目的:探索反复着床失败（recurrent implantation failure，RIF）患者生殖道菌群的功能组成变化及其与免疫调控相关的细胞因子的关系。方法:采用病例对照研究，纳入了北京大学第三医院妇产科生殖医学中心2020年8月至2021年1月期间因不孕而就诊的患者，入组患者分为对照组（单纯男性因素不孕， n=20）和RIF组（ n=15）。研究通过16S rRNA测序和MSD电化学发光检测入组患者阴道和宫腔灌洗液的菌群和细胞因子表达情况。使用Spearman相关分析观察菌群和差异细胞因子之间的相关性。 结果:两组患者的年龄、体质量指数、月经周期或基础性激素水平差异均没有统计学意义（均 P>0.05）。与对照组相比，RIF组阴道菌群和宫腔灌洗液菌群的Shannon指数差异均有统计学意义（ P=0.032， P=0.015），宫腔灌洗液菌群的β多样性差异有统计学意义（ P=0.020）。RIF组单核细胞趋化蛋白（monocyte chemotactic protein，MCP）-4的表达水平［（3.39±1.23）ng/L］明显高于对照组［（1.07±0.31）ng/L， P=0.044］，而白细胞介素（interleukin，IL）-17A的表达水平［（1.12±0.29）ng/L］明显低于对照组［（2.70±0.52）ng/L， P=0.040］。宫腔灌洗液中RIF组的干扰素（interferon，IFN）-γ［（4.70±2.10）ng/L］、IL-10［（0.20±0.10）ng/L］、肿瘤坏死因子-α［（0.84±0.13）ng/L］以及IL-5［（0.35±0.05）ng/L］的表达水平明显高于对照组［（0.97±0.30）ng/L， P=0.049；（0.05±0.01）ng/L， P=0.009；（0.56±0.07）ng/L， P=0.045；（0.23±0.03）ng/L， P=0.029）。相关性分析显示，阴道菌群厌氧杆菌属（ Anoxybacillus）与MCP-4的表达呈显著负相关（ r=-0.42， P=0.025）；宫腔灌洗液菌群中 Muribaculaceae菌属与IL-5呈显著正相关（ r=0.51， P=0.017），而 Vulcaniibacterium菌属 、贪铜菌属（ Cupriavidus）以及厌氧杆菌属（ Anoxybacillus）与IL-5呈显著负相关（ r=-0.55， P=0.010； r=-0.62， P=0.003； r=-0.45， P=0.041）；厌氧杆菌属（ Anoxybacillus） 、土芽孢杆菌属（ Geobacillus）、嗜热菌属（ Thermus）以及亚栖热菌属（ Meiothermus）还与IFN-γ呈显著负相关（ r=-0.43， P=0.015； r=-0.38， P=0.035； r=-0.39， P=0.029； r=-0.38， P=0.035）。 结论:RIF患者生殖道菌群和相应细胞因子发生紊乱，菌群与细胞因子之间存在相关性。

目的:对从临床伤口标本中分离出的贪铜菌SZY C1进行形态学及分子生物学鉴定和分析，了解其微生物学特性及明确分类学地位。方法:将菌株SZY C1复苏培养后，依次进行形态学、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序、全基因组测序，并应用生物信息学软件对其基因组和毒力基因进行分析。结果:菌株SZY C1为不发酵糖革兰阴性菌，菌体无鞭毛、不形成芽孢，可在哥伦比亚血琼脂平板上培养24 h呈现灰白色、圆形、突起、不透明、边缘整齐的菌落。基于16S rRNA基因序列分析结果显示，菌株SZY C1与耐金属贪铜菌( Cupriavidus metallidurans)的相似度为98.52%。菌株SZY C1测得基因组大小为5 515 517 bp，G＋C含量为67.87%，全基因系统发育分析显示，菌株SZY C1与根际贪铜菌亲缘化关系最近，两者之间平均核苷酸一致性值84.76%，数字DNA-DNA杂交值为29.1%，低于原核生物物种的鉴定阈值。基因预测显示菌株SZY C1携带多种毒力基因、耐药基因和抗重金属基因。 结论:根据表型和基因组分析，菌株SZY C1为贪铜菌属中潜在的新种。

利用16S rRNA高通量测序对比研究了健康对虾和感染肝肠胞虫的发病对虾肠道及肝胰腺菌群的组成、多样性、微生物介导的功能和种间互作间的差异性.结果表明,健康对虾的肠道和肝胰腺细菌群落的多样性高于发病对虾.在属水平上,健康对虾和发病对虾的肠道及肝胰腺中的优势细菌组成及丰度存在明显不同,其中健康对虾肠道中的优势菌属主要为埃希杆菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和海绵菌属(Spongiimonas),而发病对虾肠道中的优势菌属则为希瓦式菌属(Shewanella)、巨球型菌属(Megasphaera)和克雷伯氏菌属(Klebsiella);健康对虾肝胰腺中的优势菌属主要为假单胞菌属(Pseudomonas)和汉氏盐单胞菌(Halomonas),而发病对虾肝胰腺中的优势菌属则为贪铜菌属(Cupriavidus).Tax4Fun2预测显示,健康对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能分别与发病对虾肠道和肝胰腺菌群的主要功能有明显差异.研究有助于了解肝肠胞虫对凡纳滨对虾肠道及肝胰腺细菌群落的影响,并为凡纳滨对虾的健康管理和养殖提供依据.

双组份信号传导系统(TCS)是细菌最常见的膜传导系统,在细菌对外界环境胁迫响应机制中发挥着的重要作用.贪铜菌属细菌是典型的重金属抗性细菌,对多种重金属具有抗性.但是,迄今为止,有关贪铜菌的TCS研究尚不多见.本研究基于前期研究结果,运用全基因组生物信息学分析的方法,以Cupriavidus gilardii CR3为模式菌株,鉴定和分析了Cup riavidus gilardii的双组份信号传导系统基因分布及编码蛋白结构特征.结果表明,Cupriavidus gilardii CR3共有96个双组份信号系统基因.其中,有22个组氨酸激酶基因和反应调节因子成对存在组成双组份信号传导系统,12个融合组氨酸激酶,13个孤儿组氨酸激酶和27个孤儿反应调节因子.与已有文献报道的Cupriavidus metallidurans CH34、Cupriavidus necator N-1和Cupriavidus taiwanensis LMG 19424的双组分信号传导系统相比,Cupriavidus gilardii CR3的双组份信号系统较少,而融合组氨酸激酶和孤儿反应调节因子所占比例较大.Cupriavidus gilardii CR3含有特有组氨酸激酶功能域(PDB,MEDS,KdpD)和反应调节因子功能域(ABC),这与Cupriavidus gilardii CR3的生存环境密切相关.本研究有助于全面了解贪铜菌属细菌双组分信号传导系统的功能机制,挖掘其在生物领域的应用潜力.

为了解老官山汉墓出土竹简饱水保存浸泡液中的细菌群落结构特征,采用PCR-DGGE技术分析竹简浸泡液中细菌多样性,并对回收的DGGE条带进行测序及系统发育分析.结果显示,未浸泡竹简的去离子水(0#)中的细菌丰度(S)、香农-威纳指数(H)、辛普森指数(D)均高于竹简浸泡液样品;而竹简浸泡液样品间的各项指标差异较大,其中121#样品的遗传多样性最高,1#样品多样性最低;PCA主成分分析都显示各样品均存在较大的差异,其中1#样品与其余样品的相似性最低;条带测序结果显示样品中主要的细菌类群归属于α变形菌亚门(Alphaproteobacteria)、β变形菌亚门(Betaproteobacteria)、y变形菌亚门(Gammaproteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)六大细菌类群,分属于贪铜菌属(Cupriavidus)、水杆菌属(Aquabacterium)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、Albidiferax属、生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)、固氮螺菌属(Azospirillum)、涅瓦菌属(Nevskia)、链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、土壤杆菌属(Sediminibacterium)属、丙酸杆菌属(Propionibacterium),其中β变形菌亚门的贪铜菌属(Cupriavidus)在所有样品中均有检出,本研究表明,不同竹简饱水保存浸泡液中的细菌群落结构十分复杂且差异显著,存在可能引发竹简病害的潜在细菌类群,结果可为饱水竹简微生物病害的科学防治提供参考.

目的 了解生菜共生菌对诺如病毒灭活的影响及机理.方法 从农田和超市采集生菜样品,分离鉴定共生菌;加共生菌的诺如病毒液为实验组,不加共生菌为对照组.采用高温、紫外线、含氯消毒剂灭活,分析实验组与对照组病毒量比值,评价共生菌对诺如病毒抗灭活能力的影响;通过检测共生菌对紫外线破坏病毒衣壳蛋白的影响和对病毒吸附能力的影响研究共生菌作用机理.结果 共鉴定11株生菜共生菌,均为杆菌,以假单胞菌属为主.10株生菜共生菌能提高诺如病毒抗高温灭活能力,其中稻田叶螨微杆菌、台湾贪铜菌(SC061204)、古川假单胞菌、烟粉虱肠杆菌和食树脂假单胞菌(SC061211)较为显著;11株菌均能提高诺如病毒抗紫外线灭活能力,其中恶臭假单胞菌、稻田叶螨微杆菌和烟粉虱肠杆菌较为显著;恶臭假单胞菌能提高诺如病毒抗二氧化氯灭活能力,危害等级为Ⅰ级.恶臭假单胞菌、稻田叶螨微杆菌、烟粉虱肠杆菌能显著降低紫外线对诺如病毒衣壳蛋白的破坏作用.9株共生菌促进诺如病毒吸附,吸附促进率为1.04％～ 46.73％;恶臭假单胞菌和食树脂假单胞菌(SC061211)抑制诺如病毒吸附,吸附促进率分别为-6.50％和-19.85％.结论 生菜共生菌可能通过保护诺如病毒衣壳蛋白和促进病毒吸附来提高诺如病毒抗灭活能力,在灭活诺如病毒的过程中应控制共生菌的存在.

患儿男 , 11个月.因 "右上臂肿痛4 d" 入院 ,患儿于26 d前曾行 "百白破" 疫苗注射 , 15 d前曾发热5d,体温不详 ,家属自诉中药擦浴后体温降至正常水平 ,至入院前未再发热.查体 :右上臂外侧局部皮肤红肿 ,隆起 ,皮温稍高 ,质中,无明显波动感 ,其余无特殊.辅助检查 :血常规示 :白细胞计数26. 99 × 109/L ,中性粒细胞绝对值 16. 83 × 109/L ,中性粒细胞百分比62. 3％ ,血红蛋白90 g/L ,血小板计数578 × 109/L.临床诊断 :右上臂蜂窝织炎.超声检查提示 :右上臂脂肪层脓肿形成.行右上臂脓肿切开引流术后患儿仍反复发热.术后第8天超声提示 :(1 ) 脾脏内脓肿形成 (2个). (2 ) 右上臂软组织炎症 (未见液化脓液).行右上臂蜂窝织炎扩大清创术 ,取脓腔内组织送病理活检 ,病理结果提示 :符合炎性病变.于抗感染治疗 ,仍发热 ,感染指标未见下降 ,超敏蛋白199. 50 m g/L ,血培养、骨髓培养、脑脊液培养、创面分泌物培养均未见致病菌生长.超声及CT 检查提示脾脏多发脓肿 (图1).行超声引导下脓肿穿刺置管引流术 (图2) ,脓液涂片未见细菌.引流术后3d感染指标较前好转 ,热峰有所下降.高通量测序病原结果回报 :"耐金属贪铜菌".引流术后4d超声提示 :脾内新发小脓肿.行超声引导下经皮脾脏脓肿穿刺引流术.患儿仍有发热 ,复查血象、超敏C反应蛋白较前有上升,转上级医院行脾切除术 ,病理提示:脾脏组织呈急性化脓性炎 ,伴多发性脓肿 ,符合感染性病变.

目的 分析十二指肠球部与末端回肠正常状态下黏膜菌群多样性,比较不同部位菌群组成情况.方法 选择胃镜及肠镜检查的健康体检者各15例,分别钳取十二指肠球部和末端回肠黏膜组织,使用16S rRNA测序法对球部和末端回肠黏膜组织进行生物信息分析.另外又选取8例球炎患者和15例末端回肠炎患者进行对比分析.结果 球部黏膜菌群测得个28个门,397个属.末端回肠黏膜测得25个门,344个属.两个部位在门水平上均以梭杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门为主要菌群,球部优势菌群所占比例依次为49.43％、25.93％、8.68％、5.19％、5.76％;末端回肠优势菌群比例依次为38.30％、29.61％、17.56％、8.15％、3.70％.属水平球部黏膜以鲸甘菌属、气单胞菌属、贪铜菌属、不动杆菌属、梭菌属为主要菌群,比例依次为49.38％、6.42％、5.62％、4.78％、3.84％;末端回肠黏膜以鲸甘菌属、贪铜菌属、气单胞菌属、拟杆菌属、不动杆菌属为主要菌群,比例依次为37.56％、12.83％、4.2％、3.84％、2.74％.球部正常黏膜与炎症状态菌群组成差异有统计学意义(P＜0.05).末端回肠正常黏膜与炎症状态菌群差异无统计学意义(P＞0.05).结论 不同部位的肠道黏膜菌群分布存在差异,球部黏膜菌群比末端回肠黏膜菌群更多样.球部黏膜菌群失调参与炎症发生;末端回肠黏膜菌群在炎症状态下有轻微改变.

目的 比较在慢性阻塞性肺疾病急性加重期(AECOPD)病原体诊断层面不同检验试验方法 ,从而探讨细菌感染在AECOPD中的作用及发病机制.方法　回顾性分析青海大学附属医院2016年1月-2019年9月2345例住院患者慢性阻塞性肺疾病(C O PD)合并肺部感染的临床资料,分析其病原菌分布特征;选取2019年住院患者6例诊断为A EC O PD的患者,采集肺泡灌洗液进行细菌培养,同时,对肺泡灌洗液进行微生物多样性高通量二代测序,从而比较微生物种类和分布情况.结果 研究对象共纳入1592例AECOPD患者的病历,整理分析感染病原体种类,分别为革兰阴性菌包括肺炎克雷伯菌、鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌等,革兰阳性菌包括肺炎链球菌,金黄色葡萄球菌;临床采集的6例A EC O PD患者的肺泡灌洗液标本进行培养和测序,通过肺泡灌洗液标本培养检出的病原体分别为鲍氏不动杆菌和肺炎克雷伯菌,通过测序技术,细菌分类门水平的主要为蛋白质细菌、厚壁菌、放线菌门、拟杆菌、栖热菌门、梭杆菌门、蓝细菌、绿弯菌门、浮霉菌门、酸杆菌;属层面主要的病原体为链球菌、棒状杆菌、克雷伯菌、乳酸菌、贪铜菌属、假丝酵母、苍白杆菌属、嗜血杆菌、普雷沃菌属、葡萄球菌、通过聚类分析后热图结果 显示嗜血杆菌、链球菌、假丝酵母、苍白杆菌属等在不同的样本中序列较高.结论 从纵向患者人群数据,以及横向实验室数据进行比较,探讨在AECOPD病原体诊断层面,测序技术可能更优越于传统培养方法　.

出土竹简失水后易导致其收缩变形,因而采用了不同措施对竹简进行饱水保存,但在饱水保存期间竹简仍可能遭受微生物的侵蚀而损害.为制定科学、适宜的饱水保存方案,采用稀释涂平板法获得可培养菌株,通过菌株形态学及16S rRNA基因测序,对其进行系统发育分析,并结合菌株纤维素、木质素降解酶活测定及木材崩解实验,对其进行降解潜力分析,比较益阳兔子山遗址出土竹简不同保存状态浸泡液中的细菌群落结构与功能特征.结果显示,加入新洁尔灭抑菌剂的竹简浸泡液(CX)可培养细菌含量最低,而使用长试管保存的竹简浸泡液(CS)含量最高,出现明显变色的竹简浸泡液(CB)与无明显变化的竹简浸泡液(CQ)含量差异较小;共分离获得13株细菌,分属于伯克霍尔德菌属(Burkholderia)、假单胞属(Pseudomonas)、微杆菌属(Microbacterium)、贪铜菌属(Cupriavidus)、新鞘脂菌属(Novosphingobium)及Paraburkholderia 6个属,其中CX样品种群较丰富;纤维素、木质素降解功能筛选结果显示,具有降解能力的6株菌株均分离自CX、CS样品,其酶活在1.0-9.0 U/mL范围;6株具有降解酶活的菌株其竹材降解率均大于10％,在10.5％-16.5％范围.本研究表明不同保存方式的竹简浸泡液中细菌种群结构具有一定差异,其中还存在对饱水竹简具有潜在降解危害的微生物.因此,建议根据出土竹简的具体状况,采用适合的保存方式,并添加复合抑菌剂防止微生物损害饱水竹简.