目的:探索反复着床失败（recurrent implantation failure，RIF）患者生殖道菌群的功能组成变化及其与免疫调控相关的细胞因子的关系。方法:采用病例对照研究，纳入了北京大学第三医院妇产科生殖医学中心2020年8月至2021年1月期间因不孕而就诊的患者，入组患者分为对照组（单纯男性因素不孕， n=20）和RIF组（ n=15）。研究通过16S rRNA测序和MSD电化学发光检测入组患者阴道和宫腔灌洗液的菌群和细胞因子表达情况。使用Spearman相关分析观察菌群和差异细胞因子之间的相关性。 结果:两组患者的年龄、体质量指数、月经周期或基础性激素水平差异均没有统计学意义（均 P>0.05）。与对照组相比，RIF组阴道菌群和宫腔灌洗液菌群的Shannon指数差异均有统计学意义（ P=0.032， P=0.015），宫腔灌洗液菌群的β多样性差异有统计学意义（ P=0.020）。RIF组单核细胞趋化蛋白（monocyte chemotactic protein，MCP）-4的表达水平［（3.39±1.23）ng/L］明显高于对照组［（1.07±0.31）ng/L， P=0.044］，而白细胞介素（interleukin，IL）-17A的表达水平［（1.12±0.29）ng/L］明显低于对照组［（2.70±0.52）ng/L， P=0.040］。宫腔灌洗液中RIF组的干扰素（interferon，IFN）-γ［（4.70±2.10）ng/L］、IL-10［（0.20±0.10）ng/L］、肿瘤坏死因子-α［（0.84±0.13）ng/L］以及IL-5［（0.35±0.05）ng/L］的表达水平明显高于对照组［（0.97±0.30）ng/L， P=0.049；（0.05±0.01）ng/L， P=0.009；（0.56±0.07）ng/L， P=0.045；（0.23±0.03）ng/L， P=0.029）。相关性分析显示，阴道菌群厌氧杆菌属（ Anoxybacillus）与MCP-4的表达呈显著负相关（ r=-0.42， P=0.025）；宫腔灌洗液菌群中 Muribaculaceae菌属与IL-5呈显著正相关（ r=0.51， P=0.017），而 Vulcaniibacterium菌属 、贪铜菌属（ Cupriavidus）以及厌氧杆菌属（ Anoxybacillus）与IL-5呈显著负相关（ r=-0.55， P=0.010； r=-0.62， P=0.003； r=-0.45， P=0.041）；厌氧杆菌属（ Anoxybacillus） 、土芽孢杆菌属（ Geobacillus）、嗜热菌属（ Thermus）以及亚栖热菌属（ Meiothermus）还与IFN-γ呈显著负相关（ r=-0.43， P=0.015； r=-0.38， P=0.035； r=-0.39， P=0.029； r=-0.38， P=0.035）。 结论:RIF患者生殖道菌群和相应细胞因子发生紊乱，菌群与细胞因子之间存在相关性。

目的:对从临床伤口标本中分离出的贪铜菌SZY C1进行形态学及分子生物学鉴定和分析，了解其微生物学特性及明确分类学地位。方法:将菌株SZY C1复苏培养后，依次进行形态学、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序、全基因组测序，并应用生物信息学软件对其基因组和毒力基因进行分析。结果:菌株SZY C1为不发酵糖革兰阴性菌，菌体无鞭毛、不形成芽孢，可在哥伦比亚血琼脂平板上培养24 h呈现灰白色、圆形、突起、不透明、边缘整齐的菌落。基于16S rRNA基因序列分析结果显示，菌株SZY C1与耐金属贪铜菌( Cupriavidus metallidurans)的相似度为98.52%。菌株SZY C1测得基因组大小为5 515 517 bp，G＋C含量为67.87%，全基因系统发育分析显示，菌株SZY C1与根际贪铜菌亲缘化关系最近，两者之间平均核苷酸一致性值84.76%，数字DNA-DNA杂交值为29.1%，低于原核生物物种的鉴定阈值。基因预测显示菌株SZY C1携带多种毒力基因、耐药基因和抗重金属基因。 结论:根据表型和基因组分析，菌株SZY C1为贪铜菌属中潜在的新种。

利用16S rRNA高通量测序对比研究了健康对虾和感染肝肠胞虫的发病对虾肠道及肝胰腺菌群的组成、多样性、微生物介导的功能和种间互作间的差异性.结果表明,健康对虾的肠道和肝胰腺细菌群落的多样性高于发病对虾.在属水平上,健康对虾和发病对虾的肠道及肝胰腺中的优势细菌组成及丰度存在明显不同,其中健康对虾肠道中的优势菌属主要为埃希杆菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和海绵菌属(Spongiimonas),而发病对虾肠道中的优势菌属则为希瓦式菌属(Shewanella)、巨球型菌属(Megasphaera)和克雷伯氏菌属(Klebsiella);健康对虾肝胰腺中的优势菌属主要为假单胞菌属(Pseudomonas)和汉氏盐单胞菌(Halomonas),而发病对虾肝胰腺中的优势菌属则为贪铜菌属(Cupriavidus).Tax4Fun2预测显示,健康对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能分别与发病对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能有明显差异.研究有助于了解肝肠胞虫对凡纳滨对虾肠道及肝胰腺细菌群落的影响,并为凡纳滨对虾的健康管理和养殖提供依据.

双组份信号传导系统(TCS)是细菌最常见的膜传导系统,在细菌对外界环境胁迫响应机制中发挥着的重要作用.贪铜菌属细菌是典型的重金属抗性细菌,对多种重金属具有抗性.但是,迄今为止,有关贪铜菌的TCS研究尚不多见.本研究基于前期研究结果,运用全基因组生物信息学分析的方法,以Cupriavidus gilardii CR3为模式菌株,鉴定和分析了Cup riavidus gilardii的双组份信号传导系统基因分布及编码蛋白结构特征.结果表明,Cupriavidus gilardii CR3共有96个双组份信号系统基因.其中,有22个组氨酸激酶基因和反应调节因子成对存在组成双组份信号传导系统,12个融合组氨酸激酶,13个孤儿组氨酸激酶和27个孤儿反应调节因子.与已有文献报道的Cupriavidus metallidurans CH34、Cupriavidus necator N-1和Cupriavidus taiwanensis LMG 19424的双组分信号传导系统相比,Cupriavidus gilardii CR3的双组份信号系统较少,而融合组氨酸激酶和孤儿反应调节因子所占比例较大.Cupriavidus gilardii CR3含有特有组氨酸激酶功能域(PDB,MEDS,KdpD)和反应调节因子功能域(ABC),这与Cupriavidus gilardii CR3的生存环境密切相关.本研究有助于全面了解贪铜菌属细菌双组分信号传导系统的功能机制,挖掘其在生物领域的应用潜力.

目的 对从桶装饮用纯净水中分离出的疑似铜绿假单胞菌菌株进行后续分析.方法 分离株依次进行生化鉴定、16S rRNA基因测序与药敏试验.结果 该分离株生化鉴定为少见贪铜菌;16S rRNA基囚的BLAST序列比对结果与少见贪铜菌LMG 3413T的16S rRNA基因序列同源性为99％;药敏试验显示分离株对阿米卡星、庆大霉素、氨曲南、美罗培南、氨苄西林、磷霉素和妥布霉素耐药,对头孢菌类、内酰胺酶抑制剂、喹诺酮类等抗生素敏感.结论 少见贪铜菌是比较罕见的菌血症致病菌之一,免疫力低下患者感染较多.此次研究结果可作为少见贪铜菌相关疾病检测、鉴别、诊断和治疗的依据.

[背景]植物促生菌因其对植物生长促进及增强抗逆性等优点在植物-微生物联合修复重金属污染土壤中具有良好应用潜力.在污染土壤中,土著植物促生菌能够更好地定殖并保证促植物生长能力的发挥.[目的]从常年受上游多种重金属污染的鄱阳湖-乐安河段湿地分离出一批具有多种重金属抗性的优势土著植物促生菌,以期为植物-微生物联合修复重金属污染湿地提供一批优质的菌种资源.[方法]从乐安河流域戴村受重金属污染的湿地土壤及水体中分离具有Cu、Zn、Pb抗性菌株,测定菌株的促植物生长特性[产IAA (Indole acetic acid)、溶磷、产铁载体及ACC(1-Aminocyclopropane-1-carboxylic acid)脱氨酶活性],挑选促生特性较好的菌株进行16S rRNA基因序列分析鉴定,并测定菌株对其他胁迫条件(抗生素、酸碱、盐)的耐受能力.[结果]分离得到22株能够同时耐受Cu 50 mg/L、Zn 400 mg/L、Pb 800 mg/L的菌株,其中10株表现出较好的促植物生长特性,对其进行16S rRNA基因序列分析鉴定,有4株属于Ralstonia sp.,3株属于Burkholderia sp.,另3株则分别属于Cupriavidus sp.、Stenotrophomonas sp.和Novosphingobium sp..基于这10株菌抗性特征的聚类分析及主成分分析,结果与系统发育树分析结果高度一致.[结论]耐受多种重金属的土著植物促生菌的分离鉴定为重金属污染土壤的植物-微生物联合原位修复提供良好的微生物资源.

以贵州喀斯特地貌地区土壤为材料,采用稀释平板法基于解钾细菌培养基从该地区中分离筛选鉴定出10 株解钾细菌:SHD144K1(Pseduoxanthomonas japonensis)、SHD131K2(Paenibacillus illinoisensis)、 ML280K1 (Rhodococcus ruber)、ML289K1 (Variovorax soli)、PT258K1 (Pa. taichungensi)、GZ2K2 (Rhizobium tropici)、GZ2K1 (Burkholderia anthina)、GZ34K1 (Bu. diffusa)、GZ4K1 (Bacillus safensis)、GZ7K2 (Cupriavidus necator).其中PT258K1 和GZ34K1 在液体培养基中培养24 h 后其解钾效率分别为10.36％和10.96％,表现出较高的解钾能力.盆栽试验结果表明:与不接种的对照玉米相比,接种PT258K1 菌株15 d 后,玉米的株高增加了23.69％、根长增加了28.18％、根表面积增加了17.34％、根体积无明显增加量,根系鲜重增加了2.76％和干重增加了3.11％;接种GZ34K1 菌株15 d 后,玉米的株高增加了28.42％、根长增加了149.12％、根表面积增加了144.02％、根体积增加了125.56％,根系鲜重增加了8.21％和干重增加了5.56％.

1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)脱氨酶能够降解乙烯前体,从而有助于植物生长.具有ACC 脱氨酶活性细菌在旱胁迫下具有植物促生作用.本研究从贵州地区选取典型喀斯特地貌区域159 份土壤样品中分离并鉴定出具有ACC 脱氨酶活性的细菌188 株.利用16S rDNA 测序分析将这些菌株归为14 属63 种,优势菌属为假单胞菌属和伯克氏菌属,分别有ACC 脱氨酶活性的细菌18 种和17 种.对63 种菌株的ACC 脱氨酶活性定量检测,酶活最高的菌株是AL30ADF120 (Cupriavidus oxalaticus),为3.639 U/mg.据我们所知,这是第一个有关喀斯特地区土壤中的具有ACC 脱氨酶活性细菌名录,为将来研究ACC 脱氨酶活性细菌的植物促生作用奠定了基础.

为了解老官山汉墓出土竹简饱水保存浸泡液中的细菌群落结构特征,采用PCR-DGGE技术分析竹简浸泡液中细菌多样性,并对回收的DGGE条带进行测序及系统发育分析.结果显示,未浸泡竹简的去离子水(0#)中的细菌丰度(S)、香农-威纳指数(H)、辛普森指数(D)均高于竹简浸泡液样品;而竹简浸泡液样品间的各项指标差异较大,其中121#样品的遗传多样性最高,1#样品多样性最低;PCA主成分分析都显示各样品均存在较大的差异,其中1#样品与其余样品的相似性最低;条带测序结果显示样品中主要的细菌类群归属于α变形菌亚门(Alphaproteobacteria)、β变形菌亚门(Betaproteobacteria)、y变形菌亚门(Gammaproteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)六大细菌类群,分属于贪铜菌属(Cupriavidus)、水杆菌属(Aquabacterium)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、Albidiferax属、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)、固氮螺菌属(Azospirillum)、涅瓦菌属(Nevskia)、链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、土壤杆菌属(Sediminibacterium)属、丙酸杆菌属(Propionibacterium),其中β变形菌亚门的贪铜菌属(Cupriavidus)在所有样品中均有检出,本研究表明,不同竹简饱水保存浸泡液中的细菌群落结构十分复杂且差异显著,存在可能引发竹简病害的潜在细菌类群,结果可为饱水竹简微生物病害的科学防治提供参考.

目的 报道1例由罕见细菌导致的感染病例, 并分析其易感因素及药敏情况, 为罕见细菌感染治疗提供临床经验.方法 收集该患者临床信息, 包括症状、治疗过程、药敏试验结果等.结果 药敏试验显示该少见贪铜菌对大部分头孢类、碳青霉烯类等抗生素均敏感.结论 少见贪铜菌是比较罕见的条件致病菌之一, 感染多发生于免疫力低下患者.