土壤有机碳(SOC)对维持土壤肥力和农业可持续发展具有重要作用.为探究长期耕作对黑土区旱作农田土壤有机碳储量(SOCS)及其组分的影响,本研究基于39年的耕作试验,比较了不同耕作方式(旋耕起垄、免耕、深松、翻耕)对0～40 cm 土层SOCS、活性有机碳组分和微生物残体碳(MNC)含量的影响.结果表明:与旋耕起垄相比,免耕处理显著增加了 0～20cm 土层SOCS、SOC、可溶性有机碳(DOC)、微生物生物量碳(MBC)、易氧化有机碳(EOC)和MNC含量;深松和翻耕处理在0～20和20～40 cm 土层中显著增加了SOCS、SOC和EOC含量,并在20～40 cm 土层增加了 MBC含量.此外,翻耕处理20～40 cm 土层中DOC、颗粒有机碳和MNC含量显著高于其他处理.深松和翻耕处理相较于旋耕起垄和免耕处理,显著降低了 0～20和20～40 cm 土层中MNC对SOC的贡献率.结构方程模型表明,通过提升土壤团聚体平均重量直径、田间持水量和全磷含量,增强β-葡萄糖苷酶、淀粉酶和木质素过氧化物酶活性,能促进MNC的积累.深翻促进了 0～40 cm 土层SOC、活性有机碳和MNC的均匀分布,更有利于黑土区农田SOC的固定.

为促进木麻黄生长并解决根际土壤微生物群落结构和功能异常问题,本研究从木麻黄根瘤中筛选出具备固氮(N)、产细胞壁降解酶(蛋白酶和纤维素酶)、产生长素(IAA)、产铁载体、产氨气(NH3)、溶解磷酸盐等多种功能的8株菌株,其中LB08、LB 18、LB 19、LB42、LB46、LB63和LB69为类芽孢杆菌,LQ10为布鲁氏菌.菌液浸种试验显示:8株菌株均对木麻黄幼苗生长具有促进效果,其中菌株LB69显著提高了木麻黄种子萌发率和幼苗活力,增幅分别达19.7％和28.3％;菌株LQ10显著提升了根长和根系活力,增幅分别为48.2％和334.4％;菌株LB18和LB42分别对初期芽长和生物量积累具有最显著的促进效果,增长率分别为22.4％和32.8％.此外,浸种后幼苗多酚氧化酶、超氧化物歧化酶、过氧化物酶等的同工酶谱条带数增多,个别条带增强,酶亚型多样性增加,抗逆能力增强.综上,本文所述8株菌株的添加对植物生长及抗氧化酶活性具有促进效果,有成为生物肥料的潜力.

目的:了解一株分离自临床血液标本中罕见菌——阿尔塔米拉金色单胞菌( Aureimonas altamirensis)的生物学特点、鉴定方法、基因组结构和临床意义。 方法:对一株血培养分离菌的培养特性、简单生化特征观察了解；用实验室常规的生化鉴定仪、MALDI-TOF质谱仪和16S rRNA基因序列分析鉴定分离菌，并将测得的16S rRNA基因序列与相关菌株构建16S rRNA系统进化树；对分离菌基因组进行测序和组装，利用相关软件对基因组作基因预测和功能注释。将分离菌与GenBank数据库中收录的相近菌株作基于31个House-Keeping基因进化树分析和全基因组同源核苷酸平均一致性(average nucleotide identity，ANI)分析。结果:分离菌为过氧化氢酶、脲酶、氧化酶反应阳性的革兰阴性无芽孢需氧小杆菌，在血平板上生长缓慢，不能被自动化细菌生化鉴定仪和MALDI-TOF质谱鉴定仪可靠鉴定，16S rRNA基因序列分析和进化树显示：该菌16S rRNA基因序列与GenBank收录的NML070722和IARI-ABL-26阿尔塔米拉金色单胞菌16S rRNA基因序列(序列号为EU442518.1和KC581669.1)一致性最高，相似性均为99.93%。全基因测序结果表明该菌基因组(国家微生物科学数据中心基因序列号：NMDC60043566)总长为4 332 458 bp，GC含量65.14%；编码4 088个基因，功能基因注释显示功能基因主要富集于蛋白质、氨基酸、碳水化合物转运和代谢类功能区，致病基因分析预测到两个可靠性高毒力因子基因，未预测到耐药基因。基因组House-Keeping基因进化树分析显示该菌与阿尔塔米拉金色单胞菌DSM21988和C2P003(NCBI基因组序列号为GCF 001463885.1和GCF 000800175.1)高度同源，但全基因组ANI分析显示其基因组与两菌存在较大差异。结论:在国内临床标本中分离出罕见的阿尔塔米拉金色单胞菌，其生物学和基因组特点还没有被充分认识，目前常规方法难以正确鉴定，其对免疫低下患者的致病性和在临床标本中分离的意义可能还需要更多的病例研究。

口腔是人体第二大微生物栖息地。因物理环境、代谢底物和关键酶等因素的影响，口腔细菌根据代谢特征划分为糖类化合物代谢型和氮源化合物代谢型，产物包括有机酸、二氧化碳、氨基酸、蛋白质和氨等，这些代谢产物不仅影响口腔细菌生长繁殖，同时对牙周炎、口腔癌、以及肠道疾病、糖尿病和动脉粥样硬化等全身疾病的发生发展产生重要影响，因此深入探讨口腔细菌代谢将有助于推进口腔微生物影响口腔乃至全身疾病的研究进展，本文对口腔细菌代谢特征及其与全身疾病的相关性等方面进行综述。

群落间的相互作用可塑造群落功能是微生物生态的一个特点。微生物在感染人类，尤其是人类的慢性创面时，微生物群落间相互作用可能导致人类患更严重的疾病。金黄色葡萄球菌是人类慢性创面感染中最常见的微生物，与在同一伤口中出现的铜绿假单胞菌具有合作和竞争关系，但目前这种关系仅在体外研究中被证实。该研究在小鼠慢性溃疡创面中描述了金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的相互影响，两者在创面中以较高的细菌密度共存，并在高分辨率成像下呈斑块状分布，占伤口体积的5%~25%。进一步地，研究者们在毫米和微米2个尺度上观察了创面中细菌群落形成的空间结构，结果显示该结构很大程度上是由铜绿假单胞菌产生的抗菌剂2?庚基?4?羟基喹啉N?氧化物介导的，而铜绿假单胞菌产生的另一种抗菌剂绿脓素则对该结构的形成没有影响。另外，这种细菌群落的精确空间结构可以增强金黄色葡萄球菌对氨基糖苷类抗生素的耐受性，但不会增强其对万古霉素的耐受性。该研究结果为金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌共感染创面的生物地理学提供了机制上的解释，并暗示细菌群落的精确空间结构可能是创面感染中抗菌药物耐受性的关键决定因素。

目的:研究胎膜早破孕妇阴道菌群特征，找出相关细菌种类，通过功能预测探索细菌与胎膜早破交联的相关功能通路，并建立以阴道菌群特征为基础的预测模型。方法:基于孕妇队列，纳入35例未足月胎膜早破、180例足月胎膜早破和255例胎膜未早破足月分娩(对照组)孕妇。使用16S rRNA基因二代测序技术检测孕妇在妊娠16~28周时的阴道样本V3~V4高变区序列。分析并比较3组孕妇之间Alpha多样性、Beta多样性，识别物种属性和代谢功能预测的差异。随后采用随机森林模型纳入阴道菌群物种以及危险因素，建立胎膜早破发生的预测模型。结果:未足月胎膜早破组与对照组相比，Alpha多样性更高(Observed features, P＝0.022；Faith_pd指数， P＝0.024)，Beta多样性也有显著差异(Unweighted-UniFrac， P＝0.010；Jaccard指数， P＝0.008)。未足月胎膜早破孕妇中，巨型球菌Ⅰ型转化菌种显著增多( P＝0.017)，穆氏乳杆菌显著减少( P＝0.003)。而足月胎膜早破孕妇中，巨型球菌属显著增多( P＝0.009)，穆氏乳杆菌显著减少( P＝0.002)。功能预测方面，嗜酸菌的硫氧化途径( P＝0.021)、乙酸产甲烷途径( P＝0.036)、L-组氨酸合成途径( P＝0.009)、腺苷钴胺素合成途径( P＝0.041)和海藻糖代谢途径( P＝0.001)这5种功能在未足月胎膜早破孕妇中显著增加，而L-组氨酸合成途径( P<0.001)和海藻糖代谢途径( P＝0.030)在足月胎膜早破孕妇中显著增加。通过随机森林模型纳入阴道菌群物种以及危险因素建立预测模型，未足月胎膜早破预测模型的表现较好[AUC值为0.739(95%CI：0.609~0.869)，灵敏度0.928，特异度0.659，阳性预测值0.750，阴性预测值0.906]，具有一定的参考价值。 结论:阴道菌群特征可能与胎膜早破的发生发展有关，阴道细菌差异的研究可能成为防治胎膜早破的新思路，功能预测为胎膜早破发生发展机制的研究方向提供了参考借鉴，预测模型可以预防未足月胎膜早破的发生，促进母婴健康。

色氨酸是人体必需氨基酸之一，其代谢产物5-羟色胺、犬尿氨酸、色胺和吲哚衍生物具有免疫调节、神经调节、抗炎、抗氧化、抗癌、代谢调节等功能。近年来研究发现，色氨酸代谢失调与缺血性卒中的发病和预后密切相关，而肠道菌群在色氨酸代谢调控方面发挥重要作用。文章就肠道菌群参与的色氨酸代谢在缺血性脑损伤中的作用和机制的研究进展进行综述，为今后的基础和临床研究提供新的视野。

目的:分析新型冠状病毒肺炎合并动脉硬化患者的肠道菌群组成及功能特征，为临床合理使用肠道微生态调节剂提供理论依据。方法:招募2020年4月5日至4月19日之间收住在我院的新型冠状病毒肺炎患者为研究对象，按动脉硬化检测结果分为硬化组和对照组。入院7 d内采集粪便样本，提取肠道菌群DNA并建库，采用鸟枪法进行宏基因测序，基于测序结果进行生物信息学分析。结果:本研究共纳入16例新型冠状病毒肺炎患者，硬化组7例，对照组9例。硬化组baPWV值及血压值高于对照组( P<0.05)。肠道菌群物种分析结果：门水平beta多样性分析显示组间肠菌群落构成差异明显( P<0.05)。与对照组相比，硬化组患者粪便微生物中 Holdemanella、 Mitsuokella、 Deinococcus、 Lachnospira、 Turicibacter、 Butyrivibrio、 Sporomusa、 Halanaerobium相对丰度显著降低，这些菌群与产生SCFAs、调节能量代谢、抗辐射、抗氧化应激和抗炎作用相关。KEGG通路富集分析结果：对照组菌群功能主要富集在脂多糖生物合成、短链脂肪酸代谢、其他氨基酸代谢及膜运输等通路上，硬化组主要富集在氨基酸代谢和DNA损伤修复通路上。 结论:新型冠状病毒感染后，患者使用增加短链脂肪酸的微生物制剂可能有助于恢复肠道菌群稳态。

目的:探索重度特应性皮炎（AD）成人患者急性期及缓解期皮肤微生态结构和功能的变化特点。方法:采集2019年10月至2020年11月于广州市皮肤病防治所门诊就诊的4例成人重度AD患者急性期和缓解期5个部位（面颊、肘窝、手背、腹部、下肢）皮屑标本，利用第二代高通量测序技术进行宏基因组测序，构建皮肤微生物样本基因集，获得各个样本的物种注释信息并进行生物信息学数据分析。结果:4例重度AD患者皮肤中，共检测到18个门，37个纲，73个目，142个科，237个属，331个种。与急性期相比，缓解期AD患者皮肤微生物群落多样性上升，皮肤微生物的相对丰度发生变化（ P < 0.05）。在微生物种水平上，金黄色葡萄球菌对AD急性期的影响程度最高，表皮葡萄球菌、奥斯陆莫拉菌、弗朗西丝菌、科氏葡萄球菌、沃氏葡萄球菌、球形马拉色菌以及限制性马拉色菌在AD缓解期富集（｜lg线性判别分析值｜ > 2，Kruksal-Wallis检验，均 P < 0.05）。对微生物丰度差异基因行KEGG功能通路分析，共注释富集于355个功能通路，其中显著富集的通路38个（均 P < 0.05），主要涉及金黄色葡萄球菌感染、色氨酸代谢、组氨酸代谢、氮代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成与降解、脂肪酸降解及过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等。 结论:重度AD患者急性期和缓解期皮肤微生态结构存在显著差异，预测其可能与多个功能通路（如金黄色葡萄球菌感染、色氨酸代谢、组氨酸代谢、氮代谢等）水平相关。

目的:探讨西北地区绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis，PMOP)患者肠道微生物(gut microbiota，GM)组分和基因功能变化，及其与骨密度(bone mineral density，BMD)的相关性。方法:以2018年11月—2019年10月到我院就诊的绝经后女性作为初筛对象，选取首次诊断为骨质疏松症(OP)患者24例、低骨量者30例及骨量正常者9例，收集粪便样本并提取微生物DNA，借助Illumina平台进行16S rRNA基因和宏基因组高通量测序分析。结果:GM结构在不同组中存在差异，消化链球菌科、罗姆布茨菌属、梭菌目未确认属、巨单胞菌属、 Erysipelatoclostridium、克雷伯氏菌属和 Erysipelatoclostridium ramosum为OP组差异菌群。GM基因注释结果显示基因数目与BMD值呈正相关，基因KEGG功能注释结果显示新陈代谢、碳水化合物代谢、淀粉和蔗糖代谢、氧化磷酸化基因功能条目均与BMD值呈负相关。受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve, ROC)分析提示，碳水化合物代谢、淀粉和蔗糖代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢、氧化磷酸化对鉴别OP分别具有较好的灵敏度和特异度，ROC曲线下面积(area under curve, AUC)分别为0.70、0.72、0.73和0.75。 结论:高通量测序技术有助于分析PMOP患者GM组成、分布和基因功能改变，为研究GM调控BMD变化进而影响OP的发生发展提供依据。