目的:探讨抗原加工相关的转运蛋白1(TAP1)是主要组织相容性复合体-Ⅰ(MHC-Ⅰ)类抗原呈递途径所必需，在肿瘤免疫学监测重要标志性作用。方法:通过慢病毒转导3种胶质瘤细胞株(U87、U251和GL261)中过表达和敲低TAP1的表达水平，实验分为正常对照组、慢病毒过表达空载体对照组、慢病毒敲除空载体对照组、TAP1过表达组和敲除组；蛋白质印迹法(Western blot)和定量聚合酶链反应(qPCR)检测TAP1和MHC-Ⅰ的表达和相互关系；使用Transwell系统检测细胞增殖和侵袭功能；流式细胞检测MHC-Ⅰ在TAP1过表达和敲低的GL261细胞表面的表达；免疫组织化学检测TAP1对肿瘤免疫应答的作用。采用方差分析做多组比较、独立样本 t检验做两两比较。 结果:TAP1过表达和敲低3种细胞系成功，细胞计数试剂盒(CCK-8)吸光度中G261细胞的增殖每组无变化和侵袭功能通过 t检验，差异无统计学意义( t＝1.265，df＝4， P>0.05)；TAP1的过表达和胶质瘤细胞的敲低表明TAP1和MHC-Ⅰ表达 t检验，差异有统计学意义( t＝4.560，df＝4， P<0.05)；TAP1过表达和敲低G261细胞与体内存活和CD8 ＋的免疫化学染色相关( t＝5.806，df＝4， P<0.05)；MHC-Ⅰ类在TAP1过表达和敲低GL261细胞表面表达。 结论:TAP1可能通过调节CD8 ＋T细胞而成为胶质瘤的关键抑癌基因。

目的 将免疫基因组学与临床特征结合,用R语言等生物信息学方法筛选与卵巢癌预后有关的独立预后因素,并构建卵巢癌预后相关的列线图模型,预测患者生存情况.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获得卵巢癌表达谱数据以及临床数据,标准化处理后通过单因素Cox分析筛选出预后相关基因,并将这些预后相关基因与免疫相关基因数据集取交集,得到与卵巢癌预后相关的免疫基因,通过LASSO回归分析以及多因素Cox回归分析进一步筛选出免疫预后基因构建多因素Cox风险模型.结果 经过LASSO回归以及多因素Cox回归分析共筛选出 12 个预后相关免疫基因,分别为趋化因子CCL配体 28(chemokine CCL ligand 28,CCL28)、封闭蛋白 4(recombinant claudin 4,CLDN4)、趋化因子CXC配体 12(chemokine CXC ligand 12,CXCL12)、内皮细胞特异性分子 1(endothelial cell specific molecular-1,ESM1)、鸟苷酸结合蛋白 2(guanylate binding protein 2,GBP2)、免疫球蛋白κ可变 4-1(immunoglobulin kappa variable 4-1,IGKV4-1)、免疫球蛋白λ可变 2-8(immunoglobulin lambda variable 2-8,IGLV2-8)、白细胞介素 27 受体α(recombinant interleukin 27 receptor alpha,IL27Ra)、peptidase inhibitor 3(PI3)、前列腺素F2α受体(prostaglandin F2α receptor,PTGFR)、S100 钙结合蛋白A5(recombinant S100 calcium binding protein A5,S100A5)和抗原加工相关转运体 1(transporter associated with antigen processing 1,TAP1).基于这些免疫预后基因构建的预测模型的 1、2、3 和 5 年的受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下的面积(area under the curve,AUC)值分别为 0.658、0.748、0.725 和 0.748.单因素和多因素Cox回归显示,临床分级、年龄以及该模型计算所得的风险评分是卵巢癌患者预后相关的独立因素(均P<0.05).将临床分级、年龄和风险评分纳入卵巢癌预后相关的列线图模型预测生存期.该模型对卵巢癌患者 1、2 和 3 年生存率预测性能的一致性参数(concordance index,C-index)值为 0.669.结论 基于 12 个免疫基因计算的风险评分、临床分级以及年龄是卵巢癌患者预后相关的独立因素.本研究构建的免疫基因预后模型可有效预测卵巢癌患者1、2和3年的生存状况.这些免疫基因有望成为卵巢癌免疫治疗的新靶标.

的利用生物信息学分析抑制抗原加工相关转运体(TAP)肽转运的伪狂犬病病毒(PRV)蛋白. 方法 利用在线分析软件分析HSV-1 ICP47、BoHV-1 UL49.5、HCMV US6、EBV BNLF2a、CPXV CPXV012等5种已知TAP抑制剂的理化性质、疏水性、跨膜域、磷酸化修饰、亚细胞定位、信号肽、二级结构等,筛选出与几种TAP抑制剂相似的PRV蛋白,并对TAP抑制剂和筛选出的PRV蛋白进行同源比对及三级结构预测和分析比较. 结果 筛选出与TAP抑制剂BoHV-1 UL49.5同样存在一个信号肽、两个跨膜域、主要定位于内质网且核苷酸同源性为52.0％的疏水性蛋白PRV gN(UL49.5),以及与HCMV US6同样存在一个信号肽、一个跨膜域、主要定位于质膜和内质网且核苷酸同源性分别为44.9％和47.1％的亲水性蛋白PRV gD(US6)和PRV gC(UL44).筛选蛋白与同源性较高的TAP抑制剂理化性质、亚细胞定位、跨膜域、二级结构等基本类似. 结论 PRV蛋白的gN(UL49.5)、gD(US6)和gC(UL44)可能影响TAP的肽转运功能,本研究为揭示TAP介导的PRV蛋白免疫逃逸机制和为与TAP相关的靶向治疗研究提供了理论基础.

为了通过生物信息学技术筛选并分析关键基因以探究儿童哮喘急性发作的病理机制,从GEO数据库下载儿童哮喘急性发作相关基因芯片数据集(GSE103166),用R软件包工具筛选出哮喘急性发作患儿与健康儿童的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),用 DAVID(version 6.8)在线工具获取 DEGs 列表的GO和KEGG注释结果,同时通过STRING(version 11.0)获取其蛋白质互作数据,应用Cytoscape及其插件MCODE构建蛋白质互作网络、鉴定关键基因.结果显示,共筛选出78个DEGs,其中上调基因共49个,下调基因共29个.这些DEGs主要富集于核质转运调控、免疫系统过程调节等生物过程;核小体、DNA包装复合物等细胞组分;RhoGTP酶结合、离子型谷氨酸受体结合等分子功能.KEGG通路分析结果提示其主要富集在系统性红斑狼疮和哮喘信号通路.在这些DEGs 中,筛选得到一个基因模块,GO分析显示该模块主要富集在γ干扰素介导的信号通路、通过MHC Ⅱ类分子进行抗原加工和外源性抗原肽的呈递、通过MHC Ⅱ类分子进行抗原加工和抗原肽的呈递等生物过程;MHC Ⅱ类蛋白复合物、内质网膜腔侧、内质网膜腔侧组成部分等细胞组分;MHC Ⅱ类受体活性、抗原肽结合、跨膜信号受体活性等分子功能.KEGG通路分析提示该模块主要富集在哮喘、移植物抗宿主病、同种异体排斥反应等通路.该基因模块涵盖5个关键基因,分别为HLA-DPB1、HLA-DQB1、HLA-DQB2、MT2A和KIF11.上述分析结果表明,文中筛选的DEGs和关键基因有助于加深对儿童哮喘急性发作病理机制的理解,其中HLA-DPB1、HLA-DQB1、HLA-DQB2等关键基因已得到相关研究的验证,未经证实的MT2A、KIF11关键基因,可能是儿童哮喘急性发作研究的新靶点.

目的 通过筛选干旱环境中大鼠泪腺的差异表达蛋白,探讨与"燥伤清窍"病机相关的蛋白质或信号通路,从分子水平认识外燥证的本质.方法 20只SD雌鼠随机均分为2组,分别为在常温常湿环境中饲养的对照组(CG),以及采用人工气候箱和砂尘试验箱模拟干旱环境(西北燥证的主要病因)干预的干旱风沙组(DD),均饲养48 d.随后摘取大鼠左侧泪腺,采用串联质谱标签(TMT)技术筛选差异表达蛋白,并进行生物信息分析.结果(1)差异表达蛋白:筛选出DD组大鼠泪腺中差异表达蛋白共505个,其中上调蛋白有210个,下调蛋白有295个.(2)基因本论(GO)功能注释:差异表达蛋白主要影响细胞过程和单生物过程,主要定位在细胞和细胞器,分子层面主要影响蛋白的结合和催化活性.(3)GO富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集:上调蛋白多与免疫功能相关,主要富集在抗原加工呈递通路;下调蛋白多与离子的转运和肌肉的收缩相关,主要富集在与氧化、磷酸化相关的通路.(4)候选靶标蛋白:S100钙结合蛋白A9(S100A9)、α-1-酸性糖蛋白(AGP1)、趋化因子C-X3-C基元配体1(CX3CL1)、髓过氧化物酶(MPO)、泛醇-细胞色素C还原酶铰链蛋白(UQCRH)、T-激肽原1(KNT1)、蛋白酶体亚基β-8(PSMB8)、前列腺素D合酶(PGDS)、免疫球蛋白G(IgG)、热休克蛋白27(HSP27)、血清转铁蛋白(TF)、酪蛋白激酶Ⅱα'亚基(CSNK2A2)、泛素羧基末端水解酶L3(UCHL3)为探索"燥伤清窍"微观机制的候选靶标蛋白.结论 基于眼部症状,或可立足免疫功能(尤指炎症反应与变态反应)和细胞凋亡,选择相应的信号通路探索"燥伤清窍"的微观机制.