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两样本孟德尔随机化分析炎性因子与前列腺癌因果关系
编辑人员丨5天前
目的:采用两样本孟德尔随机化方法来评估 91 种炎性因子与前列腺癌的潜在因果关系.方法:选取91 种炎性因子的全基因组关联分析(GWAS)汇总统计数据(n=14 824)结合FinnGen最新第9 版数据库中选取前列腺癌作为结局进行孟德尔随机化分析.通过逆方差加权法(IVW)、MR-Egger回归、简单中位数法(SM)、加权中位数法(WM)、加权中值法(WME)等回归模型的OR值和95%CI评估炎性因子与前列腺癌的因果关系,其中IVW法得出的因果关系相对稳定,作为本研究的主要统计方法.进一步采用贝叶斯分析法对孟德尔分析结果进行验证.使用Cochran's Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性(SNPs)对暴露和结局因果关系影响的敏感性.结果:IVW法结果显示,91 种炎性因子中白介素-22 受体 A1(IL-22RA1)、磺基转移酶 1A1(ST1A1)与前列腺癌发病风险呈正向因果关联:IL-22RA1:IVW[OR(95%CI):1.12(1.00~1.25),P=0.04];ST1A1:IVW[OR(95%CI):1.08(1.00~1.16),P=0.03].趋化因子配体 11(CXCL11)、白介素 17A(IL-17A)与前列腺癌发病风险呈反向因果关联;CXCL11:IVW[OR(95%CI):0.88(0.81~0.95),P=0.00];IL-17A:IVW[OR(95%CI):0.91(0.84~0.98),P=0.02].MR-Egger截距分析未检测到潜在的水平多效性(P 均>0.05,IL-22RA1=0.885,ST1A1=0.949,CXCL11=0.391,IL-17A=0.884).MR-PRESSO 未检测到偏倚 SNPs(P 均>0.05,IL-22RA1=0.479,ST1A1=0.629,CXCL11=0.326,IL-17A=0.444),未发现异质性(P均>0.05,IL-22RA1=0.543,ST1A1=0.677,CXCL11=0.336,IL-17A=0.494),留一法敏感性分析结果图提示无个别单核苷酸多态性位点对整体因果关系预测产生明显影响,故分析结果可靠.结论:91 种炎性因子中IL-22RA1、ST1A1 与前列腺癌有正向因果关系,随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病的风险升高;CXCL11、IL-17A与前列腺癌有反向因果关系,即随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病风险降低.
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编辑人员丨5天前
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编辑导读
编辑人员丨5天前
本期无重点号。论著《双侧突发性聋169例临床特征及疗效分析》通过回顾总结单中心169例(338耳)双侧突发性聋患者临床资料,得出双侧突发性聋患者听力损失严重,更多患者伴耳鸣、眩晕,疗效欠佳,发病30 d内就诊疗效优于30 d后就诊;对低频范围内听力损失,住院治疗听力提高更显著;且双侧突发性聋的发生可能存在免疫机制。论著《乙状窦异常搏动性耳鸣50例临床病例分析》通过回顾性分析50例经乙状窦手术治疗的单侧静脉源性搏动性耳鸣患者的病例资料,认为静脉源性搏动性耳鸣多见于女性,常见原因可能为乙状窦憩室、乙状窦周骨质缺损等乙状窦壁异常,影像学检查有助于诊断,可以采用手术治疗。论著《光纤激光镫骨底板开窗治疗耳硬化症及听骨畸形58例疗效分析》采用980 nm光纤激光镫骨底板开窗术治疗耳硬化症(49例)及听骨畸形(9例)所致传导性聋患者,认为该方法治疗耳硬化症及听骨畸形所致的传导性聋有效。论著《内耳畸形相关性镫骨底板瘘的影像学表现》分析了48例(53耳)内耳畸形相关性镫骨底板瘘患者的CT和MRI资料,因其类型不同影像学表现具有多样性,了解其影像学表现特征,有助于其诊断。论著《前庭性偏头痛患者顶叶岛盖2功能连接异常的静息态fMRI研究》通过比较前庭性偏头痛与无先兆偏头痛患者的相关资料,认为前庭性偏头痛的发病机制可能与前庭、疼痛、视动网络功能连接异常有关,这些神经通路的异常很可能是前庭性偏头痛发病重要的影像学生物标志物。论著《孟德尔随机化分析哮喘、变应性鼻炎与慢性鼻窦炎的因果关系》从IEU公开数据库中获取疾病的遗传数据,分析发现哮喘是慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)和慢性鼻窦炎不伴鼻息肉(CRSsNP)的患病危险因素,而变应性鼻炎是CRSsNP的危险因素。论著《鼻腔微生物多样性对慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者手术预后的影响》分析77例CRSwNP患者的鼻腔分泌物和鼻息肉组织,得出CRSwNP患者中性粒细胞介导的炎性反应与鼻息肉复发密切相关,鼻内镜术后鼻息肉的复发可能与保护性微生物丰度的减少和致病微生物数量的增加有关。论著《OSA患者药物诱导睡眠内镜下舌根平面塌陷的临床预测模型构建与验证》通过回顾分析117例阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者资料,认为OSA患者睡眠内镜下舌根平面的阻塞与扁桃体分度和N3期存在相关性,其构建的药物诱导睡眠内镜下舌根平面阻塞诺模图预测模型效能良好。论著《折叠皮瓣在梨状窝癌喉功能重建及梨状窝成形术中的应用及探讨》一文介绍10例采用折叠岛状皮瓣修复梨状窝癌的病例资料,认为折叠岛状皮瓣可恢复喉及下咽的生理性解剖结构,可用于喉功能重建及梨状窝成形。论著《头颈鳞癌颈部转移淋巴结包绕颈动脉的外科处理策略》一文介绍9例采用覆膜支架动脉内置入手术治疗原发灶未见复发或原发灶不明的颈部淋巴结转移性鳞癌患者,认为覆膜支架动脉内置入+颈部淋巴结转移癌根治性切除术是一种治疗颈部淋巴结转移癌的有效方式。
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编辑人员丨5天前
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体重指数与慢性阻塞性肺疾病患病风险的相关性
编辑人员丨5天前
目的:探讨体重指数(BMI)与慢性阻塞性肺疾病(简称慢阻肺)患病风险的相关性。方法:本研究为单中心、横断面研究联合在线数据孟德尔随机化(MR)分析。首先选取2021年9月至2023年10月荆州地区“幸福呼吸”慢阻肺筛查肺功能数据共16 187例,对于缺失问卷信息、质控不合格以及存在单纯限制性或小气道功能障碍的数据剔除,最终获得进行分析的数据有3 999例,其中非慢阻肺组2 330例,慢阻肺组1 669例。以是否患有慢阻肺为因变量,以BMI为自变量,采用平滑曲线图法展示BMI与慢阻肺发生之间的关系,若观察到非线性关系,则采用二段线性回归模型计算阈值效应,并对潜在的混杂因素(年龄、性别、吸烟史、生物燃料接触史、慢阻肺认知)进行调整。其次利用在线全基因组关联研究(GWAS)数据,采用MR分析高BMI与慢阻肺发生之间潜在的因果关系。结果:利用荆州地区“幸福呼吸”慢阻肺筛查肺功能数据进行分析发现BMI与慢阻肺患病风险存在非线性关系,当BMI<23.7 kg/m 2时,BMI每增加1 kg/m 2,慢阻肺患病风险下降18%( OR=0.82,95% CI:0.79~0.85),当BMI>23.7 kg/m 2后,BMI的增加与慢阻肺患病风险无显著相关性( OR=1.00,95% CI:0.96~1.05)。利用在线GWAS数据进行MR分析发现高BMI与慢阻肺发生可能不存在潜在因果关联,异质性检验及水平多效应检验均 P>0.05。 结论:BMI与慢阻肺患病风险可能存在非线性关系,当BMI>23.7 kg/m 2后,BMI与慢阻肺患病风险可能无相关性。
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编辑人员丨5天前
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多个静息态功能磁共振成像指标检测儿童失神性癫痫脑活动的比较研究
编辑人员丨5天前
目的:全面评估常见静息态功能磁共振成像(rs-fMRI)指标检测儿童失神性癫痫(CAE)异常脑活动的能力。方法:回顾性收集自2010年2月至2021年9月于南京大学医学院附属金陵医院就诊的20例CAE患儿的同步采集脑电图-功能磁共振成像(fMRI)数据,排除2例头动较大的CAE患儿后,共18例患儿的44段发放状态fMRI数据用于后续研究,使用广义线性模型计算获得了癫痫放电相关的激活图。同时纳入94名年龄和性别相匹配的健康对照,采集其rs-fMRI数据。基于fMRI数据集,计算12种常见rs-fMRI指标[低频振幅(ALFF)、分数低频振幅(fALFF)、局部一致性(ReHo)、功能连接密度(FCD)、长程FCD、短程FCD、流入格兰杰因果关系密度(GCD-in)、流出GCD(GCD-out)、净流入GCD(GCD-int)、rs-fMRI滞后分析(RSLA)、Hurst指数及大脑熵值],并采用两样本 t检验,比较并获取了患儿组与健康对照组之间的差异脑图,采用戴斯系数评价各指标与激活图的重合度。 结果:CAE患儿癫痫放电相关的血氧水平依赖正激活主要在双侧丘脑,负激活主要在默认模式网络(DMN)相关脑区。各种静息态指标检测到的异常脑区之间存在明显的重叠:与健康对照组相比,CAE患儿静息态指标ALFF、fALFF、ReHo、Hurst指数、GCD-in、GCD-out及短程FCD在双侧丘脑升高,而FCD、长程FCD、GCD-int及RSLA降低;与健康对照组相比,CAE患儿ALFF、fALFF、ReHo、短程FCD、GCD-out、RSLA及大脑熵值在DMN降低,而FCD、长程FCD、GCD-in及GCD-int升高。FCD系列指标与全面棘慢波放电相关的血氧水平依赖激活脑图的戴斯系数最高(长程FCD的戴斯系数为0.365,FCD则为0.362),而Hurst指数表现最低(戴斯系数为0.142)。结论:多个rs-fMRI指标不同程度地反映了CAE患儿异常脑活动变化,其中FCD分析对CAE患儿的癫痫活动有较好的检测能力。rs-fMRI技术有助于理解CAE的病理生理机制,寻找可靠的影像学标志物。
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编辑人员丨5天前
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膜解剖十年回顾——结构、事件和秩序
编辑人员丨5天前
结直肠外科全直肠系膜切除和完整结肠系膜切除的成功报道,推动了人们将这一理念应用到肠外区域,而JCOG1001试验的阴性结果,否认了基于大网膜切除的“胃系膜”完整切除对胃癌患者术后生存的作用。人们甚至以为系膜为肠道独有,其背后的原因是人们对系膜的结构认识模糊。胃背侧系膜近侧段的发现,证明了大网膜不是胃系膜,进而订正了系膜的结构(定义)和“载体”特征,即系膜是固有筋膜和浆膜,包绕着组织、器官、系统及其供养系统,通向和悬挂于体后壁的信封样结构,并揭示了打破该结构将导致手术的外科学和肿瘤学效果同步降低。据此人们很快意识到,这种结构和因果的普遍性,是已有的器官解剖和血管解剖理论无法解释的。于是,新的解剖理论和手术版图——“膜解剖”开始形成,使长期以来强调的“组织学整块切除”理念上升至解剖学整块切除的维度。
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编辑人员丨5天前
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单细胞转录组测序联合孟德尔随机化分析揭示慢性鼻窦炎中 CTSC的关键作用
编辑人员丨5天前
目的:旨在深入探索慢性鼻窦炎(CRS)的分子机制,识别关键细胞亚群和基因,构建有效的诊断模型,并筛选潜在的治疗药物。方法:通过单细胞转录组测序数据鉴定CRS中的关键细胞亚群。通过高维加权基因共表达网络分析(high dimensional weighted gene co-expression network analysis,hdWGCNA)和多种机器学习算法的联合应用,筛选CRS的关键基因并构建CRS的诊断模型。通过孟德尔随机化和共定位分析进行因果推断分析。使用分子对接技术进行靶点药物的鉴定,并通过免疫荧光染色对生信分析的结果进行验证。采用Graphpad Prism、R、python和Adobe Illustrator软件进行数据及图像处理。结果:CRS尤其是嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉(ECRSwNP)中基底细胞和基上皮细胞占比增加( P=0.001)。hdWGCNA显示“黄色模块”与CRS中基底细胞和基上皮细胞密切相关。采用单因素逻辑回归和最小绝对值收敛和选择算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)筛选出13个关键基因( CTSC、 LAMB3、 CYP2S1、 TRPV4、 ARHGAP21、 PTHLH、 CDH26、 MRPS6、 TENM4、 FAM110C、 NCKAP5、 SAMD3和 PTCHD4)。基于这13个基因,使用多种机器学习算法构建出有效的CRS诊断模型(AUC=0.958)。孟德尔随机化分析显示组织蛋白酶C(cathepsin C, CTSC)与CRS具有因果关系(逆方差加权: OR=1.06, P=0.006),共定位分析证实 CTSC与CRS具有共享的遗传变异(PPH4/PPH3>2)。分子对接结果显示,对乙酰氨基酚与CTSC具有较好的结合能力(结合能:-5.638 kcal/mol)。免疫荧光染色实验表明CRS中CTSC +细胞增多。 结论:本研究综合运用多种生物信息学方法,识别了CRS中的关键细胞类型和基因,构建了有效的诊断模型,强调了 CTSC在CRS中的关键作用,为CRS的治疗提供了新的靶点。
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编辑人员丨5天前
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临床流行病学研究中多因素分析时的变量选择方法
编辑人员丨5天前
变量选择是多因素分析时必不可少的环节,在控制混杂因素或者使模型达到高预测性能方面起着至关重要的作用。目前常用的变量筛选方法主要分为数据驱动和知识驱动两大类别,不同的变量筛选方法在识别混杂因素的作用、适用条件方面各不相同。本文介绍了临床流行病学中常用的变量筛选方法,并分析了这些方法优势和局限性,尤其是详细介绍了基于“知识驱动”的变量筛选方法在因果推断的临床研究中识别混杂变量的重要性,是当前国际上提高多因素分析结果的准确性和因果推断有效性的重要手段之一。本文也指出了国内研究者采用的变量筛选方法和国际上高质量研究的差别,并对不同临床研究情况下的变量筛选方法提出了合理的建议,旨在帮助临床研究者更好地了解和选择合适的变量筛选方法,提高临床研究的质量。
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编辑人员丨5天前
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因果图模型及其在营养流行病学研究中的应用
编辑人员丨5天前
不良饮食是慢性非传染性疾病最重要的可控危险因素之一,但通过随机对照试验定量阐明具体饮食因素与健康结局的因果关联面临很多困难。近年来,因果推断的迅速发展为充分利用和发掘观察性研究数据,产生高质量的营养流行病学研究证据提供了有力的理论和方法工具。其中,因果图模型通过整合大量先验知识将复杂的因果关系系统可视化,提供了识别混杂和确定因果效应估计策略的基础框架,基于不同的因果图,可选择调整混杂、工具变量或中介分析等不同的分析策略。本文对因果图模型的思想和各种分析策略的特点及其在营养流行病学研究中的应用进行介绍,旨在促进因果图模型在营养领域的应用,为后续研究提供参考和建议。
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编辑人员丨5天前
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血浆代谢物与冠心病的因果关系:双向两样本孟德尔随机化分析
编辑人员丨1周前
目的 通过双向两样本孟德尔随机化(MR)分析探索血浆代谢物与冠心病(CHD)的因果关系.方法 采用双向两样本MR分析方法,正向MR分析时将血浆代谢物作为暴露因素,CHD作为研究结局;反向MR分析时则将CHD作为暴露因素,血浆代谢物作为研究结局.从GWAS Catalog数据库获取1 400种血浆代谢物,其均为欧洲人群样本,样本量为8 299例,单核苷酸多态性(SNP)数量约1 540万个.从IEU OpenGWAS project网站获取CHD数据集,其为欧洲人群样本,样本量为86 995例,SNP数量为2 420 361个.使用R 4.3.3软件、采用Two Sample MR包(版本号:0.4.22)在Windows 11系统上进行MR分析,以逆方差加权法(IVW)分析结果为主,以MR-Egger回归、加权中位数法(WME)、简单模型、加权模型分析结果为补充.采用Cochran's Q检验判断SNP间是否存在统计学异质性,采用MR-Egger回归的截距项、MR-PRESSO Outlier检验、MR-PRESSO Global检验分析SNP的水平多效性,采用留一法分析单个SNP对IVW分析结果的影响,绘制漏斗图以评估SNP的潜在偏倚.结果 共筛选出62个与血浆代谢物强相关的SNP,15个与CHD强相关的SNP.最终共纳入6种血浆代谢物.正向IVW分析结果显示:1-棕榈酰-GPG(16∶0)升高是CHD的保护因素[OR=0.842,95%CI(0.766~0.926)],N-乙酰腐胺[OR=1.125,95%CI(1.067~1.186)]、N-乙酰天冬氨酸[OR=1.068,95%CI(1.029~1.109)]、5-乙酰氨基-6-甲酰氨基-3-甲基尿嘧啶[OR=1.095,95%CI(1.048~1.144)]、N-乙酰瓜氨酸[OR=1.079,95%CI(1.034~1.126)]、花生四烯酸(20∶4n6)至油酸至反式十八碳一烯酸的比率[OR=1.316,95%CI(1.136~1.524)]升高是CHD的危险因素(P<0.05);反向IVW分析结果显示:CHD是1-棕榈酰-GPG(16∶0)[OR=1.089,95%CI(1.014~1.169)]、花生四烯酸(20∶4n6)至油酸至反式十八碳一烯酸的比率[OR=1.094,95%CI(1.013~1.182)]升高的危险因素(P<0.05),CHD与N-乙酰腐胺、N-乙酰天冬氨酸、5-乙酰氨基-6-甲酰氨基-3-甲基尿嘧啶、N-乙酰瓜氨酸无因果关系(P>0.05).MR-Egger回归、WME、简单模型、加权模型分析的β值均与正向和反向IVW的β值方向一致.Cochran's Q检验分析结果显示,与上述6种血浆代谢物、CHD强相关的SNP间不存在统计学异质性(P>0.05).MR-Egger回归的截距项、MR-PRESSO Outlier检验、MR-PRESSO Global检验分析结果显示,与上述6种血浆代谢物、CHD强相关的SNP不存在水平多效性(P值均>0.05).留一法分析结果显示,剔除单个SNP后,MR分析结果无明显改变.漏斗图分析结果显示,与上述6种血浆代谢物、CHD强相关的SNP基本对称分布,无潜在偏倚.结论 1-棕榈酰-GPG(16∶0)、花生四烯酸(20∶4n6)至油酸至反式十八碳一烯酸的比率与CHD互为因果关系,N-乙酰腐胺、N-乙酰天冬氨酸、5-乙酰氨基-6-甲酰氨基-3-甲基尿嘧啶、N-乙酰瓜氨酸升高是CHD的危险因素.
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编辑人员丨1周前
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1型糖尿病与慢性阻塞性肺疾病的因果关系:一项双样本孟德尔随机化分析
编辑人员丨1周前
目的 基于双样本孟德尔随机化(MR)分析方法探讨1型糖尿病(T1DM)与慢性阻塞性肺疾病(COPD)的因果关系.方法 T1DM、COPD数据集来自IEU OPEN GWAS,均为欧洲人,其中T1DM数据集样本量为24 280例,单核苷酸多态性(SNP)为12 783 129个;COPD数据集样本量为462 933例,SNP 为9 851 867个.采用R 4.3.2软件中的TwoSampleMR包进行MR分析,其中逆方差加权法(IVW)为主要MR分析方法,MR-Egger回归、加权中位数法、简单模型、加权模型为次要MR分析方法.采用Cochran's Q检验评估与T1DM强相关的SNP间的统计学异质性,采用MR-Egger回归的截距项评估与T1DM强相关的SNP的水平多效性,采用留一法分析单个SNP对MR分析结果的影响,采用漏斗图分析MR分析结果受潜在因素的影响.结果 本研究最终筛选出14个与T1DM强相关的SNP.IVW分析结果显示,T1DM可增加COPD发生风险[OR=1.000 3,95%CI(1.000 1~1.000 5),P<0.001];MR-Egger回归、加权中位数法、简单模型、加权模型分析结果亦显示,T1DM可增加COPD发生风险(P<0.05).Cochran's Q检验结果显示,与T1DM强相关的SNP间无统计学异质性(P>0.05);MR-Egger回归的截距项分析结果显示,与T1DM强相关的SNP不存在水平多效性(P>0.05);留一法分析结果显示,逐一剔除与T1DM强相关的SNP后,MR分析结果无明显改变.漏斗图分析结果显示,MR分析结果受潜在因素的影响较小.结论 T1DM可增加COPD发生风险.
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编辑人员丨1周前
