目的:分析我国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征。方法:将2017年食品安全风险监测即食食品中分离的单核细胞增生李斯特菌作为研究菌株，共239株，分离自27个省份。对菌株进行全基因组测序，分析其谱系、克隆群（CC）、序列分型（ST）和血清群；通过VFDB和BIGSdb-Lm数据库获得其毒力基因分布；采用微量肉汤稀释法检测菌株对8种抗生素的敏感性；采用核心基因组多位点序列分型方法（cgMLST）进行分子分型。结果:实验菌株分属在3个谱系，以谱系Ⅱ为主，共155株（64.9%）；血清群以Ⅱa为主，共133株（55.6%）；分为23个CC型，以及1个未分CC型的ST619，其中CC8、CC101和CC87为优势CC型，共占49.4%（118株）；仅4.6%（11株）的菌株携带耐药基因，主要为甲氧苄啶耐药基因（7株，2.9%）。所有菌株均携带单核细胞增生李斯特菌毒力岛（LIPI）1，携带LIPI-3和LIPI-4的菌株分别占13.8%（33株）和14.2%（34株），ST619同时携带LIPI-3和LIPI-4。51.5%（123株）的菌株携带应激生存岛（SSI）1，10株CC121菌株均携带SSI-2。核心基因组多位点序列分型方法能将不同谱系、血清群和CC型的菌株明显分开，共分为24个亚群，与CC型基本保持一致。结论:我国即食食品中菌株以Ⅱa型血清群为主，CC8、CC101和CC87为优势CC型，其中，CC87为流行性高毒菌株。基于全基因组测序的分型方法cgMLST分辨力高，可用于我国食源性疾病的监测和暴发识别。

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

目的:明确本地区碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药特点和分子流行病学特征，为临床抗感染治疗提供依据。方法:收集宁波大学附属第一医院和宁波市第二医院碳青霉烯类不敏感肺炎克雷伯菌92株。用VITEK2 Compact全自动微生物分析仪进行药敏试验；全基因组测序技术确定其荚膜血清型、多位点序列分型(MLST)与耐药基因等分子特征；使用PlasmidFinder确定菌株的质粒复制子类型；Parsnp进行细菌核心基因组系统发育分析。结果:CRKP主要分离自病情较为危重的老年患者，标本以痰液居多(51.09%，47/92)，其次是尿液(13.04%，12/92)和血液(8.70%，8/92)，感染高发科室为重症监护病房(33.70%，31/92)。所有菌株对常用抗菌药物耐药率高，但对多黏菌素B耐药率较低(6.52%，6/92)。耐药基因以 blaKPC-2为主(78.26%，72/92)，荚膜血清型以KL64为主(48.91%，45/92)，MLST分型以ST11为主(54.35%，50/92)。ST11-KL64是优势克隆型，检出率高达46.74%(43/92)，且携带多个质粒，以IncR和IncFⅡ型为主。 结论:本地区CRKP对临床常用抗菌药物高度耐药，主要携带 blaKPC-2耐药基因，克隆型ST11-KL64在本地区广泛克隆传播，两家医院流行的菌株存在相似性，应加强监控。

目的:获得乙型肝炎病毒(hepatitis B virus，HBV)C2蛋白的HBV多肽。方法:同源重组法构建含1.2倍HBVC2全基因组表达重组体；脂质体法转染HepG2和Huh-7细胞；荧光定量PCR法检测HBV DNA水平；双抗体夹心酶联免疫吸附测定(enzyme linked immunosorbent assay，ELISA)法检测乙型肝炎表面抗原(HBsAg)和E抗原(HBeAg)的水平；免疫荧光法检测核心抗原(HBcAg)水平和分布。电转染法转染人永生化B淋巴细胞系(B-lymphoblastoid cell line，BLCL)，液相色谱串联质谱(liquid chromatography-mass spectrography/mass spectrometry，LC-MS/MS)法分离鉴定HBV多肽，生物信息学预测亲合力，并检索已报道序列。结果:成功构建了含3881 bp目的片段的HBVC2全基因组的重组体，即pAAV/HBV1.2 C2。HepG2和Huh-7细胞转染重组体后24、48和72 h，培养上清液中HBV DNA、HBsAg和HBeAg均呈现较高水平；HBcAg多分布在细胞核，均在48 h表达水平达高峰。从5株BLCLs细胞裂解液中检出来源于HBsAg、HBeAg和HBcAg的HBV多肽(序列长度≥8aa)共95条。比较分析共同序列和包含或重叠(≥8aa)序列，67条多肽形成了11个HBV多肽热点核心区域，有92条已见报道。51(53.68%)条多肽有相应的人类白细胞表面抗原(human leukocyte antigen，HLA)等位基因分型，而与5株细胞所携带HLA等位基因一致的共有21条。 结论:成功构建和表达了pAAV/HBV1.2 C2，获得了真实世界的HBVC2多肽谱。

目的:分析不同来源德尔卑沙门菌的耐药特征、耐药机制及基因组相似性，初步揭示我国德尔卑沙门菌的群体遗传学特征，发现可能的传播规律或潜在传播途径，为加强沙门菌病监测及防控策略制定提供一定参考。方法:对201株德尔卑沙门菌进行16种抗生素的药物敏感性试验，并对所有菌株进行全基因组测序。最后结合公开数据库中的134株德尔卑沙门菌基因组序列，对335株德尔卑沙门菌进行耐药基因型别和多位点序列分型（MLST）分析，并构建基于核心基因组单核苷酸多态性的系统发育树进行遗传进化分析。结果:201株德尔卑沙门菌对16种抗生素呈现不同程度的耐药，总耐药率为97.51%。不同来源（人、动物、食品）的德尔卑沙门菌对不同种类抗生素耐药率差异有统计学意义（均 P<0.05）。335株德尔卑沙门菌携带耐药基因38种，磷霉素类耐药基因 fosA7携带率为100.00%，氨基糖苷类耐药基因 aac（6'）- Iaa携带率为99.70%。不同种类抗生素耐药基因和耐药表型一致性存在差异，除氨基糖苷类和氯霉素类，其他种类抗生素一致性较好。MLST显示，334株德尔卑沙门菌为ST40型。系统发育树显示存在动物和人、食品和人之间交叉感染的风险以及动物带菌远距离跨省播散的可能，但还需要进一步的流行病学研究。 结论:我国德尔卑沙门菌耐药形势严峻，并且存在交叉传播的风险，提示应加强综合监测及风险评估，防止耐药菌株及耐药元件在动物、食品、人链条中的播散。

目的:了解 2020-2021年山东省聊城市小肠结肠炎耶尔森菌（ Y.e）食品分离株分子特征。 方法:对聊城市市售生肉与肉制品中 Y.e开展分离培养、药敏试验、毒力基因检测、PFGE和全基因组测序（WGS）。利用微生物基因组注释系统对全基因组数据进行拼接组装，对组装基因组开展多位点序列分型（MLST）和核心基因组多位点序列分型（cgMLST），并应用基于WGS的单核苷酸多态性（wg-SNPs）分型方法与美国生物技术信息中心上获取的14株国内外 Y.e的基因组进行遗传进化分析。 结果:165份样品中共检出21株 Y.e，检出率为12.73%，20株 Y.e测序成功。 Y.e携带多种耐药基因和毒力基因，出现多重耐药现象，毒力基因PCR检测显示21株 Y.e呈现2种毒力基因特征；PFGE、MLST和cgMLST聚类分析显示，21株 Y.e呈高度多样性；wg-SNPs遗传进化分析显示20株 Y.e可分为2个进化主分支。 结论:聊城市生肉与肉制品中分离的 Y.e携带多种耐药基因和毒力基因，且分子分型呈现高度多样性，应加强生肉与肉制品中 Y.e分子生物学监测，开展基因组测序及分子分型检测工作，为预防由 Y.e引起的食源性疾病提供理论依据 。

目的:探究山东省潍坊市农村居民耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌（CR-ECL）耐药基因特征及核心基因组特征。方法:收集2017年山东省潍坊市农村社区居民粪便标本，使用耐碳青霉烯类肠杆菌显色培养基筛选耐药菌株，通过激光解吸/电离飞行时间质谱仪（MALDI-TOFMS）分析获得CR-ECL阳性菌株，针对CR-ECL分离株，采用微量肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验获得CR-ECL耐药表型，开展全基因组测序（WGS）和分析、 blaNDM基因周围环境及菌株间系统进化分析。 结果:共获得并检测628份粪便标本，6份为CR-ECL阳性（检出率0.96%），均表现为多重耐药（MDR）表型。6株CR-ECL共有4个MLST分型（ST），均携带多种耐药基因（ blaNDM-1、 blaNDM-5等）和毒力基因（ acrA、 acrB、 entB、 fepC等），且 blaNDM基因周围遗传环境中均存在移动遗传元件 ISAba125、 TN3-IS3000、 TN3及 IS5。系统发育树显示，核心基因组多位点序列分型（core genome multilocus sequence typing，cgMLST）与单核苷酸多态性（SNPs）结果具有一致性，cgMLST结果显示菌株2BC0101B与2BC0251B，2BG0561B与2BI0221B之间等位基因差异分别为2和1，SNPs结果显示上述2对菌同样各自聚成一簇，并发现美国国立生物技术信息中心数据库（National Center for Biotechnology Information，NCBI）中鸡粪样本的菌株居于进化树中心，且本地序列均可追溯到美国人源序列。 结论:山东省潍坊市农村社区居民中已检出多重耐药碳青霉烯类阴沟肠杆菌。

目的:分析2017—2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌的耐药与基因组特征。方法:对2017—2021年杭州市分离的91株伦敦沙门菌进行药敏分析、PFGE分型和全基因组测序；利用测序数据对菌株进行多位点序列分型（MLST）、核心基因组多位点序列分型（cgMLST）和耐药基因识别，并与公共数据库菌株比较进行系统发育分析。结果:临床株和食品株对18种药物的耐药率差异均无统计学意义（均 P>0.05），其多重耐药率为75.8%（69/91），以同时耐7类药物的菌株居多，发现1株对多黏菌素E耐药且检出 mcr-1.1基因的耐8类药物菌株；50.5%（46/91）的菌株对阿奇霉素耐药且检出 mph（ A）基因；91株伦敦沙门菌均为ST155型，分为44种PFGE带型和82种cgMLST型别；系统发育分析显示，大部分杭州菌株（83/91）自行聚集成簇，簇内混杂少量来自欧洲和北美洲的人分离株以及湖北、深圳等省市的猪肉分离株；少数杭州菌株（8/91）与分离自东南亚、欧洲、北美洲的菌株进化距离较近；与临床株距离较近的主要是猪肉分离株。 结论:杭州市伦敦沙门菌的感染主要由ST155型菌株引起，以本地传播为主，同时与东南亚、欧洲、北美洲以及国内其他省市可能存在跨地传播；临床和食品来源菌株间耐药差异无显著意义，多重耐药现象较为普遍；其临床感染可能与猪肉消费密切相关。

目的:分析肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株的耐药性、分子流行病学和毒力基因分布情况，以明确其流行特点，为临床诊疗提供流行病学依据。方法:针对浙江大学医学院附属儿童医院2017—2020年收集的11株肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株，进行血清分型及抗菌药物敏感性试验，并进行全基因组测序，进而对测序结果进行血清型、多位点序列分型和毒力基因分析。结果:本院肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株检出率较低，占比1.13%。11株菌株中，包含长湾尼血清型3株，非丁伏斯血清型2株，汪兹沃思、波摩那、凯杜古、厄班那、浦那、库马西血清型各1株。11株非A~F群肠道沙门菌肠道亚种分离株中除2株多重耐药株外，其余菌株对绝大多数抗菌药物均敏感，且最低抑菌浓度（MIC）均处于较低水平。11株菌共检测出9种ST型，3株长湾尼血清型菌株均为ST3918，其他分离株分别为不同的ST型。通过核心基因组构建进化树显示3株长湾尼血清型菌株亲缘关系紧密。11株菌株共检测出毒力基因103种，包含分泌系统相关基因78种，黏附相关基因21种，镁吸收相关基因2种，抗菌肽耐药性相关基因1种，伤寒毒素相关基因1种。结论:本院肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株的检出率较低，对常见抗菌药物敏感性较高，ST型及亲缘关系呈多样性分布。临床实验室应关注肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株的检出，并持续关注其耐药性和毒力基因变化。

目的:了解浙江省猪链球菌2型( Streptococcus suis type 2，SS2)的分子分型特征。 方法:对浙江省2005年1月至2021年7月29株散发SS2人源分离株进行基因分型检测，采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)、多位点序列分型(multilocus sequence typing，MLST)，以及最小核心基因组(minimum core genome，MCG)群方法，分别进行分型检测。结果:29株菌株经PFGE得到10种PFGE图谱带型，3个主要分支簇群，其中21株(72.41%)被分成2个主要分支群，8株(27.59%)呈遗传多样性，相似性为49.7%~94.7%。29株菌株经MLST得到3种序列型，其中ST7型25株(86.21%)，ST1型3株(10.34%)，ST25型1株(3.45%)。29株菌株得到3个MCG基因型，其中E型12株(41.38%)，Group1型16株(55.17%)，Group4型1株(3.45%)。结论:浙江省SS2主要流行两大克隆群高致病株，少数菌株传播过程中可能存在遗传变异，进化分析呈遗传多样性。