目的 构建人源R-spondin 2(roof plate-specific spondin 2,RSPO2)的真核表达载体,表达、纯化融合蛋白RSPO2-Fu-Fc,用3C蛋白酶切除Fc结构域后,检测RSPO2-Fu的生物学活性.方法 基于生物信息学方法分析人源RSPO2蛋白的理化性质和结构,筛选获得可在溶液中稳定存在的RSPO2截短蛋白RSPO2-Fu.将编码RSPO2-Fu蛋白的基因亚克隆至pCMV-Fc载体后,将质粒pCMV-RSPO2-Fu-Fc瞬时转染入HEK293F细胞中表达72 h,通过Protein A层析柱纯化融合蛋白RSPO2-Fu-Fc,用3C蛋白酶切去Fc结构域,分子筛进一步提纯获得RSPO2-Fu蛋白.最后,通过M50 Super 8 × TOPFlash检测RSPO2-Fu蛋白的生物学活性.结果 生物信息学分析结果显示,RSPO2全长有243个氨基酸,相对分子质量为28 300,等电点为9.42,为亲水性不稳定蛋白,RSPO2-Fu截短蛋白在溶液中的稳定性得到了极大提高;重组表达质粒pCMV-RSPO2-Fu-Fc经菌落PCR及测序证明构建正确;获得了纯度达95％的RSPO2-Fu蛋白;生物学活性检测结果显示,RSPO2-Fu的EC5.值为1.5× 10-12 mol/L.结论 对RSPO2蛋白适当截短后,可获得稳定表达的RSPO2-Fu蛋白,其对Wnt信号通路有明显激活作用,为Wnt信号通路中RSPO2相关生物学研究提供了更好的参考.

目的 肺鳞癌(Lung squamous cell carcinoma,LUSC)是全世界范围内高频率发生的恶性肿瘤.最近的研究表明,异甘草素(Isoliquiritigenin,ISL)在肿瘤增殖和转移中发挥抗肿瘤活性.因此,研究旨在探讨ISL在抗LUSC转移中的作用机制.方法 利用梯度浓度ISL处理LUSC细胞,探究ISL在LUSC细胞增殖、迁移和侵袭中的抗癌特性.随后,利用生物信息学手段探寻了长链非编码RNA(Long non-coding RNAs,lncRNA)MIR22HG/miR-24-3p/Fas配体 基因(Fas ligand Gene,FASLG)之间可能的互作关系.实时荧光定量 PCR(Quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测 LUSC 细胞中 lncRNA MIR22HG、miR-24-3p、FASLG 的表达,细胞计数盒-8(Cell Counting Kit-8,CCK-8)、克隆形成、划痕愈合和Transwell实验分别检测细胞活力、增殖、迁移和侵袭.蛋白质免疫印迹法(Western blot,WB)检测上皮间充质转换(Epithelial-mesenchymal transition,EMT)和转移相关蛋白的表达.RNA免疫沉淀(RNA Binding Protein Immunoprecipitation,RIP)实验和双萤光素酶实验验证 lncRNA MIR22HG 与 miR-24-3p、miR-24-3p与FASLG的结合关系.结果 ISL可以显著抑制LUSC细胞增殖、迁移和侵袭.生信分析及临床样本分析发现lncRNA MIR22HG在LUSC中低表达,ISL可以促进lncRNA MIR22HG的表达,抑制LUSC细胞 的恶性行为.此外,lncRNA MIR22HG可以海绵吸附miR-24-3p进而调节FASLG的表达.miR-24-3p在LUSC中上调表达,FASLG在LUSC中下调表达.过表达FASLG可以逆转miR-24-3p过表达对LUSC增殖、转移以及EMT进程的促进作用.结论 这些结果表明,ISL通过lncRNA MIR22HG/miR-24-3p/FASLG轴抑制肺鳞癌转移,表明ISL有潜力作为治疗LUSC的新型药物.

目的:利用生物信息学方法筛选外阴鳞状细胞癌(VSCC)的关键基因及分析免疫浸润特征.方法:从GEO数据库中下载VSCC相关基因表达数据,应用差异表达基因(DEGs)分析和加权基因共表达网络分析筛选出共同的DEGs,对DEGs进行富集分析.采用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,并通过4种算法筛选出关键基因,进行关键基因GSEA分析.应用CIBERSORT分析VSCC相关免疫细胞浸润特征及关键基因与免疫细胞的相关性.结果:共筛选出182个DEGs,DO富集主要涉及生殖器官良性肿瘤、结缔组织癌等疾病;GO和KEGG富集结果主要与表皮发育、角质化包膜、氧化应激、免疫细胞迁移等有关;PPI网络中有65个节点,90条边,筛选出6个关键基因,S100A7、SPRR2B、SPRR2G、CASP14、CDSN、ESR1,共同富集到了细胞周期、蛋白酶体信号通路.免疫浸润分析结果显示,与对照组相比,VSCC组初始B细胞、静息CD4+T记忆细胞下调(均P＜0.05),记忆B细胞、调节性T细胞、活化的NK细胞、巨噬细胞M0型、静息肥大细胞、活化的肥大细胞、嗜酸性粒细胞、中性粒细胞上调(均P＜0.05).Spearman相关性分析显示,S100A 7、SPRR2G、CASP14、CDSN均与γδT细胞呈负相关(均P＜0.05),与巨噬细胞M0型呈正相关(均P＜0.05);ESR1与巨噬细胞M0型呈负相关(P＜0.05),与静息CD4+T记忆细胞呈正相关(P＜0.05);S100A7、CASP14 与静息 CD4+T 记忆细胞呈负相关(均 P＜0.05);SPRR2G、CDSN 与 CD8+T 细胞呈负相关(均 P＜0.05).结论:S100A7、SPRR2B、SPRR2G、CASP14、CDSN、ESR1可能是VSCC潜在的生物标志物,长期慢性炎症刺激导致表皮终末分化过程异常可能是VSCC发生、发展的关键因素.

目的:分析DNA甲基转移酶3B（DNMT3B）在乳腺癌中的表达及其对预后的影响，探究其在乳腺癌发生发展中及潜在靶点作用。方法:通过R语言程序分析TCGA乳腺癌数据库，使用UALCAN、Starbase database、cBioPortal、GeneMANIA、STRING等在线数据库分析DNMT3B在乳腺癌中的表达、诊断和预后价值、肿瘤免疫微环境、GO功能、KEGG信号通路和蛋白相互作用。采用qRT‐PCR检测DNMT3B在常见乳腺癌细胞系和正常乳腺上皮细胞间的表达差异。结果:在线数据库分析及验证实验提示DNMT3B在乳腺癌中高表达，且其高表达不利于乳腺癌患者的生存，提示DNMT3B可能具有诊断价值。通过GO功能、KEGG信号通路和蛋白相互作用以及肿瘤免疫微环境分析，提示DNMT3B参与乳腺癌发生发展的多种机制，可能成为新的治疗靶点。结论:DNMT3B能促进乳腺癌的发生并影响疾病的进展，可能是乳腺癌潜在的肿瘤标志物及治疗靶点。

目的 基于Ms2噬菌体制备内含仙台病毒(Sendai virus,SeV)RNA的假病毒装甲RNA标准质控品,以期应用于SeV感染的诊断及该病毒的分子生物学安全检测.方法 将SeV的L基因片段插入质粒pET-28b-Ms2中,构建重组质粒pET-28b-Ms2-L(SeV).将重组质粒转化感受态E.coli BL21(DE3),经IPTG诱导表达重组蛋白,即SeV假病毒装甲RNA标准质控品.将标准质控品置电镜下观察其形态,并进行10％SDS-PAGE分析、抗DNase Ⅰ及抗RNsaeA试验、稳定性分析.采用重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术对SeV、小鼠肝炎病毒(mouse hepatitis virus,MHV)、小鼠肺炎病毒(pneumonia virus of mice,PVM)、汉坦病毒(Hantaan virus,HV)、呼肠弧病毒 Ⅲ 型(reovirus type Ⅲ,ReoⅢ)、小鼠细小病毒(minute virus of mice,MVM)进行检测,验证标准质控品的效果.结果 标准质控品于电镜下呈Ms2噬菌体假病毒颗粒结构,相对分子质量约为14 000,可有效抵抗DNase Ⅰ及RNsaeA的降解.标准质控品于-80 ℃保存6个月、-20 ℃保存6个月、28 ℃保存5、10、15 d后仍具有良好的稳定性.仅SeV可见RPA特异性扩增曲线,其他病毒均未出现扩增曲线.结论 本研究构建的SeV假病毒装甲RNA标准质控品具有良好的稳定性及特异性,可作为SeV的各项分子生物学安全检测的阳性对照.

JMJD3是与肿瘤发生和发展密切相关的表观遗传修饰酶.JMJD3在胃肠道肿瘤中的表达水平存在差异,并且与患者的临床特征和预后密切相关.JMJD3通过调节肿瘤细胞的增殖、转移和侵袭等生物学行为,在胃肠道肿瘤的发生和发展中起重要作用.JMJD3可能通过调节胃肠道肿瘤干细胞特性、肿瘤免疫微环境,影响肿瘤对治疗的反应和耐药性.因此,JMJD3被认为是胃肠道肿瘤的潜在治疗靶点,针对JMJD3的治疗策略可能为胃肠道肿瘤治疗提供新的思路和方法.

目的:基于数据库中已鉴定并发表的疾病危险基因，通过生物信息学分析探究烟雾病和烟雾综合征的病理发生机制。方法:在PubMed等公共数据库搜索烟雾病、烟雾综合征基因相关研究，整理已鉴定并发表的疾病相关危险基因。借助网络工具，在基因本体数据库（包括生物学过程、细胞组分和分子功能3大类）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对基因集进行功能富集分析，构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络并筛选关键基因。结果:本研究纳入53篇烟雾病研究文献，鉴定126个烟雾病相关危险基因；纳入51篇烟雾综合征研究文献，鉴定出51个烟雾综合征相关危险基因。共计纳入177个疾病相关危险基因。基因本体功能分析：生物学过程主要富集在细胞因子及其介导通路，以及细胞的黏附、分化、迁移等活动；细胞组分主要富集在细胞表面、细胞膜及蛋白复合物、受体复合体等；分子功能主要富集在酶结合、激酶结合、磷酸蛋白结合、受体信号结合、免疫受体活动等。KEGG分析主要富集在癌症信号通路、免疫细胞分化及免疫疾病通路、病毒感染信号通路等，其中MAPK信号代谢通路、Jak-STAT信号代谢通路被显著富集。通过不同算法，在PPI网络筛选出5种关键基因：PTPN11、GRB2、ITGB3、CBL、HIF1A。结论:生物信息学分析为阐述烟雾样血管改变的病理机制提供了新的角度。烟雾病发病机制可能是以基因遗传为背景、多种环境因素共同参与的。

目的 探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白 4(leucine-rich repeat and fibronectin type Ⅲ domain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4 表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系.方法 收集 2017 年 1 月至 12 月于中山大学附属第一医院胃肠外科中心确诊并行手术治疗的胃癌患者组织标本 8 对(包含胃癌组织和癌旁正常组织),并选取 2004 年 1 月至 2005 年 12 月在同一中心行手术治疗的 117 例胃癌患者的术后组织标本制成胃癌组织芯片.分析LRFN4 在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库胃癌数据集中的表达情况,应用蛋白质印迹法及实时荧光定量聚合酶链反应检测LRFN4 在 8 对新鲜胃癌组织及癌旁正常组织中的表达,应用免疫组织化学检测LRFN4 在胃癌组织芯片中的表达.分析不同LRFN4 表达水平的胃癌患者其临床病理参数的差异.应用Kaplan-Meier法分析不同LRFN4 表达水平的胃癌患者的预后情况.应用单因素和多因素Cox回归分析法分析胃癌患者预后的影响因素.结果 LRFN4在TCGA数据库胃癌数据集的胃癌组织以及新鲜胃癌组织中呈高表达状态.LRFN4 高表达的患者,表现出更大的肿瘤大小以及更为进展的T分期、N分期、M分期和TNM分期(均P<0.05),其预后也较差(P<0.001).单因素和多因素Cox回归分析提示LRFN4 在胃癌组织中的高表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(HR=3.898,95％CI 2.273～6.686,P<0.001).结论 胃癌组织中LRFN4 高表达与患者较差的预后相关,可能成为预测胃癌患者预后的生物标志物之一.

氮沉降通常会加剧土壤磷限制,微生物和植物将采取策略抵消这种负面影响.然而,氮添加下土壤微生物和/或植物如何影响土壤生物有效磷尚不明确.基于野外氮添加实验,测定了生长季(4月)和非生长季(10月)罗浮栲林根际和非根际土壤理化性质,微生物生物量,磷酸酶活性以及根系形态和养分,并通过生物学方法量化了四种形式的生物有效磷,包括氯化钙-磷(CaCl2-P),柠檬酸-磷(CA-P),盐酸-磷(HCl-P)和酶-磷(Enz-P).研究结果表明,非生长季大多数生物有效磷表现为根际含量高于非根际,而生长季根际土壤CaCl2-P和CA-P含量显著低于非根际土壤.氮添加显著增加了生长季非根际土壤CA-P含量,同时显著降低了非生长季根际土壤CaCl2-P和Enz-P含量和显著增加了非生长季根际土壤HCl-P含量,但两个季节的总生物有效磷含量均保持不变.两个季节中,氮添加下植物细根比根长、比表面积和组织密度均存在不同程度的降低,但菌根侵染率显著增加,这说明氮添加下植物倾向于通过与菌根真菌合作而非改变根系形态来截留土壤中可直接获取的有效磷.从非生长季生物有效磷含量的动态来看,氮添加下植物根系和/或微生物通过释放质子活化矿质结合态无机磷对维持罗浮栲林土壤生物磷至关重要.总之,短期氮添加下维持了土壤有效磷的潜在供应.研究有助于进一步理解微生物和植物对低磷亚热带地区氮负荷的适应机制,可为制定缓解土壤磷限制的可持续策略提供理论依据.

慢性阻塞性肺疾病(COPD)作为一种全球性的健康负担,其高发病率、致残率及致死率已引起全球医疗界的广泛关注,随着人口老龄化、吸烟以及环境污染加剧,逐渐影响了患者的生活质量和社会经济负担.白细胞介素25(IL-25)作为一种细胞因子在多种生物学过程中发挥重要作用.研究表明,IL-25可以通过磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)信号传导途径来影响细胞的功能.具体来说,IL-25与细胞表面的受体结合后可以激活PI3K,进而引发一系列下游信号传导事件.因此,进一步深入研究IL-25、PI3K在COPD中的具体机制,对于开发新的治疗方法和改善COPD患者的预后具有重要意义.