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基于16S rDNA及ITS高通量测序分析甲真菌病病甲微生物群落的变化
编辑人员丨1周前
目的:比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法:收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本,提取甲屑菌群总DNA,以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区(ITS)作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序,对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析,采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析,采用相似性分析(Anosim)进行β多样性分析,采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果:入组甲真菌病患者31例,男16例,女15例,按年龄分青年组(18 ~ 35岁)10例,中年组(36 ~ 60岁)11例,老年组(大于60岁)10例。α多样性分析显示,病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组( W = 290, P = 0.007),而Simpson指数明显高于健康甲组( W = 663, P = 0.010),病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组,病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示,基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果,病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义(细菌菌群: R = 0.0052, P = 0.331;真菌菌群: R = 0.0036, P = 0.337);基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果,病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义(均 P = 0.001)。在物种组成上,病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属,而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌,而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。 结论:甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异,真菌菌群仅丰度存在一定的差异,其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。
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编辑人员丨1周前
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白粉病对火棘叶片内生真菌群落结构的影响
编辑人员丨1个月前
目的:为比较健康和患白粉病火棘叶片内生真菌群落结构差异.方法:利用高通量测序技术对真菌r DNA-ITS(Internal transcribed space)序列进行测序分析.结果:两组样品共获得5门、16纲、3目、61科、83属、100种;健康样品HJF独有OTU为103个,感染白粉病的火棘叶片HJB独有OTU为19个,两个样品共有OTU为23个,HJF内生真菌物种丰度和多样性均高于HJB.物种分类显示,在门分类水平上,两组样品中优势菌群均为子囊菌门(Ascomycota);在科分类水平上,HJB中优势菌科为89.22%白粉菌科(Erysiphaceae);HJF中优势菌科为28.25%白粉菌科(Erysiphaceae)、12.30%丝孢酵母科(Trichosporonaceae)和12.31%Phaeosphaeriaceae;在属分类水平上,HJB中优势菌属为88.04%球针壳属(Phyllactinia);HJF中优势菌属为27.45%球针壳属(Phyllactinia)、12.03%Apiotri-chum、11.58%unclassified_f_Phaeosphaeriaceae.结论:健康组和罹病组火棘叶片的内生真菌群落结构及多样性存在明显差异,其优势、次优势菌属的相对丰度也存在明显差异,本研究明确了白粉病对火棘内生真菌结构的影响,为该病菌的致病机理和防控策略研究奠定基础.
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编辑人员丨1个月前
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2018-2022年三台县农村饮用水微生物指标监测结果分析
编辑人员丨1个月前
目的 分析三台县2018-2022年农村饮用水微生物指标监测结果,分析处理方式和消毒剂种类对微生物指标的影响,为三台县农村地区饮水安全工作提供参考和建议.方法 根据2018-2022年水质卫生监测方案,在三台县范围内设置农村饮用水监测布点,各年采样量分别为252、248、252、252和404份,合计1 408份.平皿计数法检测菌落总数,酶底物法中的51孔定量盘法检测总大肠菌群和大肠埃希氏菌.参照GB/T 5749-2006进行水质评价,以SPSS 16.0软件进行统计分析,采用Median检验法、Kolmogorov-Smirnov Z检验法及x2检验法,检验水准为α=0.05.结果 2018-2022年三台县农村饮用水微生物指标合格率为64.7%、63.7%、57.9%、62.7%和87.6%.菌落总数和总大肠菌群中位数总体呈现先升后降、大肠埃希菌中位数也呈下降态势;不同年份菌落总数中位数差异有统计学意义(x2=11.531,P=0.021),总大肠菌群和大肠埃希菌中位数差异均无统计学意义(x2==5.932、8.207,P=0.204、0.084).仅消毒和常规处理水样微生物指标合格率(79.34%、75.97%)高于未处理水样(31.42%),差异有统计学意义(x2==221.065,P<0.001);仅消毒水样微生物指标合格率高于常规处理水样,但差异无统计学意义(x2=1.712,P=0.191).仅消毒和常规处理水样菌落总数、总大肠菌群数、大肠埃希菌数中位数低于未处理水样,其中菌落总数和大肠埃希菌差异有统计学意义(x2=24.117、6.689;P<0.001,P=0.035).高纯二氧化氯处理水样微生物指标合格率(76.7%)低于漂白粉处理水样(88.5%),差异有统计学意义(x2=9.452,P=0.002).高纯二氧化氯处理水样与漂白粉处理水样比较,菌落总数、总大肠菌群、大肠埃希菌中位数差异无统计学意义(Z=-1.397、-1.086和-0.63,P均>0.05).结论 三台县农村地区饮用水微生物指标合格率处于较低水平;消毒可以提高农村饮水中微生物指标合格率,降低饮水中微生物指标检出水平,但常规处理消毒措施效果欠佳;高纯二氧化氯消毒效果低于漂白粉.
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编辑人员丨1个月前
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东北亚地区白粉菌的物种多样性与寄主物种多样性
编辑人员丨2024/7/6
对不同地理区域的菌物进行系统的编目和分类研究是生物多样性研究的核心内容.白粉菌是一类植物专性寄生病原真菌,广泛分布在世界各地,能引起多种植物的白粉病.为了全面了解中国东北与东北亚其他地区白粉菌的物种多样性和寄主多样性,本文通过文献收集、数据分析,并结合作者2022-2023年野外调查结果,按照最新的分类系统,整理出中国东北和东北亚其他各国和地区的白粉菌物种名录、寄主名录和地理分布信息.通过整理分析发现,中国东北地区有白粉菌142种和17变种,隶属于1科5族、10个有性属和1个无性属,分布在572种(含37变种)寄主植物上,隶属64科243属;日本有白粉菌258种和46变种,隶属于1科5族,12个有性属和2个无性属,分布在1,171种(含163变种)寄主植物上,隶属108科449属;韩国有白粉菌150种和15变种,隶属于1科5族,11个有性属和1个无性属,分布在515种(含53变种)寄主植物上,隶属79科255属;俄罗斯远东地区有白粉菌89种和22变种,隶属于1科5族,8个有性属和2个无性属.中国东北地区、日本、韩国和俄罗斯远东地区共有的白粉菌种类有50个,归属于8个共有的有性属(布氏白粉菌属(Blumeria)、单囊壳属(Podosphaera)、叉钩丝壳属(Sawadaea)、白粉菌属(Erysiphe)、高氏白粉菌属(Golovinomyces)、新白粉菌属(Neo?rysiphe)、内丝白粉菌属(Leveillula)和球针壳属(Phyllactinia)),它们分布在相同或相近的寄主植物上.日本和韩国的白粉菌共有种最多(136种).中国东北地区、日本和韩国白粉菌的特有种分别为28种、116种和17种.东北亚地区白粉菌的寄主植物总共有1,760种(含263个变种),隶属112科541属.虽然东北亚地区约占全球陆地面积的8%,但是该地区共有318种和53变种白粉菌,占全球已知白粉菌总数的40.33%.因此,东北亚地区属于白粉菌多样性研究的重点地区与区系单元.研究结果为建立东北亚地区白粉菌多样性与区系研究格局、系统发育关系、寄主多样性概貌等提供了白粉菌物种和寄主物种的数据支持.
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编辑人员丨2024/7/6
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光臀八齿小蠹共生微生物群落组成及其功能基因注释
编辑人员丨2024/2/3
[目的]揭示光臀八齿小蠹Ips nitidus共生微生物群落组成和功能特征.[方法]对来自中国西北部青海省麦秀自然保护区的光臀八齿小蠹进行肠道和其他组织共生真菌和细菌宏基因组学和相关性网络分析,比较光臀八齿小蠹肠道和其他组织共生真菌及细菌群落组成,分析微生物群落间的相互关系,并采用非冗余蛋白序列比对方法注释共生微生物功能基因.[结果]共发现光臀八齿小蠹肠道和其他组织共生微生物3 520种,真菌和细菌的物种数最高,分别占全部物种数的23.21%和69.01%,平均相对丰度分别为9.69%和13.79%.其他组织中共生真菌白粉菌目(Erysiphales)相对丰度和物种多样性较肠道中的高,而其他组织中酵母目(Saccharomycetales)相对丰度和物种多样性较肠道中的低;其他组织中长喙壳类真菌(ophiostomatoid fungi)多样性(6属16种)较在肠道中的(5属13种)高,在其他组织和肠道中的平均相对丰度分别为0.016%和0.013%.其他组织中肠杆菌目(Enterobacterales)相对丰度和物种多样性高于肠道中的.肠杆菌属Enterobacter、白粉菌属Erysiphe、丛枝菌根属Rhizophagus和沃尔巴克氏菌属Wolbachia均为肠道和其他组织的核心菌属.真菌和细菌的某些群落在肠道和其他组织间表现出相反的相互关系,表明光臀八齿小蠹共生菌间可能存在复杂的相互作用.分别鉴定到共生真菌和细菌功能基因7 010和6 483个,细菌中异源性物质生物降解和代谢相关功能基因数量远高于真菌的;mRNA监测通路、丙酸代谢和泛素介导的蛋白质水解等11条通路在肠道中较在其他组织中具有更多的差异基因;对于柠檬烯降解和甾醇合成相关功能基因的注释结果表明,细菌对柠檬烯较真菌具有明显的降解能力,而真菌在甾醇生物合成中较细菌发挥更重要的促进作用;74个长喙壳类真菌功能基因主要参与到氧化磷酸化、代谢通路和氨基酸代谢,且长喙壳类真菌在其他组织中多样性更高,主要分布于Ophiostoma等.[结论]光臀八齿小蠹肠道和其他组织中共生微生物的群落组成和多样性以及功能上存在一定的差异性,肠杆菌属、白粉菌属、丛枝菌根属和沃尔巴克氏菌属是光臀八齿小蠹共生微生物群落中最重要的核心菌群,可能在群落构建中发挥着重要的作用.
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编辑人员丨2024/2/3
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山西省草地早熟禾白粉菌分离株BGP(TG)的鉴定及致病力分析
编辑人员丨2023/12/9
[背景]草地早熟禾(Poa pratensis)是一种被广泛使用的兼具观赏性和设施性的冷季型草坪草,白粉病的发生严重降低了草地早熟禾的质量和使用年限.[目的]对山西农业大学温室草地早熟禾白粉病病原物进行分离、纯化、鉴定和致病力分析,为草地早熟禾白粉病的防治提供理论依据.[方法]采用形态特征观察、核糖体内源转录间隔区(ribosomal DNA internally transcribed spacer,rDNA-ITS)序列分析进行分离株 BGP(TG)的鉴定;通过分生孢子密集抖落接种法测定BGP(TG)对 23 份草地早熟禾材料的致病力.[结果]草地早熟禾白粉菌分离株BGP(TG)分生孢子串生、无色、椭圆形,长和宽分别为(23.31-34.67)μm和(11.33-15.77)μm,成熟吸器为指状;rDNA-ITS序列分子发育分析结果表明分离株BGP(TG)与禾布氏白粉菌早熟禾专化型(Blumeria graminis f.sp.poae)聚于同一分支;BGP(TG)对 23 份草地早熟禾的致病力测定结果显示,白粉病发病率为49.47%-77.72%,病情指数为 14.41-53.12;仅'太行'草地早熟禾对BGP(TG)表现为中抗,'应县''黑杰克'和'浑源'草地早熟禾表现为中感,'探险家'和'奖品'草地早熟禾表现为极感,其余 17 个品种表现为高感,占比达 73.91%.[结论]山西省草地早熟禾白粉菌分离株BGP(TG)的致病力较强,进一步挖掘'太行'草地早熟禾的抗白粉病基因,对草地早熟禾抗白粉病育种工作具有重要意义.
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编辑人员丨2023/12/9
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款冬叶柄愈伤组织培养与再生体系建立
编辑人员丨2023/8/6
以款冬幼嫩叶柄为材料,研究植物生长调节剂对其离休培养与植株再生的影响,建立了款冬离体快繁技术体系.结果表明:款冬叶柄切段较理想的灭菌方法为75%乙醇浸泡30 s,转入饱和漂白粉上清液浸泡15 min;适合愈伤诱导的培养基为MS +6-BA 3.0 mg·L-1 +2,4-D 2.0 mg·L-1,诱导率96.2%;在培养基MS +ZT2.0 mg·L-1 +NAA 0.3 mg·L-1上芽苗分化效果较好,分化率91%,平均芽数8.26个;较佳的不定芽增殖培养基为MS+KT 1.0 mg·L-1+IBA 0.3 mg·L-1,增殖倍数为11.81,平均苗高4.9 cm;生根培养基为1/2MS+ IBA 0.2 mg·L-1,生根数平均为5.68条,生根率为95.22%以上;瓶苗移栽于河沙-有机肥3∶1的基质中生长良好,成活率达90%以上;大田试验表明:同等栽培条件下款冬组培株、栽培株和野生株在生长量与花粒产量等方面存在显著差异,以组培株生长量与花粒产量相对较高.组培品与野生品有效成分含量基本一致.
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编辑人员丨2023/8/6
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二氧化氯和漂白粉消毒对农村集中式供水微生物学安全性影响比较
编辑人员丨2023/8/6
目的 比较二氧化氯和漂白粉消毒对农村饮用水微生物学安全性的影响.方法 于2009-2012年对四川省农村集中式供水工程抽样并进行水质监测,对水样的微生物学及相关消毒剂余量指标合格率进行比较.结果 2009-2012年分别监测了2094、2083、2993、2979个工程.各年份监测的仅消毒和完全处理供水工程中,各种消毒剂处理的饮用水均为菌落总数合格率最高,大肠埃希菌或耐热大肠菌群其次,总大肠菌群最低.仅消毒和完全处理供水工程中,各年份各种消毒剂处理饮用水的微生物学指标合格率在总体上差异均有统计学意义(P<0.05).两两比较结果显示,仅消毒供水工程中,与漂白粉相比,二氧化氯消毒饮用水的微生物学和消毒剂余量指标合格率较高(P<0.001);完全处理供水工程中,与漂白粉相比,二氧化氯消毒饮用水的2009-2011年大肠埃希菌或耐热大肠菌群、2010-2012年总大肠菌群合格率较高(P<0.008),2009年总大肠菌群和2010年菌落总数合格率较低(P<0.001),且消毒剂余量指标合格率均较高(P<0.05).结论 二氧化氯消毒饮用水的微生物学质量较好,今后应加强对用漂白粉消毒的农村集中式供水工程的监测和管理.
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编辑人员丨2023/8/6
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甲酚皂局部浸泡治疗手足癣疗效的临床观察与护理
编辑人员丨2023/8/6
手足癣是发生在指趾间及掌皮肤的浅部真菌病 ,有时病变可蔓延至手背或者足背,多与潮湿和不洁卫生有关 ,夏秋较重 ,冬春较轻.皮肤潮湿发白是其主要表现 ,易于剥脱和糜烂 ,自觉搔痒 ,常常搔至皮肤糜烂,疼痛直至渗出血水为止 ,且有特殊臭味,也能表现为小水泡 ,破裂后出现蜂窝样的外观.有的有脱屑性斑片或者是鳞屑角化型 ,角质层增厚,鳞屑不断脱落 ,洗脚时可刮下一层白粉样物质.当手足癣出现奇痒与水泡时采用甲酚皂液浸泡患脚(患手),能速效止痒 ,减少患者痛苦,方法简单 ,易于操作 ,见效快 ,疗效好.现将治疗方法和护理体会报告如下.
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编辑人员丨2023/8/6
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樟树NBS-LRR类抗病基因家族分析与CcRNL基因克隆
编辑人员丨2023/8/6
樟树(Cinnamomum camphora L.Presl.)是自然界中较少受病原体侵害的优良抗性种质资源.利用生物信息的方法对樟树叶组织转录组数据中NBS类抗病基因进行了鉴定,对其编码的假定蛋白的理化性质、保守基序及系统发生关系等进行分析.结果表明,在樟树叶组织转录组中共找到28个具有完整编码框的NBS类抗病基因,大小在2118-3378 bp之间,编码蛋白等电点在5.35-9.03之间;在NBS区域内鉴定获得8个保守motifs,系统发育树将28个成员分为5个亚组.通过PCR法克隆获得2个RNL类抗病基因全长,分别命名为CcRNL1和CcRNL2,在氨基酸序列水平二者相似性为71%,在多肽N端都具有RPW8-like保守序列,暗示它们可能具有拟南芥RPW8基因所具有的广谱抗白粉病功能.采集感白粉病和正常樟树幼叶进行表达分析,结果显示CcRNL1可被樟树白粉病菌诱导表达,推测其可能参与了响应白粉病菌胁迫反应过程.
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编辑人员丨2023/8/6
