目的 掌握内蒙古包头市典型牧区环境中隐孢子虫污染情况.方法 于2016年12月,采集包头市牧区土壤、牧草、饲料和饮用水、地表水、地下水、污水处理厂出厂水水样进行镜检,阳性样本利用巢式PCR扩增后进行基因测序,分析隐孢子虫种属特性.结果 牛粪中隐孢子虫感染率为34.6％(72/208),水样隐孢子虫污染率为28.6％(2/7),土壤和植物样本均未检出隐孢子虫.4.2％(9/208)牛粪样本和28.6％(2/7)水样样本扩增出目标片段.测序比对结果显示11个PCR扩增阳性样本中隐孢子虫均为安氏隐孢子虫.结论 包头地区牛粪及水样等环境中检出的隐孢子虫在种属上为安氏隐孢子虫,当地卫生部门应关注畜牧业对环境的影响.

目的:分析云南省昆明市2016－2018年MSM中HIV-1分子网络的特征，探讨HIV-1传播网络的危险因素，为干预的有效实施提供依据。方法:2016－2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份，通过巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因，按照最大似然进化树中bootstrap值>95%和基因距离<3%构建分子网络，对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。 结果:459份样品获得 pol序列，检测到7种HIV-1基因型，其中以CRF07_BC（49.2%，226/459）和CRF01_AE（40.3%，185/459）为主，其他基因型包括URFs（4.8%，22/459）、CRF08_BC（3.1%，14/459）、CRF55_01B（1.7%，8/459）、B亚型（0.7%，3/459）和CRF68_01B（0.2%，1/459）。共163条序列进入网络，入网率为35.5%（163/459），形成56个簇，簇内个体数在2～13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析，发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大；多因素logistic回归分析结果显示，性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素；按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准，有6个传播簇可判定为活跃传播簇，外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。 结论:昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂，进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴，活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预，本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。

目的:了解河南省漯河市2017—2022年急性呼吸道感染（ARIs）病例中鼻病毒（RV）的感染状况及其分子型别组成。方法:于2017年10月至2022年6月，收集河南省漯河市中心医院2 270例ARIs病例的临床和流行病学资料，并采集病例咽拭子标本，采用实时荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）筛选RV阳性标本，随后对阳性标本使用巢式逆转录聚合酶链式反应（nested RT-PCR）扩增VP1区全长，并使用MEGA软件结合国际病毒分类委员会推荐的169条RV参考株序列构建系统进化树以确定RV分型。结果:2 270例ARIs病例中，男性病例1 283例（56.52%）；年龄 M（ Q 1， Q 3）为3（1，6）岁，5岁以下人群占68.59%（1 557/2 270）；137例病例（6.04%）检出RV，其中68例病例（49.64%）与其他病毒合并检出，与肠道病毒的合并检出最常见，占14.60%（20/137）。0~4岁、5~14岁、15~59岁和≥60岁年龄组中RV检出率分别为6.42%（100/1 557）、4.69%（21/448）、3.80%（6/158）和9.35%（10/107），差异无统计学意义（ χ2=5.310， P=0.150）。新型冠状病毒感染疫情前（2017—2019年）和期间（2020—2022年），RV总体检出率差异无统计学意义（ χ2=1.823， P=0.177）。共获得109条VP1序列，包含62个型别，其中RV-A、RV-B和RV-C三个种分别检出42、3和17个型别。 结论:RV为2017—2022年河南省漯河市ARIs病例中主要流行的病原体之一，存在多个RV型别共流行，无明显优势型别。

目的:研究献血者和慢性乙肝患者(chronic hepatitis B，CHB)隐匿性乙型肝炎病毒感染(occult hepatitis B infection，OBI)血清学和分子生物学特征与差异。方法:收集19份献血者OBI样本与19份CHB患者OBI样本，分别设为A组和B组，采用化学发光方法进行乙肝五项检测，荧光定量PCR方法进行乙型肝炎病毒(hepatitis B virus，HBV)DNA定量，巢式PCR扩增HBV S基因并测序。结果:A组HBV DNA载量显著低于B组( P<0.05)，两组血清学结果无明显差异，B组S基因的"a"决定簇突变率明显高于A组( P<0.05)。 结论:与CHB患者相比，OBI献血者病毒复制水平更低、S基因突变几率更小，血液筛查过程中使用高灵敏度的核酸检测试剂和方法才能最大限度保障输血安全。

目的:了解2020—2022年云南省哨点医院5岁以下诊断为腹泻的住院患儿腹泻病毒的感染状况。方法:2020—2022年共采集粪便标本612份。采用ELISA、荧光PCR以及巢式PCR法对A组轮状病毒（rotavirus，RVA）、诺如病毒（norovirus，NV）、札如病毒（sapovirus，SaV）、人星状病毒（human astrovirus，HAtV）和肠道腺病毒（adenovirus，EAdV）进行检测，RVA阳性标本进行分型。结果:阳性标本266份（混合感染47份），阳性率43.46%。检出率依次是RVA（28.76%，176/612）、NV（11.93%，73/612）、EAdV（4.74%，29/612）、HAtV（3.43%，21/612）和SaV（2.94%，18/612）。2020—2021年RVA以G9P[8]为主，2022年为G8P[8]；NV均以GII为主。不同性别仅NV阳性率差异有统计学意义。12~23月龄总检出率最高，48~59月龄最低，各月龄组间差异有统计学意义；第一季度检出率最高，第二季度次之，四个季度间差异有统计学意义（ P<0.05）。 结论:云南省监测哨点5岁以下病毒性腹泻住院患儿中RVA检出率最高，NV次之。2022年RVA优势流行株由G9P[8]变为G8P[8]。

目的:评价核酸分型定量法HPV检测（BMRT-HPV）用于子宫颈癌筛查的临床价值。方法:采用巢式抽样法，在2016年9月—2018年1月中国子宫颈癌筛查多中心研究（CHIMUST）项目5个筛查点的8 856例妇女中，选取其中医生取样或自取样标本中任一检测方法HPV阳性或HPV阴性但细胞学结果≥低级别鳞状上皮内病变（LSIL）者共1 495例行BMRT-HPV检测，同时按照1∶2比例抽取年龄和参加筛查时间相匹配的HPV与细胞学结果均为阴性的2 990例为对照。CHIMUST项目中对任一HPV阳性妇女回叫行阴道镜下子宫颈病灶四象限定点活检+随机活检+子宫颈管搔刮术方案子宫颈活检，以医生取样标本的基于实时PCR技术的Cobas 4800 HPV检测（Cobas-HPV）、基于第2代基因测序技术的HPV分型检测（SEQ-HPV）为对照，以子宫颈活检病理诊断为“金标准”，分析BMRT-HPV检测的高危型HPV（HR-HPV）亚型与Cobas-HPV、SEQ-HPV检测的一致性，并比较3种HPV检测方法对子宫颈上皮内瘤变（CIN）Ⅱ及以上级别病变（CIN Ⅱ +）、CIN Ⅲ及以上级别病变（CIN Ⅲ +）的筛查效率。 结果:（1）BMRT-HPV检测方法分别与Cobas-HPV、SEQ-HPV检测方法比较，检测HR-HPV亚型整体的一致性分别为94.8%、94.4%，Kappa值分别为0.827、0.814。（2）BMRT-HPV、Cobas-HPV、SEQ-HPV 3种方法对CINⅡ +筛查的敏感度分别为92.62%、94.26%、93.44%，两两比较，差异均无统计学意义（ P>0.05）；特异度分别为84.67%、83.25%、82.76%，BMRT-HPV检测对CINⅡ +筛查的特异度显著高于Cobas-HPV、SEQ-HPV检测（ P<0.01）。3种HPV检测方法对CIN Ⅲ +筛查的敏感度均达到100.00%，BMRT-HPV检测对CIN Ⅲ +筛查的特异度也显著高于Cobas-HPV、SEQ-HPV检测（分别为83.40%、81.95%、81.50%， P<0.01）。检出1例CINⅡ +或CIN Ⅲ +所需要行阴道镜下子宫颈活检病理检查的患者数，BMRT-HPV检测显著少于Cobas-HPV和SEQ-HPV检测（ P<0.01）。Cobas-HPV、SEQ-HPV、BMRT-HPV检测初筛阳性者分别以HPV 16和（或）18型（HPV 16/18型）阳性联合细胞学结果≥未明确诊断意义的不典型鳞状上皮细胞（ASCUS；即为方案一、二、三）进行二次分流，3种筛查方案对CIN Ⅱ +、CIN Ⅲ +筛查的敏感度分别比较均无显著差异（ P>0.05），但方案三（即BMRT-HPV初筛阳性者）筛查CIN Ⅱ +、CIN Ⅲ +的特异度显著高于方案一（即Cobas-HPV初筛阳性者）和方案二（即SEQ-HPV初筛阳性者； P<0.05），而且阴道镜转诊率方案三也显著低于方案一、二（ P<0.05）。 结论:BMRT-HPV检测筛查子宫颈癌具有与Cobas-HPV、SEQ-HPV检测相似的敏感度，但特异度更高，可作为子宫颈癌的初筛方法，值得临床推广使用。

目的:探讨自动巢式多重PCR系统检测儿童重症社区获得性肺炎病原效果，了解佛山地区儿童重症社区获得性肺炎的病原感染情况。方法:选取2016年1月至2018年12月入住佛山市第一人民医院PICU的重症社区获得性肺炎患儿，采集鼻咽分泌物，运用自动巢式多重PCR检测腺病毒、冠状病毒(HKUl型、NL63型、229E型、0C43型)、人类偏肺病毒、甲型流感病毒(H1亚型、H1-2009亚型、H3亚型)、乙型流感病毒、副流感病毒(1型、2型、3型、4型)、呼吸道合胞病毒、百日咳杆菌、肺炎衣原体和肺炎支原体。结果:自动巢式多重PCR系统检测290份标本中，阳性246份(84.83%)。单一病原阳性样本166份，检出2种病原阳性样本60份，3种病原阳性样本17份，4种病原阳性样本3份。病毒检出阳性病例中，小于6月龄最常见病原为呼吸道合胞病毒(62.39%，73/117)；7月龄～1岁最常见病原体为人鼻病毒/肠病毒(3.48%，20/46)；1～3岁患儿最常见病原为腺病毒(37.50%，18/48)；3～6岁最常见病原为人鼻病毒/肠病毒(35.00%，7/20)；大于6岁最常见病原为流感病毒(46.67%，7/15)。腺病毒检出率每年5月份最高，呼吸道合胞病毒检出率8月份最高，流感病毒检出率7月份最高，肺炎支原体及百日咳杆菌感染全年均有散发。结论:自动巢式多重PCR系统可高效、快速、准确检测多种病原；不同年龄组重症社区获得性肺炎的常见病原体不同；不同地区因气候不同，常见病原的流行季节不同。

目的:调查北京市市售结球生菜诺如病毒(norovirus，NoV)和轮状病毒(rotavirus，RV)污染情况。方法:2015年11月至2016年10月，在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法，分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩，用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因，PCR产物直接测序，用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对，用MEGA6.06软件构建进化树。结果:54件结球生菜，未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54)，其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功，为GⅡ.3基因型，该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论:北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染，生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。

目的:了解浙江省MSM HIV/AIDS与性伴之间分子传播关系和相关危险因素。方法:采用横断面调查的方法，对浙江省2015-2017年新确证的MSM HIV/AIDS及参与性伴驱动检测的阳性性伴开展分子流行病学研究。收集血浆并提取RNA，运用RT-PCR和巢式PCR扩增并获得HIV-1的 pol区基因序列，构建系统进化树，分析分子传播簇，判定性伴间的传播关系。 结果:共937例MSM HIV/AIDS参与性伴驱动检测，检出173名阳性性伴。有61例性伴间（31对）形成传播簇，成簇比例为50.8%（61/120），其中7对性伴结合新发感染结果初步判定传播方向。在性伴分子传播网络的相关因素分析中，性伴之间确证年份为相同年份（与不同年份相比， OR=12.190，95% CI：1.563~95.054），现住址所在地为不同区（县）［与相同区（县）相比， OR=17.054，95% CI：1.742~166.982］更可能存在分子传播关系。 结论:MSM HIV/AIDS的性伴驱动检测，结合分子传播网络分析技术，可以提高HIV/AIDS精准溯源，同时根据新发感染结果，初步判定传播方向。建议对MSM HIV/AIDS确证后，应尽早进行性伴驱动检测，包括跨区域的性伴追踪检测，有利于传染源追踪。

目的:了解重庆市2014年至2018年接受高效抗反转录病毒治疗的人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus-1，HIV-1)感染者耐药突变情况。方法:收集2014年5月至2018年12月在重庆市公共卫生医疗救治中心进行高效抗反转录病毒治疗6个月以上的HIV-1感染者880例，采集其血浆标本，使用一步法反转录聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因区的蛋白酶及反转录酶区，获得的扩增序列与耐药数据库对比进行HIV-1基因型耐药分析。采用病毒基因分型工具软件分析HIV-1亚型分布。计数资料比较采用 χ2检验。 结果:880例患者中，血浆HIV-1病毒载量为(4.12±0.63) lg拷贝/mL；CD4 ＋T淋巴细胞计数为(251±124)/μL；抗病毒治疗中位时间为26个月。亚型分析中，重组型( circulating recombinant form, CRF)01-AE亚型在HIV-1亚型中占比最大，为38.9%(342/880)，CRF07-BC亚型占28.5%(251/880)，B＋C亚型占16.2%(143/880)。其中534例患者存在耐药突变，总耐药率为60.7%。对核苷类反转录酶抑制剂(nucleoside reverse transcriptase inhibitor, NRTI)、非核苷类反转录酶抑制剂(non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor, NNRTI)和蛋白酶抑制剂(protease inhibitor, PI)的耐药率分别为51.0%(449/880)、58.6%(516/880)和1.7%(15/880)。对拉米夫定、恩曲他滨、依非韦仑和奈韦拉平的耐药较为严重，中高度耐药率分别为46.8%(412/880)、46.8%(412/880)、51.3%(451/880)和53.6%(472/880)；而对齐多夫定(6.0%，53/880)、依曲韦林(9.0%，79/880)和PI类药物的耐药情况尚不严重。NRTI最常见的耐药突变位点为M184IV(47.3%)、K65R(22.2%)和K70RE(12.6%)；NNRTI为K103NS (25.1%)、V106A(19.7%)和V179DE(14.4%)；PI为L10FIV(7.4%)和A71IVT(6.5%)。CRF01-AE亚型的耐药率为69.3%(237/342)高于CRF07-BC亚型的49.8%(125/251)和B＋C型的51.0%(73/143)，差异均有统计学意义( χ2＝22.6、14.6，均 P<0.05)。 结论:重庆市HIV-1感染者经高效抗反转录病毒治疗6个月后，耐药发生率高，以对NNRTI类药物耐药最为多见，其次为NRTI，PI较少耐药。耐药是HIV-1感染者病毒学突破的主要原因。