目的:探讨胆总管结石患者小肠动力、小肠细菌过度生长(SIBO)和肠道菌群的变化。方法:选择2020年1月至2020年12月在中国人民解放军联勤保障部队第九〇九医院(厦门大学附属东南医院)就诊的21例胆总管结石患者作为观察组，抽取同期在该院接受健康体检的21例受试者作为对照组。采用氢甲烷呼气试验检测SIBO发生率，采用钡餐检测小肠动力，采用16S rRNA检测粪便菌群变化。结果:观察组每个样本的物种丰富度低于使用相同序列的对照组，观察组Shanon指数显著低于对照组(3.04±0.32 vs 3.41±0.25， P＝0.008)。β多样性分析显示两组患者肠道微生物种和进化方面均存在显著差异。两组患者门水平以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门为主，观察组厚壁菌门丰度低于对照组( P<0.05)；属水平两组患者拟杆菌属丰度比较差异无统计学意义( P>0.05)，观察组普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属、真杆菌属丰度低于对照组(均 P<0.05)，观察组毛螺菌属丰度高于对照组( P<0.05)。各个时间点观察组氢气浓度值和甲烷浓度值均高于对照组，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。观察组SIBO阳性患者17例，阳性率80.95%；对照组SIBO阳性患者6例，阳性率28.57%，两组患者SIBO阳性率比较差异有统计学意义(连续校正χ 2＝9.611， P＝0.002)。观察组小肠运行时间长于对照组( P<0.05)。 结论:胆总管结石患者存在小肠动力障碍、小肠细菌过度生长和肠道菌群结构丰度变化，进一步深入研究肠动力和肠道菌群在胆结石发病中的机制，对胆结石的防治具有重要临床意义。

另枝菌属( Alistipes)细菌主要从人类肠道微生物组中分离出来，属于拟杆菌门。从人类粪便、阑尾炎、腹腔和直肠脓肿等样本中分离出了另枝菌属的各种菌种，目前该属发现的菌种有芬氏另枝菌、腐烂另枝菌、昂氏另枝菌、沙氏另枝菌和蒂莫另枝菌等。一方面，有研究表明另枝菌属细菌对某些疾病具有保护作用，包括胰腺癌、阿尔茨海默病、肝纤维化和心血管疾病等。另一方面，其他研究表明，另枝菌属细菌在帕金森病、结直肠癌和抑郁症等疾病中具有致病性。此外，另枝菌属细菌还被证明在结肠炎中表现出了矛盾的作用，既能促进结肠炎的发展，也能抑制炎症。本综述旨在帮助研究者们认识另枝菌属细菌，并且进一步总结另枝菌属细菌与疾病的关系。

患儿，男性，5岁5个月。患儿因右眼被猫抓伤1 d，眼结膜充血、眼痛及视物不清，于2023年8月23日至华中科技大学同济医学院附属同济医院眼科就诊。SL－40H型裂隙灯显微镜(英国KEELER公司生产)检查结果显示右眼混合充血，角膜全层裂伤。给予完善全身检查、注射狂犬疫苗，收入院。患儿既往足月顺产，出生时体重正常，无吸氧史，既往无眼部疾病史和其他疾病史。右眼视力指数/20 cm，左眼视力1.0；双眼眼压均为12 mmHg(1 mmHg＝0.133 kPa)。右眼眼睑肿胀，结膜混合性充血，下方角膜可见弧形全层裂伤，伴有虹膜嵌顿，前房浅，瞳孔变形，晶状体混浊，其余窥不入；左眼无充血，角膜透明，前房清晰，瞳孔直径3 mm，对光反射灵敏，晶状体透明，眼底未见明显异常。诊断为右眼角膜穿通伤，右眼外伤性白内障。遂于当日急诊全身麻醉下行右眼角膜穿通伤清创缝合术联合前房冲洗及前房成形术。术中见角膜中央全层裂伤，伤口长度约4.5 mm，伴有虹膜嵌顿于伤口且部分脱出、坏死。经专家组讨论，切除部分坏死虹膜，还纳嵌顿虹膜，在黏弹剂辅助下采用10－0尼龙线间断缝合角膜全层，达到水密状态。手术过程顺利无并发症，术中未见晶状体皮质外溢，因此未行白内障摘除手术。术后给予右眼1%醋酸泼尼松龙滴眼液(爱尔兰艾尔建制药公司生产)点眼，4次/d；0.5%盐酸莫西沙星滴眼液(华润紫竹药业有限公司生产)点眼，3次/d；重组牛碱性成纤维细胞生长因子眼用凝胶(珠海亿胜生物制药有限公司生产)点眼，3次/d；0.5%复方托吡卡胺滴眼液(沈阳兴齐制药有限公司生产)点眼，1次/晚；头孢克洛干混悬剂[亿腾医药(苏州)有限公司生产]口服，0.125 g，3次/d。术后3 d患儿病情稳定，无明显眼部疼痛。右眼视力指数/40 cm，眼压正常，角膜上皮愈合良好，裂伤口对合好，缝线无松脱，前房深度正常，房水闪辉阳性，瞳孔欠圆，直径约3 mm，颞下方虹膜部分缺损，晶状体混浊，眼底结构不清。见图1。遂嘱带药出院，定期复查。7 d后复诊，右眼视力指数/30 cm；术后20 d复诊右眼视力0.3。角膜伤口未见明显感染迹象，缝线未见松动。2023年10月3日，在角膜手术后40 d，患儿因"右眼流泪不能睁眼4 d"再次就诊。给予0.5%盐酸丙美卡因(美国爱尔康公司生产)表面麻醉下裂隙灯显微镜检查。见图2A和图2B。经裂隙灯显微镜检查，可见角膜中央灰白色浸润灶，直径约3 mm×4 mm,位于伤口内角膜深基质层，房水闪辉阳性，未见前房积脓，SW－2100型眼部B型超声(天津市索维电子技术有限公司生产)检查未见后节感染迹象。考虑患儿为感染性角膜炎，细菌性感染可能性大，遂予以局部加强抗感染及促进修复治疗，给予右眼0.5%左氧氟沙星滴眼液(扬子江药业集团有限公司生产)点眼，1次/2 h；0.3%妥布霉素滴眼液(美国爱尔康公司生产)点眼，1次/2 h；盐酸左氧氟沙星眼用凝胶(湖北远大天天明制药有限公司生产)点眼，1次/晚；0.1%普拉洛芬滴眼液(日本千寿制药株式会社生产)点眼，4次/d；重组牛碱性成纤维细胞生长因子眼用凝胶，2次/d。药物治疗3 d后角膜感染未见明显好转，患儿眼痛和视物不清症状未缓解。经裂隙灯显微镜检查，可见角膜浸润病灶直径约4 mm×4 mm，病灶有扩大趋势，前房少量积脓，眼部B型超声检查未见后节感染迹象。为防止感染进一步加重导致眼内炎，经病例讨论，与家属交流，取得对方同意后遂于2023年10月7日急诊全身麻醉下行右眼同种异体穿透性角膜移植术。见图3A和3B，术中选取植床直径7.5 mm，植片直径7.75 mm。术后右眼给予0.1%他克莫司滴眼液(日本千寿制药株式会社生产)点眼，2次/d；0.1%普拉洛芬滴眼液点眼，4次/d；重组牛碱性成纤维细胞生长因子眼用凝胶点眼，2次/d；0.5%复方托吡卡胺滴眼液点眼，1次/晚；0.5%左氧氟沙星滴眼液点眼，4次/d；盐酸左氧氟沙星眼用凝胶点眼，1次/晚。术中所取感染角膜分别送一般细菌培养、一般真菌培养及病原微生物高通量二代测序检测与鉴定。病原学检查结果显示，28℃和35℃条件下一般细菌及真菌培养均为阴性。病原微生物高通量基因检测覆盖革兰氏阳性细菌、革兰氏阴性细菌、分枝杆菌、支原体、衣原体及立克次体等10 989种细菌,脱氧核糖核酸病毒和核糖核酸病毒等5050种病毒，1179种真菌及282种寄生虫。提示为二氧化碳嗜纤维菌属和口炎二氧化碳嗜纤维菌种阳性，检出序列5，相对丰度1.08%。真菌、病毒、寄生虫、结核分枝杆菌、支原体、衣原体及立克次体等均未检出。另有检出痤疮丙酸杆菌，但相对丰度0.33%较低，且为常见眼表定植菌。综合患儿被猫抓伤病史及临床表现，诊断患儿为二氧化碳嗜纤维菌感染。术后患儿恢复良好，定期复查。治疗10个月余后，患儿右眼视力恢复至0.1，眼压12 mmHg，角膜植片透明，缝线未松脱，未见植片排斥及感染复发，内皮细胞密度1932个/mm2。见图4。

目的 探讨不同类型饮水对小鼠的生长和粪便菌群的影响.方法 选取SPF级NIH小鼠,分成5组,每组32只,雌雄各半,分别饲喂纯净水(对照组)、酸化水、碱化水、弱酸水和固体水,连续监测20 d饮食和体重,实验结束后取动物粪便样本,用细菌16S rDNA通用引物扩增V3-V4区域,采用Illumina Miseq高通量测序平台进行测序,使用生物信息学方法进行微生物群落分析、α多样性分析和β多样性分析.结果 在体重方面,不同pH的饮水,雌性小鼠中弱酸水组高于对照组,其他组均低于对照组(P＞0.05);雄性小鼠中仅酸化水组的体重高于对照组,其他组均低于对照组,但组间无统计学差异(P＞0.05);固体形态水的雌性和雄性小鼠的体重均低于对照组的体重(P＜0.05).在采食和饮水量方面,碱化水组的雌性小鼠饮水和采食量低于其他组,固体水组的饮水量,雌性和雄性小鼠均低于其他组.经OTU聚类分析,稀释性曲线说明本次测序的数据量合理.NIH小鼠粪便菌群共分成五个门,其中拟杆菌门和厚壁菌门占主要地位,属水平上主要是Unclassified Porphyromonadaceae、乳酸杆菌属和另枝菌属.5种类型饮水的粪便菌群丰度和多样性存在差异,α分析结果显示,在菌群的丰度和多样性上,酸化水组最高,而在菌群的多样性上,固体水组最低.β分析结果显示,固体水组和对照组的粪便菌群最接近,其次分别为碱化水组、酸化水组和弱酸水组.结论 通过对不同类型饮水的探索,揭示了固体形态饮水方式对小鼠体重、采食量、饮水量和粪便菌群影响较大,而不同pH的饮水影响小鼠的粪便菌群丰度和多样性,尤其是酸化水对小鼠粪便菌群的影响更大.

[背景]草莓连年栽培导致土传病害问题突出,施用熏蒸剂进行土壤消毒因效果显著得以广泛应用.但不同熏蒸剂对土壤病原微生物的影响存在较大差异,同时对非靶标微生物和土壤理化性质也会有不同程度的影响.[目的]明确不同熏蒸剂对草莓连作土壤养分和土壤细菌、真菌群落结构的影响,为合理选择熏蒸剂提供科学依据.[方法]以连作土壤为材料设置 5 个处理:未熏蒸、石灰氮熏蒸、石灰熏蒸、棉隆熏蒸、威百亩熏蒸,测定熏蒸处理后土壤养分含量;采用PacBio测序平台分析土壤微生物多样性的变化.[结果]石灰氮和威百亩处理均增加了碱解氮含量,降低了有机质、有效磷和速效钾含量;棉隆处理土壤中各养分含量均增加;石灰处理除有机质含量增加外,碱解氮、有效磷和速效钾含量均降低;棉隆、石灰和威百亩处理显著降低pH值.5 个处理草莓连作土壤样本中获得了 1 164个细菌OTU和 444个真菌OTU.细菌多样性和丰富度分析发现,4 种熏蒸剂处理均增加了土壤细菌群落的丰富度,石灰氮、石灰和威百亩处理增加了土壤细菌菌落的多样性.4 种熏蒸剂处理真菌菌落的丰富度低于对照;石灰、棉隆处理真菌菌落的多样性高于对照和石灰氮、威百亩处理低于对照,但差异不显著.在物种组成分析中,从门水平看,变形菌门(Proteobacteria)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)为优势细菌门;与对照相比,石灰氮、石灰、棉隆处理变形菌门相对丰度增高,威百亩处理相对丰度降低.4 种处理均降低了芽单胞菌门的相对丰度.其他门类中,4 种处理均增加了浮霉菌门(Planctomycetota)、疣微菌门(Verrucomicrobia)的相对丰度.优势细菌群落分析表明土壤熏蒸减少了芽单胞菌属(Gemmatimonas)、藤黄单胞菌属(Luteimonas)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)等细菌的相对丰度,增加了噬几丁质菌属(Chitinophaga)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)的相对丰度.子囊菌门(Ascomycota)为优势真菌,石灰氮、石灰、棉隆、威百亩 4 种处理均增加了子囊菌门的相对丰度.另外还检测到引起草莓根部土传病害的枝孢属(Cladosporium)和镰刀菌属(Fusarium)病菌,熏蒸处理后均降低了枝孢属和镰刀菌属的相对丰度,其中枝孢属在石灰氮、石灰、棉隆、威百亩处理中分别降低了 1.35%、1.11%、0.90%和 1.31%,镰刀菌属分别降低了 0.71%、0.85%、0.19%和 0.65%,但差异不显著.4 种土壤熏蒸剂均增加了有益真菌毛壳菌属(Chaetomium)的相对丰度.[结论]采用熏蒸剂处理连作土壤改变了微生物群落构成,减少或灭杀土壤中的大部分致病菌属,起到有效防治草莓土传病害的作用,但不能灭杀所有病菌,而且对有益菌和土壤理化性质有不同程度的影响,因此处理后补充有益微生物非常关键.根据对病原菌的灭杀效果,石灰氮、威百亩处理的效果优于其他处理,可作为轮换施用的熏蒸剂,本试验条件下,棉隆是一种弱的处理剂.

目的:分析男性骨质疏松症患者肠道菌群结构特点并分析骨密度与血清学指标之间的关系.方法:于2023 年 3 月-5 月收集符合纳入与排除标准的 12 例男性骨质疏松患者与同时期体检的 8 例骨量正常者的粪便和血液样本,进行细菌 16S rRNA测序和血清学指标检测,分析其与骨密度的相关性.结果:不同骨密度患者在肠道菌群属水平存在统计学差异(P＜0.01),男性骨质疏松患者肠道菌群α多样性要低于骨量正常组,罗氏菌属(Rose-buria)、琼脂杆菌(Agaribacter)、巨球型菌(Megasphaera)和另枝杆菌(Alistipes)等菌属丰度下降,物种功能分析显示其与环境信息加工、细胞过程、人类疾病、新陈代谢等功能相关.骨密度与血尿酸呈负相关(r =-0.5995,P= 0.0052),与血清TGF-β1 呈正相关(r=0.4692,P=0.0369),二者可用来诊断男性骨质疏松症(均P＜0.01).结论:男性骨质疏松患者的肠道菌群多样性下降,血尿酸、TGF-β1 水平与骨密度相关,可用于骨质疏松症的诊断.

目的 探讨妊娠期糖尿病与正常足月儿母亲胎盘菌群DNA的差异,为今后深入研究提供参考数据.方法 采集 2018 年 2 至 9 月在昆明医科大学第一附属医院产科分娩的足月儿母亲胎盘组织共 30 例,按是否伴有妊娠期糖尿病分为妊娠期糖尿病组(A组)与正常足月儿组(B组),通过Illumina MiSeq测序系统对胎盘组织中的细菌DNA进行测序后进行分析,比较 2 组胎盘菌群DNA的差异.结果 所测定胎盘组织中都有以变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、拟杆菌门等菌门为主的菌群DNA.采用LEfSe分析得出 2 组胎盘菌群DNA在门、纲水平上差异无统计学意义(P>0.05),属水平上,丙酸杆菌属、栖热菌属、柯林斯菌属、梭状芽胞杆属Ⅳ、另枝菌属、厌氧菌属的相对丰度在妊娠期糖尿病组中显著升高(LDA>2).结论 胎盘组织中可以检测到一定量的细菌DNA,母亲妊娠期糖尿病与正常足月儿其母亲胎盘菌群DNA的组成和丰度存在差异,这种差异可能影响妊娠期糖尿病的发生及预后,值得深入研究.

另枝菌属(Alistipes)细菌主要从人类肠道微生物组中分离出来,属于拟杆菌门.从人类粪便、阑尾炎、腹腔和直肠脓肿等样本中分离出了另枝菌属的各种菌种,目前该属发现的菌种有芬氏另枝菌、腐烂另枝菌、昂氏另枝菌、沙氏另枝菌和蒂莫另枝菌等.一方面,有研究表明另枝菌属细菌对某些疾病具有保护作用,包括胰腺癌、阿尔茨海默病、肝纤维化和心血管疾病等.另一方面,其他研究表明,另枝菌属细菌在帕金森病、结直肠癌和抑郁症等疾病中具有致病性.此外,另枝菌属细菌还被证明在结肠炎中表现出了矛盾的作用,既能促进结肠炎的发展,也能抑制炎症.本综述旨在帮助研究者们认识另枝菌属细菌,并且进一步总结另枝菌属细菌与疾病的关系.

目的 研究抑郁症患者肠道微生物群落分布情况.方法 选择2017年1月-2018年1月在本院临床心理科就诊的确诊为抑郁症的患者79例,以及同时期在本院体检的健康者80例.收集患者新鲜粪便,利用16S rRNA基因测序技术分析患者肠道菌群.结果 对159例粪便标本进行16S rRNA基因测序,共获得1 276 841条有效16S rRNA基因序列,抑郁组Shannon指数明显高于对照组.在门水平,共发现20个细菌门,抑郁患者肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要为拟杆菌科、普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属.对照组肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要是拟杆菌科,普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形拟杆菌属、普氏菌属、另枝菌属.抑郁组多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属丰度明显低于对照组,抑郁组毛螺菌属、副杆菌属、布劳特氏菌属、巨单胞菌属丰度明显高于对照组.抑郁组拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度与SDS评分成负相关,毛螺菌属丰度与SDS评分成正相关.结论 抑郁症患者病情严重程度与抗炎性细菌拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度成反比,与毛螺菌属丰度成正比.

杨树(Populus)是重要造林树种,也是研究林木基础生物学性状的模式材料.不仅如此,杨树可与多种细菌(内生细菌、内生固氮菌和根际促生菌)和真菌(外生菌根真菌、丛枝菌根真菌和内生真菌)类群建立共生关系,为揭示树木和微生物之间的互惠共生机制提供了理想模型.这些共生菌能积极调控林木生长发育、营养吸收和生理生态过程.目前在杨树-双色蜡蘑(Laccaria bicolor)形成的外生菌根发育、提高杨树耐盐、耐重金属的生理与分子机制、叶片内生真菌群落结构与病害发生、菌根辅助细菌和菌丝内共生细菌-真菌-杨树形成的三重跨界共生等方面取得多项突破.近年来,一批模式草本植物微生物组(microbiome)计划相继实施,对共生菌群落结构和功能的认识有了革命性的进步.以美洲黑杨、毛果杨和胶杨为代表的林木微生物组研究也已启动,表明宿主基因型和环境因子可显著影响共生菌群落结构与物种组成;在根际(rhizosphere)和内生(endosphere)环境存在结构和功能迥异的菌群.另一方面,以根系为诱饵,通过宿主表型来推测菌群功能的反向“钓鱼”策略将推动林木根际微生物工程研究,为揭示杨树-微生物群落的相互关系、菌群进化搭建了研究模型.总之,深入认识多元微生物对林木表型和生理代谢的表观遗传学调控机制将为今后创制新型菌剂并用于高效育苗和抗性育种提供新的思路,具有重要的科学意义和应用价值.