上海市CDC试点实施了成年人急性呼吸道感染综合监测，对流感样病例（ILI）和严重急性呼吸道感染（SARI）开展主动监测和多种呼吸道病原体的检测鉴定。在2019年172例ILI中以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2亚型和B/V亚型流感病毒的检出阳性率分别为30.81%、14.53%和30.55%，新甲型H1N1型的流行高峰为第一季度。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为6.40%，高峰在第三季度。腺病毒总检出阳性率为4.65%，高峰在第二季度。人类冠状病毒OC43型2份、HKU1型和NL63型各1份、229E型未检出；金黄色葡萄球菌检出率为17.44%，肺炎克雷伯菌检出率为9.88%；1 447例SARI病例也以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2和B/V亚型流感病毒的检出率分别为5.46%、1.73%和0.30%，新甲型H1N1型流感流行高峰也为第一季度，检出阳性率为17.50%。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为2.97%，高峰在第一季度。肺炎支原体检出阳性率为3.25%，军团菌检出阳性率为1.04%。检出人类冠状病毒229E型5份、OC43型10份、HKU1型7份、NL63型6份；细菌培养检出金黄色葡萄球菌8株，铜绿假单胞菌4株，肺炎克雷伯菌3株。通过开展主动监测，不仅发现了个别少见的新发传染病如人感染H7N9禽流感病例，同时也初步掌握了上海市急性呼吸道感染病例的流行病学特征、病原谱特征及其季节性变化趋势。近年来，通过逐步增加监测哨点医院，不断改进监测方法，尤其是在应对新型冠状病毒肺炎过程中在全市推广了基于医院HIS系统的监测信息上报系统，初步建立了覆盖全市的急性呼吸道感染综合监测网络，为开展新发呼吸道传染病主动监测预警打下了基础。

目的:建立基于SYBR Green I颜色判定的检测新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）ORF1ab基因的逆转录环介导等温扩增方法（reverse transcription loop-mediated isothermal amplification，RT-LAMP），为诊断SARS-CoV-2提供简便、快速和准确可靠的工具。方法:基于GenBank中SARS-CoV-2 ORF1ab基因序列保守区设计引物，经引物筛选和RT-LAMP反应体系优化后进行灵敏度和特异性评价，并与实时荧光定量RT-PCR（quantitative real-time PCR，qRT-PCR）方法进行比较。结果:基于颜色判定的RT-LAMP方法可在65℃45 min内完成SARS-CoV-2的快速检测，检测限为3 copies/reaction，与qRT-PCR的敏感度一致。RT-LAMP检测人冠状病毒OC43、人冠状病毒NL63和乙型流感病毒核酸样本结果为阴性，具有较好的特异性。经SARS-CoV-2临床样本验证，RT-LAMP与qRT-PCR的检测符合率达100%。结论:基于颜色判定的RT-LAMP方法灵敏度高、特异性强，适用于SARS-CoV-2的快速可视化检测，具有应用于SARS-CoV-2样本的初筛及基层卫生医疗机构和现场推广的潜力。

人冠状病毒OC43(human coronavirus OC43，HCoV-OC43)与SARS-CoV-2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)同属于β冠状病毒属，自1967年发现以来在人群中持续流行，现已成为常见的季节性呼吸道病毒之一。致病率和致死率更高的SARS-CoV-2在2019年底出现，后又伴随多种变异株的出现，其传播和感染能力不断增强。HCoV-OC43与SARS-CoV-2在基因组结构和功能、物种进化、流行特点及临床表现上可能具有一定的相似性。本综述对HCoV-OC43和SARS-CoV-2的流行病学、基因组学、种系进化等方面进行分析，有助于了解这两种病毒的关联与差异，为认识HCoV-OC43存在的潜在威胁提供参考。

β属人冠状病毒(human coronavirus, HCoV)包括HCoV-OC43、HCoV-HKU1、严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV)和2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)，其中SARS-CoV、MERS-CoV和2019-nCoV为高致病性HCoV，其跨种传播和流行对人类造成重大危害，对全球公共卫生及经济造成巨大损失，但相对于成人病例，儿童感染病例较少、临床表现较轻、预后较好，原因尚不清楚。本文对5种β属HCoV感染特点进行综述，比较儿童与成人病例的异同点并探讨其可能原因，以期为全面认识β属HCoV感染提供参考信息。

目的:建立并评价一种基于COYOTE ? Flash20实时荧光定量PCR仪用于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸快速检测的方法。 方法:通过使用靶向SARS-CoV-2 ORF1ab和N基因的特异性引物探针组构建快速反应体系，并验证体系的灵敏度和特异性。同时，使用108例新型冠状病毒肺炎(COVID-19)临床样本对该方法进行应用评估。结果:该检测方法无需核酸提取、手动操作时间仅用1 min，样本进、结果出，可以在30 min完成检测。该方法最低检测限为4×10 2拷贝/ml；与其他人类冠状病毒(包括HCoV-229E、HCoV-NL63、HCoV-OC43、HCoV-HKU1、SARS-CoV和MERS-CoV)以及其他引起呼吸系统疾病的病毒无交叉反应。临床样本应用评估显示，与常规需要核酸提取的RT-qPCR的总符合率为98.15%。 结论:通过对SARS-CoV-2快速荧光定量PCR方法的应用评价发现，该方法操作简便、快速、特异、灵敏，适用于多种场景即时快速检测需求。

目的:以基因组最大RNA病毒(冠状病毒)为代表，研究不同测序前样本处理模式对高通量测序获得病毒全基因组序列信息质量的影响。方法:以细胞培养的人冠状病毒HCoV-OC43样本为代表，分为4种测序前样本处理模式，即：未处理组、核酸提取前DNase和RNase处理组、核酸提取后DNase处理组、核酸提取前DNase和RNase处理且核酸提取后DNase处理组。不同模式处理后的核酸分为两份，一份直接RNA测序(未扩增)，另一份经序列非依赖的单引物扩增(SISPA)后DNA测序。结果:尽管不同处理方式下获得的病毒基因组覆盖率差别不大，但是样本核酸提取后经DNase处理组直接测序获得了最高的基因覆盖度和测序准确性，而SISPA扩增可有效提高病毒测序读长(reads)比例与基因组各位点的测序深度。结论:本研究为优化冠状病毒等RNA病毒全基因组测序策略提供了技术参考。

目的:了解广州市急性呼吸道感染病原体分布特征，为临床诊疗和预防控制提供病原学依据。方法:收集广州市两家定点医院2018—2019年急性呼吸道感染病例的鼻咽拭子标本1 326份，通过一代测序确定病原体，检测范围包括甲型流感病毒（FluA）及其5个亚型、乙型流感病毒（FluB）、鼻病毒/肠病毒（HRV/EV）、呼吸道合胞病毒（RSV）、腺病毒（ADV）、副流感病毒（PIV）的4个亚型、人偏肺病毒（HMPV）、博卡病毒（HBoV）、冠状病毒（HCoV）的4个亚型、肺炎支原体（M.P）、肺炎衣原体（C.P），并结合流行病学信息进行统计分析。结果:1 326例病例的总阳性率为72.93%，其中单一感染841例，混合感染126例。病毒阳性率排前三位的是FluA（43.97%）、ADV（9.20%）、HRV/EV（7.16%）。病毒在5~13岁组的阳性率最高，为80.00%。HRV/EV（ P<0.01）、HBoV（ P<0.01）、RSV（ P<0.01）、ADV（ P<0.01）、HCoV-OC43（ P<0.01）易发生在混合感染中，差异有统计学意义。 结论:急性呼吸道感染与年龄、病原体有关。FluA、ADV、HRV/EV是广州地区急性呼吸道感染的主要病原体。

目的:研究阐明北京地区人冠状病毒(human coronavirus，HCoV)的流行特征和基因变异规律，为HCoV的感染防控提供分子流行病学依据。方法:本研究收集了2016—2017年北京市呼吸道多病原监测采集的HCoV阳性病例样本287份和流行病学数据，分析HCoV检出率、人群、季节特征，采用RT-PCR方法扩增HCoV pol基因部分片段用于HCoV分型和进化分析研究。结果:本研究HCoV检出率为1.89%，HCoV阳性样本的呼吸道病毒共感染率为20.56%(59/287)。鉴定出OC43型69株，核苷酸同源性为97.2%～100%，氨基酸同源性为92.2%～100%；229E型39株，核苷酸同源性为99.2%～100%，氨基酸同源性为99.2%～100%；HKU1型10株，NL63型2株。结论:OC43型和229E型为2016—2017年北京市HCoV主要型别，呈现出一定的季节差异，同一型别流行株具有很高的核苷酸和氨基酸同源性。

目的 探究3-(4-氯苯基)-1,4-二苯基-1,4,5,7-四氢-6H-吡唑并[3,4-b]吡啶-6-酮(以下简称为J1)体外抑制新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的作用及潜在作用机制.方法 采用MTT法评价化合物J1 对Vero-E6、ACE2/293T和HRT18 细胞的毒性.利用感染性SARS-CoV-2 和人冠状病毒OC43(HCoV-OC43)检测化合物J1 的抗冠状病毒活性.采用SARS-CoV-2 假病毒体外细胞感染模型和时间点加药实验检测J1 抑制SARS-CoV-2 病毒感染靶细胞的作用阶段.通过S蛋白介导的细胞融合抑制实验检测J1 是否通过阻止病毒膜融合而抑制SARS-CoV-2 的进入.采用SPR实验和分子对接技术阐明 J1 与 SARS-CoV-2 S 蛋白的作用.结果 J1 对 Vero-E6、ACE2/293T 和HRT18 细胞的毒性较小,半数细胞毒性浓度 CC50 均大于 100 μmol·L-1.J1 能显著抑制 SARS-CoV-2 原始株和 Delta 变异株的活性,半数有效浓度 EC50 分别为 6.07 μmol·L-1 和2.21 μmol·L-1.此外,J1 可抑制HCoV-OC43 病毒的感染,显著减少NP蛋白和mRNA的表达.分子对接结果显示,J1 通过氢键作用和疏水作用力与SARS-CoV-2 S蛋白活性位点稳定结合.机制研究结果表明,J1 可抑制SARS-CoV-2 病毒进入靶细胞,半数抑制浓度IC50 为 1.57 μmol·L-1.J1 浓度依赖性抑制SARS-CoV-2 S蛋白介导的细胞-细胞膜融合,SPR实验证实J1 与S蛋白具有较强结合能力.结论 吡唑并吡啶酮类衍生物J1 通过靶向S蛋白抑制SARS-CoV-2 进入靶细胞.

目的:构建携带绿色荧光报告基因的人冠状病毒OC43感染性克隆.方法:设计带有绿色荧光蛋白的人冠状病毒OC43感染性克隆基因组序列,分段合成后利用融合聚合酶链式反应等方法得到8个亚基因组片段,通过酵母转化关联重组技术获得重组质粒,转染HEK-293T细胞进行病毒拯救,收获转染细胞培养上清感染靶细胞分析病毒拯救情况.结果:获得人冠状病毒OC43感染性克隆重组质粒,将该质粒转染细胞后成功获得携带绿色荧光蛋白报告基因的人冠状病毒OC43重组病毒.结论:成功构建了人冠状病毒OC43感染性克隆并获得重组病毒,为针对冠状病毒的基础和应用研究提供了有效工具.