上海市CDC试点实施了成年人急性呼吸道感染综合监测，对流感样病例（ILI）和严重急性呼吸道感染（SARI）开展主动监测和多种呼吸道病原体的检测鉴定。在2019年172例ILI中以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2亚型和B/V亚型流感病毒的检出阳性率分别为30.81%、14.53%和30.55%，新甲型H1N1型的流行高峰为第一季度。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为6.40%，高峰在第三季度。腺病毒总检出阳性率为4.65%，高峰在第二季度。人类冠状病毒OC43型2份、HKU1型和NL63型各1份、229E型未检出；金黄色葡萄球菌检出率为17.44%，肺炎克雷伯菌检出率为9.88%；1 447例SARI病例也以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2和B/V亚型流感病毒的检出率分别为5.46%、1.73%和0.30%，新甲型H1N1型流感流行高峰也为第一季度，检出阳性率为17.50%。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为2.97%，高峰在第一季度。肺炎支原体检出阳性率为3.25%，军团菌检出阳性率为1.04%。检出人类冠状病毒229E型5份、OC43型10份、HKU1型7份、NL63型6份；细菌培养检出金黄色葡萄球菌8株，铜绿假单胞菌4株，肺炎克雷伯菌3株。通过开展主动监测，不仅发现了个别少见的新发传染病如人感染H7N9禽流感病例，同时也初步掌握了上海市急性呼吸道感染病例的流行病学特征、病原谱特征及其季节性变化趋势。近年来，通过逐步增加监测哨点医院，不断改进监测方法，尤其是在应对新型冠状病毒肺炎过程中在全市推广了基于医院HIS系统的监测信息上报系统，初步建立了覆盖全市的急性呼吸道感染综合监测网络，为开展新发呼吸道传染病主动监测预警打下了基础。

目的:建立基于SYBR Green I颜色判定的检测新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）ORF1ab基因的逆转录环介导等温扩增方法（reverse transcription loop-mediated isothermal amplification，RT-LAMP），为诊断SARS-CoV-2提供简便、快速和准确可靠的工具。方法:基于GenBank中SARS-CoV-2 ORF1ab基因序列保守区设计引物，经引物筛选和RT-LAMP反应体系优化后进行灵敏度和特异性评价，并与实时荧光定量RT-PCR（quantitative real-time PCR，qRT-PCR）方法进行比较。结果:基于颜色判定的RT-LAMP方法可在65℃45 min内完成SARS-CoV-2的快速检测，检测限为3 copies/reaction，与qRT-PCR的敏感度一致。RT-LAMP检测人冠状病毒OC43、人冠状病毒NL63和乙型流感病毒核酸样本结果为阴性，具有较好的特异性。经SARS-CoV-2临床样本验证，RT-LAMP与qRT-PCR的检测符合率达100%。结论:基于颜色判定的RT-LAMP方法灵敏度高、特异性强，适用于SARS-CoV-2的快速可视化检测，具有应用于SARS-CoV-2样本的初筛及基层卫生医疗机构和现场推广的潜力。

目的:了解成人病毒感染肺炎的病毒分布、临床特征及与病情严重程度相关的因素。方法:纳入2015年3月至2019年2月在上海交通大学医学院附属瑞金医院住院且呼吸道病毒检测阳性的肺炎患者，收集相关数据进行回顾性分析。结果:共纳入病毒感染肺炎患者422例，年龄范围为19～99岁，平均年龄(68±17)岁，男性256例(60.7%)。甲型流感病毒阳性159例(占37.7%)，人鼻病毒阳性78例(占18.5%)。重症组鼻病毒及冠状病毒检出率、有吸烟史、体质量指数<18 kg/m 2以及有心力衰竭的患者比例均高于非重症组( χ2值分别为12.430、12.495、11.074、13.418、3.946， P值均<0.05)，而高血压患者的比例低于非重症组( χ2＝5.364， P<0.05)。重症组患者中呼吸困难较非重症组多见(63.2%比20.2%， χ2＝80.534， P<0.05)。93.7%的重症患者感染累及多肺叶，且54.0%的重症患者细菌或真菌培养阳性，高于非重症组(64.9%、10.1%)( χ2值分别为47.433、97.519， P值均<0.05)。重症组外周血淋巴细胞总数及CD3 ＋、CD4 ＋、CD8 ＋细胞计数均低于非重症组( Z值分别为-6.440、-5.421、-4.551、-4.416， P值均<0.05)，而血清IL-2R、IL-6、IL-10水平高于非重症组( Z值分别为-2.457、-3.554、-2.339， P值均<0.05)。多因素分析显示，吸烟史、高血压、多肺叶累及、合并细菌或真菌感染以及淋巴细胞计数与重症肺炎相关。 结论:甲型流感病毒是目前国内最常见的呼吸道感染病毒，鼻病毒次之；吸烟、多肺叶病变、合并细菌或真菌感染以及淋巴细胞减少是重症病毒感染肺炎的危险因素，且重症患者存在"细胞因子风暴"现象。

人冠状病毒OC43(human coronavirus OC43，HCoV-OC43)与SARS-CoV-2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)同属于β冠状病毒属，自1967年发现以来在人群中持续流行，现已成为常见的季节性呼吸道病毒之一。致病率和致死率更高的SARS-CoV-2在2019年底出现，后又伴随多种变异株的出现，其传播和感染能力不断增强。HCoV-OC43与SARS-CoV-2在基因组结构和功能、物种进化、流行特点及临床表现上可能具有一定的相似性。本综述对HCoV-OC43和SARS-CoV-2的流行病学、基因组学、种系进化等方面进行分析，有助于了解这两种病毒的关联与差异，为认识HCoV-OC43存在的潜在威胁提供参考。

β属人冠状病毒(human coronavirus, HCoV)包括HCoV-OC43、HCoV-HKU1、严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV)和2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)，其中SARS-CoV、MERS-CoV和2019-nCoV为高致病性HCoV，其跨种传播和流行对人类造成重大危害，对全球公共卫生及经济造成巨大损失，但相对于成人病例，儿童感染病例较少、临床表现较轻、预后较好，原因尚不清楚。本文对5种β属HCoV感染特点进行综述，比较儿童与成人病例的异同点并探讨其可能原因，以期为全面认识β属HCoV感染提供参考信息。

目的:评价Luminex NxTAG TM RPP对17种呼吸道病原体的检测性能。 方法:通过比较Luminex NxTAG TM RPP试剂盒与一代测序检测临床标本的结果，以评价Luminex NxTAG TM RPP试剂盒的检测性能。 结果:与一代测序相比，Luminex NxTAG TM RPP试剂盒对流感病毒A型（FluA）、2009甲型H1N1流感病毒（H1N1pdm09）、H3N2亚型流感病毒（H3N2）、流感病毒B型（FluB）、副流感病毒2型（PIV 2）、副流感病毒3型（PIV 3）、副流感病毒4型（PIV 4）、肺炎衣原体（CP）和冠状病毒HKU1（CoV HKU1）检测具有高度一致性；对腺病毒（ADV）、冠状病毒229E（CoV 229E）、冠状病毒OC43（CoV OC43）、呼吸道合胞病毒（RSV）、鼻病毒（RV）、博卡病毒（BoV）的检测结果具有中度一致性。然而对于副流感病毒1型（PIV 1）、偏肺病毒（MPV）两种方法检测一致性较差。 结论:Luminex NxTAG TM RPP试剂盒本身具有检测准确、高通量与操作时间短等特点，对大多数呼吸道病原体的检测表现出良好的性能。

目的:建立并评价一种基于COYOTE ? Flash20实时荧光定量PCR仪用于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸快速检测的方法。 方法:通过使用靶向SARS-CoV-2 ORF1ab和N基因的特异性引物探针组构建快速反应体系，并验证体系的灵敏度和特异性。同时，使用108例新型冠状病毒肺炎(COVID-19)临床样本对该方法进行应用评估。结果:该检测方法无需核酸提取、手动操作时间仅用1 min，样本进、结果出，可以在30 min完成检测。该方法最低检测限为4×10 2拷贝/ml；与其他人类冠状病毒(包括HCoV-229E、HCoV-NL63、HCoV-OC43、HCoV-HKU1、SARS-CoV和MERS-CoV)以及其他引起呼吸系统疾病的病毒无交叉反应。临床样本应用评估显示，与常规需要核酸提取的RT-qPCR的总符合率为98.15%。 结论:通过对SARS-CoV-2快速荧光定量PCR方法的应用评价发现，该方法操作简便、快速、特异、灵敏，适用于多种场景即时快速检测需求。

目的:建立一种检测新型冠状病毒的巢式PCR方法，作为实时荧光PCR法检测新型冠状病毒的补充，并探讨该方法在临床样本检测中的初步应用价值。方法:根据新型冠状病毒基因保守序列，利用在线软件设计N、S基因引物，构建巢式PCR反应体系，N基因巢式PCR及产物测序用于定性检测，S基因PCR产物测序用于型别初步鉴定。检测梯度稀释新型冠状病毒阳性样本评价检测灵敏度，检测流感病毒和人冠状病毒OC43、229E、HKU1、NL63等样本评价其特异性。分别检测 Ct值>33与 Ct值<33的各15份新型冠状病毒阳性样本，对扩增产物进行测序及比对分析，对检测方法进行验证。 结果:所建立的巢式PCR法可扩增出355 bp N基因片段及449 bp S基因片段的特异性条带，冠状病毒229E、OC43、HKU1、NL63、H3N2亚型流感病毒、甲型H1N1流感病毒、乙型流感病毒阳性样本无扩增条带。N基因片段最低检测限可达 Ct值37.21。30份新冠核酸阳性样本中，巢式PCR检测的N基因阳性符合一致率达100%(30/30)；S基因阳性符合一致率达60%(18/30)。28份样本N基因片段测序成功，BLAST与新型冠状病毒相似性100%。12份样本S基因片段可获得位点突变特征结果。 结论:建立了可特异检测新型冠状病毒的巢式PCR方法，并可通过对PCR扩增产物测序分析其位点突变特征，可作为实时荧光PCR法的补充。

目的:以基因组最大RNA病毒(冠状病毒)为代表，研究不同测序前样本处理模式对高通量测序获得病毒全基因组序列信息质量的影响。方法:以细胞培养的人冠状病毒HCoV-OC43样本为代表，分为4种测序前样本处理模式，即：未处理组、核酸提取前DNase和RNase处理组、核酸提取后DNase处理组、核酸提取前DNase和RNase处理且核酸提取后DNase处理组。不同模式处理后的核酸分为两份，一份直接RNA测序(未扩增)，另一份经序列非依赖的单引物扩增(SISPA)后DNA测序。结果:尽管不同处理方式下获得的病毒基因组覆盖率差别不大，但是样本核酸提取后经DNase处理组直接测序获得了最高的基因覆盖度和测序准确性，而SISPA扩增可有效提高病毒测序读长(reads)比例与基因组各位点的测序深度。结论:本研究为优化冠状病毒等RNA病毒全基因组测序策略提供了技术参考。

目的:探索防控新型冠状病毒病（2019 novel coronavirus disease，COVID-19）期间上呼吸道炎症（upper respiratory inflammation，URI）患者的嗅区病原微生物分布与嗅觉障碍的关系。方法:连续性收集2020年9月至2021年3月就诊于北京安贞医院包括急性上呼吸道感染、慢性鼻窦炎（CRS）、变应性鼻炎（AR）在内的URI患者234例，健康成人98名纳入对照组。所有受试者均在鼻内镜下用鼻拭子采集嗅区分泌物，采用多重实时荧光定量聚合酶链反应法对33种/型呼吸道病原微生物进行核酸检测。URI患者均行Sniffin′ Sticks嗅觉测试。对URI伴嗅觉障碍患者进行电话随访，随访时间9（8，10）个月［ M（ Q1， Q3）］。采用SPSS 20.0软件进行统计学分析。 结果:98名对照组中病原微生物阳性者9名（9.18%），其中鼻病毒1名（1.02%）、副流感病毒3型1名（1.02%）、肠道病毒3名（3.06%）、金黄色葡萄球菌1名（1.02%）、卡他莫拉菌3名（3.06%）。234例URI患者中嗅觉障碍者111例（47.44%）、嗅觉正常者123例（52.56%）。嗅觉障碍组（111例）病原微生物阳性者38例（34.23%），混合感染者4例（3.60%），其中鼻病毒11例（9.91%）、冠状病毒229E 5例（4.50%）、冠状病毒OC43/NL63 2例（1.80%）、副流感病毒1型3例（2.70%）、肠道病毒2例（1.80%）、乙型流感病毒BV系1例（0.90%）、金黄色葡萄球菌11例（9.91%）、卡他莫拉菌7例（6.31%）、肺炎克雷伯菌1例（0.90%）。嗅觉正常组（123例）病原微生物阳性者18例（14.63%），混合感染者1例（0.81%），其中鼻病毒3例（2.44%）、冠状病毒229E 4例（3.25%）、副流感病毒3型1例（0.81%）、肠道病毒3例（2.44%）、金黄色葡萄球菌3例（2.44%）、卡他莫拉菌4例（3.25%）、肺炎克雷伯菌1例（0.81%）。两组间单因素分析发现，病原微生物检出率、鼻病毒和金黄色葡萄球菌检出率的组间差异均存在统计学意义（ P值均 <0.05）。副流感病毒1型、金黄色葡萄球菌、鼻病毒检出率分别在急性上呼吸道感染、CRS和AR 3个亚组的嗅觉障碍和嗅觉正常者中存在差异（χ 2值分别为3.88、4.53和4.73， P值均<0.05）。随访期间，111例嗅觉障碍患者中，嗅觉功能完全恢复正常者71例（63.96%），嗅觉功能改善但未达完全正常者32例（28.83%），嗅觉功能无改善者8例（7.21%）。 结论:防控COVID-19期间，URI患者嗅区鼻病毒或金黄色葡萄球菌感染或定植与嗅觉障碍的发生密切相关。副流感病毒1型感染可造成急性上呼吸道感染患者相对持久的嗅觉障碍。金黄色葡萄球菌、鼻病毒的定植分别与CRS和AR患者发生嗅觉障碍有关。