目的:探讨宏基因组高通量测序技术（mNGS）在异基因造血干细胞移植术后感染患者中的应用价值。方法:回顾性分析2019年4月至2020年11月于北京大学血液病研究所进行异基因造血干细胞移植术后出现局部或全身感染症状的83例患者，并进行mNGS检测。标本包括外周血、脑脊液、肺泡灌洗液、脓腔穿刺液等，同时分析同期细菌/真菌培养、病毒PCR检测结果，将mNGS结果和常规检测结果进行比对。结果:83例患者112份样本进行了mNGS检测，共确定病原微生物34种。其中细菌11种，共17例次，最常见为大肠埃希菌（4/17）。真菌7种，共10例次，白色念珠菌（2/10）。病毒16种，共129例次，细环病毒30.2%（39/129）、CMV 25.6%（33/129）、EBV 14.0%（18/129）。以常规检测手段为金标准，mNGS敏感性为86.5%，特异性为45.0%。单一病原体感染的样本，mNGS与常规检测手段结果一致的共82.9%（29/35）；共感染样本中，mNGS与常规检测结果一致的占16/17。结论:mNGS有助于确定感染病原体，可作为常见手段的补充诊断方式。

目的:分析江苏省25株新型冠状病毒(2019-nCoV)全基因组序列，研究其进化特征。方法:使用高通量测序技术对确诊病例咽拭子样本进行测序，使用CLC Genomics Workbench 12.0分析单核苷酸多态性(SNP)，MEGA5.1分析病毒进化特征。结果:25株病毒共检测到52处碱基突变，进化分析显示25株病毒分成2个进化分支，分支1含有8 782和28 144位置CT连锁SNPs，而分支2此2位置突变为TC，即8 782 (ORF1ab: C8517T,同义突变)和28 144(ORF8: T251C, L84S)。分支2中5株病毒还含有24 034(S：C2 472T，同义突变)、26 729(M：T207C，同义突变)和28 077(ORF8：G184C，V62 L)连锁SNPs，聚成亚组A，不同分支/亚组在人群分布及与疾病关系无显著差异。结论:2019-nCoV出现了SNPs，其对病毒传播力、致病性等影响有待进一步研究。

目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2 018分离株进行全基因组序列测定，利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果:QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7 369 bp，编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析，显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高，核苷酸序列一致性为96.9%(氨基酸序列同源性为99.5%)；基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型；重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株，重组发生在6 114～7 199 bp；氨基酸突变位点分析显示，相比于其他CVB5毒株，139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点。结论:QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型，可能为重组株。

目的:探讨采用宏基因组学第二代测序（mNGS）技术检测烧伤患者和急慢性创面患者病原体的价值。方法:采用回顾性观察性研究方法。选择2019年3月—2020年6月解放军总医院第四医学中心的11例符合入选标准的烧伤患者和急慢性创面患者（男10例、女1例，年龄23~85岁），共采集标本23份，其中全血标本6份、皮肤组织块标本1份、引流的脓液标本1份、创面分泌物拭子标本15份。每份标本均分为2份，分别采用微生物培养法、mNGS法检测病原体。统计2种方法检测出的病原体数量和种类以及mNGS法检测的相对丰度，并比较2种检测方法的一致性。对数据行配对Wilcoxon秩和检验。结果:经微生物培养法检测，在23份标本中，5份标本未检出病原体；其余18份标本共检出35株病原体，属于9种细菌和2种真菌。5份标本均各检出单一病原菌，9份标本均各检出2种病原菌，4份标本均各检出3种病原菌。经mNGS法检测，在23份标本中，1份标本未检出病原体；其余22份标本共检出75株病原体，分属于28种细菌、3种真菌和3种病毒。8份标本均各检出单一病原体，5份标本均各检出2种病原体，2份标本均各检出3种病原体，3份标本均各检出4种病原体，2份标本均各检出6种病原体，各1份标本检出7、20种病原体。微生物培养法在每份标本中检出的病原体为2（1，2）种，明显少于mNGS法的2（1，4）种（ Z=3.359， P<0.01）。在微生物培养法未检出病原体的5份标本中，mNGS法在其中2份标本中检出细菌、另2份标本中检出病毒。mNGS法检出的存在2种及2种以上细菌的标本13份，每份标本中相对丰度占第1位的细菌其相对丰度范围为28.8%~95.9%。在23份标本中，有7份（30.4%）标本采用2种方法检测的结果完全一致，5份（21.7%）结果完全不一致，11份（47.8%）结果不完全一致。 结论:与传统的微生物培养法相比，mNGS法检测敏感性更高、对病原体的检出能力更强，并且可判断混合感染的病原体的相对丰度，作为培养法的补充，可对烧伤和急慢性创面感染病原体的诊断产生重要作用。

目的:采用转录组测序技术(RNA-seq)筛选脓毒症相关性脑病(SAE)小鼠海马差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)及mRNA，构建竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法:清洁级健康雄性C57BL/6小鼠10只，6~8周龄，体质量20~25 g，采用随机数字表法分为2组( n＝5)：假手术组(Sham组)和脓毒症组(Sepsis组)。Sepsis组采用盲肠结扎穿孔(CLP)法制备小鼠脓毒症模型，Sham组只开腹不进行盲肠结扎和穿孔。分别于术前1 d及术后3 d时行Morris水迷宫实验和条件恐惧实验检测小鼠认知功能。随后Sham组随机处死3只小鼠，Sepsis组处死认知功能测试最差的3只小鼠，取海马组织，通过BGISEQ-500平台行转录组测序，得到差异表达的mRNA和lncRNA，测序结果通过深圳华大基因科技服务有限公司提供的Dr.Tom平台行可视化分析，利用Cytoscape软件构建ceRNA调控网络。 结果:与Sham组比较，Sepsis组逃避潜伏期延长，靶向限停留时间百分比和僵直时间百分比降低( P<0.05)。转录组数据分析共获得差异表达的lncRNA 62个，其中45个lncRNA表达上调，17个lncRNA表达下调；差异表达的mRNA 282个，其中173个mRNA表达上调，109个mRNA表达下调。对差异表达的mRNA进行生物学过程的GO富集分析，结果显示差异表达的mRNA参与了记忆、学习或记忆、炎症应答、衰老相关行为减退的调空、突触可塑性调节等生物学过程；对差异表达的mRNA进行KEGG通路富集分析，结果显示差异表达的mRNA富集于IL-17信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路等。对差异表达的mRNA进行KDA分析，结果示Ch25h、Il6ra、Lcn2、Sgk1、Nr4a3、Osm、Saa3、Ccl7、Sqle、Dhcr24为SAE的关键基因。基于9个lncRNA、28个mRNA和134个miRNA成功构建了SAE小鼠海马的ceRNA调控网络。 结论:RNA-seq结果分析发现Ch25h、Il6ra、Lcn2、Sgk1、Nr4a3、Osm、Saa3、Ccl7、Sqle、Dhcr24 10个mRNA以及Rian、Gm35874、Gm34347等lncRNA是调控小鼠SAE的关键基因；同时成功构建了SAE小鼠海马基于lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络。

目的:探讨TET2单核苷酸多态性（SNP）位点I1762V在急性髓系白血病（AML）患者中的临床意义及其对预后的影响。方法:采用高通量测序方法，对2016年7月至2019年12月于河南省肿瘤医院血液科就诊的413例AML患者骨髓样本中的58种血液肿瘤相关基因进行靶向测序。统计TET2 SNP位点I1762V的检出情况，并分析其与患者的临床特征、体细胞突变、预后的相关性。结果:154例AML患者检出TET2 SNP位点I1762V，检出比例为37.3%，与公共数据库（NyuWa Chinese Population Variant Database，NCVD）对照人群相比差异有统计学意义（ χ2＝72.4， P<0.001）；TET2 SNP位点I1762V与AML患者的性别、年龄、染色体核型等均无明显相关性（ P值均>0.05）。携带TET2 SNP位点I1762V的患者伴发NPM1基因突变和KIT基因突变的比例显著高于非携带者（ P<0.001），且NPM1和KIT突变互斥发生。生存分析结果显示，携带TET2 SNP位点I1762V的AML患者总生存（OS）率、无进展生存（PFS）率显著高于野生型患者（ HR＝0.57， P＝0.030； HR＝0.55， P＝0.020）；不论是否携带TET2 SNP位点I1762V，DNMT3A突变的AML患者OS率、PFS率均低于野生型患者（ HR＝1.79， P＝0.030； HR＝1.74， P＝0.040）。 结论:TET2 SNP位点I1762V可能与AML相关，可用于指导治疗和预后评估。TET2 SNP位点I1762V是影响AML患者预后的有利因素。

宏基因组二代测序从技术上具备同时检测所有病原体的能力，但临床实践数据仍需要进一步积累。本研究报道1例儿童艾滋病合并进行性多灶性脑白质病。患儿6岁，以中枢神经系统症状起病，曾按弓形虫脑病治疗，效果欠佳。入院后脑脊液宏基因组二代测序查见大量JC病毒序列片段，聚合酶链反应检测JC病毒特异性，Sanger测序进一步验证了宏基因组二代测序结果。提示宏基因组二代测序可以用于检测进行性多灶性脑白质病。

目的:分析不同严重程度阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征（OSAHS）患者肠道菌群多样性、丰度及结构组成等特征，并初步探讨其在OSAHS发生发展过程中的潜在作用。方法:纳入2018年12月至2019年9月山西医科大学第二医院体检中心的27名健康志愿者［男19例，女8例，年龄22~78（44.4±2.7）岁，简称N组］和山西医科大学第二医院睡眠医学中心确诊的100例OSAHS患者［男86例，女14例，年龄19~78（49.1±1.3）岁］，收集相关睡眠监测数据及病史资料，根据睡眠呼吸暂停低通气指数（AHI）分级和有无并发症将OSAHS患者分为单纯轻度组（简称L组）、单纯中度组（简称M组）、单纯重度组（简称S组）和重度并发症组（简称Sc组），运用16S rRNA高通量测序技术对肠道菌群进行特征分析，生物信息学相关统计用QIIME2软件进行分析，临床资料采用SPSS 25.0软件统计分析。结果:各组间肠道菌群Alpha和Beta多样性差异无统计学意义（ P>0.05）。门水平分析，OSAHS各组拟杆菌门菌群相对丰度较N组低（N：24.96%，L：18.31%，M：12.95%，S：15.78%，Sc：16.48%）。属水平分析，拟杆菌属（N组：16.03%，L组：10.82%，M组：9.79%，S组：9.29%，Sc组：8.25%）和粪杆菌属（N组：11.21%，L组：10.42%，M组：10.21%，S组：8.54%，Sc组：6.27%）的相对丰度与OSAHS疾病严重程度呈负相关（ r值分别为-0.887、-0.945）。而双歧杆菌属（N组：3.20%，L组：2.47%，M组：4.10%，S组：4.93%，Sc组：6.27%）和布劳特氏菌属（N组：2.52%，L组：3.59%，M组：3.81%，S组：4.11%，Sc组：5.86%）相对丰度与OSAHS疾病严重成正相关（ r值分别为0.916、0.940）。与S组相比，Sc组的罗氏菌属（S组：10.22%，Sc组：6.65%）相对丰度降低，志贺菌属（S组：4.64%，Sc组：10.01%）相对丰度升高。冗余分析（RDA分析）示AHI、最低血氧饱和度（SpO 2min）、平均血氧饱和度（SpO 2mean）及最长呼吸暂停时间（Tmax）等指标与肠道菌群整体丰度差异无统计学意义（ P>0.05），但不同菌属菌群丰度与睡眠监测各指标差异有统计学意义（ P<0.05）。 结论:OSAHS患者存在肠道菌群紊乱，主要为产生短链脂肪酸的益生菌相对丰度降低和致病菌的增多，提示其可能与OSAHS的发生发展有关。

目的:探讨基因Panel在诊断新生儿重症监护病房（neonatal intensive care unit，NICU）患儿的基因变异中的应用价值。方法:前瞻性纳入2022年11月至2023年1月湖州市妇幼保健院NICU收治的所有日龄≤28 d的新生儿（病例组）以及在本院足月出生的200例表型无明显异常的健康新生儿作为对照组。以中国可防可治罕见病、中国新筛病种等为基础，筛选明确致病基因与变异位点为靶标，设计适合中国新生儿的基因Panel，针对542种疾病、601个基因。制备干血斑样本，采用该基因Panel进行检测，检出的致病位点采用Sanger测序验证。结合临床特征分析患儿基因检测结果，依据患儿的主要临床诊断（早产儿、新生儿高胆红素血症、出血性疾病、新生儿感染、室间隔缺损/动脉导管未闭和其他）数，分为1、2、3和≥4种诊断。采用 χ2检验及线性关联 χ2检验进行统计学分析。 结果:病例组共纳入173例患儿，致病变异检出率为30.6%（53/173），包括致病基因阳性52例及染色体拷贝数变异1例。病例组致病基因阳性检出率高于对照组［30.1%（52/173）与15.0%（30/200）， χ2=12.26， P<0.001］；病例组共检出14个致病基因，分别为 FLG、UGT1A1、G6PD、MYH7、AR、ABCC2、ACADS、C YP21A2、GJB2、MEFV、PAH、PKHD1、SCN4A及 HBA。在病例组，致病变异检出率在黄疸新生儿中高于无黄疸者［35.2%（44/125）与18.8%（9/48）， χ2=4.42， P=0.036］，但在男婴女婴间、母亲是否高龄及是否有妊娠期糖尿病、是否早产儿、是否发生出血性疾病、是否有新生儿感染、是否发生室间隔缺损/动脉导管未闭组间差异均无统计学意义（ P值均>0.05）。临床诊断数目1、2、3和≥4种的患儿，致病变异检出率呈线性增长［21.1%（8/38）、25.4%（15/59）、38.2%（13/34）与40.5%（17/42），线性关联 χ2=4.84， P=0.028］。在病例组，变异（包含致病基因阳性及携带者）检出率较高的基因有7个，检出率最高的为 UGT1A1［检出率为24.9%（43/173）］，其他依次为 GJB2、 FLG、 DUOX2、 ABCA4、 G6PD和 MUT基因；7个高频变异位点为 UGT1A1基因c.211G>A（p.Gly71Arg）、c.1091C>T（p.Pro364Leu）、c.-41_-40dupTA及c.686C>A（p.Pro229Gln）， GJB2基因c.109G>A（p.Val37Ile）， FLG基因c.12064A>T（p.Lys4022Ter）及c.3321del（p.Gly1109GlufsTer13）。 结论:本研究设计的基因Panel可以为部分NICU患儿提供有效的基因检测，尤其是临床诊断复杂的患儿。

目的:应用下一代测序（next-generation sequencing，NGS）技术检测乳腺癌患者及高风险个体胚系基因突变，分析同源重组修复（homologous recombination repair，HR）通路基因突变状态与乳腺癌临床病理特征的相关性，以补充中国乳腺癌相关基因突变数据库。方法:本研究为横断面研究，收集2020年10月至2021年9月就诊于北京大学人民医院并自愿接受基因检测的350例乳腺癌患者和49例乳腺癌高风险个体的全血样本。应用NGS检测32个乳腺癌相关基因的胚系突变情况，统计乳腺癌患者发病年龄、肿瘤家族史、单/双侧肿瘤、Luminal分型（Luminal A型、Luminal B型、HER2过表达型和三阴性乳腺癌）、肿瘤大小、肿瘤转移情况等临床病理特征，采用χ2检验和Fisher精确概率检验分析HR通路基因突变与临床病理特征的相关性。结果:在350例乳腺癌患者中，64例（18.3%）携带基因致病突变（包括致病和疑似致病两类突变），包括47例（13.4%）BRCA1/2突变，16例（4.6%）非BRCA1/2基因突变，1例（0.3%）BRCA2和FANCL突变。在49例乳腺癌高风险个体中，7例（14.3%）携带基因致病突变，包括6例（12.3%）BRCA1/2突变，1例（2%）ATM突变。BRCA1/2致病突变与乳腺癌发病年龄相关（18%，8.7%，χ2=6.346， P=0.012），发病年龄≤45岁的乳腺癌患者突变频率较高。HR通路基因突变（包括致病、疑似致病和临床意义不明确的三类突变）与单/双侧肿瘤（49.5%，68.4%，χ2=4.841， P=0.028）和Luminal分型（45.7%，62.2%，32%，60%，χ2=12.004， P=0.007）具有相关性，双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者突变频率较高。 结论:乳腺癌高风险个体BRCA1/2致病突变频率与乳腺癌患者相近，对高风险个体进行BRCA1/2检测有利于指导乳腺癌的筛查和预防。早发性乳腺癌、双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者HR通路基因突变频率较高，应及早进行HR通路基因检测，为乳腺癌的诊疗预后和风险评估提供实验室依据。