肠道菌群是由许多细菌及其代谢产物组成的复杂生态系统,对人体消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节等诸多方面发挥着不可替代的作用.探索肠道菌群的结构与功能、关键基因与代谢产物,将有助于实现疾病的早期诊断与辅助诊断,发现新的治疗靶点与药物治疗效果评价,更好地指导抗生素的使用.肠道菌群的鉴定在临床诊疗及药物研发等领域都具有重要作用,因此,有必要对这一迅速发展的领域进行全面回顾.传统的鉴定方法无法全面捕捉肠道微生物多样性.随着分子生物学的快速发展,肠道菌群的分类鉴定也从最初的表型鉴定和化学鉴定演变到了分子水平鉴定.本综述整合了肠道菌群的主要鉴定方法及其应用评价,特别关注于分子生物学方法的研究进展,并重点介绍了高通量测序技术在肠道菌群鉴定中的应用,这种革命性的肠道菌群鉴定方法预示着人类对微生物世界认识的全新篇章.

目的 回顾性分析中山地区角膜移植手术适应证和手术方式的变化趋势.方法 对2008年1月至2022年12月在中山市人民医院施行角膜移植手术的病例资料进行统计,分析角膜移植手术适应证和手术方式的现状及发展趋势.结果 本研究共有200只眼纳入统计,其中角膜白斑51例(25.5％),感染性角膜炎45例(22.5％),眼外伤28例(14.0％),各类型角膜变性与营养不良17例(8.5％),角膜肿瘤17例(8.5％),圆锥角膜15例(7.5％),大泡性角膜病变13例(6.5％),再次手术12例(6.0％),其他角膜病变(青光眼虹膜睫状体综合征、蚕蚀性角膜溃疡)2例(1.0％).在45例感染性角膜炎中,细菌性角膜炎31例(68.99％),真菌性角膜炎10例(22.22％),单纯疱疹病毒性角膜炎4例(8.89％).穿透性角膜移植手术122例(61％),板层角膜移植手术66例(33％),角膜内皮移植手术10例(5％),角膜缘干细胞移植手术2例(1％).结论 中山地区角膜移植手术适应证前三位依次为角膜白斑、感染性角膜炎和外伤.穿透性角膜移植术仍是角膜移植手术的首选术式,而角膜成分移植手术的开展数量逐年增加,大大提高了供体角膜的利用率.

目的:构建针对大肠埃希菌的重组发光噬菌体（HT7），并评估其对大肠埃希菌的鉴定能力。方法:首先通过基因工程构建小向导RNA表达质粒pCRISPR-sg（1~10）和PFN-1000同源重组质粒菌株，并用双层平板筛选切割效率最高的小向导RNA（sgRNA）；采用同源重组与规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）系统联合介导的基因编辑技术，将Nanoluc萤光素酶基因整合入T7噬菌体10A基因下游的非编码区，并成功构建发光噬菌体HT7；通过噬菌斑实验和液体扩增实验评估HT7噬菌体与T7噬菌体生物特性差异；此外用2022年1月至2023年6月解放军总医院第一医学中心临床采集分离的51株大肠埃希菌、20株肺炎克雷伯菌、14株金黄色葡萄球菌、6株屎肠球菌、5株粪肠球菌、3株鲍曼不动杆菌和1株铜绿假单胞菌评估HT7噬菌体的检测专一性和检出限。结果:构建的10个CRISPR靶向切割系统中，sgRNA8靶标的切割效率最高，成斑效率为0.18；噬菌体经pCas9/pCRISPR/PFN-1000 3质粒系统3轮重组筛选后，PCR验证均为2 798 bp的重组噬菌体条带，说明成功构建了HT7噬菌体。重组噬菌体在裂解效率（ P<0.001）、一步生长曲线（ P=0.001）、感染复数（ P=0.031）的生物特性分析中，均有显著差异，裂解暴发点和对数生长节点均延长了10 min，最佳感染复数为0.1；临床样本测试，可识别裂解6株大肠埃希菌，其余菌株均不裂解，4.5 h内可检出低于10 CFU/ml的病原菌。 结论:成功开发了一种高效的噬菌体基因编辑系统，并成功构建发光噬菌体HT7，该噬菌体在4.5 h内能特异性检测出低于10 CFU/ml的大肠埃希菌，且对其他菌株无裂解作用，显示出良好的检测专一性和低检出限。

目的:建立蜡样芽孢杆菌性小鼠眼内炎模型，探讨蜡样芽孢杆菌强致病性的原因，以及可能与疾病预后相关的因素。方法:选取6~8周龄C57BL/6J品系小鼠，向一侧玻璃体腔注射1 μl含有100 CFU蜡样芽孢杆菌的PBS溶液，向对侧眼球注射1 μl无菌PBS作为对照。以同样方法复制表皮葡萄球菌性眼内炎小鼠模型作为疾病对照。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)和ELISA检测炎性细胞因子水平。组织学、视网膜电图和透射电子显微镜检测眼内炎进程和视网膜功能。结果:蜡样芽孢杆菌在C57BL/6小鼠眼中快速生长，且明显快于表皮葡萄球菌，感染12 h后逐渐移至角膜。透射电镜结果显示，蜡样芽孢杆菌感染小鼠眼球后，色素颗粒稀疏的虹膜组织区域中细菌含量较多，而表皮葡萄球菌感染小鼠玻璃体腔后未能在眼前节检测到细菌。视网膜电图结果显示，蜡样芽孢杆菌性眼内炎小鼠的A波、B波幅度在感染6 h后显著降低，感染12 h后检测不出B波信号，且在不同时间点的降低幅度均显著高于表皮葡萄球菌性眼内炎。组织学检测发现，蜡样芽孢杆菌性眼内炎相比表皮葡萄球菌性眼内炎，其前房和玻璃体腔的炎性细胞数量显著增加，浸润程度更高，对组织结构的破坏性更强；ELISA结果显示，蜡样芽孢杆菌性眼内炎的髓过氧化物酶(MPO)活性显著强于表皮葡萄球菌性眼内炎，提示发生更严重的炎症反应。蜡样芽孢杆菌性眼内炎小鼠模型中IL-6、TNF-α和IL-1β的转录水平和蛋白质水平均明显高于表皮葡萄球菌性眼内炎模型。结论:蜡样芽孢杆菌具有快速的生长能力和迁移速率，且眼球感染后可诱发严重的眼内炎及组织结构的破坏，是导致视力丧失的重要因素。

目的:探讨上尿路结石治疗中合并真菌感染患者的临床特点、手术时机及抗菌药物的合理应用。方法:回顾性分析2017年4月至2019年4月北京同仁医院收治的4例在上尿路结石治疗过程中出现真菌感染的患者。例1男性，55岁，既往有糖尿病、高血压病、多次体外碎石史。因发热性尿路感染收入肾内科，抗菌治疗期间发现右输尿管结石，转泌尿外科行输尿管镜碎石术后出现发热及真菌性败血症。例2女性，48岁，既往有糖尿病、高血压病。外院右肾经皮肾镜碎石术后出现尿频、尿急，尿常规检查示白细胞满视野，尿细菌培养为白色假丝酵母菌。口服氟康唑200 mg，每日1次，治疗2周症状消失，尿细菌培养转阴。停用氟康唑后2～4周症状复发并尿细菌培养结果转阳，病情反复迁延1年。我院CT检查示双肾多发小结石，右肾结石为残石或复发无法明确。例3男性，74岁，既往有糖尿病、高血压病、高脂血症、乙状结肠癌根治术后。左侧输尿管软镜钬激光碎石术后出现尿频、尿急、尿痛，尿常规检查示白细胞满视野，尿细菌培养为白色假丝酵母菌，依据药敏口服氟康唑200 mg，每日1次，治疗2周后症状略有缓解但尿细菌培养不转阴，停用氟康唑后症状加重，病情迁延1.5年，CT检查示左肾下盏结石。例4男性，47岁，既往体健。左肾结石术后反复尿频、尿急、尿痛0.5年，尿常规检查示白细胞满视野，尿细菌培养为热带假丝酵母菌，合并左肾铸型结石。结果:例1患者输尿管镜钬激光碎石术后出现真菌血流感染，予静脉滴注氟康唑200 mg，每日1次，抗真菌治疗后体温正常，出院后1周出现真菌性眼内炎于眼科继续治疗。例2患者一期行双侧输尿管支架管置入引流，同时口服氟康唑200 mg，每日1次，治疗2周后行双侧输尿管软镜碎石术，术后尿路真菌感染治愈。例3患者行左侧输尿管支架管置入引流，同时采用两性霉素B、氟康唑抗真菌治疗，体温正常后行输尿管软镜钬激光碎石术，但术后口服氟康唑200 mg，每日1次，抗真菌治疗仅至术后1周，导致左肾盂内真菌球形成并二次行输尿管软镜手术清除肾盂内真菌球，术后予口服氟康唑200 mg，每日1次，配合氟康唑300 mg肾盂内持续滴注1周，最终治愈。例4患者行经皮肾造瘘引流配合口服氟康唑200 mg，每日1次，2周后行经皮肾镜超声碎石术，术后持续口服氟康唑200 mg，每日1次，至支架管拔除、尿细菌培养转阴，患者治愈。结论:糖尿病是上尿路结石合并真菌感染的高危因素。对于此类患者如不彻底清除结石，真菌感染难以控制，术后易复发。应在抗真菌治疗的基础上清除结石，术后应持续抗真菌治疗直至尿路支架管拔除后至少2周。真菌血流感染诊断后的1周内应行眼科检查筛查眼内炎，明确有无组织播散，以决定疗程。

目的:分析尿液的脂阿拉伯甘露聚糖（LAM）抗原检测方法对肺结核患者的诊断价值，为尿液LAM抗原试剂盒在中国地区的推广提供依据。方法:2023年3—5月，前瞻性收集首都医科大学附属北京胸科医院诊治肺部疾病患者228例［男134例，女94例，年龄20~82（44.8±16.7）岁］，其中肺结核患者143例，非结核病患者85例。收集所有患者的痰标本和尿液，进行传统病原学检测和尿液LAM抗原检测，分析各检测阳性组合的筛查结果，并通过卡方检验等统计学方法对结果进行进一步分析。结果:尿液LAM试剂盒的检测敏感度为46.2%（95% CI：37.9%~54.7%），检测特异度为96.5%（95% CI：89.3%~99.1%），总体符合率为64.9%。联合应用尿液LAM抗原检测和结核分枝杆菌/利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测（Xpert）两种方法检测阳性样本的检出率（60.8%，87/143）高于单独应用Xpert检测阳性样本的检出率（49.7%，71/143），差异有统计学意义（ P<0.05）。风险因素分析结果表明，尿液LAM抗原检测结果阴性的风险随着细菌载量的降低而增加。 结论:尿液LAM抗原检测方法特异度高，与传统病原学联用可有效提高检出率。尿液LAM抗原检测法仍具有受细菌载量影响和区分非结核分枝杆菌样本能力不强等局限性，需进一步试验验证。

患者，男，41岁，因左眼视物不清2年伴耳鸣1个月余，于2021年4月19日至南京中医药大学附属南京中医院眼科就诊，眼科检查：左眼视力0.08，矫正视力0.8；双眼眼压均为18 mmHg(1 mmHg＝0.133 kPa)；左眼瞳孔正圆，瞳孔直径约5 mm，直接对光反射迟钝；右眼瞳孔正圆，瞳孔直径约3 mm，直接对光反射灵敏，余眼前节及眼底未见明显异常；双眼视野检查示可见生理盲点，全视野范围内各部位光敏感度正常。请神经外科医师会诊，头颅CT检查后诊断为头颈部腺样囊性癌，行肿瘤次全切除术及放射治疗。术后6个月，患者因左眼视物不清伴分泌物增多及左耳胀痛2周，再次就诊。眼科检查：左眼视力指数20 cm；眼压19 mmHg，球结膜中度充血，角膜中央可见4 mm×4 mm溃疡，荧光素钠染色阳性，前房可见积脓，眼后段结构窥不清(图1)。激光扫描角膜共焦显微镜示病灶内大量炎性细胞浸润(图2)。结膜囊分泌物培养未见细菌及真菌生长。角膜知觉检查显示左眼角膜知觉反射迟钝。耳鼻喉科医师会诊诊断为左中耳炎。临床诊断为左眼感染性角膜溃疡，左眼神经营养性角膜炎，左中耳炎。给予氧氟沙星眼膏(日本参天制药株式会社)1次/2 h点眼，头孢曲松钠3.0g 1次/d静脉滴注。治疗5 d后，患者眼部及耳部症状明显减轻，左眼角膜溃疡范围缩小至3 mm×3 mm(图3A、B)，前房积脓消失。停用全身抗感染药物，加用小牛血去蛋白提取物滴眼液(沈阳兴齐眼药股份有限公司)1次/2 h点眼并佩戴角膜绷带镜。持续治疗5 d后检查发现左眼角膜上皮缺损持续不愈，予利多卡因联合罗哌卡因1：1约0.2 ml球结膜下浸润麻醉后行左眼角膜羊膜覆盖术。术中将羊膜覆盖全角膜，于角膜缘进行间断缝合。术后1 d，羊膜贴敷紧密，角膜缘无渗出及分泌物(图4A)。术后1周羊膜贴敷紧密、无溶解，拆除缝线(图4B)。术后2周羊膜仍覆盖角膜，未见溶解迹象(图4C)。术后1个月检查发现溃疡病灶愈合并呈片状云翳，球结膜中度充血，角膜缘上方可见一新发1.5 mm×1.5 mm角膜溃疡灶，前房下方积脓(图4D)；压迫泪囊区可见大量脓性分泌物自下泪小点溢出，泪囊区皮肤无红肿和压痛；结膜囊分泌物培养结果为金黄色葡萄球菌。综合诊断为左眼泪囊炎、左眼感染性角膜溃疡、左眼神经营养性角膜炎、左中耳炎。给予全身头孢曲松钠3.0 g 1次/d静脉滴注，局部氧氟沙星眼膏、小牛血去蛋白提取物滴眼液1次/2 h点眼抗感染治疗，治疗5 d后行左泪囊鼻腔吻合术；术后随访1年角膜溃疡已形成角膜云翳(图5)，泪道冲洗通畅。

目的:探讨压力可调控的大孔隙抗菌水凝胶对感染创面的修复作用及机制。方法:用金黄色葡萄球菌建立C57BL/6小鼠伤口感染模型，按不同处理方式分为3组：阴性对照组（A组），普通医用凝胶对照组（B组），压力可调控的大孔隙抗菌水凝胶实验组（C组）。在第1、3、6、9、12天，比较三组干预方式对小鼠创面的愈合面积、痂下菌量的影响；鉴定创面成纤维细胞中Ⅰ型前胶原，比较三种处理方式对伤口成纤维细胞凋亡的变化；并通过检测炎症因子白细胞介素（IL-6）和肿瘤坏死因子（TNF-α）的表达情况比较三组处理方式对伤口修复过程中炎症的抑制作用。结果:在第1、3天，三组创面面积差异无统计学意义（ P>0.05）。第6、9、12天，三组创面面积差异均有统计学意义（ P< 0.05）。第6天，B组、C组创面面积[（1.23±0.16）、（1.14±0.12）cm 2]均小于A组[（1.56±0.16）cm 2]，差异均有统计学意义（ P<0.05），但B、C两组间差异无统计学意义（ P>0.05）；第9、12天B组创面面积[（0.97±0.13）、（0.76±0.10）cm 2]、C组创面面积[（0.66±0.06）、（0.48±0.07）cm 2]均小于A组[（1.49±0.11）、（1.39±0.13）cm 2]，且C组小于B组，以上项目比较差异均有统计学意义（ P< 0.05）。第1天，三组每克痂下菌量对数值比较差异无统计学意义（ P>0.05）。第3、6、9、12天，B组和C组痂下菌落数均小于A组( P<0.05)，且C组细菌菌落数均小于B组，差异均有统计学意义（ P< 0.05)。核酸电泳图显示C组中条带灰度明显较A组、B组深。C组成纤维细胞早期凋亡率[Low-right阳性荧光占比（LR%）：9.72%]要明显低于A组（43.99%）和B组(38.43%)，B组低于A组，差异均有统计学意义（ P<0.05）。第12天C组成纤维细胞中的IL-6和β-actin的灰度值比值（0.64±0.10）、TNF-α和β-actin的灰度值比值（0.34±0.05）表达均较A组（1.22±0.21、0.60±0.14）和B组（0.88±0.02、0.41±0.06）小，差异有统计学意义（ P<0.01）。 结论:压力可调控的大孔隙抗菌水凝胶对感染创面有较强的抗炎及组织修复能力，其机制与减少成纤维细胞凋亡相关。

目的:对比新型过氧乙酸复合消毒剂与戊二醛对高病毒载量慢性乙型肝炎、丙型肝炎及艾滋病患者所用消化内镜残留病毒及细菌的杀灭效果。方法:选取血清中乙型肝炎病毒（hepatitis virus，HBV）DNA≥10 5 IU/mL，丙型肝炎病毒（hepatitis C virus，HCV）RNA≥10 5 IU/mL或人类免疫缺陷病毒（humanimmuno deficiency virus，HIV）RNA≥10 4 copies/mL的接受消化内镜诊疗的24名患者，将同一病种患者随机分组至实验组（过氧乙酸消毒组）或对照组（戊二醛消毒组），检测4个不同时点消化内镜HBV-DNA、HCV-RNA、HIV-RNA、细菌染菌量及三磷酸腺苷（adenosine triphosphate，ATP）生物荧光定量数值。 结果:实验组与对照组消毒后消化内镜内、外表面均未检出HBV-DNA、HCV-RNA及HIV-RNA。实验组与对照组消毒后细菌菌落数差异无统计学意义（ Z=0.718， P=0.473），消毒合格率均为100%。实验组与对照组清洗消毒前后ATP含量变化差异无统计学意义（ Z=1.334， P=0.182）。实验组的内镜处置人员对消毒剂产生的不良反应少于对照组。 结论:新型过氧乙酸复合消毒剂与戊二醛均能达到国家标准规定的高水平消毒要求，过氧乙酸消毒时间更短，对消人员造成的不良影响更小。

目的:探究LiaSR双组分信号转导系统对变异链球菌（Sm）593号（Sm 593）临床株耐酸和生物膜形成的影响及相关机制。方法:以Sm 593及其liaS和liaR基因敲除株为研究菌株，采用全自动生长曲线测定仪检测并绘制pH=5.5环境中各菌株的生长曲线；用菌落计数法检测细菌的适应性耐酸能力；使用Laurdan探针、氢-钾腺苷三磷酸（ATP）酶试剂盒、质子通透性检测实验和实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探究LiaSR双组分信号转导系统介导的耐酸机制。体外构建各菌株的生物膜，通过结晶紫染色法、菌落计数法、SYTOX探针检测法和蒽酮-硫酸法探究各菌株的生物膜总量、活菌数、胞外DNA（eDNA）和胞外多糖含量；采用RT-qPCR法检测胞外多糖合成相关基因的表达情况。结果:pH=5.5环境中，liaS和liaR基因敲除株的生长受到显著抑制（ P<0.05）。适应性耐酸曲线显示敲除株与野生株相比，固有耐酸和适应性耐酸能力均显著下降（ P<0.05）。对三菌株无预酸化处理20和40 min以及预酸化处理20和40 min后，liaS基因敲除株生存率［（8.98±2.00）%、（0.18±0.07）%、（14.88±8.64）%、（0.82±0.91）%］和liaR基因敲除株生存率［（0.38±0.19）%、（0.34±0.18）%、（7.89±2.02）%、（1.52±0.37）%］均分别显著低于野生株［（32.49±9.75）%、（1.27±0.32）%、（62.76±29.06）%、（8.02±1.25）%］（均 P<0.05）。此外，liaS和liaR敲除株膜流动性（0.18±0.04和0.18±0.05）均显著低于野生株（0.08±0.05）（均 P<0.01）；不饱和脂肪酸合成基因fabM表达水平（0.52±0.11和0.57±0.05）与野生株（1.04±0.30）相比均显著降低约1/2（均 P<0.001）；H +-ATP酶活性（917.06±59.53和469.53±47.65）与野生株（127.00±50.71）相比显著升高7.22和3.70倍（均 P<0.001），且编码H +-ATP酶基因atpD的表达水平（3.39±0.21和1.94±0.17）也较野生株（1.00±0.15）显著升高3.39和1.94倍（均 P<0.01）。liaR基因敲除株的终末pH值（4.76±0.01）显著低于野生株（4.90±0.00），liaS基因敲除株的终末pH值（5.19±0.01）显著高于野生株（均 P<0.001）。liaS和liaR基因敲除株与野生株相比，Sm 593生物膜总量未发生明显变化，生物膜活菌数均显著少于野生株（均 P<0.05），且eDNA含量均显著高于野生株（均 P<0.01）。liaS基因敲除株生物膜水溶性多糖含量与野生株相比显著增加1.88倍（ P=0.003）。liaS和liaR基因敲除株胞外多糖合成相关基因gtfD表达水平较野生株显著升高47.43和16.90倍（均 P<0.05），liaS基因敲除株中gtfC基因比野生株显著高表达1.65倍（ P=0.014）。 结论:LiaSR双组分信号转导系统通过调控膜不饱和脂肪酸合成和胞膜流动性，参与Sm 593的耐酸过程；LiaR反应调节蛋白还可参与调节膜质子通透性，增强Sm 593的耐酸能力；此双组分信号转导系统可负向调控生物膜胞外基质的产生。