目的:探讨食管癌患者食管微生态状况，并比较其与健康人群食管菌群的差异。方法:选择2018年7月至2019年7月在十堰市太和医院就诊的82例食管癌患者和同期年龄、性别相匹配的20名健康对照者，30份食管癌病理组织根据分化程度分为低分化(8份)、中分化(9份)和高分化(13份)。采集食管癌患者和健康对照者的食管组织样本，提取样本DNA，对细菌16S rRNA V4区域行PCR扩增。运用Illumina HiSeq 4000测序平台测序，行α多样性分析和主坐标分析(PCoA)，采用线性判别分析效应量(LEfSe)的线性判别分析(LDA)值筛选差异物种，ROC曲线验证随机森林模型，BugBase数据库预测食管细菌表型。采用非参数Kruskal-Wallis H检验和Wilcoxon秩和检验进行统计学分析。 结果:食管癌患者Chao1指数高于健康对照者[362.51(284.29，646.13)比284.83(244.31，344.74)]，差异有统计学意义( Z＝-2.857， P＝0.004)。PCoA显示食管癌患者和健康对照者样本间距离较近，两者微生态菌群构成差异无统计学意义( P>0.05)。食管癌患者食管蓝藻菌门和疣微菌门的丰度均高于健康对照者(0.2%比0.1%、0.4%比0)，而食管变形菌门、 SR1菌门和 TM7菌门的丰度均低于健康对照者(21.9%比34.2%、0.1%比0.2%和0.2%比0.5%)，差异均有统计学意义( Q＝0.090、0.077、0.010、0.026、0.001， P均<0.05)。低分化，中分化和高分化食管癌患者食管梭状芽孢杆菌纲、梭状芽孢杆菌目、巴斯德氏菌目、巴斯德氏菌科、埃肯菌属、放线杆菌属和嗜血杆菌属的相对丰度分别为28.3%、24.2%和17.0%，28.3%、24.2%和17.0%，3.2%、0.3%和5.0%，3.2%、0.3%和5.0%，0、1.5%和0.1%，0.5%、0和0.7%，1.3%、0.2%和3.9%，比较差异均有统计学意义( Q＝0.579、0.557、0.390、0.711、0.768、0.768、0.768， P均<0.05)。LEfSe分析显示，食管癌患者梭杆菌目、瘤胃球菌属、气味杆菌属和S24_7科的丰度均高于健康对照者(21.5%比11.7%、0.5%比0.1%、0.1%比0、0比0)，差异均有统计学意义(LDA值＝2.591、2.379、2.790、2.927， P均<0.05)。ROC曲线证实随机森林模型可靠，AUC值为0.92。BugBase数据库预测显示，食管癌患者生物膜形成、致病潜力、移动元件、氧需求(厌氧菌、需氧菌、兼性菌)和氧化胁迫耐受食管细菌表型较健康对照者更丰富( P均<0.05)。 结论:食管癌患者的食管菌群发生改变，梭杆菌目、瘤胃球菌属、气味杆菌属和S24_7科可作为潜在的菌群标志物。

目的:基于生物信息学方法筛选胃癌内质网应激（ERS）特征相关差异表达基因并构建预后风险模型。方法:从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中获取375例胃癌和32例癌旁组织样本的转录组测序数据（RNA-seq）及相应临床信息作为训练集样本；从基因表达综合（GEO）数据库中下载387例胃癌患者数据（GSE84437）作为验证集样本；数据获取时间均为2021年12月25日。从GeneCards数据库中获取785个ERS特征相关基因（ERS-RG）。分析TCGA数据库中胃癌组织与癌旁组织之间差异表达基因。将鉴定出的胃癌差异表达基因与GeneCards数据库中ERS-RG取交集，得到胃癌ERS特征相关差异表达基因，对其进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。采用单因素Cox比例风险模型筛选具有预后价值的胃癌ERS特征相关差异表达基因，进行LASSO回归分析，构建多基因预后风险模型，计算预后风险评分。根据预后风险评分的中位数（2.369），将训练集和验证集中患者分别分为高风险组与低风险组；采用Kaplan-Meier生存分析比较两组患者总生存（OS），并绘制时间依赖的受试者工作特征（ROC）曲线；根据胃癌预后独立影响因素绘制列线图。通过基于反卷积的CIBERSORT算法分析两组间特征免疫细胞浸润丰度。利用颗粒酶A和穿孔蛋白1表达量的几何平均值计算细胞溶解活性评分。根据预后风险评分中位数（2.369）与肿瘤突变负荷（TMB）中位数（3.000），将胃癌患者分为高风险评分-高TMB组、高风险评分-低TMB组、低风险评分-高TMB组与低风险评分-低TMB组，比较各组患者OS。结果:共得到444个胃癌ERS特征相关差异表达基因，包括168个下调基因和276个上调基因；主要富集在内质网中的蛋白加工、细胞外基质（ECM）受体相互作用以及未折叠蛋白反应等生物过程（均 P<0.05）。单因素Cox回归分析共筛选出12个与预后相关的胃癌ERS特征相关差异表达基因。进行LASSO回归分析，得到预后风险评分＝0.052×NOS3+0.137×PON1+0.067×CXCR4+0.131× MATN3+0.116× ANXA5+0.090×SERPINE1。Kaplan-Meier分析结果表明，训练集与验证集中低风险组OS均优于高风险组（均 P<0.01）。时间依赖ROC曲线分析结果显示，训练集中患者3、5、8年OS率的AUC分别为0.695、0.786、0.698；验证集中3、5、8年OS率的AUC分别为0.580、0.625、0.627。多因素Cox回归分析结果显示，预后风险评分（ HR＝3.598，95% CI 2.290~5.655， P<0.001）和肿瘤分期（ HR＝1.344，95% CI 1.057~1.709， P<0.05）是胃癌预后的独立影响因素。TCGA数据库375例胃癌患者中，高风险组ATF6、HSPA5、XBP1和ATF4等相关蛋白的表达水平均高于低风险组（均 P<0.05）；CIBERSORT结果显示，高风险组活化的CD4记忆T细胞丰度低于低风险组，M0和M2型巨噬细胞丰度均高于低风险组（均 P<0.05）。高风险组常见免疫检查点（CD274、CTLA4、TNFRSF9、TIGIT、PDCD1、LAG3）的表达水平均高于低风险组（均 P<0.05）。高风险组患者的细胞溶解活性评分高于低风险组患者（ P<0.05）。预后风险评分与TMB呈负相关（ r＝-0.20， P<0.001）。低风险评分-高TMB组患者OS最好，高风险评分-低TMB组OS最差（均 P<0.001）。 结论:基于6个胃癌ERS特征相关差异表达基因的预后风险评分模型，其预后风险评分可能作为独立预后因素有效预测胃癌患者的预后。

目的:评价人类肠道 Dorea菌在属、种水平对肥胖患者糖代谢异常的作用及预测价值。 方法:本研究纳入体重指数(BMI)≥30 kg/m 2的肥胖患者113例，招募正常对照人群105例，采用横断面研究方法比较肥胖合并不同程度糖代谢异常患者以及正常对照人群的临床指标，肠道 Dorea菌属、种水平差异。相关性分析探索肠道 Dorea菌属与临床代谢指标的相关性，使用受试者工作(ROC)曲线分析评估人体肠道 Dorea菌属在属、种水平的丰度对肥胖患者发生糖代谢异常的早期筛查及预测能力。 结果:(1) ANOVA分析显示肥胖组代谢相关临床指标明显高于体重正常的对照组。按糖耐量分层分析，糖尿病患者与糖耐量受损及糖耐量正常人群的体重、BMI、腰臀比均无显著性差异。(2)肥胖人群肠道 Dorea菌属、 Dorea formicigenerans丰度显著高于正常对照人群，但在肥胖合并糖耐量受损及糖尿病患者中 Dorea formicigenerans丰度低于肥胖糖耐量正常人群。肥胖人群中进行相关性分析显示，人类肠道 Dorea formicigenerans与口服葡萄糖耐量试验(OGTT)2 h血糖、HbA 1C呈负相关，与HOMA-β呈正相关。 Logistic回归分析显示，校正年龄、性别等混杂因素后， Dorea formicigenerans菌种是肥胖患者糖代谢异常的独立保护因素。(3) ROC曲线分析显示，对总体肥胖人群而言， Dorea formicigenerans对糖代谢异常发生的筛选能力AUC值为0.73。 结论:Dorea菌属、 Dorea formicigenerans菌种是肥胖患者糖代谢的保护因素，对肥胖患者合并糖代谢异常具有良好预测能力。可用于早期筛查和监测．

目的:应用生物信息学方法筛选骨关节炎(OA)滑膜组织中差异表达细胞焦亡基因及潜在治疗药物。方法:GEO55235数据集中获取细胞焦亡相关差异表达基因(PRDEGs)，并对其进行富集分析、聚类分析和免疫浸润分析。使用蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)识别关键基因，采用受试者特征曲线(ROC)分析关键基因诊断价值，利用Coremine Medical数据库筛选靶向关键基因的化合物和中药。最后，荧光实时定量聚合酶联反应(qRT-PCR)验证关键基因在正常和OA滑膜组织中的表达差异，并采用独立样本 t检验比较其差异。 结果:GEO55235数据集中共筛选获得13个差异表达细胞焦亡基因，其主要富集细胞程序性死亡、免疫调控、炎性反应等生物学过程以及肿瘤坏死因子(TNF)、核因子-κB(NF-κB)和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路。此外，13个PRDEGs的表达与免疫细胞浸润密切相关，两种OA滑膜组织亚型之间免疫细胞丰度存在明显差异。PPI和ROC曲线分析提示含PYD和CARD域蛋白(PYCARD)是OA滑膜组织中的关键焦亡基因，具有较好的诊断价值。Coremine Medical数据库中筛选到多种可作用于PYCARD基因的化合物和中药。qRT-PCR结果表明，PYCARD在OA组(2.690±1.355)的表达高于正常组(1.039±0.400， t＝3.050， P<0.05)。 结论:滑膜细胞焦亡与OA发生密切相关，其中PYCARD基因可能是一种诊断和治疗OA滑膜炎症的标志物和靶点。

目的 探讨病理性黄疸新生儿与健康新生儿肠道菌群丰度的差异及其与临床指标的相关性,评估肠道菌群丰度在病理性黄疸新生儿诊断中的价值.方法 选取2022年9月-2023年6月宁波大学附属第一医院新生儿科收治的60例病理性黄疸新生儿为黄疸组,选取同期在该院体检的健康新生儿80例作为对照组.收集两组新生儿一般资料并采集静脉血进行临床检测.采集两组新生儿粪便并使用高通量16S rRNA基因测序技术检测两组新生儿粪便样本中菌群RNA,分析肠道菌群α多样性[Chao指数、Shannon指数、Simpson指数],采用Pearson法分析临床指标与健康、病理性黄疸新生儿肠道菌群失调的相关性.采用受试者工作特征(ROC)曲线分析新生儿肠道菌群丰度与临床指标对病理性黄疸的诊断价值.结果 黄疸组高敏C反应蛋白(hs-CRP)、一氧化碳血红蛋白(CoHb)、白细胞计数(WBC)、血红蛋白浓度(HGB)、红细胞压积(HCT)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)、γ-谷氨酰转肽酶(γGT)、总胆红素(TBIL)、直接胆红素(DBIL)水平均高于对照组(P＜0.05).两组新生儿红细胞计数(RBC)、中性粒细胞计数(NE)、血红蛋白(Hb)、血小板计数(PLT)、血小板压积(PCT)比较,差异均无统计学意义(P＞0.05).两组新生儿肠道菌群Shannon指数、Simpson指数、Chao指数比较,差异均无统计学意义(P＞0.05).黄疸组普拉梭菌属、柠檬酸杆菌属丰度高于对照组(P＜0.05).两组新生儿肠道埃希菌属、葡萄球菌属、克雷伯菌属、双歧杆菌属丰度比较,差异均无统计学意义(P＞0.05).Pearson相关性分析显示,病理性黄疸组新生儿hs-CRP、CoHb、WBC、ALT、γGT、TBIL、DBIL 水平与肠道菌群普拉梭菌属呈正相关(r=0.280、0.330、0.375、0.160、0.229、0.470 和 0.449,均P＜0.05),HGB、HCT、AST与肠道菌群普拉梭菌属无相关性(r=0.161、0.091和0.074,均P＞0.05).hs-CRP、CoHb、WBC、HGB、ALT、γGT、TBIL、DBIL水平与肠道菌群柠檬酸杆菌属呈正相关(r=0.360、0.394、0.475、0.246、0.223、0.256、0.581 和 0.542,均 P＜0.05),HCT、AST 与肠道菌群柠檬酸杆菌属无相关性(r=0.148和0.118,均P＞0.05).ROC曲线分析结果显示,联合诊断效能最高,其曲线下面积为0.959(95％CI:0.926,0.992),敏感性为 95.0％(95％CI:0.861,0.990),特异性为 95.1％(95％CI:0.877,0.986).结论 证实了病理性黄疸新生儿肠道菌群丰度与多样性的变化,其与血清胆红素水平有相关性.肠道菌群的丰度及多样性作为生物标志物,可能对病理性黄疸的早期诊断和治疗具有重要价值.

目的 探讨煤矿粉尘接触人群咽部菌群分布情况.方法 采用判断抽样法,选择从事职业性粉尘接触工作20年以上的8名煤矿工人为接尘组,以工作中不接触粉尘的4名煤矿工人为对照组.采用咽拭子采集2组人群的咽拭子,提取咽部菌群,采用16sRNA基因高通量测序技术进行基因测序,分析菌群的多样性、菌群丰度和均匀度.结果 对照组人群的咽部菌群组成的操作分类单元有254个,较接尘组多210个.与对照组比较,接尘组人群咽部菌落的Chao1指数、Shannon指数、PD-tree指数和Pielou指数均降低(P值均＜0.01).在门水平上,接尘组人群咽部拟杆菌门和梭杆菌门丰度均高于对照组(P值均＜0.05);在属水平上,与对照组比较,接尘组人群咽部普氏菌属、奈瑟菌属和单胞菌属等丰度均增高(P值均＜0.05),乳杆菌属丰度降低(P值＜0.05).受试者工作特征曲线分析结果显示,乳杆菌属、梭杆菌属和罗氏菌属对接尘工人咽部菌群失衡有较高的预测价值,曲线下面积均为1.00+0.00.结论 煤矿粉尘接触人群咽部菌群物种多样性和菌群均匀度均降低,可能与煤尘的持续吸入扰乱了人体咽部的微生物环境有关.

目的:基于生物信息学探讨蛋白磷酸酶-1催化亚基β（PPP1CB）在结直肠癌（CRC）中的表达、预后、功能富集、免疫浸润及药物敏感性分析。方法:分别从癌症基因组图谱（TCGA）和GEO数据库GSE41258下载CRC转录组及相应临床数据。根据PPP1CB表达中位数分组，确定两组间临床数据的差异情况。利用R语言survminer包分析PPP1CB高低表达组间的生存差异；对PPP1CB表达与临床特征进行单因素和多因素Cox回归分析，筛选出影响肿瘤进展的独立预后因素；基于独立预后因素构建预测预后情况的列线图，并通过矫正曲线和ROC对模型进行内外部评估；采用R语言limma包对PPP1CB高低组进行差异分析，在DAVID数据库中进行差异表达基因（DEGs）的功能富集分析；采用R语言cibersort包进行免疫浸润丰度的评估；利用OncoPredict包进行药物敏感性预测。两组间比较采用独立样本t检验，分类变量间比较采用卡方检验。结果:与正常组比较，PPP1CB在肿瘤组中表达降低（P < 0.001）；其低表达与患者预后不良相关（P = 0.021），在M0-1和N1-2亚组的生存分析中也得到相似结果（P = 0.012，P = 0.024）。ROC曲线下面积为0.746，提示其具有良好的诊断价值。单因素和多因素Cox回归分析结果显示，PPP1CB、年龄、T分期、N分期以及M分期可作为CRC的独立预后因素。模型的矫正曲线拟合度良好，1、3和5年的ROC曲线下面积均大于0.75。在PPP1CB高低表达组中，共有303个DEGs，其中297个基因表达增加，6个基因表达降低。功能富集分析显示，该差异基因主要富集在细胞周期、细胞肌动蛋白骨架调节等多个通路。免疫细胞浸润结果显示，在两组之间存在6种免疫细胞的表达差异，其中与Treg细胞相关性最高为- 0.416。OncoPredict包进一步筛选出9种可能针对CRC的治疗药物。结论:PPP1CB在CRC发生发展中可能扮演关键的抑癌基因角色，为CRC患者靶向治疗提供新的潜在靶点。

为评估人工鱼礁的生态修复效果和礁龄对大型底栖动物群落结构和功能性状的影响,本研究于2019年5月、8月和10月对莱州湾芙蓉岛海域2种不同礁龄的人工鱼礁区开展了调查.3个季度共鉴定出大型底栖动物120种,其中,对照区72种,短礁龄(投放时间为1年)礁区74种,长礁龄(投放时间为4-5年)礁区80种.哈氏和美虾为各区域的主要优势种.研究区域内大型底栖动物群落的生物量、丰度、Shan-non 多样性指数和Margalef丰富度指数均表现为长礁龄礁区＞短礁龄礁区＞对照区,其中,长礁龄礁区的生物量和丰度显著大于其他两个区域.鱼礁区和对照区大型底栖动物群落的功能性状组成和相对丰度存在差异,但各区域优势性状类型保持一致,分别为沉积食性、埋栖型、中等个体大小、中等寿命、高身体柔韧度和底内生活型.各区域大型底栖动物群落性状的差异主要表现在摄食、栖息方式、个体大小方面.鱼礁区中较小个体(1～3 cm)和悬浮物食性物种的相对丰度高于对照区,而肉食食性物种低于对照区,且随着礁龄的增加,这一效应更加明显.就功能多样性而言,鱼礁区显著高于对照区,就功能冗余而言,二者无显著差异.丰度/生物量比较曲线和海洋生物指数分析结果显示,该海域的底栖生境质量较好,鱼礁投放1年后,大型底栖动物群落受到轻微扰动,鱼礁投放4-5年后,大型底栖动物资源养护效果和底栖生境质量明显提高.

2017年7月至2021年2月对浔江鱼类资源进行调查(每月调查一次),以定制刺网、虾笼和钓钩为主要作业网具,结合相对重要性指数、鱼类丰度生物量比较(ABC)曲线、相似性分析、非度量多维尺度分析、生态网络和零模型等分析方法,探讨广西大藤峡大坝蓄水对浔江鱼类群落的影响.调查期间共采集鱼类77种,隶属7目19科63属.卷口鱼(Ptychidio jordani)、赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)、鲤(Cyprinus carpio)、粗唇(危)(Leiocassis crassilabris)的相对重要性指数(IRI)值为 850.59-2347.23,表明它们是浔江优势种.大藤峡大坝蓄水后浔江鱼类群落发生了一系列变化:(1)鱼类群落相似性聚类分析显示,各年度间鱼类群落相似度均大于59.73％,总体呈现出时间相隔越远群落相似性越低的趋势.此外,鱼类种类数由69种下降为51种;(2)河江鱼类群落受干扰程度随着时间的推移而增加,鱼类丰度生物量比较曲线(ABC曲线)W值由0.052降至-0.004.此外,基于浔江鱼类所构建的生态网络集散节点数不断减少,结构趋向于简单化,生态网络稳定性减弱;(3)基于时间生态位研究结果表明鱼类种间竞争加剧,时间生态位重叠增幅最大的种对是罗非鱼sp-东方墨头鱼以及卷口鱼-鲫等生态习性相近鱼类.(4)基于时间生态位重叠指数构建的零模型结果揭示了浔江鱼类群落构建取决于环境因素,大坝蓄水后浔江鱼类群落向竞争主导的随机分布发展格局转变.综上所述,大藤峡大坝蓄水对浔江鱼类群落产生较大的影响,亟需采取相应的保护措施.研究为后续浔江鱼类资源的保护和恢复工作以及大藤峡大坝运行的建议提供理论基础.

为探究湖滨带生态廊道建设对湖泊近岸带水生生物群落分布及多样性的影响,研究比较了洱海湖滨带生态廊道建设前后不同类型湖湾(S型和L型)鱼类群落结构的变化,结果表明:(1)生态廊道建设导致S型湖湾鱼类优势度降低,而L型湖湾增加;(2)生态廊道建设后L型湖湾鱼类多样性指数增加明显,其中H'指数在生态廊道建设前后显著差异(P＜0.05);S型湖湾多样性指数下降;(3)S型湖湾鱼类密度较建设前下降而生物量增加,主要是中大型鱼类丰度增加;而L型湖湾的小型鱼类丰度增加;鱼类生物量丰度ABC曲线结果显示S型湖湾建设后为中度干扰,而L型湖湾建设后为轻度干扰,鱼类群落结构更加稳定;(4)环境因子RDA分析显示,影响S型湖湾和L型湖湾鱼类生物量的环境影响因子均为水体透明度、pH和水深,且优势鱼类影响最大的均为鲢.综上,洱海生态廊道建设对S型湖湾鱼类群落结构影响较大,导致了鱼类结构组成的快速改变,建议生态廊道建设以L型湖湾改造为主.研究为鱼类多样性保护及生境恢复提供理论依据.