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基于生物信息学和机器学习算法鉴定PDR铁死亡关键基因
编辑人员丨4天前
目的::联合生物信息学分析方法和机器学习算法筛选增殖性糖尿病视网膜病变(PDR)中铁死亡关键基因和治疗靶点。方法::从GEO数据库和FerrDb数据库中下载PDR转录组测序数据集、基因芯片数据集和铁死亡相关基因列表;筛选出铁死亡相关差异基因并行功能富集分析;通过WGCNA分析方法筛选PDR中铁死亡相关疾病特征基因;综合LASSO算法与SVM-RFE算法筛选出铁死亡关键基因并通过受试者工作特征曲线评估诊断能力;对铁死亡关键基因行GSEA分析;通过DGIdb数据库构建铁死亡关键基因的药物调控网络;应用CIBERSORT算法分析PDR中免疫细胞浸润分布特征。组间比较采用独立样本 t检验或Mann-Whitney U检验。Pearson相关分析用于不同基因模块与临床性状之间的相关性分析。 结果::从3 678个差异基因中筛选出83个铁死亡相关差异基因。功能富集分析结果显示,这些基因参与铁死亡、长寿调节、自噬等信号通路。通过WGCNA分析方法从中筛选出17个铁死亡相关疾病特征基因。联合LASSO算法与SVM-RFE算法从17个疾病特征基因中筛选出3个铁死亡关键基因为PPARA、ABCC5、TSC1,并证明这些基因有很高的诊断效能。单基因GSEA分别展示了3个关键基因高低表达组中富集到的信号通路。从DGIdb数据库中筛选出20个相关药物并构建3个关键基因的药物调控网络。CIBERSORT结果显示,M1巨噬细胞、中性粒细胞等在PDR样本中浸润程度较高。结论::本研究分析鉴定出PDR中3个铁死亡关键基因,为进一步研究PDR的病理分子机制和诊断治疗靶点提供了新的思路与参考。
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编辑人员丨4天前
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分选蛋白17对胰腺癌细胞生物学性状的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨分选蛋白(SNX)17通过激活表皮生长因子受体(EGFR)影响胰腺癌细胞侵袭、增殖和迁移能力。方法:采集3例人胰腺癌组织及癌旁组织样本,自2021年1月至2021年3月收集于贵州医科大学附属医院肝胆外科,用免疫组织化学(IHC)染色检测癌组织与癌旁组织中SNX17的表达量。用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)技术检测胰腺癌细胞系中SNX17的相对表达量;用空siRNA以及两种敲低SNX17的小干扰RNA(siRNA)分别转染上述细胞,分组为NC组、SNX17-si1组和SNX17-si2组。通过细胞计数试剂盒(CCK-8)、平板克隆实验检测胰腺癌细胞的增殖能力,Transwell及划痕实验检测胰腺癌细胞迁移能力。蛋白质印迹法(Western blot)检测在SNX17敲低的癌细胞中EGFR以及细胞外调节激酶(ERK)的相对表达量差异。最后在胰腺癌细胞中共转染siRNA以及EGFR的过表达质粒进行功能回复实验(分组为NC组、SNX17-si1组、EFGR-overexpression+SNX17-si1组),组间比较采用 t检验,组内两两比较采用LSD- t检验。 结果:免疫组织化学检测结果显示癌组织中SNX17相对表达量高于癌旁组织(5.750±1.323, t=4.345, P<0.05),差异有统计学意义。RT-qPCR发现在胰腺癌细胞系中,人胰腺癌细胞-2(MIA PaCa-2,19.240±2.048、 t=8.844, P<0.05)和人胰腺癌细胞-1(PANC-1,5.796±1.256, t=3.712, P<0.05)细胞中SNX17相对表达量显著高于其他胰腺癌细胞系,差异有统计学意义。CCK-8实验技术结果显示,SNX17-si1组、SNX17-si2组低于NC组吸光度值(0.707±0.059比0.346±0.075比1.109±0.052比0.602±0.047, t=12.060、4.642、21.440、12.750, P<0.01),差异有统计学意义。平板克隆结果显示转染组细胞集落数减少。划痕实验结果显示敲低SNX17降低细胞的侵袭能力。Transwell迁移实验结果显示,SNX17-si1组、SNX17-si2组单位视野穿过的细胞数低于NC组[(666.300±14.400)个比(574.300±10.800)个比(129.300±4.300)个比(93.700±3.100)个, t=46.260、53.220、29.850、15.450, P<0.01],差异有统计学意义。而侵袭实验结果表示,SNX17-si1组、SNX17-si2组单位视野穿过的细胞数低于NC组[(137.5±20.1)个比(100.8±17.4)个比(324.5±7.9)个比(289.8±10.2)个, t=6.836、5.807、41.020、28.430, P<0.01],差异有统计学意义。Western blot检测结果显示,SNX17-si1组与SNX17-si2组EGFR的相对表达量低于NC组(0.477±0.032比0.278±0.042比0.853±0.053比0.826±0.050, t=14.920、6.640、16.130、16.430, P<0.01),差异有统计学意义。在回复实验中,CCK-8、Transwell实验及划痕实验证明共转染EGFR-overexpression+SNX17-si1逆转敲低SNX17所导致的胰腺癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的降低。最后用Western blot结果表明,共转染组比较单独转染SNX17-si1的组别,EGFR的相对表达量分别增高(0.712±0.010、 t=70.220, P<0.05;1.002±0.027、 t=37.580, P<0.05),差异均有统计学意义。 结论:SNX17通过影响EGFR促进胰腺癌细胞MIA PaCa-2和PANC-1的增殖、侵袭、迁移能力。
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编辑人员丨4天前
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基于种内与种间性状变异的放牧过滤作用及其尺度效应
编辑人员丨4天前
放牧是草原生态系统最主要的人为干扰因素,也是草原群落构建的重要"外部"过滤因子.然而,关于放牧强度对草原群落构建的作用机制,尤其是在这一过程中种内性状分化和种间性状差异的相对作用目前的了解还比较有限.为此,该研究利用在内蒙古典型草原建立的长期放牧控制实验平台,采用土芯法(环刀)取样,系统分析了植物群落地上(株丛、叶片)和地下(根系)性状对放牧的响应.通过环刀-小区和小区-样地两个推绎尺度,研究了基于种内与种间性状变异的放牧强度过滤作用.研究结果表明:(1)随着放牧强度的增加,大多数地上性状的种内和种间变异呈增加趋势,而根系性状的种内和种间变异则显著降低.(2)随着放牧强度的增加,在环刀尺度上,基于地上性状的种内变异和种间差异的放牧过滤强度先增大后减小,在中度放牧时达到最大;然而基于地下性状的种内变异和种间差异的放牧过滤强度逐渐增加.在小区尺度上,基于地上性状的种内变异和种间差异的放牧过滤强度呈线性降低趋势;而基于地下性状种内变异的放牧过滤强度增加,基于种间差异的放牧过滤强度减弱.(3)随着空间尺度增大,放牧强度对草原群落构建的影响由基于种间性状差异的过滤作用逐渐转变为基于种内性状变异的过滤作用,此过程受土壤水分和养分的调控.这些研究结果为深入揭示放牧对草原群落构建的调控机制提供了科学依据,也为正确理解长期放牧导致的植被景观异质性和尺度效应评估提供了重要参考.该研究中叶片和根系性状主要考虑了结构性状,因此具有一定的局限性,未来研究可结合叶片和根系碳氮含量等化学性状指标,以全面理解放牧对植物地上、地下性状变异的调控机制.
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编辑人员丨4天前
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穿刺置管引流治疗腔镜腹股沟疝全腹膜外修补术后膀胱损伤1例
编辑人员丨4天前
患者男,86岁,因“腔镜腹股沟疝修补术后切口疼痛4 d,血尿1 d”入院。既往曾行“经尿道前列腺电切术、膀胱造瘘术”。查体:下腹部压痛,右侧腹股沟区局限性隆起。彩超示右侧腹股沟区包裹性积液,少量腹腔积液。立即行彩超引导下穿刺抽液,抽出酱油样液体约400 ml,留置导尿,尿液性状同穿刺液,给予预防感染、营养支持、口服治疗前列腺增生药物等治疗。入院第3、5天2次彩超引导下穿刺抽液,每次抽液约50 ml,性状基本同前。第7天行泌尿系CT动态增强示膀胱前壁破口约6 mm×4 mm(图1)。第17天复查CT提示积液量变化不明显,遂行彩超引导下积液穿刺置管术,后多次复查彩超见腹膜前积液逐渐减少至消失。第35天穿刺引流管脱出,继续留置导尿。第44天膀胱逆行造影CT示膀胱前壁破口约2 mm,积液较前明显减少。第59天膀胱逆行造影CT示造影剂无外漏,积液基本吸收(图2),间断夹闭尿管锻炼膀胱功能3 d,复查彩超无积液后拔除尿管,排尿顺畅,血肌酐正常,第65天出院。术后随访1个月恢复良好,无疝复发、补片感染及排尿异常等。
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编辑人员丨4天前
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不同喉功能保留术式患者吞咽康复早期进食性状情况的研究
编辑人员丨4天前
目的:研究不同喉功能保留术患者吞咽康复早期进食食物性状的变化。方法:收集宁波市医疗中心李惠利医院2019年1月至2020年3月行喉功能保留术的喉癌下咽癌患者,采用纤维内镜吞咽检查(FEES)结合误吸评分量表(PAS),前瞻性观察患者在试进食早期进食固体、糊状、流质3种不同性状食物的误吸、误侵情况。结果:69例患者中喉垂直部分切除术21例,部分咽部分喉切除术19例,术后15 d该2组患者对固体与糊状食物适应性评分分别为(1.14±0.36)、(1.29±0.56)分和(2.53±2.04)、(2.84±2.31)分,Friedman M检验进行3种食物性状适应性比较差异有统计学意义( M值为23.463、22.227, P<0.01),流质食物适应性评分为(2.10±1.09)、(4.42±2.24)分,流质与固体和糊状的成对比较差异有统计学意义( t值为-0.976~1.105, P<0.05);术后20 d该2组术式对3种食物性状适应性比较差异无统计学意义( P>0.05)。喉环状软骨上喉部分切除-环舌骨会厌吻合术(SLCP-CHEP)17例、喉声门上水平部分切除术12例,术后15 d该2组患者对3种食物性状适应性评分分别为(4.65±1.90)、(5.59±1.46)、(6.53±1.13)分和(6.67±1.07)、(4.50±2.07)、(6.92±0.79)分, M检验差异均有统计学意义( M值为29.525、22.136, P<0.01);术后20 d该2组术式中固体和糊状食物的成对比较差异无统计学意义( P>0.05),流质与固体和糊状比较差异均有统计学意义( t值为-1.375~-0.853, P<0.05)。 结论:喉功能保留术患者的早期康复中垂直组和部分咽部分喉切除术组对固体和糊状食物适应性较好,水平组对糊状适应性较好,CHEP组对固体适应性较好,4组对流质的适应性均最差,且CHEP组与水平组对流质的康复需要更长时间。了解不同术式患者在试进食早期对食物性状的适应性,有助于实施针对性的康复方案,开展逐步递进式饮食训练,降低康复周期内误侵、误吸、吸入性肺炎等并发症。
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编辑人员丨4天前
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全自动凝血分析仪凝血酶时间自动检测失败原因与应对措施分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨全自动凝血分析仪(凝固法)检测凝血酶时间(TT)失败原因,并结合临床制定应对策略。方法:选取2021年1至6月北京大学第一医院住院部21 359份TT检测血液样本中检测失败的样本233份,其中男132例,女101例,年龄73(66,79)岁。根据全自动凝血分析仪显示凝固曲线及检测失败错误代码,结合患者临床信息、样本性状、用药情况等原因进行检测失败原因分析,并制定应对措施。选取2021年7至11月北京大学第一医院住院部96份TT检测失败的脂血样本作为验证样本,男56例,女40例,年龄72(65,79)岁;分别采用凝固曲线人工判读法、磁珠法、高速离心后再检测3种方法获得TT结果,比较3种方法检测TT结果的差异。结果:233份TT检测失败样本占总样本数的1.1%(233/21 359);其中脂血样本占41.2%(96/233),肝素干扰样本占23.2%(54/233),患者使用口服抗凝药样本占22.3%(52/233),样本存在微小凝块或血浆量不足现象占13.3%(31/233)。仪器所示凝固曲线报警信息分类:基线期吸光度变化值增大(SD>2 mAbs)样本占32.6%(76/233),二阶导数无峰值样本占30.5%(71/233),反应过程吸光度变化值(基线期与平台期吸光度差值)<35 mAbs样本占25.8%(60/233),起始点过低及无法找到起始点样本占8.6%(20/233),无凝固曲线样本占2.6%(6/233)。233份样本中,依据反应原理及标准凝固曲线图形可以进行人工判读样本占55.8%(130/233)。96份因脂血导致凝固法检测失败的样本中,78份样本量充足,可进行磁珠法检测。高速离心后再测法、凝固曲线人工判读法与磁珠法检测TT结果分别为14.10(14.80,13.38)、14.30(14.99,13.60)、15.65(17.25,14.65)s,差异无统计学意义( P=0.055)。78份脂血样本磁珠法检测结果与凝固曲线人工判读法检测结果具有相关性( r=0.99, P=0.001)。 结论:全自动凝血分析仪(凝固法)检测TT失败的样本可通过凝固曲线与报警信息分析失败原因;对于脂血样本可通过人工判读、高速离心后再测或磁珠法获得TT结果。
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编辑人员丨4天前
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改良反射弧重建术治疗脊髓损伤后痉挛性膀胱功能障碍的疗效
编辑人员丨4天前
目的:探讨改良反射弧重建术治疗脊髓损伤后痉挛性膀胱功能障碍的初步疗效。方法:对2例脊髓损伤后痉挛性膀胱功能障碍的患者行改良反射弧重建,在硬膜外切断并吻合一侧S1和S2及S3前根,对侧行S1和S2前根转位吻合,保留S3前根完整。观察术前及术后大小便情况、尿动力情况及自主神经过反射情况并进行分析。结果:2例患者术后1个月尿动力检测均有明显好转,最大膀胱容量较术前均值增加了1.22倍,膀胱内压下降了66.3%,顺应性更是提高了3.56倍。检测期间血压没有明显变化,未出现自主神经过反射现象。术后均为间断导尿且大便性状较前变软,通畅程度改善,未出现大便失禁。结论:硬膜外椎管内双侧S1前根与一侧S2和S3前根双根、对侧S2前根精确转位吻合重建反射弧可能为脊髓损伤后痉挛性膀胱功能障碍的治疗提供一种新的简单安全、经济实用且易于推广的手术方式和研究思路。
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编辑人员丨4天前
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膳食补充剂Licofor治疗睑板腺功能障碍相关干眼的临床效果观察
编辑人员丨4天前
目的:评估膳食补充剂Licofor治疗睑板腺功能障碍(MGD)相关干眼的临床效果。方法:本研究为随机对照临床试验。纳入2018年12月至2019年10月于中南大学湘雅医院眼科中心眼表专科确诊为MGD相关干眼患者60例120眼,男25例,女35例,年龄(42±13)岁。患者随机分为试验组(30例60眼)和对照组(30例60眼)。两组均采用眼部热敷、抗生素眼膏涂睑缘及人工泪液点眼;试验组联合口服Licofor,对照组联合口服安慰剂。比较治疗前和治疗后4、8、12周两组患者的干眼症状与体征、睑板腺结构与功能、眼睑局部炎症反应。结果:试验组和对照组患者在治疗后12周眼表疾病指数(OSDI)评分、泪膜破裂时间(TBUT)、角膜荧光素染色(CFS)、睑缘和睑板腺开口形态、睑板腺排出能力、睑酯性状和睑板腺腺泡周围炎症细胞密度均较治疗前好转,差异均有统计学意义(均 P<0.05);且试验组在OSDI评分[16.7(12.5,20.8)比20.8(18.8,22.9)分, P<0.001]、睑缘和睑板腺开口形态、腺泡周围炎症细胞密度[443(318,513)比553(415,676)个/mm 2, P=0.002]方面较对照组改善均更为明显(均 P<0.05)。 结论:Licofor与常规治疗方法联合应用能更加有效地改善MGD相关干眼患者的干眼症状、睑缘和睑板腺开口形态、睑酯性状、眼睑局部炎症反应。
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编辑人员丨4天前
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聚酰胺-胺纳米树状分子在肿瘤基因治疗中的研究进展
编辑人员丨4天前
恶性肿瘤的发生、发展是多基因共同作用的结果。部分晚期恶性肿瘤在应用手术、放疗、化疗等常规治疗手段后,肿瘤的复发、转移仍难以遏制,迅猛发展的基因治疗为恶性肿瘤综合治疗提供新的思路。然而,恶性肿瘤的基因治疗如要广泛应用于临床,仍然存在诸多问题,缺乏安全、高效、特异的基因载体,是制约其临床应用的关键因素。理想的肿瘤基因治疗载体应具备靶向性、安全、有效、可调控、长期稳定、容量大、穿透性能好、适度表达和制备方便等特点,目前已有部分纳米载体展示出良好的研究潜能。本文就聚酰胺-胺树状分子(PAMAM)在肿瘤基因治疗中的研究进展进行综述。首先概述PAMAM的性状及研究应用;然后探讨基于肿瘤"精准"治疗的PAMAM表面修饰策略;最后论述PAMAM多功能载体系统的设计。
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编辑人员丨4天前
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富里酸干预缺氧诱导人视网膜微血管内皮细胞基因表达谱的MiSeq测序分析
编辑人员丨4天前
目的:观察富里酸(FA)干预缺氧诱导的人视网膜微血管内皮细胞(hRMEC)基因表达谱的MiSeq测序分析结果。方法:体外培养hRMEC,并将其分为缺氧组(缺氧处理)和FA干预组(即缺氧后FA干预)。采用MTT比色法检测不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC活性的影响。选择FA的最佳作用浓度,通过实时荧光定量PCR (RT-PCR)验证FA对缺氧诱导hRMEC中细胞间黏附分子-1 (ICAM-1)、IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、MMP-2、TNF-α、TNF-β等炎症因子及炎症相关因子mRNA表达的影响。收集处于对数生长期的缺氧组和FA干预组细胞,应用MiSeq测序技术对两组细胞进行全转录组测序,获得生物学大数据,在此基础上分析差异表达的miRNA;通过基因注释(GO)功能显著性富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路显著性富集分析对差异miRNA的功能及信号通路进行分析。组间炎症因子及炎症相关因子表达比较时,通过miRNA mimic调节细胞中相应miRNA的表达水平,观察其对细胞功能的影响,从而判断该miRNA的作用。结果:不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC的细胞活性无影响。RT-PCT检测结果显示,缺氧组hRMEC中ICAM-1、IL-1β、IL-6和TNF-β的mRNA表达较正常组明显上调,差异有统计学意义( t=3.426、6.011、5.282、6.500 , P=0.027、0.004、0.006、0.003);FA干预组hRMEC中ICAM-1、IL-6、TNF-α和TNF-β的mRNA表达较缺氧组明显下降,差异有统计学意义( t=9.961、3.676、3.613、3.387, P=0.001、0.021、0.023、0.028 )。缺氧组和FA干预组之间共有14个差异表达miRNA,其中上调基因9个,下调基因5个。共4个差异miRNA (hsa-miR-1 285-3p、hsa-miR-30d-3p、hsa-miR-3 170、hsa-miR-7 976)的预测靶基因均为ICAM-1。GO功能显著性富集分析结果显示,差异基因的功能主要富集在细胞发育、细胞分化和单生物发育过程中。KEGG通路显著性富集分析结果显示,差异miRNA表达高度富集的是癌症中蛋白多糖通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,差异表达较明显的是花生四烯酸代谢通路和安非他明成瘾性通路。 结论:FA可能通过调控多个miRNA的表达,影响下游ICAM-1 mRNA的表达水平,从而对缺氧刺激hRMEC后细胞的炎性状态产生影响。
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编辑人员丨4天前
