目的:评价PCR荧光探针技术检测痰液样本中结核分枝杆菌复合群(Mycobacteriumtuberculosis complex,MTBC)和利福平耐药性效果,为进一步开展"结核分枝杆菌复合群及利福平耐药核酸检测试剂盒"多中心临床试验提供可行性研究数据.方法:采用前瞻性研究方法,参照入组标准收集2021年12月至2022年8月上海市3家结核病定点医院肺科门诊就诊的205例初诊疑似肺结核患者的3份痰液样本(即时痰、夜间痰、晨痰),分别进行痰涂片、BACTEC MGIT 960(MGIT 960)、GeneXpert MTB/RIF(Xpert)和 PCR 荧光探针法检测,评价 PCR 荧光探针法对痰液样本中MTBC及利福平耐药性的检测效能.另对随机选取同期上海市疾病预防控制中心结核病实验室菌株库中保存的96株MTBC临床菌株(包括利福平表型耐药菌株47株和利福平表型敏感菌株49株)分别进行PCR荧光探针法和Xpert检测利福平耐药性,分析两种检测方法对利福平耐药相关基因突变的检出情况.结果:205例疑似肺结核患者中,PCR荧光探针法对MTBC的检出率为22.44％(46/205),与MGIT 960[21.95％(45/205)]、Xpert[20.98％(43/205)]和痰涂片[16.10％(33/205)]的差异均无统计学意义(x2=0.014,P=0.904;x2=0.129,P=0.719;x2=2.650,P=0.104).以临床诊断为参照标准,PCR 荧光探针法、Xpert、MGIT 960 和痰涂片检测 MTBC 的敏感度(95％CI)分别为 48.10％(36.93％～59.56％)、48.10％(36.93％～59.56％)、50.63％(39.23％～61.97％)和 40.51％(29.79％～52.15％),特异度(95％CI)分别为 93.65％(87.47％～97.12％)、96.03％(90.52％～98.53％)、96.03％(90.52％～98.53％)和 99.21％(95.01％～99.96％),一致率分别为76.10％(156/205)、77.56％(159/205)、78.54％(161/205)和 76.59％(157/205),Kappa 值分别为 0.453、0.482、0.507和0.446.PCR荧光探针法检测痰液样本中MTBC的涂阴和极低级别阳性样本的检出率[10.73％(19/177)]与Xpert检测结果[8.47％(15/177)]的差异无统计学意义(x2=0.793,P=0.373).PCR荧光探针法在检出MTBC的46份样本中同时检出6份样本发生利福平耐药基因突变,突变率为13.04％(6/46);而Xpert在检出MTBC的43份样本中仅同时检出1份样本发生利福平耐药基因突变,突变率为2.33％(1/43).在96株临床菌株中,两种分子检测方法均检测到56株菌株发生利福平耐药基因突变,除2株探针突变类型不一致外,其他探针突变类型均一致,且多发生在probe E(529～533)和FAM通道(531/533突变).结论:以临床诊断为参照标准,PCR荧光探针法检测MTBC的效能与MGIT 960、Xpert和痰涂片基本相当,且与Xpert检测MTBC临床菌株的利福平耐药性效果一致,认为PCR荧光探针法不仅是一种等同于Xpert检测功能的新技术,还具有操作简单、价格低于Xpert、真正实现一体化和全封闭等优势.建议在临床推广过程中进一步优化PCR荧光探针法以提高MTBC检出率,并开展多中心临床试验验证研究.

除临床表现、病史、影像学外，下呼吸道感染（LRTI）的诊断水平主要依赖于临床微生物学实验室病原学检测能力，但常规培养耗时长，显微镜检的敏感度低，PCR等分子生物学检测方案覆盖的病原类别有限。近年来宏基因组测序（mNGS）技术的应用提高了LRTI的诊断率，从而也出现对常规微生物检测能力不重视的现象。本文对如何适当使用上述检测方法加以评述，并建议在mNGS背景下，进一步加强临床微生物检测能力的建设。

目的:探讨通过宏基因组学二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征及治疗策略。方法:选择2020年1月至2021年12月由惠州市中心人民医院和惠州市第一人民医院收治的26例鹦鹉热衣原体肺炎患者，收集其临床资料，包括一般情况、临床表现、实验室检查、胸部计算机断层成像、宏基因组学二代测序结果、治疗用药及预后等。结果:26例患者中，20例(76.9%)有鸟或家禽接触史，发病季节以冬季[57.7%(15/26)]最多见。26例患者均出现高热、畏寒、纳差、乏力和咳嗽，21例(80.8%)出现呼吸困难，19例(73.1%)有相对缓脉，12例(46.2%)出现头痛、肌肉酸痛，7例(26.9%)有意识障碍。26例患者中，白细胞计数正常17例(65.4%)，淋巴细胞计数减少21例(80.8%)。26例患者超敏C反应蛋白、降钙素原均有升高，D-二聚体升高24例(92.3%)，天冬氨酸转氨酶升高18例(69.2%)，丙氨酸转氨酶升高15例(57.7%)。胸部计算机断层成像检查以肺实变为主要表现，20例(76.9%)为多肺叶病变，18例(69.2%)病灶主要位于肺下叶。26例患者的宏基因组学二代测序检测结果中，9例(34.6%)只检出鹦鹉热衣原体，余17例(65.4%)除检出鹦鹉热衣原体外，还检出了其他病原微生物。经过针对性抗感染治疗后，除2例因多脏器功能衰竭死亡外，其余24例均好转。结论:鹦鹉热衣原体肺炎常见表现为高热、呼吸困难、相对缓脉，白细胞计数多正常，肺部影像学表现为肺实变，宏基因组学二代测序有助于疾病早期诊断，经过及时、有效的治疗后患者预后良好。

全自动微生物自动化流水线在我国的应用尚处于起步阶段，缺乏临床微生物检验自动化流水线应用的相关标准。为推进自动化技术的发展，中华医学会检验医学分会和中国医学装备协会检验医学分会组织制定了《临床微生物检验自动化流水线应用专家共识》。共识围绕自动化流水线的临床应用问题，讨论了应用前期需要考虑的实际要素，评价了应用过程中流水线的技术特点，特别指出应用后实验室面临的检验流程再造等问题，最后提出实施微生物自动化流水线的挑战和展望。该共识为推动医学检验自动化仪器的应用，临床微生物检验由传统手工操作转向自动化检测的变革提供指导。

脊柱感染性疾病（infectious diseases of spine, IDS）是指由不同病原微生物引起的脊柱不同部位（椎体、椎间盘、附件、椎管和邻近椎旁组织）的一系列感染性疾病，约占全身骨骼肌肉系统感染的2%~7%。IDS经典分类法可分为特异性感染和非特异性感染两种类型。IDS往往起病隐匿，临床表现不典型，影像学及实验室检查缺乏特异性，对每种疾病的准确诊断及治疗造成很大困扰，常导致漏诊、误诊，甚至是误治。目前临床诊疗程序混乱、治疗方法多样、用药及疗程不规范等问题仍影响着IDS的预后。就目前IDS的诊断和治疗流程的研究进展进行探讨，以期能够进一步规范IDS的诊疗流程。

产免疫分枝杆菌是一种罕见的非结核分枝杆菌，属于快生长型分枝杆菌，可引起皮肤感染、角膜炎、导管相关感染、慢性肺炎和脓毒症等，其感染多发生在美洲，国内诊治经验很少。本文报道1例由产免疫分枝杆菌引起的全身多发皮肤软组织感染病例，经培养、质谱鉴定和宏基因组二代测序检测明确病原体，最终参考抗菌药物敏感性试验结果，通过联合抗分枝杆菌治疗取得了良好疗效。面对罕见感染病例，临床微生物实验室采用全面的诊断方法和应用新技术对于精准诊治具有重要价值。

目的:了解中国外阴阴道假丝酵母菌病致病菌对目前临床常用的抗真菌药物的敏感性。方法:本研究纳入我国23家医院妇科和计划生育门诊就诊的1 200例外阴阴道假丝酵母菌病患者，采集患者的阴道分泌物进行假丝酵母菌菌株分离和菌株鉴定，参照美国临床实验室标准研究所（CLSI）M27-S3方案，测定1 200株菌株对克霉唑、氟康唑、咪康唑、伊曲康唑及制霉菌素5种常用抗真菌药物的敏感性和耐药性情况。结果:（1）1 200株外阴阴道假丝酵母菌病致病菌对5种抗真菌药物的敏感性和耐药性不同，各药物比较有明显差异（ χ2=3 513.201， P<0.01）。（2）所有菌株对制霉菌素敏感性更高［敏感率为99.92%（1 199/1 200）］，其次是咪康唑［敏感率为92.25%（1 107/1 200）］和克霉唑［敏感率87.17%（1 046/1 200）］，所有菌株对氟康唑的耐药性最高［耐药率为69.17%（830/1 200）］，而对伊曲康唑的耐药性次之［耐药率为50.83%（610/1 200）］。（3）白假丝酵母菌和非白假丝酵母菌对制霉菌素的敏感性均很高且无差异（ P=0.425），对咪康唑的敏感性也较高且无差异（ P=0.315）。（4）白假丝酵母菌和非白假丝酵母菌对克霉唑、氟康唑和伊曲康唑的敏感性均不同，相比于非白假丝酵母菌，白假丝酵母菌对克霉唑的敏感性更高［敏感率分别为73.01%（165/226）、90.45%（881/974）， P<0.001］，对氟康唑的耐药性更高［耐药率分别为50.88%（115/226）、73.41%（715/974）， P<0.001］。虽然对伊曲康唑的敏感性不高，但是白假丝酵母菌比非白假丝酵母菌对伊曲康唑的敏感率高［分别为37.68%（367/974）、23.89%（54/226）， P<0.001］，耐药率低［分别为49.28%（480/974）、57.52%（130/226）， P<0.001］。 结论:1 200株假丝酵母菌对5种常用抗真菌药物的敏感性具有明显差异，对制霉菌素、咪康唑和克霉唑的敏感性较高，而对氟康唑和伊曲康唑的耐药性较高。白假丝酵母菌和非白假丝酵母菌对不同抗真菌药物的敏感性和耐药性存在很大差异，临床上应重视对假丝酵母菌的鉴定和药物敏感性试验，合理选用抗真菌药物。

宏基因组测序技术在未知病原体感染以及危重症感染诊断中的临床应用价值日益凸显。由于宏基因组测序庞大的数据量以及临床诊疗的复杂性，使得宏基因组测序在实际应用中存在着数据分析困难、不易解读的难题。因此，在临床实践的过程中，把握生物信息学分析的关键点、建立标准化的生物信息学分析流程至关重要，这是宏基因组测序由实验室走向临床转化的重要步骤。目前，宏基因组测序的生物信息学分析已经有了长足的进步，但随着临床对生物信息学分析规范化、标准化的高要求以及计算机技术的发展，宏基因组测序的生物信息学分析也面临着新的挑战。本文主要从质量控制、致病菌的判定以及可视化等方面进行阐述。

目的:探讨眼表感染细菌中耐药葡萄球菌对左氧氟沙星、妥布霉素、头孢唑林钠、克林霉素及夫西地酸5种眼科常用抗生素的体外敏感性，为临床选择用药提供参考。方法:实验研究。收集河南省立眼科医院微生物室2018年1月至2019年5月眼表分离的67株耐药葡萄球菌，包括耐药表皮葡萄球菌（28株）、耐药金黄色葡萄球菌（17株）、耐药中间葡萄球菌（15株）及少数其他种类耐药葡萄球菌（7株）。采用微量液基法测定左氧氟沙星、妥布霉素、头孢唑林钠、克林霉素及夫西地酸对67株耐药葡萄球菌的最小抑菌浓度（MIC），并依据美国临床和实验室标准化研究所的M100标准进行敏感性判定。采用卡方检验和Fisher精确检验对数据进行统计学分析。结果:28株耐药表皮葡萄球菌中，17株mecA基因阳性者有14株对夫西地酸敏感，与左氧氟沙星比较，差异有统计学意义（ P=0.032）；17株耐药金黄色葡萄球菌中，14株产β内酰胺酶者分别有14、11株对头孢唑林钠和夫西地酸敏感，两种药物与左氧氟沙星相比较，差异均有统计学意义（ P=0.000，0.007）；15株耐药中间葡萄球菌中，10株mecA基因阳性者分别有6、5株对头孢唑林钠和夫西地酸敏感，与左氧氟沙星相比，差异均有统计学意义（ P=0.011，0.033）；7株其他耐药葡萄球菌中，5株mecA基因阳性者有4株对头孢唑林钠敏感，与左氧氟沙星相比，差异有统计学意义（ P=0.048）。67株耐药葡萄球菌中，分别有54、48株对头孢唑林钠和夫西地酸敏感，敏感率为80.1%和71.6%，敏感性明显高于左氧氟沙星、妥布霉素、克林霉素3种药物，药物敏感性差异均有统计学意义（χ2 =18.377，9.940； P=0.000，0.003）。 结论:耐药葡萄球菌对头孢唑林钠和夫西地酸的敏感性优于左氧氟沙星、妥布霉素和克林霉素，可为临床治疗眼部耐药葡萄球菌感染的经验用药提供指导。 （中华眼科杂志，2020，56：621-625）

2021年4月15—17日，来自疾控、医疗、高校和科研院所的80余位专家聚焦我国传染病防控与生物安全面临的挑战与机遇，聚焦大数据和监测网络、检测与溯源技术、耐药控制和疫苗研发策略的关键问题等内容展开深入讨论，并达成共识：（1）针对我国面临的传染病防控现状和保障生物安全的需要，亟需建立跨部门、全方位的微生物科学数据库和实验室监测网络；（2）病原筛查鉴定和分型溯源技术需向超灵敏、智能化和网络化的方向发展，应规范基于高通量测序的病原鉴定和溯源技术的标准及应用范围；（3）亟需建立跨部门的耐药监测体系，加强耐药菌跨物种传播监测；（4）应用科学理论和新技术指导和改进未来疫苗应急研发及接种策略。根据以上问题提出专家建议。