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基于基因芯片数据的肾嫌色细胞癌生物信息学分析
编辑人员丨2天前
目的:利用生物信息学分析肾嫌色细胞癌基因表达谱芯片,寻找肾嫌色细胞癌发生的关键基因。方法:从GEO数据库下载肾嫌色细胞癌基因芯片数据GSE15641和GSE11151,利用R软件中的"affy"、"limma"等R软件包进行差异表达基因筛选,结合DAVID和STRING在线生物信息学工具对差异表达基因进行调控网络分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件中的Cytohubba插件筛选Hub基因。结果:共筛选出肾嫌色细胞癌差异表达基因261个,包括194个表达下调基因,67个表达上调基因。对差异表达基因进行基因富集(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析以挖掘其生物学功能,其中GO富集分析中的生物学过程(BP)主要富集于细胞分泌、糖异生和细胞增殖调控;在细胞组成(CC)主要富集于细胞外泌体、细胞质膜及其组成部分;在分子功能(MF)主要富集于肝素结合,在KEGG通路分析中主要富集于代谢通路、抗体的生物合成、蛋白质消化吸收、肾素-血管紧张素系统等。利用在线生物信息学工具构建PPI网络,通过Cytoscape软件中的Cytohubba插件筛选前10位Hub基因,分别是胡椒酸和肌氨酸氧化酶(PIPOX)、羟基酸氧化酶2(HAO2)、犬尿氨酸-3-单加氧酶(KMO)、溶质转运家族2成员2(SLC2A2)、甲酰亚胺基转移酶环脱氨酶(FTCD)、血管生成素(ANG)、催化多肽-1(APOBEC1)互补因子(A1CF)、重组表达醛脱氢酶8A1(ALDH8A1)、维生素D结合蛋白(GC)、血浆富含组氨酸糖蛋白(HRG)。结论:利用生物信息学方法分析肾嫌色细胞癌的差异表达基因,可有效发掘这些差异表达基因的相互作用信息,为肾嫌色细胞癌的治疗提供新的思路。
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编辑人员丨2天前
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基于代谢组学方法研究淫羊藿95%乙醇洗脱部位对大鼠尿液潜在生物标志物的干预作用
编辑人员丨2023/8/6
目的 运用代谢组学方法分析淫羊藿95%乙醇洗脱部位(E95EE)对正常大鼠尿液中内源性物质代谢的影响,通过寻找相关代谢途径及潜在作用靶点,探究其标志物表达的差异是否会随体液循环分布影响机体的不同系统,从而产生潜在的保护或毒性作用.方法 SD大鼠随机分为正常对照组和E95EE给药组,各10只,E95EE组ig给予E95EE 17.1 g·L-1,1/d,连续20 d.正常对照组以等量生理盐水代替,于末次给药后用代谢笼收集大鼠12 h尿液,处理后进行UPLC-TOF/MS分析.结果 鉴定出9个差异性的内源性代谢产物,即3-sn-磷脂酸、l-1磷脂酰乙醇胺、草酰乙酸、甲酰-N-乙酰-5-甲氧基犬尿素烯胺、N-乙酰-5-羟色胺、5,10-甲酰四氢叶酸、N-亚氨代甲基l-l-谷氨酸盐、1-酰基甘油酮3-磷酸盐和亚硫酸;6条主要代谢通路,即柠檬酸的乙酰辅酶A生物合成、组氨酸代谢、甘油三酯代谢、色氨酸代谢、维生素A代谢、糖酵解与糖异生;推测E95EE可能通过降低3-sn-磷脂酸和草酰乙酸水平,上调N-亚氨代甲基l-l-谷氨酸盐的表达,从而对神经、心血管系统发挥保护作用;可能通过降低5,10-甲酰四氢叶酸和l-1磷脂酰乙醇胺水平,增加肿瘤发生的风险.结论 E95EE对正常大鼠神经系统、心脑血管系统、免疫系统及肿瘤相关疾病存在药效与毒性并存的干预作用,其作用机制与甘油三酯代谢、维生素A代谢和色氨酸和组氨酸代谢等通路有关.
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编辑人员丨2023/8/6
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冈比亚按蚊犬尿氨酸甲酰胺酶抑制剂的虚拟筛选
编辑人员丨2023/8/6
[目的]利用计算机模拟技术,对冈比亚按蚊Anopheles gambiae犬尿氨酸甲酰胺酶(kynurenine forrnamidase,KFase)的潜在抑制剂进行虚拟筛选,以获得可以削弱冈比亚按蚊作为中间宿主传播疟疾等蚊媒疾病的候选杀蚊剂.[方法]下载冈比亚按蚊KFase的氨基酸序列,通过BLAST方法查询不同物种中的同源蛋白质,并利用MEGA6最大似然法(maximum likelihoodmethod)构建进化树,选择适于作为模板的同源蛋白黑腹果蝇Drosophila melanogaster KFase晶体结构(PDB ID:4E14),对冈比亚按蚊KFase进行三维建模.利用随机森林算法对小分子化合物数据库进行筛选,并对筛选结果进行处理,模拟自然条件下有机小分子与冈比亚按蚊KFase的结合以及分子对接,从而筛选出冈比亚按蚊KFase的潜在抑制剂.[结果]获得3个小分子化合物与冈比亚按蚊KFase结合的亲和能较低,分别是:N-(2,4-diketo-1H-pyrimidin-6-yl)-2-fluoro-benzamide;3-(4-fluorophenyl)-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-carboxylic acid;N-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-imidazo[4,5-b] pyridin-5-yl)-succinamic acid.它们与冈比亚按蚊KFase结合的亲和能分别为:-9.0,-8.7和-8.9 kcal/mol.[结论]N-(2,4-diketo-1H-pyrimidin-6-yl)-2-fluoro-benzamide,N-(2-oxo-2,3-dihydro-1 H-imidazo[4,5-b] pyridin-5-yl)-succinamic acid和3-(4-fluorophenyl)-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-carboxylic acid是冈比亚按蚊犬尿氨酸甲酰胺酶的潜在竞争性抑制剂,这些化合物是否可作为杀蚊剂的候选化合物有待实验验证.
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编辑人员丨2023/8/6
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人参总皂苷对尾吊模拟微重力大鼠学习记忆损伤和焦虑的保护作用
编辑人员丨2023/8/5
目的:通过人参总皂苷干预尾吊大鼠,检测大鼠在水迷宫、高架十字迷宫中的表现以及下丘脑-垂体-肾上腺(HPA)轴、炎症因子以及色氨酸通路的相关因子表达,探讨人参总皂苷对尾吊大鼠学习记忆损伤及焦虑的影响.方法:将Wistar雄性大鼠分为正常组,尾吊模型组,石杉碱甲组(0.1 mg·kg-1),人参总皂苷低、高剂量组(100,200 mg·kg-1),每组8只.除正常组组外,其余组大鼠均24 h保持-30°尾部悬吊状态.正常组与模型组给予纯净水灌胃,灌胃体积为10 mL·kg-1,连续灌胃给药28 d后进行水迷宫和高架十字迷宫行为学检测.检测结束后腹主动脉取血,冰上剥离大鼠脑皮层,液氮猝灭,-80℃保存备用.采用液质联用(LC-MS/MS)检测大鼠脑皮层中多巴胺,乙酰胆碱,谷氨酸,γ-氨基丁酸的神经递质水平以及色氨酸通路代谢物(色氨酸,5-羟色胺,5-羟吲哚乙酸,犬尿氨酸,3-羟基犬尿氨酸,犬尿喹啉酸).采用酶联免疫吸附测定(ELISA)试剂盒检测大鼠血清中炎症因子白细胞介素-6(IL-6),白细胞介素-10(IL-10)水平以及HPA轴相关激素促肾上腺皮质激素(ACTH),水平皮质酮(CORT)水平.结果:与正常组比较,模型组在水迷宫中逃避潜伏期显著性升高,穿台次数显著性降低,在高架十字迷宫中开臂进入次数与开臂进入次数百分比明显降低(P<0.05,P<0.01),皮层中多巴胺,乙酰胆碱,谷氨酸,γ-氨基丁酸含量降低,犬尿氨酸,犬尿喹啉酸成上升趋势,3-羟基犬尿氨酸,5-羟色胺,5-羟吲哚乙酸呈下降趋势,血清中IL-6,IL-10,ACTH,CORT水平显著升高(P<0.05,P<0.01);与模型组大鼠比较,人参总皂苷低、高剂量组在水迷宫中逃避潜伏期降低,增加穿台次数及高架十字迷宫的开臂次数,大鼠的多巴胺,乙酰胆碱,谷氨酸,γ-氨基丁酸含量升高,犬尿氨酸,犬尿喹啉酸呈下降趋势,3-羟基犬尿氨酸,5-羟色胺,5-羟吲哚乙酸呈上升趋势及下调了IL-6,IL-10,ACTH,CORT水平(P<0.05,P<0.01).结论:尾吊28d模拟微重力可损害大鼠的学习记忆能力并出现焦虑样行为,人参总皂苷具有改善其学习记忆损伤和焦虑样行为的作用,其机制可能是主要与抑制机体炎症和调节HPA轴失衡有关.
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编辑人员丨2023/8/5
