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碳黑纳米颗粒诱导人支气管上皮细胞炎症反应中环状RNA的表达改变
编辑人员丨1周前
目的:探索碳黑纳米颗粒(CBNPs)对人支气管上皮细胞(16HBE细胞)的毒性效应,并根据全转录组高通量测序对差异表达的环状RNA进行筛选与鉴定,为CBNPs暴露的生物标志物研发与其在表观遗传毒理学的应用提供依据。方法:于2020年6月,用20、40和80 μg/ml浓度的CBNPs对16 HBE细胞进行染毒处理,以不加任何干预的16HBE细胞作为对照组,通过CCK8与乳酸脱氢酶(LDH)实验检测CBNPs细胞毒性。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及ELISA法检测各浓度CBNPs染毒72 h后白细胞介素-6(IL-6)和白细胞介素-8(IL-8)mRNA及蛋白水平改变,Western blot检测核因子-κB(NF-κB)相关炎性蛋白[Toll样受体4(TLR4)、磷酸化核因子-κB(P-NF-κB)、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)和天冬氨酸蛋白水解酶1(Caspase-1)]的表达水平;根据高通量测序结果筛选并通过qRT-PCR鉴定差异表达的circRNA,选择稳定差异表达且与NF-κB通路关联性最强的circRNA进行环状性能鉴定。结果:与对照组比较,40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞细胞活力明显下降,20、40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞LDH释放量明显上升( P<0.05)。与对照组比较,不同浓度CBNPs暴露72 h后16HBE细胞IL-6、IL-8 mRNA表达水平均增加,IL-6、IL-8蛋白水平均增高,TLR4、P-NF-κB、ASC、Caspase-1蛋白水平均明显上调,差异均有统计学意义( P<0.05)。与对照组比较,共有492个差异性表达的环状RNA(|log 2 FC|>1),在验证出的5个差异表达( P<0.05)的环状RNA中,选择circ_002642作为后续环状RNA研究对象,80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HB细胞的circ_002642明显高表达( P<0.05)。 结论:CBNPs可引起16HBE细胞炎症反应并诱导炎症反应环状RNA的差异性表达。
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编辑人员丨1周前
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2型糖尿病患者环状RNA_0005414的表达水平与胰岛细胞功能的相关性研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨2型糖尿病患者环状RNA_0005414的表达水平与胰岛细胞功能的关系。方法:共纳入维吾尔族2型糖尿病患者110例、维吾尔族糖耐量正常者(对照组)106名以及汉族2型糖尿病患者64例、汉族糖耐量正常者(对照组)63名。所有研究对象进行口服葡萄糖耐量试验并检测生化指标,以稳态模型评估的胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)、稳态模型评估的胰岛β细胞功能指数(HOMA-β)作为胰岛细胞功能评价指标。分别在维吾尔族2型糖尿病患者、糖耐量正常者各选取匹配的5例研究对象的外周血单核细胞通过RNA测序筛选差异表达的环状RNA,检测上调显著的一条环状RNA_0005414表达水平,分析环状RNA_0005414的表达水平与胰岛细胞功能的关系。结果:维吾尔族2型糖尿病患者中存在环状RNA差异表达谱;维吾尔族2型糖尿病组环状RNA_0005414表达水平高于对照组( P<0.01),汉族2型糖尿病组环状RNA_0005414表达水平亦高于对照组( P<0.01),维吾尔族2型糖尿病组环状RNA_0005414表达水平较汉族2型糖尿病组有升高趋势,但差异无显著性( P>0.05)。在维吾尔族和汉族各组中, Spearman相关分析显示,环状RNA_0005414与空腹血糖、糖负荷后2 h血糖、HbA 1C、总胆固醇、空腹胰岛素、HOMA-IR呈正相关( P<0.05),与HOMA-β呈负相关( P<0.01),偏相关分析显示,环状RNA_0005414与空腹血糖、HbA 1C、HOMA-IR呈正相关( P<0.05)。多重线性回归分析显示,仅在维吾尔族2型糖尿病患者中,环状RNA_0005414是HOMA-β的影响因素。 结论:维吾尔族2型糖尿病患者环状RNA_0005414表达水平与胰岛细胞功能密切相关,环状RNA_0005414表达水平上调可能参与了维吾尔族2型糖尿病的发生发展。
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编辑人员丨1周前
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环状RNA在头颈部鳞状细胞癌中的研究进展
编辑人员丨1周前
环状RNA(circRNA)是一类新发现的共价闭合环状非编码RNA,具有微小RNA海绵作用、调控基因表达等功能。研究证实circRNA参与多种肿瘤的发生发展,可作为肿瘤诊断和预后评估的生物标志物及治疗靶点。本文就circRNA在头颈部鳞状细胞癌中的表达情况、作用机制等进行综述。
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编辑人员丨1周前
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137Cs γ射线全身照射对小鼠骨髓细胞中circRNA m 6A修饰谱的影响
编辑人员丨1周前
目的:研究电离辐射对小鼠骨髓细胞中环状RNA(circular RNA,circRNA)的N 6-甲基腺嘌呤(N 6-methyladenine,m 6A)修饰谱的影响,为揭示RNA表观遗传修饰与放射性造血系统损伤之间的关系提供科学依据。 方法:将24只C57BL/6 J小鼠按随机数表法分为健康对照组和照射组,每组12只。照射组用4 Gy 137Cs γ射线对小鼠进行全身照射。照后将两组小鼠脱颈处死,收集股骨中的骨髓细胞。提取总RNA,通过m 6A RNA免疫沉淀-高通量测序(MeRIP-Seq)技术和生物信息学分析方法,探究小鼠受照后骨髓细胞中circRNA m 6A修饰谱的变化。运用MeRIP-qPCR实验对变化显著的m 6A修饰位点进行验证。 结果:健康对照组和照射组中各鉴定出325和455个(其中两组共有178个,健康对照组特有147个,照射组特有277个)circRNA的m 6A修饰位点。健康对照组和照射组中各鉴定出1 275和1 017个(其中两组共有767个,健康对照组特有508个,照射组特有250个)发生m 6A修饰circRNA的来源基因。与健康对照组相比,照射组中有414个m 6A位点的富集倍数显著上调,178个m 6A位点的富集倍数显著下调,差异具有统计学意义( P < 10 -10;倍数筛选阈值> 5)。基因本体论(GO)分析显示,电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及染色质相关调控、纤毛转换纤维和多聚(A)特异性核糖核酸酶活性等多种功能。京都基因与基因组百科数据库(KEGG)分析显示,电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及血小板激活、Fc γ R-介导的吞噬作用和B细胞受体信号通路等多种通路。 结论:电离辐射可引起小鼠骨髓细胞中circRNA的m 6A修饰谱的迅速改变,差异甲基化的circRNA的来源基因涉及多种造血系统放射生物学相关的功能通路。该研究为从表观遗传水平揭示造血系统辐射损伤的分子机制奠定基础。
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编辑人员丨1周前
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非编码RNAs在慢性阻塞性肺疾病所致肺动脉高压致病机制中的作用
编辑人员丨1周前
慢性阻塞性肺疾病所致肺动脉高压(COPD-PH)的发病率和病死率高,患者3年生存率仅为41%。目前COPD-PH的常规对症治疗以及针对PH的靶向治疗,效果均不理想。非编码RNAs作为重要的内源基因调节因子,严格调控生理和病理过程。COPD-PH患者中存在非编码RNAs表达的改变,且发现其在COPD-PH发病机制中发挥重要作用,故非编码RNA有望成为治疗COPD-PH的关键治疗靶点。本文就微小RNAs、环状RNAs和长链非编码RNAs等在COPD-PH缺氧、高炎症和氧化应激等病理过程中所起作用的有关研究进展进行综述。
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编辑人员丨1周前
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血浆环状RNA hsa_circ_0032931对心房颤动射频导管消融术后复发的预测价值
编辑人员丨1周前
目的:探讨心房颤动(房颤)患者血浆环状RNA表达谱以及在导管射频消融术后复发中的预测价值。方法:研究纳入2017年12月至2018年7月在南京医科大学第一附属医院心血管内科住院房颤患者:为使用RNA测序来构建环状RNA表达谱,纳入5例特发性持续性房颤患者为测序组,同期5例基线资料一致的健康者为测序对照组;为通过实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)来验证房颤相关环状RNA表达,连续纳入71例特发性房颤患者为验证组,80例非房颤患者为验证对照组;为观察房颤消融术后复发情况,纳入首次行导管射频消融手术的特发性房颤患者51例,术后随访1年后分为复发组和未复发组,qRT-PCR检测特定环状RNA的表达量,并通过受试者工作特性曲线预测对消融复发的影响。结果:房颤特异性的血浆环状RNA表达谱包含31 697个房颤特异性环状RNA,其中516个环状RNA具有差异性表达,包括129个表达上调和387个表达下调。房颤患者环状RNA hsa_circ_0032931[0.018(0.012,0.034)对0.079(0.053,0.108), Z=-9.112; P<0.001]和hsa_circ_0032097[0.031(0.018,0.046)对0.037(0.030,0.053), Z=-2.986; P<0.05]表达水平显著降低。随访1年后,房颤消融手术复发组6例(11.8%,6/51)和未复发组45例(88.2%,45/51)发现,消融术后复发组患者血浆中环状RNA hsa_circ_0032931表达量升高[0.052(0.019,0.109)对0.016(0.012,0.030), Z=-2.573; P=0.01],而环状RNA hsa_circ_0032097表达未见明显差异( Z=-0.058; P=0.953)。根据受试者工作特性曲线分析结果,房颤持续时间的曲线下面积(AUC)为0.867 (95% CI 0.706~1.000),环状RNA hsa_circ_0032931的AUC为0.826 (95% CI 0.662~0.990),联合房颤持续时间与环状RNA hsa_circ_0032931的AUC为0.933 (95% CI 0.841~1.000)。 结论:血浆环状RNA hsa_circ_0032931可作为预测房颤导管射频消融术后复发新的生物标志物和独立的预测因素。
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编辑人员丨1周前
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环状RNA在类风湿关节炎的作用及机制研究进展
编辑人员丨1周前
RA是一种以慢性滑膜炎、骨质破坏为主要特征的全身性自身免疫性疾病,发病机制尚不明确。环状RNA(circular RNAs,CircRNAs)是一类内源性共价闭环结构的非编码RNA,广泛存在于真核细胞中,具有不易被RNA酶水解、细胞或组织特异性表达、不同物种间的进化保守和结构稳定等特征,在多种疾病的诊断和治疗中发挥着重要作用。本文综述了CircRNA的起源及其生物学功能、CircRNA在RA发病过程中的作用和机制等方面的研究进展,旨在为识别用于早期治疗的新的分子靶点及RA的精准靶向治疗提供新的思路。
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编辑人员丨1周前
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环状RNA在器官缺血再灌注损伤中的作用的研究进展
编辑人员丨1周前
缺血再灌注损伤(I/R)是缺血后的组织恢复血流再灌注后,器官损伤进一步加重的病理过程。各种器官缺血性疾病发病率、死亡率高,严重危害人类健康。环状核糖核酸(circRNAs)是一种性质稳定的非编码RNA,其与微小RNA (miRNA)以及下游靶标之间的相互作用被发现参与器官I/R损伤的调控,可能具有作为生物标志物、治疗靶标及预后指标的潜在价值,但尚未得到全面总结。我们回顾了circRNAs与各器官I/R损伤相关研究,总结了相关调节机制,为器官I/R损伤的预防及治疗提供了新的思路。
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编辑人员丨1周前
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环状RNA的研究进展
编辑人员丨1周前
环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子,大量存在于真核转录组中。环状RNA在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感,故比线性RNA更稳定。环状RNA具有竞争性内源RNA机制(competing endogenous RNAs,ceRNA),调控可变剪切和转录过程,以及与功能蛋白结合等功能。基于环状RNA的特征和生物功能,其在疾病中发挥着重要的调控作用。随着研究发展,环状RNA在组织和疾病的表达机制和功能机制也取得了进步。本综述旨在总结环状RNA的起源、特征、生物功能以及在疾病中的最新作用。
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编辑人员丨1周前
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子痫前期孕妇胎盘组织中circRNA表达谱及circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络分析
编辑人员丨1周前
目的:通过高通量测序鉴定子痫前期(PE)孕妇胎盘组织中环状RNA(circRNA)的表达谱,构建circRNA-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)相互作用网络,揭示PE发病的相关通路及调控机制。方法:收集2019年11月至2021年6月在四川大学华西第二医院分娩的42例PE孕妇(PE组)和30例正常妊娠孕妇(对照组)的临床资料并采集其胎盘组织。(1)采用高通量测序技术建立其中5对PE组和对照组孕妇胎盘组织中的差异表达circRNA谱。(2)实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证其中6个差异表达circRNA在PE组和对照组胎盘组织中的表达水平。(3)使用生物信息学方法预测靶miRNA和分析共表达mRNA,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络;并对差异表达circRNA进行基因本体(GO)功能注释分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。(4)采用logistic回归分析、Pearson相关、Kendall tau-b相关分析检验3个差异表达circRNA与PE发生风险、临床特征的相关性。(5)选择circRNA_05393进行后续功能研究,使用小分子干扰RNA、过表达质粒分别敲低或提高滋养细胞系HTR-8/SVneo细胞中circRNA_05393的表达水平,采用穿膜小室(transwell小室)体外实验检测细胞的迁移、侵袭能力,活细胞计数法检测细胞的增殖能力,细胞成管实验检测细胞的成管能力。结果:(1)高通量测序发现了72个差异表达circRNA,其中35个上调,37个下调。(2)qRT-PCR技术检测显示,与对照组比较,PE组孕妇胎盘组织中circRNA_00673(分别为1.306±0.168、2.059±0.242; t=2.356, P=0.021)和circRNA_07796(分别为1.275±0.232、1.954±0.230; t=2.018, P=0.047)的表达水平显著升高,而circRNA_05393(分别为1.846±0.377、0.790±0.094; t=3.138, P=0.002)的表达水平显著降低。(3)circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络中包含3个circRNA、8个miRNA和53个mRNA。GO分析显示,生物过程方面主要富集于铁离子稳态、动作电位膜去极化和神经元动作电位等通路,细胞组分方面主要富集于皮质细胞骨架,质膜成分等,分子功能方面主要富集于电压门控钠通道活性、碱性氨基酸跨膜转运蛋白活性等。KEGG信号通路富集分析显示,相互作用网络中的mRNA主要富集于补体和凝血级联反应、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,p53信号通路,过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路。(4)logistic回归分析结果显示,circRNA_05393表达下调是PE发生的危险因素( OR=0.044,95% CI为0.003~0.596; P=0.019);相关性分析结果显示,circRNA_05393与PE孕妇的收缩压、舒张压显著相关( P均<0.05)。(5)敲低或过表达circRNA_05393显著降低或增加HTR-8/SVneo细胞的迁移、侵袭能力( P均<0.05),但对细胞成管能力、增殖能力无显著影响( P均>0.05)。 结论:胎盘组织中circRNA表达谱的构建、circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络的探索为揭示特定circRNA在PE发生中参与的调控机制提供了可能。抑制circRNA_05393可能通过减少滋养细胞的迁移和侵袭来参与PE的进展。
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编辑人员丨1周前
