肠道菌群是由许多细菌及其代谢产物组成的复杂生态系统,对人体消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节等诸多方面发挥着不可替代的作用.探索肠道菌群的结构与功能、关键基因与代谢产物,将有助于实现疾病的早期诊断与辅助诊断,发现新的治疗靶点与药物治疗效果评价,更好地指导抗生素的使用.肠道菌群的鉴定在临床诊疗及药物研发等领域都具有重要作用,因此,有必要对这一迅速发展的领域进行全面回顾.传统的鉴定方法无法全面捕捉肠道微生物多样性.随着分子生物学的快速发展,肠道菌群的分类鉴定也从最初的表型鉴定和化学鉴定演变到了分子水平鉴定.本综述整合了肠道菌群的主要鉴定方法及其应用评价,特别关注于分子生物学方法的研究进展,并重点介绍了高通量测序技术在肠道菌群鉴定中的应用,这种革命性的肠道菌群鉴定方法预示着人类对微生物世界认识的全新篇章.

近年来,微生物在眼部的作用日益受到重视.传统的眼部微生物鉴定主要集中于涂片、细菌培养等检查手段,但受到培养条件等各种因素限制导致阳性率低.随着人类宏基因组计划的启动实施,高通量测序技术因其通量高、灵敏度及特异性高、信息量丰富、成本低的特点可将微生物群落定义到属、种水平,有助于更好的理解眼部疾病的病因、诊断、治疗及预防,推动眼科实现精准化医疗进程.由于眼部与鼻部在解剖结构上相通,本文旨在探讨眼部和鼻部微生物菌群策略的研究进展及眼-鼻区系微生物可能的传播途径,为眼鼻相关疾病的研究提供基础.

尿路感染是肾脏移植术后最常见的感染性并发症.为了进一步降低肾脏移植术后受者尿路感染的发生率,提高中国肾脏移植术后受者尿路感染的诊疗水平,减缓细菌耐药性的发展并保证受者用药安全和有效性,中华医学会器官移植学分会组织肾脏移植专家和感染性疾病专家,结合我国肾脏移植术后尿路感染的临床现状,并参考 2022版《中国泌尿外科和男科疾病诊断治疗》和 2019 版《美国移植学会感染性疾病实践指南中实体器官移植受者的尿路感染》,从肾脏移植术后尿路感染的临床分类和定义、流行病学和病因学、诊断和治疗等方面,制定《中国肾脏移植受者尿路感染临床诊疗指南》.

目的 探讨寻常型银屑病患者皮损处细菌感染主要病原菌构成以及对抗菌药物的耐药性,指导临床合理使用抗生素.方法 收集2021年1月至2023年12月首都医科大学附属北京中医医院皮肤科住院送检的154例寻常型银屑病患者皮损处分泌物标本,分离出的菌株采用VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定及其药敏分析系统进行细菌鉴定及药敏实验,分析检出的病原菌分布特点及药敏结果.结果 寻常型银屑病患者共分离鉴定出病原菌154株,其中121株革兰阳性菌,占78.57％,30株革兰阴性菌,占19.48％,主要菌株为金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌及铜绿假单胞菌;金黄色葡萄球菌对青霉素耐药率较高,达80.82％,表皮葡萄球菌对青霉素、左氧氟沙星耐药率较高,分别为86.96％、73.91％,溶血葡萄球菌对环丙沙星、左氧氟沙星、青霉素高度耐药,均为100％,铜绿假单胞菌对喹诺酮类、氨基糖苷类、碳青霉烯类、头孢类抗生素均未呈现出耐药现象;73株金黄色葡萄球菌中耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA)检出率10.96％(8/73).结论 寻常型银屑病患者皮损处细菌感染的病原菌以金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等革兰氏阳性细菌为主,对青霉素、左氧氟沙星耐药率较高,伴随一定比例的MRSA感染.

金黄色葡萄球菌(金葡菌)是常见人类致病菌之一。既往报道以杀白细胞素(Panton-Valentine Leukocidin，PVL)为代表的毒力蛋白为细菌侵袭人体后的重要致病因子。随研究不断深入，目前有学者认为 pvl基因的存在对金葡菌致病力影响较小。本文旨在回顾并总结近年关于 pvl特点、分子流行病学、致病性及争议之处的相关研究。

目的:探讨某三级综合医院的泌尿道感染病原菌分布及耐药性，为临床合理使用抗菌药物及院内感染监控提供指导。方法:从本院检验系统中筛选2019年1月1日至2021年12月31日泌尿道感染患者的4 748例尿标本培养结果，回顾性分析其病原菌分布及耐药性。结果:4 748例尿培养标本共分离出1 026株病原菌，其中革兰阴性菌812株(79.14%)，革兰阳性菌210株(20.47%)，真菌4株(0.39%)。病原菌占比前5位分别是大肠埃希菌610株(59.45%)、屎肠球菌81株(7.89%)、粪肠球菌76株(7.41%)、肺炎克雷伯菌60株(5.85%)、彭氏变形菌51株(4.97%)；大肠埃希菌对碳青霉烯类的耐药率<2%，对阿米卡星、哌拉西林/他唑巴坦的耐药率<10%；粪肠球菌对氨苄西林、呋喃妥因的耐药率<10%，屎肠道球菌对青霉素类、喹诺酮类、红霉素等的耐药率>90%，粪肠球菌对青霉素类、呋喃妥因的耐药率<10%，未检出对万古霉素、利奈唑胺、替加环素耐药的菌株。结论:泌尿道感染病原菌以大肠埃希菌为主，其次为屎肠球菌、粪肠球菌。菌群分布及耐药性监测有利于掌握本地区病原菌的流行病学特点，可降低和控制细菌耐药进展。

目的:构建针对大肠埃希菌的重组发光噬菌体（HT7），并评估其对大肠埃希菌的鉴定能力。方法:首先通过基因工程构建小向导RNA表达质粒pCRISPR-sg（1~10）和PFN-1000同源重组质粒菌株，并用双层平板筛选切割效率最高的小向导RNA（sgRNA）；采用同源重组与规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）系统联合介导的基因编辑技术，将Nanoluc萤光素酶基因整合入T7噬菌体10A基因下游的非编码区，并成功构建发光噬菌体HT7；通过噬菌斑实验和液体扩增实验评估HT7噬菌体与T7噬菌体生物特性差异；此外用2022年1月至2023年6月解放军总医院第一医学中心临床采集分离的51株大肠埃希菌、20株肺炎克雷伯菌、14株金黄色葡萄球菌、6株屎肠球菌、5株粪肠球菌、3株鲍曼不动杆菌和1株铜绿假单胞菌评估HT7噬菌体的检测专一性和检出限。结果:构建的10个CRISPR靶向切割系统中，sgRNA8靶标的切割效率最高，成斑效率为0.18；噬菌体经pCas9/pCRISPR/PFN-1000 3质粒系统3轮重组筛选后，PCR验证均为2 798 bp的重组噬菌体条带，说明成功构建了HT7噬菌体。重组噬菌体在裂解效率（ P<0.001）、一步生长曲线（ P=0.001）、感染复数（ P=0.031）的生物特性分析中，均有显著差异，裂解暴发点和对数生长节点均延长了10 min，最佳感染复数为0.1；临床样本测试，可识别裂解6株大肠埃希菌，其余菌株均不裂解，4.5 h内可检出低于10 CFU/ml的病原菌。 结论:成功开发了一种高效的噬菌体基因编辑系统，并成功构建发光噬菌体HT7，该噬菌体在4.5 h内能特异性检测出低于10 CFU/ml的大肠埃希菌，且对其他菌株无裂解作用，显示出良好的检测专一性和低检出限。

目的:探讨食管癌根治术后病原菌分布情况及发生肺部感染的影响因素。方法:采用回顾性病例对照研究方法。收集2021年1月至2022年12月长治医学院附属和平医院收治的555例行食管癌根治术患者的临床资料；男344例，女211例；年龄为（64±8）岁。观察指标：（1）术后发生肺部感染及病原菌分布情况。（2）术后发生肺部感染影响因素分析。正态分布的计量资料以 x±s表示，组间比较采用 t检验。计数资料以绝对数或百分比表示，组间比较采用 χ2检验，等级资料比较采用非参数检验。单因素分析根据资料类型采用对应的统计学检验方法。多因素分析采用Logistic逐步回归模型前进法。 结果:（1）术后发生肺部感染及病原菌分布情况。555例患者中，91例术后发生肺部感染，发生率为16.40%（91/555）。91例术后发生肺部感染的患者中，共分离培养细菌59株，其中革兰氏阴性菌53株，革兰氏阳性菌 3株，真菌3株，包括多重耐药菌20株。53株革兰氏阴性菌中，鲍曼不动杆菌18株（12株多重耐药），肺炎克雷伯菌18株（3株多重耐药），铜绿假单胞菌6株（2株多重耐药），大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、流感嗜血杆菌各2株（2株大肠埃希菌和1株阴沟肠杆菌多重耐药），粘质沙雷菌、克氏柠檬酸杆菌、纹状棒杆菌、奇异变形菌、产酸克雷伯菌各1株。3株革兰氏阳性菌中，金黄色葡萄球菌2株，肺炎链球菌1株。3株真菌均为白色假丝酵母菌。18株鲍曼不动杆菌中，对亚胺培南、头孢曲松、头孢他啶、头孢哌酮或舒巴坦、环丙沙星、阿米卡星、左氧氟沙星的耐药情况分别为12、12、11、9、8、6、5株；18株肺炎克雷伯菌的上述指标分别为0、1、1、1、2、0、2株。（2）术后发生肺部感染影响因素分析。多因素分析结果显示：肿瘤病理学分期为Ⅱ期和Ⅲ期、术前住院时间≥6 d、手术时间≥240 min、手术方式为开胸手术、围手术期抗菌药物使用种类≥3种、术后抗菌药物使用时间≥5 d是患者术后发生肺部感染的独立危险因素（ P<0.05）。 结论:食管癌根治术后肺部感染病原菌主要为鲍曼不动杆菌和肺炎克雷伯菌。肿瘤病理学分期为Ⅱ期和Ⅲ期、术前住院时间≥6 d、手术时间≥240 min、手术方式为开胸手术、围手术期抗菌药物使用种类≥3种、术后抗菌药物使用时间≥5 d是患者术后发生肺部感染的独立危险因素。

目的:探讨骨科创伤患者院内创面多重耐药菌（MDRO）感染的相关危险因素。方法:采用回顾性病例对照研究分析2020年1月至2020年12月四川大学华西医院收治的95例骨科院内创面感染患者临床资料，其中男71例，女24例；年龄14～70岁［（42.6 ± 13.8）岁］。发生MDRO感染38例（MDRO组），未发生MDRO感染57例（非MDRO组）。观察创面感染的病原学特征。采用单因素分析比较两组患者基线资料（性别、年龄、住院时间、慢性合并症）、受伤诊治情况（是否外院转入、是否急诊入院、受伤至首次处理时间、是否开放性损伤、是否合并骨折、创面是否污染、创面深度、是否入住ICU、手术次数、累计手术时间、切口类型、确诊感染前住院时间、使用抗生素种类、是否使用激素/免疫抑制剂、入院时血红蛋白、入院时血清白蛋白、入院时血糖）。采用二分类Logistic回归分析MDRO感染发生的独立危险因素。结果:创面共检出119株致病菌，其中革兰阳性球菌21株（18%），革兰阴性杆菌91株（76%），其他7株（6%）；菌株类型前五位依次为鲍曼不动杆菌、阴沟肠杆菌、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌。单因素分析显示，两组间住院时间、创面是否污染、是否入住ICU、确认感染前住院时间、使用抗生素种类、入院时血红蛋白、入院时血清白蛋白差异有统计学意义（ P < 0.05）；性别、年龄、高血压、糖尿病、是否外院转入、是否急诊入院等因素，差异无统计学意义（ P > 0.05）。多因素Logistic回归分析显示，住院时间长（ OR = 1.033， 95%CI 1.005～1.061， P < 0.05）、受伤至首次处理时间 > 6 h（ OR = 4.282， 95%CI 1.174～15.616， P < 0.05）、使用抗生素种类 ≥ 3种（ OR = 7.486， 95%CI 2.451～22. 863， P < 0.05）、入院时低血红蛋白值（ OR =0.973， 95%CI 0.962～0.985， P < 0.05）与MDRO感染显著相关。 结论:住院时间、受伤至首次处理时间、使用抗生素种类、入院时血红蛋白值均为骨科创伤患者院内创面MDRO感染的独立危险因素。提示对于骨科创伤患者，控制住院时间、尽量缩短首次伤口处理时间、个体化合理使用抗生素并及时纠正贫血是防治创面MDRO感染的重要措施。

近年来随着多重耐药菌流行率的增长，糖尿病足合并多重耐药菌感染已成为目前临床医生及患者共同面临的巨大难题之一。糖尿病足极易并发多重耐药菌感染，越来越多的证据表明，溃疡类型、溃疡等级、溃疡面积、抗生素治疗史、既往住院史、骨髓炎、增殖性视网膜病变等是糖尿病足合并多重耐药菌感染的危险因素。这些多重耐药菌中以耐甲氧西林金黄色葡萄球菌及产超广谱β-内酰胺酶细菌最常见。合并多重耐药菌的感染，会对糖尿病足溃疡患者的截肢率与死亡率等临床结局产生一定的影响。因此，重视糖尿病足合并多重耐药菌感染，了解其危险因素对预防感染发生，指导临床治疗及改善临床结局有着重要的意义。