目的:了解江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌的分布特点及分子特征。方法:2017-2021年，在小肠结肠炎耶尔森菌国家级主动监测点江苏省徐州市铜山区和盐城市东台市，采集腹泻患者粪便标本，进行耶尔森菌菌株分离；同时，收集全省哨点医院疑似耶尔森菌菌株。提取分离菌株DNA进行全基因组重测序，并上传至EnteroBase数据库进行耶尔森菌种型鉴定，原始数据经清洁和处理后进行16S核糖体RNA（16S rRNA）基因多态性分析；通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）和病原菌毒力因子数据库（VFDB）扫描5种毒力基因（ail、ystA、ystB、yadA、virF）携带情况，同时构建K-mer树并进行基因组特征分析。结果:2017-2021年，共采集腹泻患者粪便标本2 058份，经分离鉴定，得到57株耶尔森菌；同时，通过哨点医院收集到2株耶尔森菌。经EnteroBase数据库比对，51株菌为小肠结肠炎耶尔森菌，4株菌为 Yersinia proxima，阿利克西奇耶尔森菌、马赛耶尔森菌、中间耶尔森菌及 Yersinia canariae各1株。16S rRNA基因多态性分析显示，全部菌株被聚类为3个大组，可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。51株小肠结肠炎耶尔森菌中，49株为毒力基因Ⅲ型（ail-、ystA-、ystB+、yadA-、virF-），2株为毒力基因Ⅱ型（ail+、ystA+、ystB-、yadA-、 virF-）；8株其他耶尔森菌均为毒力基因Ⅳ型（ail-、ystA-、ystB-、yadA-、virF-）。K-mer分析可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌，JS-XZ-2020001菌株与其他小肠结肠炎耶尔森菌距离较远，血清型为O8的小肠结肠炎耶尔森菌分布较集中。 结论:江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌以小肠结肠炎耶尔森菌为主，其他耶尔森菌少量并存，同时发现了 Yersinia proxima和 Yersinia canariae两个耶尔森菌新种型。小肠结肠炎耶尔森菌的毒力基因携带以Ⅲ型为主。16S rRNA基因多态性分析和K-mer分析均可有效区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。

目的:本研究以目前国际病毒分类委员会（ICTV）所接受的肠道病毒分界标准为基础，通过客观地比较全基因组/多聚蛋白两两相似值，试图寻找一种简单可靠的方法来对新的肠道病毒进行的分类。方法:分析960株肠道病毒在全基因组水平上的两两比对相似值（pairwise identity scores，PIS）的频率分布图，观察在不同肠道病毒型别、不同种及不同属之间是否存在明显的分类界限，结合病毒聚类和系统发育树的结果寻找能够区分肠道病毒不同种/属的标准。结果:肠道病毒不同种间及与相近病毒属之间在全基因水平上存在比较好的PIS分类界限。多聚蛋白核苷酸PIS为0.657和0.536时可对肠道病毒进行可靠、稳定的种和属的分类。结论:肠道病毒多聚蛋白核苷酸序列间PIS在种和属水平上具备明显的遗传边界，并能够简单、可靠地用于肠道病毒监测实验室新种属的初步鉴定。

目的:对从临床伤口标本中分离出的贪铜菌SZY C1进行形态学及分子生物学鉴定和分析，了解其微生物学特性及明确分类学地位。方法:将菌株SZY C1复苏培养后，依次进行形态学、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序、全基因组测序，并应用生物信息学软件对其基因组和毒力基因进行分析。结果:菌株SZY C1为不发酵糖革兰阴性菌，菌体无鞭毛、不形成芽孢，可在哥伦比亚血琼脂平板上培养24 h呈现灰白色、圆形、突起、不透明、边缘整齐的菌落。基于16S rRNA基因序列分析结果显示，菌株SZY C1与耐金属贪铜菌( Cupriavidus metallidurans)的相似度为98.52%。菌株SZY C1测得基因组大小为5 515 517 bp，G＋C含量为67.87%，全基因系统发育分析显示，菌株SZY C1与根际贪铜菌亲缘化关系最近，两者之间平均核苷酸一致性值84.76%，数字DNA-DNA杂交值为29.1%，低于原核生物物种的鉴定阈值。基因预测显示菌株SZY C1携带多种毒力基因、耐药基因和抗重金属基因。 结论:根据表型和基因组分析，菌株SZY C1为贪铜菌属中潜在的新种。

目的:对一株自脓毒血症患者血液中分离的罕见螺原体DGKH1进行菌种鉴定和生物学特性分析。方法:对DGKH1进行常规细菌培养、染色与形态学观察、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析，以及基因组测序和基因组相关指数分析，从而确定其分类学地位；参考人型副支原体和解脲脲原体进行药敏试验。结果:分离株DGKH1可以在哥伦比亚血平板、巧克力平板和嗜血巧克力平板上微弱生长，在含有四环素(4 μg/ml)、多西环素(1 μg/ml)、米诺环素(1 μg/ml)、交沙霉素(2 μg/ml)、罗红霉素(1 μg/ml)、克拉霉素(1 μg/ml)和特利霉素(1 μg/ml)的支原体液体培养基中不生长。在商品化的支原体固体培养基上，DGKH1可形成"油煎蛋样菌落"，与人型副支原体相类似。采用常规革兰染色，DGKH1不着色；以磷酸盐缓冲液为基质进行透射电镜观察，其菌体呈螺旋形。16S rRNA基因测序显示，分离株与中华绒螯蟹螺原体CCTCC M 207170 T相似性最高(99.85%)，但尿素分解试验阳性，与已知螺原体属菌种存在差异。全基因组系统发育分析显示，该菌株与中华绒螯蟹螺原体CCTCC M 207170 T聚类为同一个小的分支，但两者之间的全基因组平均核苷酸一致性(ANI)和数字DNA-DNA杂交(dDDH)值分别为94.14%和56.00%，均低于原核生物的种鉴定阈值。 结论:分离株DGKH1隶属于螺原体属，是一种与中华绒螯蟹螺原体亲缘关系密切的潜在新种，其部分微生物学特性与支原体相类似，但自然宿主来源和流行病学资料还有待于更深入研究。

目的:研究一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化关系。方法:采集221只山东省鼠类肠道内容物，采用高通量测序方法进行病毒组研究。结果:发现一株新型星状病毒，并获得该病毒接近全长基因组，命名为RoAstV/CHN/S3。RoAstV/CHN/S3具有典型的星状病毒基因组结构，相似性分析表明与啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型关系最为相近。ORF2的氨基酸遗传距离结果显示，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物和猪星状病毒4型的遗传距离为0.557~0.655，哺乳星状病毒属内种之间的遗传距离为0.338~0.783，推断其可能为新种。根据ORF1a、ORF1b和ORF2的系统发育树结果，RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物星状病毒、猪星状病毒4型聚为一簇，表明这些啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型具有共同祖先，也提示潜在的祖先跨种传播。对221只鼠类的肠道内容物筛查结果显示，4只鼠类为阳性，阳性率为1.8%，其中3只为褐家鼠，1只为黑线姬鼠，均来自山东省济宁市。结论:新型星状病毒RoAstV/CHN/S3的发现丰富了星状病毒的多样性，为新发突发传染病的防控提供了重要的数据信息。

目的:对临床痰液和中段尿标本分离的SQ219和SQ220进行生物学特性、系统进化和临床意义分析。方法:观察菌株的培养特性及生理生化特征；用VITEK2全自动微生物鉴定和药敏分析仪及MALDI-TOF质谱仪鉴定细菌；利用相关软件对细菌16S rRNA和核心基因组作系统发育分析及基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析。结果:SQ219和SQ220为革兰阴性杆菌，专性需氧，触酶和氧化酶阳性，无动力；在30℃、pH7和不含NaCl的培养基中生长最佳；SQ220可在血平板上产生黄色素但SQ219不产生；SQ219和SQ220对氨曲南、阿米卡星、妥布霉素、黏菌素耐药，与金黄杆菌属药敏表型一致。SQ219和SQ220总长分别为5.08 Mb和4.80 Mb，G+C含量分别为36.72%和36.36%，均预测到β-内酰胺类耐药基因( blaCGA)。16S rRNA系统发育分析表明SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014 T相似性最高，分别为98.93%和98.36%；核心基因组进化分析显示SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014 T的进化关系最近。然而，两株菌与啤酒神金黄杆菌DSM18014 T ANI值分别为92.49%和93.27%，低于95%原核生物种的阈值。 结论:根据16S rRNA和全基因组的同源性和系统发育分析，判断SQ219和SQ220为金黄杆菌新种，丰富了金黄杆菌的进化信息，为金黄杆菌属细菌新种的鉴定奠定了基础。

新发再发传染病包括新种或新型病原微生物引发的传染病及重新发生的老传染病，可造成地区性或国际性公共卫生问题，威胁人类健康。新型冠状病毒全球大流行的时代，了解新发再发传染病的概念和特点、知晓儿童相关疾病的特殊性、根据各种疾病特点采取积极且富有成效的举措，是人类应对挑战的必由之路。

裂齿鱼科是新鳍鱼类干群的一支,只生活于三叠纪.根据江苏句容和安徽巢湖早三叠世奥伦尼克期晚史密斯亚期海相地层中发现的6块保存较好的化石,命名了裂齿鱼科一新种,吴氏三叠鱼(Teffichthys wui sp.nov.).它代表了三叠鱼属的第三个种,时代上略晚于非洲马达加斯加早史密斯亚期的马达加斯加三叠鱼和贵州印度期晚第纳尔亚期的优雅三叠鱼,是该属迄今已知最年轻的种.新种具有三叠鱼属的共近裔特征(一块喷水骨,38-41列侧线鳞,尾鳍轴上鳍条不超过3条),但同时它以一些自近裔特征与马达加斯加三叠鱼和优雅三叠鱼相区别,如主鳃盖骨和下鳃盖骨水平接触,鳞片光滑并且后缘无锯齿.根据新种与其他裂齿鱼科鱼类的详细比较,修订了三叠鱼属及裂齿鱼科的鉴定特征.在分支系统学研究的基础上,讨论了裂齿鱼科与其他新鳍鱼类干群的系统发育关系.研究结果为了解新鳍鱼类干群的系统发育和分类提供了新的信息.

主要基于晚二叠世的头部材料,中国近年来报道了多个兽头类物种.记述了新疆韭菜园组的小型包氏兽超科(Baurioidea)新材料,包括一个头骨吻端及咬合的下颌以及两个头后骨架,并命名为迷惑韭菜园颌兽(Jiucaiyuangnathus confusus).虽然标本为幼年个体,新种有以下鉴定特征:上颌骨侧面中部有小圆坑;泪骨与鼻骨接触;前颌骨后端在内鼻孔外侧有容纳下颌齿的窝;犁骨前部侧缘有小型三角形脊向背腹两侧延伸,组成细长的犁骨孔的侧缘;额骨有尖角延伸到鼻骨后侧部;齿骨的联合部收窄并指向前方;5枚前颌骨齿,上下犬齿缺失,前颌骨齿与上颌骨齿间有齿缺,下颌前部无齿缺,10枚上颌骨齿,12枚齿骨齿,后部齿加长,有大的主尖及小的前后副尖;寰椎神经弓与神经棘愈合,枢椎神经棘倒向后方,前乌喙骨孔位于前乌喙骨与肩胛骨间.齿系与小型包氏兽超科成员南非的Ericiolacerta parva及俄罗斯的Silphedosuchus orenburgensis类似.新的头后骨骼材料提供了难得的研究包氏兽超科成员头后骨骼的机会.

[目的]探究不同富集时间、培养盐度、稀释梯度、培养基等对氯化物型昆特依高盐盐湖可培养嗜盐细菌多样性的影响,确定嗜盐细菌的最佳分离培养条件,挖掘更多的环境嗜盐细菌资源.[方法]从昆特依盐湖中采集水泥混合样本,选取 7 种培养基和 10%、18%NaCl两个盐度,采用富集培养法、平板稀释涂布法和平板分区划线法分离嗜盐菌;通过 16S rRNA基因测序与BLAST序列比对确定菌株系统分类学地位.同时采用免培养Illumina MiSeq高通量测序技术分析昆特依盐湖细菌群落结构多样性特征.[结果]免培养昆特依盐湖样本中共鉴定到细菌 39 门 64 纲 101 目 219 科 703 属,其中假单胞菌门(Pseudomonadota)、厚壁菌门(Bacillota)、拟杆菌门(Bacteroidota)和放线菌门(Actinomycetota)为主要的优势菌门.根据菌落的大小、形态、颜色、光泽度、透明度、质地、隆起状态和边缘特征等,共分离出 436 株嗜盐菌,隶属于 3 门 3 纲 6 目 9 科 28 属 77 种,其中 16 株可能为潜在新种.3 门为厚壁菌门(Bacillota)、假单胞菌门(Pseudomonadota)和放线菌门(Actinomycetota),且均为免培养测序结果中的优势菌门.在属水平上,芽孢杆菌属(Bacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)、喜盐芽孢杆菌属(Halobacillus)、枝芽孢菌属(Virgibacillus)和卤水杆菌属(Salicola)为优势菌属.肿块芽孢杆菌属(Tuberibacillus)、越南蔷薇菌属(Rossellomorea)和谷氨酸杆菌属(Glutamicibacter)是首次从盐湖中分离得到.18%NaCl分离得到的菌株数量明显少于 10%NaCl,且多样性较低,芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae)是该条件下分出的特有菌科.7 种培养基中,1/2 RCA培养基分离效果最好.最佳富集培养时间为 0、7 和 60 d,最佳样品稀释梯度为 10-2 和 10-3.[结论]从昆特依盐湖中共分离出嗜盐细菌 3 门 3 纲 6 目 9 科 28 属 77 种.应用多种培养基,设置不同盐度、富集培养时间和稀释梯度等可显著提升可培养嗜盐菌的多样性.