目的 为分析云南省生食蔬菜中沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻性大肠埃希菌污染情况及菌株的耐药性和致病性,通过各污染菌的抗生素敏感性特征图谱及全基因组测序数据对菌株进行耐药和致病基因分析.方法 采用食品安全国家标准GB 4789.4-2016、GB 4789.30-2016、GB 4789.6-2016对180份生食蔬菜样品中的沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻大肠埃希菌进行检测和鉴定;采用肉汤稀释法对分离到的菌株进行药敏测定;同时对菌株进行全基因组测序,基因组序列经组装后通过相应的生物信息学流程进行数据分析.结果 180份生食蔬菜中共有12份样品检出了致病菌,包括生菜、香菜、折耳根等.共检出了致病菌13株,其中沙门菌7株,共7种血清型,4株存在多重耐药,耐药表型与耐药基因关联性良好,5株携带有与多重耐药相关的IncHI和IncF型质粒;单核细胞增生李斯特菌4株,1株存在多重耐药,2株携带毒力岛LIPI-3;肠聚集黏附性大肠埃希菌2株,1株存在多重耐药.结论 折耳根等具有地域特色的生食蔬菜种类致病菌检出率较高,应该持续关注,部分单核细胞增生李斯特菌菌株因含有更多的毒力基因,而具有更高的致病性;沙门菌和致泻大肠埃希氏菌多重耐药情况较为严重.

目的 对重庆市某高校一起鼠伤寒沙门菌引起的食源性疾病暴发事件进行实验室病原学分析.方法 按照食品安全国家标准(GB 4789.4-2016)对11株沙门菌分离株进行生化和血清型鉴定;使用微量肉汤稀释法进行药敏测试;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因测序(WGS)进行分子分型、毒力和耐药基因分析.结果 11株沙门菌全部为鼠伤寒沙门菌;在测试的15种抗生素中,所有菌株仅对四环素耐药;所有菌株的PFGE带型一致;WGS鉴定与血清学表型实验结果一致,所有菌株均携带2个四环素类耐药基因和10个毒力岛;溯源分析结果显示所有菌株的ST型相同,wgSNP进化树显示所有菌株可聚为一簇.结论 11株鼠伤寒沙门菌序列高度同源,说明患者、环境和食品分离株来源相同,结合流行病学调查结果判定此次食源性疾病暴发事件是由食品加工人员使用器皿生熟不分引起食品污染所致.

目的:分析我国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征。方法:将2017年食品安全风险监测即食食品中分离的单核细胞增生李斯特菌作为研究菌株，共239株，分离自27个省份。对菌株进行全基因组测序，分析其谱系、克隆群（CC）、序列分型（ST）和血清群；通过VFDB和BIGSdb-Lm数据库获得其毒力基因分布；采用微量肉汤稀释法检测菌株对8种抗生素的敏感性；采用核心基因组多位点序列分型方法（cgMLST）进行分子分型。结果:实验菌株分属在3个谱系，以谱系Ⅱ为主，共155株（64.9%）；血清群以Ⅱa为主，共133株（55.6%）；分为23个CC型，以及1个未分CC型的ST619，其中CC8、CC101和CC87为优势CC型，共占49.4%（118株）；仅4.6%（11株）的菌株携带耐药基因，主要为甲氧苄啶耐药基因（7株，2.9%）。所有菌株均携带单核细胞增生李斯特菌毒力岛（LIPI）1，携带LIPI-3和LIPI-4的菌株分别占13.8%（33株）和14.2%（34株），ST619同时携带LIPI-3和LIPI-4。51.5%（123株）的菌株携带应激生存岛（SSI）1，10株CC121菌株均携带SSI-2。核心基因组多位点序列分型方法能将不同谱系、血清群和CC型的菌株明显分开，共分为24个亚群，与CC型基本保持一致。结论:我国即食食品中菌株以Ⅱa型血清群为主，CC8、CC101和CC87为优势CC型，其中，CC87为流行性高毒菌株。基于全基因组测序的分型方法cgMLST分辨力高，可用于我国食源性疾病的监测和暴发识别。

pks基因岛是编码非核糖体肽合成酶（NRPS）、聚酮合成酶（PKS）和NRPS/PKS杂合酶的基因组岛。pks基因岛主要存在于肠杆菌科细菌中，最常存在于B2群大肠埃希菌中，并常与其他毒力因子共存。pks +大肠埃希菌能合成基因毒素colibactin，诱导细胞中的DNA双链断裂和染色体不稳定，导致细胞衰老或死亡。因此，pks +大肠埃希菌与结直肠肿瘤、脑膜炎、败血症等疾病的发生密切相关。流行病学研究也证实了pks +大肠埃希菌与多种疾病相关。除了基因毒性外，pks +大肠埃希菌也具有抗炎、镇痛和抗菌等积极作用。因此，pks +大肠埃希菌具有复杂的生物学作用。然而，pks +大肠埃希菌致病机制仍未完全清晰。本文描述了pks基因岛的概况及其在肠杆菌科细菌中的流行情况，并对pks +大肠埃希菌的生物学作用进行了概述，以期为进一步研究提供参考。

目的:通过对1株从1名被海虾刺伤的患者脓液分离的致病菌株JM-1进行准确鉴定、药敏试验和毒力基因分析，为海岸嗜半胱氨酸菌( Cysteiniphilum litorale)作为罕见病原体引起临床相关感染的筛检及改善预后提供实验依据。 方法:对分离株进行生化表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析，以及基于全基因组序列的平均核苷酸一致性(average nucleotide identity，ANI)、平均氨基酸一致性(average amino acid identity，AAI)分析和系统发育分析，以准确确定其分类学地位；以 E-test法进行药敏试验，并依据CLSI M45-A3土拉弗朗西斯菌解释标准进行结果判读；以VFDB毒力因子数据库对全基因组进行毒力基因注释和分析。 结果:分离株JM-1在哥伦比亚血平板上培养3 d可见灰白色、中等大小、光滑、圆形、凸起的溶血菌落。革兰染色为着色较淡的阴性球杆菌。API NH鉴定结果提示为卡他莫拉菌(生化编码：3010)；Vitek2系统NH卡鉴定无鉴定结果(生物编码：0211002121)。EXS3000质谱仪自建库数据库鉴定为海岸嗜半胱氨酸菌。基于16S rRNA基因和全基因组的系统发育分析均表明该菌株与海岸嗜半胱氨酸菌DSM 101832 T聚类为同一个小的分支，且两者之间的全基因组ANI和AAI值分别为95.07%和95.65%。药敏试验显示分离株JM-1产β-内酰胺酶和青霉素酶，对青霉素耐药，对庆大霉素、链霉素、强力霉素、四环素、环丙沙星、左氧氟沙星、氯霉素敏感。从分离株JM-1基因组注释到了与弗朗西斯菌相似的毒力基因：弗朗西斯菌致病岛(FPI)、Ⅳ型菌毛、荚膜和脂多糖等。 结论:海岸嗜半胱氨酸菌是一种具有弗朗西斯菌毒力相关基因罕见病原体，且其药敏特性亦与弗朗西斯菌相类似。本案例确认了一例由海岸嗜半胱氨酸菌引起的临床感染，自建库的MALDI-TOF质谱系统可用于其快速鉴定。

高毒力肺炎克雷伯菌（HvKP）是肺炎克雷伯菌的新型变种，具有毒力强、易播散的特点，主要引起肝脓肿合并多部位侵袭性感染，包括眼、肺和中枢神经系统等，致死率极高。文中报道1例由HvKP引起的重症颅内感染患者。该例患者为44岁男性，急性起病，有发热、头痛伴意识障碍，迅速进展为颅高压、呼吸衰竭。脑脊液提示化脓性感染，细菌培养提示为肺炎克雷伯菌，除对氨苄西林耐药外，其他常用抗生素均敏感。头颅磁共振成像示双侧额顶颞叶、右侧半卵圆中心及双侧辐射冠、基底节区、丘脑、岛叶多发异常信号，脑膜及室管膜强化增多，脑组织肿胀。患者在住院过程中又合并了泛耐药肺炎克雷伯菌血流感染，病情危重。经积极治疗，患者治愈出院，半年后随访预后良好，恢复社会功能。文中通过对该患者的临床资料和诊治经过进行报道并回顾文献，为临床对该病的诊治提供参考。

目的:研究肺炎克雷伯菌( Klebsiella pneumoniae， Kp)的 pks基因岛与毒力基因、荚膜血清型和生物膜形成的关系，并测定其高黏液(hypermucoviscous，HM)表型和生物膜形成情况。 方法:收集福建医科大学附属第一医院临床标本分离的113株肺炎克雷伯菌株。根据 pks基因岛存在与否分为 pks+组和 pks－组。采用拉丝试验检测高黏液表型。PCR扩增检测5种毒力基因( peg-344、 rmpA、 rmpA2、 iucA、 iroB)和6种常见荚膜血清型(K1、K2、K5、K20、K54、K57)，利用微孔板法检测生物膜的形成情况。采用SPSS21.0软件进行统计分析，以 P<0.05为差异具有统计学意义。 结果:113株临床分离的肺炎克雷伯菌株中，共检出46株 pks+肺炎克雷伯菌株和67株 pks－肺炎克雷伯菌株。 pks+组HM表型检出率为87.0%(40/46)，高于 pks－组的检出率43.3% (29/67)，差异有统计学意义(χ 2 ＝21.879， P<0.001)； pks+组毒力基因( peg-344、 rmpA、 rmpA2、 iucA、 iroB)和血清型基因(K1型)的检出率均高于 pks－组，差异有统计学意义( P<0.05)；且 pks+组菌株生物膜形成能力高于 pks－组( P<0.05)。 结论:携带有 pks基因岛的肺炎克雷伯菌更多具有HM表型，血清型以K1型为主，菌株中 peg-344、 rmpA、 rmpA2、 iucA和 iroB基因携带率较高，且生物膜形成能力较强。

目的:分析1株从菌血症患者血液中分离到的O139群霍乱弧菌产毒株的耐药性及基因组特征。方法:使用肉汤稀释法和全自动药敏分析仪测定菌株的抗生素敏感性，使用二代基因测序和纳米孔测序获得菌株的完整基因组序列，使用BLAST在线比对与CARD、Resfinder、ISfinder、VFDB等数据库进行比对分析，明确菌株携带的耐药基因、插入序列和毒力基因等，使用MEGA 5.1软件构建基于核心基因组单核苷酸多态性的遗传系统发生树。结果:霍乱弧菌SH400为O139群产霍乱毒素的菌株，携带了多个毒力相关基因和4个毒力岛。该菌株对链霉素、四环素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶耐药并携带了相应的耐药基因。该菌株携带了大小为172 914 bp并且含有10种耐药基因的IncA/C型质粒。结合基因组进化关系发现，菌株间携带耐药基因和耐药质粒的情况呈现出一定聚集性。菌株SH400的传统ST型为ST69，cgMLST型为与cgST-252高度相似的新型别。结论:该株O139群霍乱弧菌携带 ctxAB毒力基因、多种耐药基因和IncA/C型质粒，且存在多重耐药岛。

目的 为探明了解冷藏即食预包装熟肉制品中单核细胞增生李斯特菌(单增李斯特菌)污染情况及潜在风险,本研究针对短保质期的冷藏即食预包装熟肉制品开展单增李斯特菌定量污染风险调查.方法 2022年5～8月,从成都市采集样品64份,依据采用传统培养分离鉴定和RT-PCR分子检测方法进行单增李斯特菌的定性和定量检测,分离菌株提取DNA后进行二代全基因组测序并开展相关流行病学特征分析.结果 检测结果发现64份即食熟肉样品中,6份样品检出单增李斯特菌,检出份数为6/64.6份阳性样品均由某同一工厂生产,其中5份为卤肉三拼样品.定量检测结果表明,卤肉三拼的单增李斯特菌污染水平为30-200 CFU/g;单增李斯特菌阳性的猪肉样品污染水平为＜10 CFU/g.阳性样品中的6株分离菌株经全基因组测序分析鉴定为单增李斯特菌,均含有LIPI-1毒力岛相关基因,多序列位点分型发现主要的序列型(ST)为ST3(n=2)和ST121(n=2),其次是ST8和ST9.单核苷酸多态性(SNP)结果分析发现同一工厂分离到的单增李斯特菌菌株LM22071911和LM22080802之间检测到23个SNP差异,单增李斯特菌株LM22062706和LM22080806之间检测到13个SNP差异,说明在该工厂加工环节存在两种克隆群的单增李斯特菌直接传播的风险.结论 成都市部分市售冷藏即食预包装熟肉制品污染多种李斯特菌,需加强源头控制.

目的 分析2020-2021年辽宁省食源性单核细胞增生李斯特菌(Lm)毒力基因分布特征及分子血清分型情况.方法 采用普通PCR方法对Lm的19个毒力基因包括毒力岛Ⅰ在内的6个位点(prfA、plcA、plcB、hlyA、mpl和 aciA)和毒力岛 Ⅱ 内化素家族蛋白基因的 10 个位点(inlA、inlB、inlC、inlD、inlE、inlF、inlG、inlH/C2、inlI、inlJ),以及3个毒力基因相关位点(iap、fbpA、hpt)进行检测.同时应用多重PCR对所有菌株进行5种(1/2a、1/2b、1/2c、4b和3a)血清型分型检测.结果 在辽宁省食源性分离到的91株Lm中,36株Lm的19种毒力基因全部检出,其检出率高达39.6％.55株Lm菌株出现2种及2种以上毒力基因的不同缺失.inlG和inlF基因缺失率较高,分别为41.8％(38/91)和52.7％(48/91).依据毒力基因携带情况,可分为13个基因型,其中携带19种毒力基因的I型为辽宁省的优势基因型别.辽宁省Lm被分成4组分子血清型,1/2a(3a)血清型占比为59.3％(54/91),1/2b(3b)占比为 34.1％(31/91),1/2c(3c)占比为 3.3％(3/91),4b(4d、4e)占比为 3.3％(3/91),3 株 4b 血清型均分离自肉及肉制品.结论 辽宁省食源性Lm的毒力基因携带率高,毒力基因缺失具有多样性且存在样品种类上的差异.