络发现 CTHRC1 基因与 DVL3、DVL1、DVL2、ROR2、WNT3A、FZD5、FZD6 基因表达明显具有相关性,相关系数＞0.9.多组学分析发现,CTHRC1 基因表达与肿瘤干细胞指数、肿瘤微环境、甲基化程度均具有统计学意义上的相关性.富集分析发现CTHRC1 基因在多条通路上高富集.结论 MIR99AHG/CARMN-hsa-let-7g-5p-CTHRC1 和 PWAR5-hsa-miR-30b-5p-CTHRC1 组成的 3 条 ceRNA网络中的基因,可能是影响胃癌患者预后的关键基因,且与免疫细胞具有明显的相关性.

目的 探讨hsa-let-7a-5p对牙周膜干细胞(periodontal ligament stem cells,PDLSCs)增殖及凋亡的影响.方法 将let-7a-5p mimics、mimics nc、let-7a-5p inhibitor、inhibitor nc转染进入PDLSCs,通过RT-qPCR测定转染效率,通过CCK-8、细胞周期、EdU实验检测let-7a-5p对PDLSCs增殖的影响,通过细胞凋亡实验检测PDLSCs的凋亡率.结果 let-7a-5p成功转染进入PDLSCs.let-7a-5p mimics可抑制PDLSCs增殖能力(P<0.05),促进PDLSCs凋亡(P<0.01).let-7a-5p inhibitor可促进PDLSCs增殖能力(P<0.05),抑制PDLSCs凋亡(P<0.01).结论 hsa-let-7a-5p可抑制PDLSCs增殖,促进PDLSCs凋亡.

目的 建立类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(rheumatoid arthritis fibroblast like synoviocytes,RA-FLS)背景特异性的microRNA-靶基因和microRNA-小分子互作网络.方法 利用microRNA PCRArray数据(GSE72564)筛选出RA-FLS和骨关节炎对照样本中差异表达的microRNAs,整合多个microRNA-靶基因互作数据库,构建RA-FLS差异表达microRNA与靶基因的功能调控网络;整合microRNA-小分子互作数据,构建RA-FLS差异表达microRNA-小分子调控网络,计算网络中心性,获得核心调控micmRNA及小分子药物节点.结果 获得RA-FLS差异表达microRNA 63个,建立RA-FLS背景特异性的microRNA-靶基因和microRNA-小分子互作网络,筛选出hsa-let-7b-5p、hsa-mir-15b-5p、hsa-mir-218-5p、hsa-mir-30a-5p、hsa-mir-520d-3p五个关键microRNA,5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)、glucose、1,2,6-Tri-O-galloyl-beta-D-glucopyranose (TGGP)、糖皮质激素(glucocorticoid)四种与RA-FLS密切相关的活性小分子.结论 RA-FLS背景特异性的microRNA-靶基因和microRNA-小分子互作网络的构建,尤其是中心性microRNA和小分子的筛选,有望成为RA-FLS研究的潜在靶点.

目的 初步筛选食管癌高发区食管鳞癌患者血清中差异表达的小分子RNAs(miRNAs).方法 选择52例食管鳞癌患者(观察组)、52名健康查体者(对照组),均抽取空腹静脉血4 mL.采用AgilentTM高通量miRNA微阵列芯片检测二者血清中miRNAs.结果 与对照组比较,观察组26个miRNAs(hsa-let-7b-5 p、hsa-miR-107 、hsa-miR-1207-5p、hsa-miR-1238-3p、hsa-miR-1246、hsa-miR-1290、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-19b-3p、hsa-miR-223-3p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-320c、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-4281、hsa-miR-4455、hsa-miR-4516、hsa-miR-451a、hsa-miR-4532、hsa-miR-4634、hsa-miR-4687-3p、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-574-5p、hsa-miR-6090 、hsa-miR-6515-3p 、hsa-miR-92a-3p)的荧光信号强度FC绝对值均＞2,P均＜0.05,FDR均＜0.1.结论 食管鳞癌患者血清中hsa-let-7 b-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-1207-5p、hsa-miR-1238-3p、hsa-miR-1246、hsa-miR-1290、hsa-miR-15 a-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-19b-3p、hsa-miR-223-3p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-320c、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-4281、hsa-miR-4455、hsa-miR-4516、hsa-miR-451a、hsa-miR-4532、hsa-miR-4634、hsa-miR-4687-3p、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-574-5p、hsa-miR-6090、hsa-miR-6515-3p、hsa-miR-92a-3p差异表达.26个miRNAs可能与食管鳞癌的发生、发展有关.

目的 检测肝癌患者血清中miRNA的表达水平.方法 提取肝癌患者血清中的miRNA进行芯片杂交测序,并用qRT-PCR的方法比较确定患者miRNA与健康对照的表达水平变化,检测手术前手术后肝癌患者血清中相关miRNA的表达水平变化.结果 与健康对照组相比,肝癌患者血清中hsa-miR-206、hsa-miR-20a-3p、hsa-miR-411-5p、hsa-miR-122和has-miR-423水平明显升高,术后hsa-miR-206、hsa-miR-411-5p、hsa-miR-122和has-miR-423水平显著降低;hsa-miR-26a-5p、hsa-miR-455-5p、hsa-miR-30e-3p、hsa-let-7f-5p和hsa-miR-6852水平显著降低,术后hsa-miR-26a-5p和hsa-miR-455-5p水平显著回升.结论 血清miRNA可作为肝癌诊断的依据,并能反映疾病发展过程.