目的:探讨宏基因组高通量测序技术（mNGS）在异基因造血干细胞移植术后感染患者中的应用价值。方法:回顾性分析2019年4月至2020年11月于北京大学血液病研究所进行异基因造血干细胞移植术后出现局部或全身感染症状的83例患者，并进行mNGS检测。标本包括外周血、脑脊液、肺泡灌洗液、脓腔穿刺液等，同时分析同期细菌/真菌培养、病毒PCR检测结果，将mNGS结果和常规检测结果进行比对。结果:83例患者112份样本进行了mNGS检测，共确定病原微生物34种。其中细菌11种，共17例次，最常见为大肠埃希菌（4/17）。真菌7种，共10例次，白色念珠菌（2/10）。病毒16种，共129例次，细环病毒30.2%（39/129）、CMV 25.6%（33/129）、EBV 14.0%（18/129）。以常规检测手段为金标准，mNGS敏感性为86.5%，特异性为45.0%。单一病原体感染的样本，mNGS与常规检测手段结果一致的共82.9%（29/35）；共感染样本中，mNGS与常规检测结果一致的占16/17。结论:mNGS有助于确定感染病原体，可作为常见手段的补充诊断方式。

目的:探讨采用宏基因组学第二代测序（mNGS）技术检测烧伤患者和急慢性创面患者病原体的价值。方法:采用回顾性观察性研究方法。选择2019年3月—2020年6月解放军总医院第四医学中心的11例符合入选标准的烧伤患者和急慢性创面患者（男10例、女1例，年龄23~85岁），共采集标本23份，其中全血标本6份、皮肤组织块标本1份、引流的脓液标本1份、创面分泌物拭子标本15份。每份标本均分为2份，分别采用微生物培养法、mNGS法检测病原体。统计2种方法检测出的病原体数量和种类以及mNGS法检测的相对丰度，并比较2种检测方法的一致性。对数据行配对Wilcoxon秩和检验。结果:经微生物培养法检测，在23份标本中，5份标本未检出病原体；其余18份标本共检出35株病原体，属于9种细菌和2种真菌。5份标本均各检出单一病原菌，9份标本均各检出2种病原菌，4份标本均各检出3种病原菌。经mNGS法检测，在23份标本中，1份标本未检出病原体；其余22份标本共检出75株病原体，分属于28种细菌、3种真菌和3种病毒。8份标本均各检出单一病原体，5份标本均各检出2种病原体，2份标本均各检出3种病原体，3份标本均各检出4种病原体，2份标本均各检出6种病原体，各1份标本检出7、20种病原体。微生物培养法在每份标本中检出的病原体为2（1，2）种，明显少于mNGS法的2（1，4）种（ Z=3.359， P<0.01）。在微生物培养法未检出病原体的5份标本中，mNGS法在其中2份标本中检出细菌、另2份标本中检出病毒。mNGS法检出的存在2种及2种以上细菌的标本13份，每份标本中相对丰度占第1位的细菌其相对丰度范围为28.8%~95.9%。在23份标本中，有7份（30.4%）标本采用2种方法检测的结果完全一致，5份（21.7%）结果完全不一致，11份（47.8%）结果不完全一致。 结论:与传统的微生物培养法相比，mNGS法检测敏感性更高、对病原体的检出能力更强，并且可判断混合感染的病原体的相对丰度，作为培养法的补充，可对烧伤和急慢性创面感染病原体的诊断产生重要作用。

目的:采用宏基因组测序比较乙型肝炎肝硬化伴或不伴有腹水患者肠道菌群物种及代谢通路差异，并探讨差异菌群与临床指标及代谢通路间相关性。方法:在前期16S rRNA研究样本中选择20例乙型肝炎肝硬化（HBLC）患者[10例无腹水(HBLC-WOA)，10例伴腹水(HBLC-WA)]及5名健康人作为健康对照（HC），对其肠道菌群样本进行宏基因组测序。采用Kruskal–Wallis秩和检验及Spearman检验发现差异菌群及代谢通路并分析其相关性。结果:（1）3组间肠道菌群的总体结构存在显著差异（ R = 0.19, P = 0.018）；在门水平上，HC组厚壁菌门的丰度最高，而变形菌门的丰度较低；肝硬化患者伴随腹水的出现，厚壁菌门丰度显著下降（ Pfdr < 0.01)，而变形菌门丰度显著增加（ Pfdr < 0.01);（2）LEfSe分析表明29个菌属（HBLC-WA组18个，HBLC-WOA组11个）在疾病组中发挥主要作用。肠道菌群与临床变量的相关性分析结果显示，HBLC-WA组的未分类肠杆菌、克雷伯菌属以及HBLC-WOA组的肠杆菌属与Child-Turcotte-Pugh（CTP）评分、凝血酶原时间、国际标准化比值评分呈正相关，与白蛋白、血红蛋白水平呈负相关（ P值均< 0.05）；且HBLC-WA组的埃希菌属和志贺菌属与CTP评分呈正相关（ P < 0.05）;（3）关键差异KEGG通路与29个特定菌属相关性分析结果显示，在脂质代谢通路中，肠杆菌科菌属与花生四烯酸、α-亚麻酸、甘油脂代谢及脂肪酸降解呈正相关；在氨基酸代谢通路中，多数肠杆菌科菌属与支链氨基酸降解正相关，与芳香族氨基酸生物合成呈负相关。 结论:肠杆菌科细菌在HBLC-WA患者肠道中明显增加，影响肝脏的储备功能，并与脂质、氨基酸代谢通路密切相关。因此，对乙型肝炎肝硬化患者尤其是伴有腹水的患者应注意调节肠道菌群，预防并发症，改善患者的预后。

目的:探讨白癜风患者肠道微生物菌群特点，分析肠道菌群变化与白癜风发病的关系，为临床治疗提供新思路。方法:2017年4－12月，杭州市第三人民医院皮肤科收集30例白癜风患者及30例健康对照粪便标本，通过Roche/45高通量测序平台对其16S rRNA V3区进行定性分析；用宏基因组学对5例白癜风患者粪便及5例健康对照者粪便进行分析，明确其潜在调控通路。结果:与健康对照比较，白癜风患者粪便中细菌物种相似，但白癜风患者肠道微生物多样性富集明显减少( P<0.05)；在门水平上，变形杆菌和梭杆菌丰度明显降低；在属水平上，7个种属(拟杆菌、大肠杆菌志贺菌、罗氏囊菌、相炭疽杆菌、梭杆菌、柔膜细菌-RF9、普氏菌-7)丰度明显降低( P<0.05)，4个种属(瘤胃球菌-1、瘤胃球菌科UCG、毛螺菌科、链球菌)明显增加( P<0.05)；链球菌属及相炭疽杆菌在白癜风患者表达差异尤为明显，前者增加10.8倍，后者减少6.517倍。通过构建一个基于11个白癜风相关属的肠道微生物菌群的随机森林模型，显示该判别模型在ROC中AUC为0.89；宏基因组分析显示，白癜风相关菌群失调主要与免疫相关通路(如WNT通路、Notch通路等)、能量代谢、线粒体功能、氨基酸代谢(如苯丙氨酸代谢)通路相关。 结论:白癜风患者肠道微生态环境中细菌群落多样性与健康对照存在明显差异，其菌群失调可能参与白癜风的发病发展，补充益生菌可能有益于白癜风治疗。

宏基因组二代测序从技术上具备同时检测所有病原体的能力，但临床实践数据仍需要进一步积累。本研究报道1例儿童艾滋病合并进行性多灶性脑白质病。患儿6岁，以中枢神经系统症状起病，曾按弓形虫脑病治疗，效果欠佳。入院后脑脊液宏基因组二代测序查见大量JC病毒序列片段，聚合酶链反应检测JC病毒特异性，Sanger测序进一步验证了宏基因组二代测序结果。提示宏基因组二代测序可以用于检测进行性多灶性脑白质病。

呼吸道感染性疾病严重威胁儿童健康，早期明确病原可为疾病的诊断和治疗奠定基础。宏基因组测序是一种不依赖于培养，直接对临床样品进行测序，并给出全部微生物序列信息的技术。宏基因组测序从病原微生物的检测、微生物组学、微生物与宿主基因相互作用等方面为儿童呼吸道感染性疾病病原微生物的研究提供了十分重要的研究方法。现从宏基因组测序流程、在儿童呼吸道感染性疾病中的应用及国内外研究进展等方面进行阐述。

目的:分析健康人与慢性阻塞性肺疾病(COPD)稳定期用药和未用药患者的肠道菌群相对丰度及功能基因差异。方法:本研究为病例对照研究。采用非随机抽样方法，收集2019年1月至2019年12月在广州医科大学附属第一医院就诊的体检健康人10名(A组)、COPD稳定期未用药患者10例(B组)和COPD稳定期用药患者10例(C组)的粪便，收集3组患者一般资料，采用宏基因组二代测序方法比较3组肠道相对丰度及功能基因。结果:研究对象的年龄、身高、体质量、体质量指数差异无统计学意义( P值均>0.05)。基于相似性分析与主成分分析，3组间差异无统计学意义；基于Metastats差异分析，与A组比较，B组的普氏菌属、马赛普菌属和巨球型菌属均显著减少( P值均<0.05)；而C组的埃希菌属显著增加( P＝0.045)，C组的马赛普菌属和巨球型菌属显著减少( P值均<0.05)；B组与C组间差异无统计学意义( P>0.05)。基于功能基因分析，在level3水平上，与A组相比，B组的果糖和甘露糖代谢、萜类化合物生物合成、氨基酸合成、同源重组、淀粉和蔗糖代谢功能基因通路显著减少，细菌双组分调节系统通路显著增加；而C组的果糖和甘露糖代谢、萜类化合物生物合成、氨基酸合成、同源重组功能基因通路显著减少，细菌分泌系统、细菌双组分调节系统、糖酵解与合成显著增加( P值均<0.05)；B组与C组比较差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:与健康人比较，COPD稳定期患者的肠道菌群存在特征性改变，复诊治疗患者与初诊未用药治疗患者间的差异无统计学意义；COPD稳定期患者的果糖和甘露糖代谢、萜类化合物生物合成、氨基酸合成和同源重组功能基因通路显著减少，提示能量代谢功能下降。

目的:评估支气管肺泡灌洗液(BALF)高通量测序技术在肺部感染病原学诊断中的价值及对患者预后的影响。方法:计算机检索PubMed、Embase、Cochrane Library、Web of science、clinical trials.gov.cn、中国知网、万方数据库和中国生物医学文献数据库，检索时间为自建库时间至2021年12月8日。比较BALF宏基因组测序与传统病原学检测方法对肺部感染检测的阳性率、敏感度及特异度；根据病原学检测结果调整治疗方案，比较2组患者的抗生素使用强度、住院时长、28/30 d及90 d病死率。采用Review Manager 5.4.1软件对上述指标分别进行meta分析。结果:最终纳入35篇文献，共2 624例患者，其中高通量测序组2 248例，传统病原学检测组2 493例。meta分析结果显示，高通量测序组阳性率为79.8%(1 793/2 248)，高于传统病原学检测组41.7%(1 039/2 493)( OR＝6.84，95% CI：4.84~9.67， Z＝10.88， P<0.001)；敏感度、特异度及汇总受试者工作特征曲线下面积均高于传统病原学检测组。9篇论文纳入的患者为重症肺炎患者，亚组分析结果示，重症肺炎患者BALF高通量测序阳性率为85.8%(495/577)，高于传统病原学检测组42.9% (282/657)( OR＝6.52，95% CI：4.04~10.52， Z＝7.69， P<0.001)。根据病原检测结果调整治疗方案，与传统病原学检测组相比，高通量测序组患者抗生素使用强度降低(SMD＝－40.04，95% CI：－47.05~－33.03， Z＝11.19， P<0.001)；平均住院时长缩短(SMD＝－4.68，95% CI：－6.12~－3.25， Z＝6.40， P<0.001)。高通量测序组28/30 d及90 d病死率分别为9.09%和12.82%，均低于传统检测组26.44%( OR＝0.26，95% CI：0.13~0.51， Z＝3.89， P<0.001)和38.30%( OR＝0.21，95% CI：0.07~0.66， Z＝2.67， P＝0.008)。 结论:与传统病原学诊断方法相比，BALF高通量测序对肺部感染具有更高的诊断价值。根据BALF高通量测序结果调整治疗方案，可降低患者的抗生素使用强度，缩短住院时间，降低病死率，改善患者预后。

血液病患者因原发病和（或）治疗相关原因等，免疫功能低下，感染是其常见的并发症 [1,2]。血液病患者感染相关临床症状和体征常不典型，感染病原谱广，传统微生物学检测阳性率低、耗时长。因此，病原诊断是优化抗感染治疗、改善患者预后的关键环节。病原宏基因组二代测序（mNGS）是一项覆盖病原谱广且高通量的检测技术，已在临床感染领域得到了广泛的应用。在血液病患者感染病原诊断方面，mNGS检测具有阳性率高、受到抗菌药物干扰小、覆盖病原广的优势。然而，目前尚无mNGS在血液病感染病原诊断中应用的指南或专家共识。为优化血液病患者病原mNGS检测适应证及规范报告解读，在参考血液病领域感染诊治及病原mNGS相关指南 [1,3,4]等的基础上，中华医学会血液学分会抗感染学组特邀请血液学、病原mNGS检测等领域专家共同制定此专家共识。

内脏利什曼病发病初期仅依靠免疫学检测及病原学检查诊断存在一定难度，易造成漏诊、误诊。本研究中3例内脏利什曼病患儿在起病初期可见较长时间的反复发热、肝脾肿大、贫血等临床表现；实验室检查提示血常规三系降低，C反应蛋白、铁蛋白、丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、乳酸脱氢酶等不同程度升高；骨髓涂片均可见组织细胞吞噬血细胞，其中2例骨髓涂片查见大量利-杜小体，1例仅见几个散在的形态不典型的疑似利-杜小体；宏基因组学二代测序(mNGS)均检出杜氏利什曼原虫。通过本研究3例儿童内脏利什曼病的鉴别诊断及诊治中mNGS发挥的重要辅助诊断作用，旨在说明mNGS在儿童内脏利什曼病的早期诊断及疗效观察方面的可行性和应用价值。