人冠状病毒（human coronavirus，HCoV）HKU1是常见的呼吸道病毒，属于冠状病毒科，β属Embecovirus亚属。HCoV-HKU1有A、B、C三种基因型，C基因型来自A和B基因型的基因重组。基因重组和基因突变是其进化的两种方式。HCoV-HKU1呈世界范围流行，成人、儿童普遍易感，症状以普通感冒为主，可引起胃肠炎和肺炎，偶有引起神经系统症状的报道。基于建立的HCoV-HKU1体外培养体系，病毒刺突蛋白（spike，S）晶体结构的解析取得突破，加深了对HCoV-HKU1生物学特性和感染机制的了解。本文对HCoV-HKU1的基因组结构、遗传变异、感染机制和流行特征等方面研究进展做一综述。

上海市CDC试点实施了成年人急性呼吸道感染综合监测，对流感样病例（ILI）和严重急性呼吸道感染（SARI）开展主动监测和多种呼吸道病原体的检测鉴定。在2019年172例ILI中以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2亚型和B/V亚型流感病毒的检出阳性率分别为30.81%、14.53%和30.55%，新甲型H1N1型的流行高峰为第一季度。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为6.40%，高峰在第三季度。腺病毒总检出阳性率为4.65%，高峰在第二季度。人类冠状病毒OC43型2份、HKU1型和NL63型各1份、229E型未检出；金黄色葡萄球菌检出率为17.44%，肺炎克雷伯菌检出率为9.88%；1 447例SARI病例也以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2和B/V亚型流感病毒的检出率分别为5.46%、1.73%和0.30%，新甲型H1N1型流感流行高峰也为第一季度，检出阳性率为17.50%。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为2.97%，高峰在第一季度。肺炎支原体检出阳性率为3.25%，军团菌检出阳性率为1.04%。检出人类冠状病毒229E型5份、OC43型10份、HKU1型7份、NL63型6份；细菌培养检出金黄色葡萄球菌8株，铜绿假单胞菌4株，肺炎克雷伯菌3株。通过开展主动监测，不仅发现了个别少见的新发传染病如人感染H7N9禽流感病例，同时也初步掌握了上海市急性呼吸道感染病例的流行病学特征、病原谱特征及其季节性变化趋势。近年来，通过逐步增加监测哨点医院，不断改进监测方法，尤其是在应对新型冠状病毒肺炎过程中在全市推广了基于医院HIS系统的监测信息上报系统，初步建立了覆盖全市的急性呼吸道感染综合监测网络，为开展新发呼吸道传染病主动监测预警打下了基础。

β属人冠状病毒(human coronavirus, HCoV)包括HCoV-OC43、HCoV-HKU1、严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV)和2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)，其中SARS-CoV、MERS-CoV和2019-nCoV为高致病性HCoV，其跨种传播和流行对人类造成重大危害，对全球公共卫生及经济造成巨大损失，但相对于成人病例，儿童感染病例较少、临床表现较轻、预后较好，原因尚不清楚。本文对5种β属HCoV感染特点进行综述，比较儿童与成人病例的异同点并探讨其可能原因，以期为全面认识β属HCoV感染提供参考信息。

目的:评价Luminex NxTAG TM RPP对17种呼吸道病原体的检测性能。 方法:通过比较Luminex NxTAG TM RPP试剂盒与一代测序检测临床标本的结果，以评价Luminex NxTAG TM RPP试剂盒的检测性能。 结果:与一代测序相比，Luminex NxTAG TM RPP试剂盒对流感病毒A型（FluA）、2009甲型H1N1流感病毒（H1N1pdm09）、H3N2亚型流感病毒（H3N2）、流感病毒B型（FluB）、副流感病毒2型（PIV 2）、副流感病毒3型（PIV 3）、副流感病毒4型（PIV 4）、肺炎衣原体（CP）和冠状病毒HKU1（CoV HKU1）检测具有高度一致性；对腺病毒（ADV）、冠状病毒229E（CoV 229E）、冠状病毒OC43（CoV OC43）、呼吸道合胞病毒（RSV）、鼻病毒（RV）、博卡病毒（BoV）的检测结果具有中度一致性。然而对于副流感病毒1型（PIV 1）、偏肺病毒（MPV）两种方法检测一致性较差。 结论:Luminex NxTAG TM RPP试剂盒本身具有检测准确、高通量与操作时间短等特点，对大多数呼吸道病原体的检测表现出良好的性能。

目的:分析上海市新型冠状病毒感染(COVID-19)患者新型冠状病毒(SARS-CoV-2)与其他常见呼吸道病原体混合感染的特征，为科学防控提供依据。方法:采用描述性流行病学方法。纳入2020年1月至2021年2月期间上海市报告的272例COVID-19患者，相关基础数据来源于中国疾病预防控制信息系统。收集纳入患者的临床资料，并采用多重反转录聚合酶链反应，对其就诊或入院时采集的SARS-CoV-2核酸阳性呼吸道标本进行22种常见呼吸道病原体的核酸检测。统计学分析采用独立样本 t检验。 结果:272例COVID-19患者中，15例(5.5%)存在SARS-CoV-2与其他呼吸道病原体混合感染，均为双重感染。合并感染的呼吸道病原体包括肠道病毒/鼻病毒3例，腺病毒、人偏肺病毒、冠状病毒NL63/HKU1各2例，冠状病毒229E、甲型H1N1流行性感冒病毒、副流感病毒Ⅰ型和呼吸道合胞病毒B型各1例；与肺炎支原体混合感染2例。272例COVID-19患者中，发热212例(77.9%)，咳嗽117例(43.0%)，乏力46例(16.9%)，咽痛35例(12.9%)。混合感染组的白细胞计数为(6.8±1.7)×10 9/L，高于非混合感染组的(5.3±1.6)×10 9/L，差异有统计学意义( t＝3.09， P＝0.008)。 结论:上海市COVID-19患者中存在一定比例的其他呼吸道病原体混合感染，以病毒为主，尤其是肠道病毒/鼻病毒。在诊疗过程中应注意联合用药，并进一步加强急性呼吸道感染的监测。

目的:建立并评价一种基于COYOTE ? Flash20实时荧光定量PCR仪用于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸快速检测的方法。 方法:通过使用靶向SARS-CoV-2 ORF1ab和N基因的特异性引物探针组构建快速反应体系，并验证体系的灵敏度和特异性。同时，使用108例新型冠状病毒肺炎(COVID-19)临床样本对该方法进行应用评估。结果:该检测方法无需核酸提取、手动操作时间仅用1 min，样本进、结果出，可以在30 min完成检测。该方法最低检测限为4×10 2拷贝/ml；与其他人类冠状病毒(包括HCoV-229E、HCoV-NL63、HCoV-OC43、HCoV-HKU1、SARS-CoV和MERS-CoV)以及其他引起呼吸系统疾病的病毒无交叉反应。临床样本应用评估显示，与常规需要核酸提取的RT-qPCR的总符合率为98.15%。 结论:通过对SARS-CoV-2快速荧光定量PCR方法的应用评价发现，该方法操作简便、快速、特异、灵敏，适用于多种场景即时快速检测需求。

目的:建立一种检测新型冠状病毒的巢式PCR方法，作为实时荧光PCR法检测新型冠状病毒的补充，并探讨该方法在临床样本检测中的初步应用价值。方法:根据新型冠状病毒基因保守序列，利用在线软件设计N、S基因引物，构建巢式PCR反应体系，N基因巢式PCR及产物测序用于定性检测，S基因PCR产物测序用于型别初步鉴定。检测梯度稀释新型冠状病毒阳性样本评价检测灵敏度，检测流感病毒和人冠状病毒OC43、229E、HKU1、NL63等样本评价其特异性。分别检测 Ct值>33与 Ct值<33的各15份新型冠状病毒阳性样本，对扩增产物进行测序及比对分析，对检测方法进行验证。 结果:所建立的巢式PCR法可扩增出355 bp N基因片段及449 bp S基因片段的特异性条带，冠状病毒229E、OC43、HKU1、NL63、H3N2亚型流感病毒、甲型H1N1流感病毒、乙型流感病毒阳性样本无扩增条带。N基因片段最低检测限可达 Ct值37.21。30份新冠核酸阳性样本中，巢式PCR检测的N基因阳性符合一致率达100%(30/30)；S基因阳性符合一致率达60%(18/30)。28份样本N基因片段测序成功，BLAST与新型冠状病毒相似性100%。12份样本S基因片段可获得位点突变特征结果。 结论:建立了可特异检测新型冠状病毒的巢式PCR方法，并可通过对PCR扩增产物测序分析其位点突变特征，可作为实时荧光PCR法的补充。

目的:分析2019年青岛市秋冬季节儿童肺炎病例中病原的流行病学特征和混合感染情况。方法:对2019年8月至11月青岛市3家医院治疗的77例肺炎患儿为研究对象，采集咽拭子，核酸提取，采用单管多重PCR反应检测20种常见呼吸道病原体。结果:77例肺炎患者中，白细胞偏高29例(38.10%)；中性粒细胞偏高16例(20.77%)；淋巴细胞偏高30例(38.96%)；病原检出率为77.92%(60/77)，肺炎支原体(MP)感染为59.74%(46/77)，博卡病毒10.39%(8/77)，腺病毒为7.79%(6/77)，鼻/肠病毒为3.89%(3/77)，副流感4型为3.89%(3/77)，百日咳鲍特菌为3.89%(3/77)，副流感2型为2.59%(2/77)，冠状病毒NL63/HKU1为2.59%(2/77)，冠状病毒OC43为2.59%(2/77)，人偏肺病毒为1.29%(1/77)，副流感3型为1.29%(1/77)。病毒感染24例，占比31.16%(24/77)。两种病原混合感染为18.18%。结论:多种病原感染引起2019年秋冬季青岛儿童肺炎，其中肺炎支原体感染率较高，其次为常见病毒感染，混合感染的病例较高。

目的:了解福州市病毒性急性呼吸道感染(acute respiratory infection, ARI)病原谱及其流行特征。方法:收集2019年福州市三家不同类型医院的ARI病例信息并采集呼吸道标本，采用实时定量荧光PCR(polymerase chain reaction，PCR)对标本进行腺病毒(adenovirus, AdV)、博卡病毒(human bocavirus，HBoV)的检测，采用实时定量荧光RT-PCR(reverse transcription-PCR，RT-PCR)对标本进行甲型、乙型流感病毒(influenza virus A/B, IFV-A/B)、呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus，RSV)、副流感病毒1～4型(parainfluenza virus 1～4，PIV-1～4)、偏肺病毒(human metapneumovirus，HmpV)、冠状病毒(coronavirus，CoV)-229E/OC43/HKU1/NL63、鼻病毒(rhinovirus，RV)的检测，应用卡方检验、 Fisher精确检验分析ARI病例流行病学特征。 结果:726例ARI病例的316例(43.53%)标本中检出病毒，其中40例为双重感染，9例为三重感染，不同年龄组的病毒检出率差异有统计学意义。检出的主要病毒病原体为IFV(12.40%)，其次为Adv(10.61%)、RV(8.82%)、RSV(5.51%)等。AdV在男性ARI病例中的感染更为常见，IFV-B、PIV、RSV、RV、AdV在儿童中的检出率更高，IFV、RSV、RV有明显的季节性分布。结论:福州市ARI病例的主要病毒病原包括IFV、AdV、RV、RSV等，不同病毒检出率存在年龄和季节分布差异。

目的:研究阐明北京地区人冠状病毒(human coronavirus，HCoV)的流行特征和基因变异规律，为HCoV的感染防控提供分子流行病学依据。方法:本研究收集了2016—2017年北京市呼吸道多病原监测采集的HCoV阳性病例样本287份和流行病学数据，分析HCoV检出率、人群、季节特征，采用RT-PCR方法扩增HCoV pol基因部分片段用于HCoV分型和进化分析研究。结果:本研究HCoV检出率为1.89%，HCoV阳性样本的呼吸道病毒共感染率为20.56%(59/287)。鉴定出OC43型69株，核苷酸同源性为97.2%～100%，氨基酸同源性为92.2%～100%；229E型39株，核苷酸同源性为99.2%～100%，氨基酸同源性为99.2%～100%；HKU1型10株，NL63型2株。结论:OC43型和229E型为2016—2017年北京市HCoV主要型别，呈现出一定的季节差异，同一型别流行株具有很高的核苷酸和氨基酸同源性。