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糖皮质激素对晶状体上皮细胞生物学功能调控作用的生物信息学分析
编辑人员丨1天前
目的:利用生物信息学方法分析糖皮质激素对晶状体上皮细胞(LECs)生物学功能的影响,并预测相关的微小RNA(miRNA)。方法:下载GSE3040数据集,设置1 μmol/L地塞米松处理的人LECs细胞株HLE-B3细胞为实验组,1 μmol/L二甲基亚砜(DMSO)处理的HLE-B3细胞为对照组,利用GEO2R工具分析2个组间的差异表达基因。利用Metascape网站进行差异基因功能富集分析,通过EdU细胞增生实验检测2个组间细胞增生差异。通过STRING网站和cytoscape软件构建蛋白互作网络图,cytohubba app计算出hub基因,采用实时荧光定量PCR法检测2个组间hub基因的表达差异。利用mirCode数据库预测与hub基因相关的miRNA。结果:实验组与对照组间分析出341个差异基因,其中上调基因为300个,下调基因为41个。下调基因中差异最显著的5个基因是 SLC12A1、 MED13L、 ALDH5A1、 SLC15A3和 WWC1基因;上调基因中差异最显著的5个基因是 SCNN1A、 ANKRD36、 FKBP5、 PYY和 ADH1B基因。列出了富集量排名前20的生物学功能关键词,结果显示富集量最大的是对HLE-B3细胞增生的负向调节。实验组细胞增生率为(8.09±0.20)%,低于对照组的(39.63±0.80)%,差异有统计学意义( t=38.43, P<0.01)。前10位hub基因分别是 SST、 CXCL8、 GRM1、 GNRH1、 CXCL5、 PPBP、 CX3CR1、 PYY、 EDNRA和 GRK5,实时荧光定量PCR结果显示2个组间SST、CXCL8、GRM1、PYY、EDNRA和GRK5 mRNA相对表达量比较差异均有统计学意义(均 P<0.05)。与hub基因相关性强的前6位miRNA分别是miR-15abc、miR-214、miR-23abc、miR-129-5p、miR-132和miR-24。 结论:1 μmol/L地塞米松即可对HLE-B3细胞的增生产生负性调控作用。 SST、 CXCL8、 GRM1、 PYY、 EDNRA和 GRK5基因可能是糖皮质激素的作用靶点,miR-15abc、miR-214、miR-23abc、miR-129-5p、miR-132和miR-24最可能与hub基因相关。
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编辑人员丨1天前
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微小RNA-129-3p靶向E2F转录因子5对肝癌细胞恶性生物学行为的影响
编辑人员丨1天前
目的:探讨微小RNA-129-3p(miR-129-3p)通过靶向E2F转录因子5(E2F5)影响肝癌细胞增殖、迁移及侵袭的恶性生物学行为。方法:荧光定量聚合酶链反应检测不同肝癌细胞株与正常肝细胞株中miR-129-3p及E2F5的表达;构建过表达miR-129-3p的HepG2细胞株,噻唑蓝细胞增殖实验、平板克隆实验检测细胞增殖及克隆形成能力;细胞划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力,蛋白质印迹法检测蛋白表达;双荧光素酶报告基因法和蛋白质印迹法验证miR-129-3p和E2F5的靶向关系。实验分组如下:细胞未经转染(NC)组;转染对照miR-con(miR-con)组;转染miR-129-3p(miR-129-3p)组;共转染miR-129-3p和空载体pcDNA (miR-129-3p+pcDNA)组;共转染miR-129-3p和pcDNA-E2F5(miR-129-3p+pcDNA-E2F5)组。结果:肝癌细胞株MHCC-97H、HepG2、LM3、Hep3B、PLC、Huh7中miR-129-3p的表达量均低于正常肝细胞株HL-7702,差异具有统计学意义(均 P<0.05)。与NC组和miR-con组相比,miR-129-3p组的细胞克隆数[(86.56±20.84)比(511.29±45.03)和(509.78±40.81)]、细胞迁移率[(3.03±1.29)%比(15.01±2.30)%和(14.99±2.31)%]、迁移相关蛋白MMP-2相对表达量[(0.51±0.22)比(1.87±0.30)和(1.84±0.35)]和穿膜细胞数[(33.10±1.58)比(101.23±0.31)和(100.96±3.44)个]均降低,差异有统计学意义(均 P<0.05)。双荧光素酶报告实验表明miR-129-3p可负性靶向调控抑制E2F5表达。 结论:miR-129-3p在肝癌细胞中低表达,过表达miR-129-3p可通过靶向E2F5抑制肝癌细胞恶性生物学行为。
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编辑人员丨1天前
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长链非编码RNA HAGLR对乳腺癌预后的影响及其竞争性内源RNA互作网络的构建
编辑人员丨1天前
目的:探究长链非编码RNA(lncRNA)HAGLR在乳腺癌中的表达情况及其对乳腺癌预后的影响,并构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法:采用Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology网站检索HAGLR基因染色体定位及转录本表达情况。采用lnclocater网站预测HAGLR亚细胞定位。通过lnCAR数据库分析HAGLR在乳腺癌组织和癌旁组织的差异表达情况,按HAGLR表达水平,将lnCAR数据库患者分为HAGLR高表达组和HAGLR低表达组,采用Kaplan-Meier法分析两组间总生存(OS)及无转移生存情况,并通过UCSC Xena数据库进行验证。通过lnCAR数据库检索HAGLR共表达基因,将排位前200个共表达基因提交至Metascape网站,进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,构建蛋白互作网络(PPI)。采用生物信息学在线分析网站starbase预测HAGLR靶向的微RNA(miRNA)和可直接编码蛋白的mRNA,通过Cytoscape3.8软件构建HAGLR的ceRNA网络。结果:HAGLR基因定位于2q31.1,主要分布于细胞质;HAGLR在乳腺癌组织中的表达水平高于癌旁组织,差异有统计学意义( P<0.001)。对lnCAR数据库和UCSC Xena数据库分析均显示,HAGLR高表达组OS较低表达组均差(均 P<0.01);lnCAR数据库中HAGLR高表达组无转移生存较低表达组差( P=0.030)。前200个HAGLR共表达基因中与HAGLR负相关基因129个,与HAGLR正相关基因71个。KEGG通路分析显示,HAGLR与代谢通路、MAPK信号通路、JAK-STAT信号通路及癌症通路有关;GO注释分析显示,HAGLR主要富集在细胞周期、着丝粒复合体组装、有丝分裂进程、蛋白激酶结合、激酶活性的调节、细胞对DNA损伤刺激的反应等多种功能中。hsa-miR-130b-3p、hsa-miR-1245b-5p、hsa-miR-182b-5p、hsa-miR-512-3p、hsa-miR-302b-3p、hsa-miR-185b-5p、hsa-miR-106b-5p为HAGLR靶向miRNA。 结论:HAGLR在乳腺癌组织中高表达,其可能是乳腺癌预后预测的生物标志物。
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编辑人员丨1天前
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circEIF6调节miR-129-5p/TRAF6轴对胰腺癌细胞增殖、凋亡和吉西他滨敏感性的影响
编辑人员丨2024/6/15
目的:探讨环状RNA真核起始因子6(circEIF6)调节miR-129-5p/肿瘤坏死因子受体相关因子6(TRAF6)轴对胰腺癌细胞增殖、凋亡和吉西他滨(GEM)敏感性的影响.方法:将胰腺癌细胞SW1990分为对照组(正常培养)、si-NC组(转染si-NC)、si-circEIF6组(转染si-circEIF6)、si-circEIF6+inhibitor-NC组(si-circEIF6和inhibitor-NC共转染)、si-circEIF6+miR-129-5p inhibitor组(si-circEIF6和miR-129-5p inhibitor共转染);RT-qPCR检测circEIF6、miR-129-5p的表达水平;MTT法检测细胞增殖能力;流式细胞术检测细胞凋亡;免疫印迹检测TRAF6、增殖细胞核抗原(PCNA)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、半胱氨酸蛋白酶3(caspase-3)的表达;MTT法检测不同浓度GEM对细胞增殖抑制率的影响;双荧光素酶报告基因实验分别验证circEIF6和miR-129-5p、miR-129-5p和TRAF6的关系.结果:与对照组、si-NC组比较,si-circEIF6组circEIF6表达、OD490值、TRAF6、PCNA蛋白表达降低,miR-129-5p表达、细胞凋亡率、Bax、caspase-3蛋白表达升高;与si-circEIF6组、si-circEIF6+inhibitor-NC组比较,si-circEIF6+miR-129-5p inhibitor组OD490值、TRAF6、PCNA蛋白表达升高,miR-129-5p表达、细胞凋亡率、Bax、caspase-3蛋白表达降低;细胞增殖抑制率在GEM处理下以剂量依赖性的方式显著增加;与对照组比较,GEM处理下细胞的增殖抑制率、凋亡率显著升高,敲低circEIF6可提高GEM处理下细胞的增殖抑制率、凋亡率,而miR-129-5p inhibitor可减弱敲低circEIF6发挥的上述作用;circEIF6靶向负调控miR-129-5p的表达,miR-129-5p靶向负调控TRAF6的表达;双荧光素酶报告实验证实miR-129-5p与circEIF6和TRAF6存在靶向关系.结论:敲低circEIF6可能通过靶向miR-129-5p下调TRAF6表达,进而抑制胰腺癌细胞增殖、促进细胞凋亡、提高胰腺癌细胞对GEM的敏感性.
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编辑人员丨2024/6/15
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化瘀散水煎剂通过调控miR-129-5p/FOXC1轴抑制肝癌裸鼠移植瘤生长
编辑人员丨2024/4/27
目的:探讨化瘀散水煎剂通过调控微小RNA-129-5p/叉头框蛋白C1(FOXC1)轴对肝癌裸鼠移植瘤生长的影响.方法:建立肝癌裸鼠移植瘤模型,并分为裸鼠NC组、化瘀散水煎剂组、化瘀散水煎剂+ inhibitor-NC组、化瘀散水煎剂+miR-129-5p inhibitor组,每组8 只.qRT-PCR法检测miR-129-5p、FOXC1 mRNA表达水平,双荧光素酶报告基因实验验证miR-129-5p与FOXC1 靶向调控关系,观察记录裸鼠的瘤重及移植瘤体积,HE染色观察移植瘤组织形态,TUNEL检测肿瘤组织细胞凋亡,免疫组织化学染色检测瘤组织 Ki-67、Cleaved Caspase-3、FOXC1 表达,Western blot 检测 Ki-67、Cleaved Caspase-3、FOXC1 蛋白表达.结果:miR-129-5p在肝癌细胞中表达显著下降,FOXC1 mRNA表达显著升高,其中HepG2 细胞变化最显著(P<0.05);双荧光素酶报告基因实验表明miR-129-5p与FOXC1 存在靶向调控关系;与NC组相比,化瘀散水煎剂组肿瘤细胞出现坏死,凋亡数增加,miR-129-5p、Cleaved Caspase-3显著升高,移植瘤质量和体积、FOXC1、Ki-67 表达显著降低(P<0.05);下调miR-129-5p逆转化瘀散水煎剂对肝癌移植瘤的抑制作用(P<0.05).结论:化瘀散水煎剂可能通过上调miR-129-5p从而下调FOXC1 表达,进而抑制肝癌移植瘤生长.
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编辑人员丨2024/4/27
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长链非编码RNA NUTM2A-AS1靶向微小RNA-129-5p调控氧化低密度脂蛋白诱导的血管内皮细胞损伤的机制研究
编辑人员丨2024/4/27
目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)NUTM2A-AS1对氧化低密度脂蛋白(oxLDL)诱导的血管内皮细胞损伤的影响及分子机制.方法 将人脐静脉血管内皮细胞(HUVEC)在DMEM培养基中培养,采用100 μg/mL oxLDL处理的HUVEC纳入oxLDL组,常规培养的细胞纳入Con组.将lncRNA NUTM2A-AS1干扰表达载体及阴性对照、miR-129-5p模拟物及阴性对照转染至 HUVEC 后采用 100μg/mL oxLDL 处理后的细胞分别纳入 oxLDL+si-NUTM2A-AS1 组、oxLDL+si-NC 组、oxLDL+miR-129-5p组、oxLDL+miR-NC组.将lncRNA NUTM2A-AS1干扰表达载体与微小RNA(miR)-129-5p抑制剂或阴性对照共转染至HUVEC 后采用 100 μg/mL 的 oxLDL 处理的细胞分别纳入 oxLDL+si-NUTM2A-AS1+anti-miR-129-5p 组、oxLDL+si-NUTM2A-AS1+anti-miR-NC组.采用试剂盒测量细胞中丙二醛(MDA)含量、超氧化物歧化酶(SOD)和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性;采用流式细胞术检测细胞凋亡;采用蛋白质印迹法检测蛋白表达;采用双荧光素酶报告实验及RNA下拉实验检测NUTM2A-AS1与miR-129-5p的靶向关系.结果 与Con组比较,oxLDL组lncRNA NUTM2A-AS1表达水平升高,miR-129-5p表达水平降低,MDA含量升高,SOD、GSH-Px活性降低,血管内皮细胞凋亡率和cleaved-caspase3、cleaved-caspase9表达水平升高,差异有统计学意义(P<0.05).干扰lncRNA NUTM2A-AS1表达或过表达miR-129-5p后,MDA含量降低,SOD、GSH-Px活性升高,细胞凋亡率降低,差异有统计学意义(P<0.05).lncRNA NUTM2A-AS1敲低介导的oxLDL条件下血管内皮细胞的损伤抑制可以被miR-129-5p下调逆转.lncRNA NUTM2A-AS1靶向调控miR-129-5p.结论 干扰lncRNA NUTM2A-AS1表达通过靶向上调miR-129-5p抑制oxLDL诱导的血管内皮细胞损伤.
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编辑人员丨2024/4/27
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miR-129-5p通过靶向SALL4抑制肝癌细胞增殖、迁移和侵袭的实验研究
编辑人员丨2024/2/3
目的:探讨miR-129-5p在肝细胞癌(HCC)发展中的作用及其机制.方法:通过实时荧光定量-PCR(qRT-PCR)检测miR-129-5p在正常血清及肝癌患者血清、人正常肝细胞L02和人肝癌细胞系中的表达情况.采用脂质体转染技术将miR-129-5p mimics转染至人肝癌细胞HCCLM3细胞,应用Western印迹检测人类婆罗双树样基因-4(SALL4)和程序性死亡受体-配体1(PD-L1)蛋白的表达.通过CCK-8实验、克隆形成实验、细胞周期检测、细胞划痕实验和Transwell实验等检测在体外过表达miR-129-5p对肝癌细胞增殖、迁移及侵袭能力的影响.此外,通过生物信息学工具、数据库分析和荧光素酶报告基因检测实验,探索miR-129-5p在HCC中的靶点,并探讨靶点SALL4是否介导miR-129-5p对HCC细胞的作用.结果:与正常血清相比,肝癌患者血清miRNA-129-5p表达量显著降低(t=13.32,P<0.001),与LO2相比,肝癌细胞系HepG2、Hep3B、HCCLM3、BEL-7402和QGY-7703的miR-129-5p表达量均显著降低(t=30.35、33.08、37.11、32.87、8.2,均P<0.05).miR-129-5p过表达可以抑制肝癌细胞增殖、侵袭和转移.StarBase预测显示miR-129-5p与SALL4有潜在结合位点,双荧光素酶报告基因检测证明miR-129-5p与SALL4直接结合.与对照组相比,miR-129-5p表达后SALL4和PD-L1的蛋白水平明显降低(t=12.68、t=8.798,均P<0.05).miR-129-5p可以通过调控SALL4的表达,抑制HCC细胞的活力、增殖、迁移和侵袭(F=26.11、147.2、4.302、321.3,均P<0.05).结论:过表达miR-129-5p通过抑制SALL4表达,抑制肝癌细胞增殖、迁移和侵袭.
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编辑人员丨2024/2/3
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CircMATR3调节miR-129-5p/SOX2轴对鼻咽癌细胞CNE1恶性生物学行为的影响
编辑人员丨2024/1/20
目的:探讨CircMATR3调节miR-129-5p/SOX2轴对鼻咽癌细胞恶性生物学行为的影响.方法:以鼻咽癌细胞系CNE1为研究对象,将CNE1细胞分NC组、si-NC组、si-CircMATR3组、miR-NC组、miR-129-5p mimic 组、si-CircMATR3+inhibitor NC 组、si-CircMATR3+miR-129-5p inhibitor 组、si-SOX2 组.RT-qPCR 检测细胞中 CircMATR3、miR-129-5p、SOX2 mRNA 的表达;Western blot 检测蛋白表达;双荧光素酶报告实验验证CircMATR3与miR-129-5p、miR-129-5p与SOX2之间的靶向关系;克隆形成实验检测细胞克隆形成能力;Hoechst33342实验观察细胞形态学变化;Transwell小室实验检测细胞侵袭能力;流式细胞术检测细胞周期与细胞凋亡.结果:CircMATR3与miR-129-5p、miR-129-5p与SOX2之间存在靶向关系;沉默CircMATR3或过表达miR-129-5p或沉默SOX2可以抑制鼻咽癌细胞CNE1的克隆形成、侵袭和细胞周期转变,促进细胞凋亡和凋亡小体的形成;抑制miR-129-5p表达一定程度可以逆转沉默CircMATR3对于CNE1细胞的抑制作用.结论:沉默CircMATR3可以上调miR-129-5p表达,抑制SOX2表达,进而抑制鼻咽癌细胞CNE1的克隆形成、侵袭,促进细胞凋亡.
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编辑人员丨2024/1/20
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miR-129-5p靶向HMGB1对胰腺癌细胞凋亡的作用研究
编辑人员丨2023/12/30
目的:研究miR-129-5p调控HMGB1表达在胰腺癌细胞凋亡中的作用.方法:以未处理的胰腺癌SW1990 细胞作为对照组(Control组),用脂质体转染法将mimics-NC(空载体)、miR-129-5p mimics、inhibitor-NC(空载体)、miR-129-5p inhibitor分别转染SW1990细胞作为mimics-NC组、miR-129-5p 过表达组(miR-129-5p mimics组)、inhibitor-NC组、miR-129-5p 低表达组(miR-129-5p inhibitor组),通过在线靶基因预测网站Target genes预测miR-129-5p与HMGB1是否存在结合位点,双荧光素酶基因报告实验验证miR-129-5p与HMGB1的靶向关系.采用qRT-PCR检测各组细胞中miR-129-5p的表达水平,Western blot法检测HMGB1蛋白及凋亡相关蛋白Caspase-3、Bcl-2表达.Hoechst染色观察细胞凋亡变化.结果:与mimics-NC组及Control组比较,miR-129-5p mimics转染显著上调miR-129-5p水平(P<0.01),抑制HMGB1(P<0.01)、Bcl-2(P<0.05)蛋白表达,促进Caspase-3蛋白表达(P<0.05),促进细胞凋亡;与inhibitor-NC组及Control组比较,miR-129-5p inhibitor转染显著下调miR-129-5p水平(P<0.05),促进HMGB1、Bcl-2蛋白表达(均P<0.05),抑制Caspase-3蛋白表达(P<0.01),抑制细胞凋亡.双荧光素酶报告基因检测结果显示miR-129-5p可抑制野生型HMGB1 细胞的荧光活性,靶向调控HMGB1 的表达.结论:miR-129-5p通过靶向抑制HMGB1的表达进而促进胰腺癌SW1990细胞凋亡.
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编辑人员丨2023/12/30
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二氯二苯基三氯乙烷诱导人结直肠癌增殖、侵袭与miR-129/CDK-14表达的关系
编辑人员丨2023/12/9
目的 探讨二氯二苯基三氯乙烷(dichlorodiphenyltrichloroethane,DDT)诱导人结直肠癌增殖、侵袭与微小RNA-129(microRNA-129,miR-129)/细胞周期蛋白依赖性激酶-14(cyclin-dependent kinase-14,CDK-14)表达的关系.方法 5x106个/mL密度的人结直肠癌细胞分别用终浓度为0、100、250和500 nmol/L的DDT处理72 h,运用3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐[3-(4,5-dimethyl-2-thiazolyl)-2,5-diphenyl-2-H-tetrazolium bromide,MTT]法及甲基紫染色测定细胞活力的和细胞细胞集落,流式细胞仪测定细胞凋亡水平,Transwell小室(transwell chamber,Transwell)侵袭室及划痕试验测定细胞侵袭迁移水平,实时荧光逆转录(real-time fluorescent reverse transcription,RT-PCR)法及蛋白印迹法测定细胞miR-129、CDK-14、卷曲螺旋结构域-34(coiled-coil domain-34,CCDC34)、半乳糖激酶 1(Galactokinase 1,GALK1)水平.结果 100、250 和 500 nmol/L DDT 组细胞增殖水平[(70.59±7.72、76.63±8.32、84.25±9.04 vs 62.58±6.83)%]、细胞集落[(99.95± 9.58、215.63±19.85、398.96±35.26vs62.63±6.52)个]、侵袭数目[(76.25±9.58、154.62±19.51、298.96±38.57vs49.65±6.65)个]、迁移水平(75.96±14.58、119.69±20.59、165.63±32.68 vs 11.59±2.28)、CDK-14、CCDC34、GALK1 mRNA 蛋白水平明显高于对照组(P<0.01),凋亡率、miR-129水平明显低于对照组(P<0.01);且500 nmol/L DDT组细胞增殖水平、细胞集落、侵袭数目、迁移水平、CDK-14 mRNA 蛋白[(1.60±0.28、2.14±0.33、2.99±0.51 vs 0.92±0.16),(0.42±0.07、0.85±0.14、1.20±0.20 vs 0.21± 0.03)]、CCDC34(0.48±0.08、0.87±0.15、1.18±0.18 vs 0.28±0.07)、GALK1(0.50±0.09、0.84±0.14、1.22±0.19 vs 0.30±0.08)蛋白水平均高于 250 nmol/L DDT 组,差异均有统计学意义(均 P<0.01),凋亡率(1.70±0.31、1.00±0.16、0.60±0.11 vs 3.00±0.51)、miR-129(1.42±0.24、0.92±0.15、0.64±0.10 vs 1.78±0.28)水平均低于 250 nmol/L DDT组,差异均有统计学意义(均P<0.01);250 nmol/L DDT组细胞增殖水平、细胞集落、侵袭数目、迁移水平、CDK-14、CCDC34、GALK1 mRNA蛋白水平均高于100 nmol/L DDT组,差异均有统计学意义(均P<0.01),250 nmol/L DDT组细胞凋亡率、miR-129水平均低于100 nmol/L DDT组,差异均有统计学意义(均P<0.01);DDT浓度与细胞增殖水平、细胞集落、侵袭数目、迁移水平、凋亡率、miR-129水平、CDK-14、CCDC34、GALK1 mRNA蛋白水平有明显剂量-反应关系(P<0.01).结论 DDT下调miR-129表达靶向上调调控CDK-14以及CCDC34、GALK1的表达,从而促进结直肠癌细胞的增殖和侵袭,并抑制其凋亡.
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编辑人员丨2023/12/9
