目的 用两样本孟德尔随机化法评估骨质疏松与骨密度和胃食管反流病(gastroesophageal reflux disease,GERD)的因果关系.方法 暴露包括骨质疏松、全身骨密度、腰椎骨密度、股骨颈骨密度、足跟骨密度、前臂骨密度,结局为GERD.筛选与暴露强相关的单核苷酸多态性位点为工具变量进行两样本孟德尔随机化(MR)分析.采用逆方差加权(IVW)法作为主要方法,加权中位数法、MR-Egger 法作为补充,评估暴露与结局的因果关系.敏感性分析验证结果的稳定性与可靠性.结果 IVW法表明遗传预测的骨质疏松是GERD的危险因素(P=0.005,OR=35.687,95%CI:3.009～423.194),全身骨密度(P=1.57×10-5,OR=0.910,95%CI:0.872～0.950)和腰椎骨密度(P=0.005,OR=0.917,95%CI:0.863～0.974)的增加是GERD的保护因素,而股骨颈骨密度、前臂骨密度、足跟骨密度与GERD不存在因果关系.异质性检验表明足跟骨密度与GERD之间存在异质性,但不影响随机效应IVW法得出的因果关系的结论,其余暴露与GERD不存在异质性.MR-Egger-intercept表明无水平多效性.留一法表明分析结果稳健.结论 骨质疏松是GERD的危险因素,全身骨密度和腰椎骨密度的增加是GERD的保护因素.这提示骨质疏松症患者应进行GERD的早期筛查及诊治,本研究为临床医生提供了新的诊疗思路.

目的 采用孟德尔随机化分析方法研究 1 400 种血液代谢物与骨质疏松症发病风险的因果关系.方法 获取 1 400种血液代谢物与骨质疏松症的全基因组关联研究数据,将单核苷酸多态性作为工具变量并选择敏感的SNPs进行分析.通过IVW、WM、MR-Egger回归法进行两样本孟德尔随机化分析,以OR值检验 1 400 种血液代谢物与骨质疏松症之间的因果关系,并完成敏感性和多效性检验.结果 6 种血液代谢物与骨质疏松症显著相关,GCST90199879、GCST90200092、GCST90200368、GCST90200656、GCST90200664、GCST90200973 与骨质疏松症的孟德尔随机化分析结果显示,IVW法的OR值分别为 0.973(95%CI:0.954～0.991,P=0.004)、0.883(95%CI:0.805～0.968,P=0.008)、1.111(95%CI:1.030～1.197,P=0.006)、1.147(95%CI:1.038～1.267,P=0.007)、1.069(95%CI:1.022～1.119,P=0.004)、0.741(95%CI:0.602～0.914,P=0.005),表明血液代谢物与骨质疏松症之间存在因果关系.IVW(P＞0.05)和 MR-Egger回归(P＞0.05)的 Cochran Q 检验表明 SNPs 并不存在异质性.MR-Egger法的egger_intercept和 0 差异没有统计学意义(P＞0.05),SNPs不存在水平多效性.结论 本研究提示了 6 种血液代谢物与骨质疏松症之间存在因果关系,这为探讨血液代谢物介导的骨质疏松症的发病机制提供了新的认知.

目的 对2023年淮安市一起食物中毒事件分离的副溶血性弧菌进行全基因组测序和耐药性分析,为副溶血性弧菌引起的食源性疾病的防控和临床治疗提供参考.方法 采用Illumina测序平台进行全基因组测序,通过全基因组单核苷酸多态性(wg-SNP)和多位点序列分型(MLST)分析进行溯源,在线数据库鉴定菌株携带的毒力和耐药基因,采用微量肉汤稀释法进行药敏实验.结果 共分离到12株副溶血性弧菌,3株来自病例、9株来自留样食品.其中2株食物分离株与3株病例分离株wg-SNP差异数为0～2bp,都属于ST3型,判断为同一克隆;其余7株食物分离株与病例分离株wg-SNP差异数为11 341～37 173 bp,判定为不同克隆.从病例和食品中分离的ST3型副溶血性弧菌都携带外毒素基因tdh和tlh,其余菌株仅携带tlh.本事件分离的副溶血性弧菌都携带blaCARB型耐药基因,且对头孢唑啉耐药率较高.结论 通过全基因组测序分析,本起事件由携带tdh毒力基因的ST3型副溶血性弧菌污染食品引发,显示全基因组测序技术在中毒事件快速溯源中有较好的应用前景.该菌株对头孢唑啉耐药,可为临床治疗抗生素选用提供依据.

目的:探讨胱天蛋白酶激活与募集结构域8(caspase activation and recruitment domain 8, CARD8)基因rs2043211多态性与中国人群大动脉粥样硬化型(large artery atherosclerosis, LAA)卒中发病年龄的相关性。 方法:利用南京卒中注册系统回顾性连续纳入2010年1月至2014年12月期间的LAA卒中患者并进行基因分型。按照不同遗传模型分组，比较不同基因型组间年龄分布差异，应用Kaplan-Meier曲线比较不同基因型患者年龄相关的累计未发病频率。结果:研究期间共收治738例LAA卒中患者，其中717例(97.15%)成功进行基因分型并纳入分析。各基因型组之间年龄、体重指数以及性别、高血压、糖尿病、高脂血症、吸烟和饮酒患者构成比均无统计学差异。共显性模型分析显示，携带突变型T等位基因的患者发病更早[AA基因型：61.68岁，95%可信区间(confidence interval, CI)59.92～63.45岁；AT基因型：60.51岁，95% CI 59.41～61.60岁；TT基因型：60.44岁，95% CI 58.96～61.92岁]。Kaplan-Meier曲线分析显示，不同基因型患者之间年龄相关的累计未发病频率存在统计学差异(log-rank检验 P＝0.041)。按照性别进行分层分析，在女性患者中得到相似的结论( P＝0.001)。 结论:CARD8基因rs2043211突变型T等位基因可使中国汉族女性LAA卒中发病年龄提前。

目的:探讨焦亡通路关键基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应的关系。方法:抽取2005年1月至2015年6月中国医学科学院肿瘤医院347例Ⅱ~Ⅲ期直肠癌患者术后同步放化疗治疗前的外周血，提取DNA，采用Sequenom MassARRAY方法检测焦亡通路中的黑色素瘤缺乏因子2(AIM2)、半胱天冬酶1(CASP1)、CASP4、CASP5、CASP11、消皮素D (GSDMD)、消皮素E(GSDME)和含Nod样受体家族pyrin域蛋白3(NLRP3)共8个关键基因的43个标签单核苷酸多态(htSNP)的基因分型，采用非条件logistic回归模型分析htSNP基因型与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应发生的关系。结果:347例患者术后接受持续5周的术后同步放化疗，发生中重度骨髓抑制101例(29.1%)，发生中重度腹泻156例(45.0%)，发生中重度放射性皮炎66例(19.0%)。手术方式、病灶距齿状线距离与直肠癌患者术后同步放化疗发生中重度腹泻和放射性皮炎有关(均 P<0.01)。CASP4基因的rs11226565( OR＝0.41，95% CI：0.21~0.79)、rs579408( OR＝1.54，95% CI：1.03~2.29)和rs543923( OR＝0.63，95% CI：0.41~0.98)3个遗传变异位点与中重度骨髓抑制发生有关；CASP11 rs10880868( OR＝0.55，95% CI：0.33~0.91)和GSDME rs2954558( OR＝1.52，95% CI：1.01~2.31)与中重度腹泻发生有关；GSDME rs2237314( OR＝0.36，95% CI：0.16~0.83)、GSDME rs12540919( OR＝0.52，95% CI：0.27~0.99)和NLRP3 rs3806268( OR＝1.51，95% CI：1.03~2.22)与中重度放射性皮炎的发生有关。其余35个htSNP位点与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应发生无关(均 P>0.05)。 结论:焦亡通路相关基因CASP4、CASP11、GSDME和NLRP3的遗传变异与Ⅱ~Ⅲ期直肠癌患者术后同步放化疗的不良反应发生有关，可能是直肠癌个体化治疗的潜在遗传标志物。

目的:探讨Dickkopf相关蛋白3(DKK3)基因高甲基化对直肠癌增殖、迁移及侵袭的影响及其临床价值。方法:SW480、LOVO、HT29及HCT116等直肠癌细胞购自中国科学院细胞库。选择2016年1月至2016年12月直肠癌患者(直肠癌组)及直肠良性疾病患者(对照组)为研究对象。设计合成寡核苷酸序列(MON、UMON和CON)并转染至LOVO直肠癌细胞。采用甲基特异性PCR检测直肠癌患者(肿瘤组织、癌旁组织)、对照组直肠组织及直肠癌细胞系中DKK3基因甲基化状态；分析DKK3基因甲基化与临床病理因素、无进展生存期(PFS)及总生存期的关系；Transwell小室检测MON组、UMON组及CON组LOVO直肠癌细胞迁移及侵袭。两组间均数比较用独立样本 t检验；多组间均数比较用单因素方差分析(组间比较用LSD- t检验)。Kaplan-Meier生存分析并采用Log-rank比较。 结果:直肠癌组患者肿瘤组织DKK3基因甲基化率显著高于癌旁组织及对照组直肠组织(甲基化率分别72.2%、11.1%比12.0%)，差异有统计学意义( χ2＝88.756， P<0.05)。SW480、HT29及HCT116等直肠癌细胞系中DKK3基因呈甲基化状态，而在LOVO直肠癌细胞中呈未甲基化状态。低+中分化、N2淋巴结转移、肿瘤最大径≥3 cm、T3+T4及Ⅲ+Ⅳ期患者DKK3基因甲基化率显著高于高分化、N0+N1淋巴结转移、肿瘤最大径<3 cm、T1+T2及Ⅰ+Ⅱ期患者(甲基化率分别79.31%比59.38%、86.11%比62.96%、83.67%比58.54%、83.33%比59.52%、82.76%比53.13%)，差异有统计学意义( χ2＝5.922、4.673、5.833、5.198、7.610，均 P<0.05)。DKK3基因甲基化患者PFS及中位生存期显著低于DKK3基因未甲基化患者[PFS为(24.4±3.8)个月比(33.7±4.1)个月，中位生存期为(31.5±4.2)个月比(42.8±5.4)个月]，差异有统计学意义(Log-rank＝21.135、30.876， P<0.05)。MON组LOVO直肠癌细胞1~6 d细胞活力、细胞迁移数及侵袭数均显著高于UMON组及CON组LOVO直肠癌细胞[1 d的吸光度( A)值分别为0.21±0.03、0.14±0.03比0.15±0.04、2 d的 A值分别为0.31±0.04、0.21±0.04比0.23±0.05、3 d的 A值分别为0.42±0.05、0.29±0.05比0.28±0.06、4 d的 A值分别为0.57±0.05、0.33±0.06比0.35±0.05、5 d的 A值分别为0.71±0.08、0.45±0.06比0.44±0.07、6 d的 A值分别为0.89±0.09、0.53±0.08比0.54±0.09，细胞迁移数分别为(687.1±23.5)、(287.5±15.4)个比(285.9±15.1)个；细胞侵袭数分别为(419.6±34.2)、(151.7±14.9)个比(152.6±15.5)个]，差异有统计学意义( F＝11.382、13.263、14.651、16.128、19.877、21.235、44.981、37.247， P<0.05)。 结论:DKK3基因高甲基化可促进直肠癌细胞增殖、迁移及侵袭，有助于直肠癌病情及预后评估。

目的:分析江苏省25株新型冠状病毒(2019-nCoV)全基因组序列，研究其进化特征。方法:使用高通量测序技术对确诊病例咽拭子样本进行测序，使用CLC Genomics Workbench 12.0分析单核苷酸多态性(SNP)，MEGA5.1分析病毒进化特征。结果:25株病毒共检测到52处碱基突变，进化分析显示25株病毒分成2个进化分支，分支1含有8 782和28 144位置CT连锁SNPs，而分支2此2位置突变为TC，即8 782 (ORF1ab: C8517T,同义突变)和28 144(ORF8: T251C, L84S)。分支2中5株病毒还含有24 034(S：C2 472T，同义突变)、26 729(M：T207C，同义突变)和28 077(ORF8：G184C，V62 L)连锁SNPs，聚成亚组A，不同分支/亚组在人群分布及与疾病关系无显著差异。结论:2019-nCoV出现了SNPs，其对病毒传播力、致病性等影响有待进一步研究。

28岁，G 3P 1，孕12 +1周B超提示胎儿颈部透明层(NT)为2.6 mm，疑似伴有淋巴管水肿，孕12 +4周复查NT为3.2 mm。在签署知情同意书后，于孕19周行羊膜腔穿刺，常规进行羊水染色体检查以及基于细菌人工染色体微珠(BoBs)的检测。胎儿染色体核型为46，XY，del(6)(p22.3p24)( 图1)，BoBs检测未见异常。孕妇核型为46，XX，其丈夫为46，XY，ins(10；6)(q22；p22.3p24)( 图2)。单核苷酸多态性微阵列检测结果显示胎儿6p22.3p24区存在9.1 Mb缺失，涉及 EDN1、ATXN1和 PHACTR1等25个OMIM基因( 图3)。经遗传咨询，该夫妇决定终止妊娠，引产儿外观无明显畸形，未行病理学检查。

目的:探讨中国汉族人群中白细胞介素2受体α（IL2RA）基因单核苷酸多态性（SNP）的分布特征及其与经典1型糖尿病（T1DM）的关系。方法:收集2008年1月至2014年12月于南京医科大学第一附属医院和南京医科大学附属儿童医院就诊的T1DM患者和健康对照者。记录患者的血清C肽、锌转运体8抗体（ZnT8A）、谷氨酸脱羧酶抗体（GADA）、蛋白酪氨酸磷酸酶抗体（IA-2A）、IL2RA基因rs3118470和rs2104286位点的基因分型等检测结果。采用 t检验、 χ2检验和Kruskal-Wallis H检验比较T1DM组和健康对照组的一般资料以及各基因型T1DM患者的临床特征。采用logistic回归比较T1DM患者组和对照组之间等位基因及基因型的频率分布，并校正潜在混杂因素（如年龄和性别）。采用单因素logistic回归分析法分析不同模型（显性、隐性、超显性和加性模型）下各位点多态性与T1DM易感性的关联。 结果:IL2RA rs3118470位点次要等位基因C为T1DM的风险等位基因（ P=0.026），在显性遗传和加性遗传模型下，IL2RA rs3118470位点多态性与T1DM易感性相关［OR（95%CI）分别为0.807（0.666~0.978）和0.880（0.783~0.989），均 P<0.05］，但其不同基因型组间T1DM患者临床特征差异均无统计学意义（均 P>0.05）。IL2RA rs2104286位点不同基因型组间T1DM患者ZnT8A阳性率的差异有统计学意义（ P=0.035）。 结论:IL2RA rs3118470位点多态性与中国汉族人群T1DM易感性相关，其次要等位基因C是T1DM的风险等位基因，IL2RA rs2104286位点多态性与患者ZnT8A阳性率有关。

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。