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基于16S核糖体RNA高通量测序的特重度烧伤患者肠道菌群动态变化分析
编辑人员丨5天前
目的:基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法:本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32~48岁),采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4~14 d)、急性感染中期(伤后15~28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本,各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值,高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度,非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性,Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果:(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45,明显高于休克期的6.68±0.36( P<0.05或 P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列,序列长度为415 bp左右,共获得1 209个OTU,所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期( Z值均为2.023, P<0.05);出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期,Shannon指数明显高于急性感染早、中期( Z值均为2.023, P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高,与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示,大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期( Z=3.326、2.570、2.690, P<0.05或 P<0.01),其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上,与休克期比较,急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低,变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高;上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异,休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高,成为这些时期新的优势科;出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱,急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强,休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。 结论:特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化,pH值升高,菌群种类及多样性减少,尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低,但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。
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编辑人员丨5天前
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眼睑分裂痣的新分类法及整复手术效果
编辑人员丨5天前
目的:探讨眼睑分裂痣用新分类法进行分类的类型分布特点及整复手术效果。方法:回顾性病例系列研究。收集2015年10月至2020年1月在首都医科大学附属北京同仁医院诊治的39例(39只眼)眼睑分裂痣患者的临床资料,所有患者应用新分类法即传统分类联合美学单元分类法进行分类,根据不同类型采用相应的整复手术。分析总结不同类型眼睑分裂痣的分布特点以及整复手术效果。结果:39例患者均单眼发病,其中女性26例(67%),男性13例(33%),年龄(31.1±17.8)岁。眼睑分裂痣类型分布:内侧局限性、中等范围及大范围眼睑分裂痣分别有5例(13%)、6例(15%)、2例(5%);中央局限性、中等范围眼睑分裂痣分别有6例(15%)、3例(8%);外侧局限性、中等范围眼睑分裂痣分别有4例(10%)、6例(15%);全眼睑中等范围、大范围眼睑分裂痣分别有2例(5%)、5例(13%)。组织病理学结果为皮内痣20例(51%),复合痣18例(46%),交界痣1例(3%)。不同整复手术后随访6个月至2年,患者对眼部外观均满意。手术效果为优36例(92%),良3例(8%)。2例(5%)色素痣在睑缘部位有复发,再次手术切除后无复发。结论:传统分类联合美学单元分类法对眼睑分裂痣的分类以内侧型和中等范围眼睑分裂痣较为常见,根据新分类法采用相应整复手术的效果满意。
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编辑人员丨5天前
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护理绩效动态分配方案在病区护理单元中的应用效果
编辑人员丨5天前
目的:制订护理绩效动态分配方案,为医院护理绩效考核提供新方法。方法:从医院信息系统中提取数据,应用卡方自动交互检测法对全部病区护理工作量、质量、效率、业绩4个维度的90项指标进行分析,将不同病区归属到不同的绩效等级集群,实现对病区护理绩效的即时性分类。从适用性、公平性、客观性、接受性、效率性、总体满意度6个方面对护士及护理管理人员的满意度方面进行调查。结果:该方法应用后,护理管理人员对该方案应用的满意度得分由(2.69±1.01)分提升为(4.66±0.69)分,差异有统计学意义( P<0.01);该方法应用前,护士对绩效考核的满意度得分为(3.39±0.89)分,应用后,护士对绩效考核满意度得分为(4.60±0.52)分,差异有统计学意义( P<0.01)。 结论:护理绩效动态分配方案能准确、快速地完成对病区护理绩效的动态分析与即时分类,为病区护理绩效考评提供科学的决策依据。
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编辑人员丨5天前
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东乡族2型糖尿病患者与健康人群肠道菌群构成特点及差异的研究
编辑人员丨5天前
目的:探究东乡族2型糖尿病与健康人群肠道菌群的特点及差异。方法:收集2020年4月至2021年1月就诊于东乡县人民医院的东乡族2型糖尿病患者25例(T2DM组),同时选取28例体检健康的东乡族人群作为对照组(HC组),收集研究对象及HC组的新鲜粪便样本,通过对16S核糖体RNA(16S rRNA)基因V3+V4区扩增子测序的方法分析肠道菌群。初步了解东乡族T2DM组与HC组肠道微生物的构成特点及差异。结果:两组样本共检测出936个操作分类单元(OTU)数目,其中共同有OTU数目为633个。Alpha多样性分析中Shannon指数显著高于对照组,Simpson指数显著低于对照组,两组菌群多样性差异有统计学意义( P<0.05)。使用置换多元方差分析比较两组β多样性,差异有统计学意义( P<0.05)。在分类学门水平,T2DM组中厚壁菌门、放线菌门显著高于HC组(37.97%比22.89%、5.09%比2.08%),差异有统计学意义( P<0.05);而拟杆菌门丰度显著减少(T2DM组:68.00%,HC组:49.75%),差异有统计学意义( P<0.05)。在属水平,发现20个菌属差异有统计学意义( P <0.05),T2DM组中双歧杆菌属、大肠埃希-志贺菌属、Tyzzerella_4的丰度显著高于HC组,而Prevotella_9、罗氏菌属、Erysipelotrichaceae_UCG-003菌显著减少。 结论:东乡族T2DM组和健康人群肠道菌群组成存在显著差异,从而初步了解东乡族T2DM患者的肠道菌群特征,为今后治疗提供依据。
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编辑人员丨5天前
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解读研究领域标准在抑郁症中的应用
编辑人员丨5天前
研究领域标准(Research Domain Criteria,RDoC)是2008年由美国国家心理健康研究所(National Institute of Mental Health,NIMH)提出的一个面向精神障碍精准医疗的研究框架,不同于临床诊断标准,如《精神疾病诊断和统计手册》(Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders,DSM)或《国际疾病分类》(International Classification of Diseases,ICD)系统,意在整合多个生物学领域的科学证据和标记,以寻求对所研究症状或表型的客观标定。本文将介绍RDoC的背景、内容等,探讨如何利用RDoC框架从基因到神经回路,再到行为等多个分析单元来综合解析抑郁症的发生机制,特别关注了正价系统、负价系统以及心理社会认知系统等功能领域在抑郁症中的作用机制。总而言之,RDoC对抑郁症临床诊疗提供了重要的科学证据,为抑郁症的精准医疗提供新的研究思路。
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编辑人员丨5天前
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早产极低出生体重儿肠道菌群变化与坏死性小肠结肠炎的相关性
编辑人员丨5天前
目的:探讨早产极低出生体重儿(VLBWI)坏死性小肠结肠炎(NEC)发生前肠道菌群结构特征变化。方法:采用前瞻性巢式病例对照研究。将2018年4月20日至11月20日生后24 h内收住苏州大学附属儿童医院或苏州市立医院新生儿重症监护病房(NICU)且出生体重<1 500 g、出生胎龄<35周的46例早产VLBWI作为研究对象,采集所有早产VLBWI基本临床资料及粪便样本,粪便样本留取时间节点为生后1周内第1、4、7日龄,之后每周留取1次,留取终点为NEC发生或出院或生后第8周(以先到者为终点),粪便样本通过16 S rDNA高通量核苷酸测序。根据有无NEC发生分为NEC组和对照组,对照组按1∶1的比例匹配。分析2组粪便样本菌群的操作分类单元(OTU)组成、序列数及多样性shannon指数。采用 t检验或非参数检验,χ2检验或Fisher确切概率法进行组间比较。 结果:NEC组23例,其中男13例(57%),出生胎龄(29.4±1.8)周;对照组23例,其中男11例(48%),出生胎龄(29.9±1.6)周。物种丰度差异分析显示,2组厚壁菌门在7日龄均有一过性下降,对照组随日龄增加有升高趋势,而NEC组无此趋势;2组变形菌门均于7日龄升高,对照组随日龄增加丰度逐渐减低,而NEC组持续增高;NEC组菌群与对照组比较,7日龄变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌科丰度均低,14日龄粪杆菌属明显高,21日龄梭菌属、链球菌属均低,28日龄厚壁菌门、梭菌纲、产气荚膜梭菌均低,变形菌门、γ-变形菌纲均高,差异均有统计学意义( U=43.00、43.00、45.00、80.00、74.00、76.00、19.00、8.00、36.00、25.00、25.00,均 P<0.05)。α多样性分析结果显示,NEC组shannon指数在21、28日龄均低于对照组[2.4(1.4,3.0)比3.1(2.6,4.0),2.4(1.4,2.8)比3.9(3.3,4.2), U=67.00、12.00, P=0.027、0.001]。 结论:早产VLBWI在发展为NEC之前肠道菌群定植模式已改变,差异菌群的出现及菌群多样性的减低为早期识别和预防NEC发生提供可能。
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编辑人员丨5天前
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基于特征融合AEBGNet的运动想象脑电分类算法
编辑人员丨1个月前
针对机器学习方法在对脑电特征进行分类时无法同时兼顾脑电信号的时-空域特征的问题,利用添加注意力机制的卷积神经网络提取空间特征和双向门控循环单元提取时间特征,提出一种基于特征融合的运动想象(Motor Imagery,MI)脑电分类算法(Attention-EEGNet-BiGRU,AEBGNet),AEBGNet可将时、空域两类特征相融合,得到更具表征性的时-空域特征,最终构建的AEBGNet分类模型在BCI competition IV 2b数据集上取得80.37%的平均正确率,比标准的EEGNet方法提高6.09%.结果表明,本文方法可以有效提高MI脑电信号的分类正确率,为MI脑电信号的分类提供新的思路.
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编辑人员丨1个月前
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马齿苋多糖摄入对老龄大鼠肠道菌群结构的影响
编辑人员丨2024/8/10
目的 探究马齿苋多糖(Portulaca oleracea polysaccharide,POP)对老龄大鼠肠道菌群结构的影响.方法 20只 SD老龄大鼠(21 月龄)随机分为 2 组,每组 10 只.对照组(Con)大鼠饲喂实验鼠维持颗粒料,干预组(POP)大鼠饲喂添加 1.0%POP维持颗粒料,自由摄食和饮水,持续 15 w.实验结束后,采用 16S rRNA高通量测序技术分析肠道菌群结构.结果 两组共有 6087 个相同的操作分类单元(OTUs),Con组有 1025 个特征OTUs,POP组有 1131 个特征OTUs.两组动物肠道菌群有相似的α 多样性,组间β 多样性有显著性差异.摄入 POP 后,老龄大鼠肠道菌群中的梭杆菌门(Fusobacteria)、乳杆菌属(Lactobacillus)、瘤胃梭菌属(Ruminiclostridium_9)、Intestinimonas菌属、粪杆菌属(Faecalibacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、嗜果胶拟杆菌属([Bacteroides]_pectinophilus_group)和瘤胃梭菌(Ruminiclostridium)相对丰度显著降低,而副拟杆菌属(Parabacteroides)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae_UCG-005)和Marvinbryantia菌属相对丰度显著增加.老龄大鼠摄入POP后可能上调细胞过程、新陈代谢和生物系统相关基因的表达,下调环境信息处理、人类疾病和遗传信息处理等相关基因的表达.结论 POP可影响老龄大鼠肠道菌群结构,瘤胃菌科(Ruminococcaceae_UCG.005)和副拟杆菌属(Parabacteroides)是主要的生物标志物.
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编辑人员丨2024/8/10
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东北亚地区白粉菌的物种多样性与寄主物种多样性
编辑人员丨2024/7/6
对不同地理区域的菌物进行系统的编目和分类研究是生物多样性研究的核心内容.白粉菌是一类植物专性寄生病原真菌,广泛分布在世界各地,能引起多种植物的白粉病.为了全面了解中国东北与东北亚其他地区白粉菌的物种多样性和寄主多样性,本文通过文献收集、数据分析,并结合作者2022-2023年野外调查结果,按照最新的分类系统,整理出中国东北和东北亚其他各国和地区的白粉菌物种名录、寄主名录和地理分布信息.通过整理分析发现,中国东北地区有白粉菌142种和17变种,隶属于1科5族、10个有性属和1个无性属,分布在572种(含37变种)寄主植物上,隶属64科243属;日本有白粉菌258种和46变种,隶属于1科5族,12个有性属和2个无性属,分布在1,171种(含163变种)寄主植物上,隶属108科449属;韩国有白粉菌150种和15变种,隶属于1科5族,11个有性属和1个无性属,分布在515种(含53变种)寄主植物上,隶属79科255属;俄罗斯远东地区有白粉菌89种和22变种,隶属于1科5族,8个有性属和2个无性属.中国东北地区、日本、韩国和俄罗斯远东地区共有的白粉菌种类有50个,归属于8个共有的有性属(布氏白粉菌属(Blumeria)、单囊壳属(Podosphaera)、叉钩丝壳属(Sawadaea)、白粉菌属(Erysiphe)、高氏白粉菌属(Golovinomyces)、新白粉菌属(Neo?rysiphe)、内丝白粉菌属(Leveillula)和球针壳属(Phyllactinia)),它们分布在相同或相近的寄主植物上.日本和韩国的白粉菌共有种最多(136种).中国东北地区、日本和韩国白粉菌的特有种分别为28种、116种和17种.东北亚地区白粉菌的寄主植物总共有1,760种(含263个变种),隶属112科541属.虽然东北亚地区约占全球陆地面积的8%,但是该地区共有318种和53变种白粉菌,占全球已知白粉菌总数的40.33%.因此,东北亚地区属于白粉菌多样性研究的重点地区与区系单元.研究结果为建立东北亚地区白粉菌多样性与区系研究格局、系统发育关系、寄主多样性概貌等提供了白粉菌物种和寄主物种的数据支持.
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编辑人员丨2024/7/6
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虫霉真菌分类系统名录
编辑人员丨2024/5/18
虫霉真菌是低等真菌的重要成员,目前包含280余种,多为节肢动物的专性寄生真菌,少数腐生于土壤和枯枝落叶.本文在Humber发表的虫霉真菌分类框架上,结合近期发表的虫霉真菌分类单元,对该类真菌分类系统名录进行更新,介绍了 1门、3纲、3目、10科和25属的分类学特征,并对当前虫霉真菌分类存在的问题进行了总结和展望.
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编辑人员丨2024/5/18
