目的:探讨线粒体DNA（mtDNA）控制区D环（D-loop）的突变与瘢痕疙瘩的相关性。方法:收集2016—2019年昆明医科大学第一附属医院皮肤科门诊瘢痕疙瘩患者216例，提取患者外周血总DNA及25例患者的瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织的总DNA。以云南大学附属医院体检中心无瘢痕疙瘩的健康体检者299例外周血样本数据作为对照。对mtDNA D-loop区进行PCR扩增及Sanger测序，并与修正后的剑桥参考序列（rCRS）比对，获得每个样本的突变位点。根据Phylotree-mtDNA tree Build 17，对2组人群进行单倍型类群划分。比较瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织及自身外周血mtDNA的D-loop区突变。使用network 5.0软件制作中介网络图，采用二元logistic回归分析单倍型类群频率与瘢痕疙瘩发病的相关性， χ2、 t及 t′检验分析临床数据。 结果:216例瘢痕疙瘩患者mtDNA可划分为10个单倍型类群：A、B、D、R9、G、M*、M7、M8、M9、N9，其中R9分布频率最高（21.3%，46/216），M9分布频率最低（0.9%，2/216）。瘢痕疙瘩患者的单倍型类群M7和N9的分布频率均显著低于对照人群（ P=0.040， OR=0.248，95% CI：0.066~0.937； P=0.048， OR=0.191，95% CI：0.037~0.986）。中介网络图显示，瘢痕疙瘩患者和对照人群的单倍型类群M7具有不同的分布模式。单倍型类群M7患者的发病部位数比非M7患者少（ P=0.000 1），且发病年龄比非M7患者小（ P=0.045）。 结论:单倍型类群M7与瘢痕疙瘩的发生具有相关性，可能是瘢痕疙瘩发生的潜在保护性因素。

线粒体作为独立存在于细胞核外唯一具有DNA的代谢性细胞器，在结直肠癌的发生发展过程中起到重要的作用。而结直肠癌与线粒体DNA(mtDNA)的相关性研究亦层出不穷，mtDN控制区(D-loop)作为其转录与复制的起始位点成为该研究领域的热点之一。本文试从D-loop区的突变、多态性、甲基化、微卫星不稳定以及拷贝数改变等方面综述其与结直肠癌相关性研究进展。目前的研究证明肿瘤D-loop区突变的存在与不良预后相关，且可作为Ⅲ期结直肠癌患者术后辅助化疗效应的预测因子。高变区段1(HV1)中核苷酸16290T的次要单倍型和核苷酸16298T的频繁单倍型与结直肠癌的高生存率相关，其中16 290位点的多态性被认定可作为结直肠癌预后的独立预测因子。该区域的去甲基化可能参与到mtDNA拷贝数和NADH脱氢酶亚单位2(ND-2)表达的调节，且其微卫星不稳定(mtMSI)与基于氟尿嘧啶的辅助化疗的耐药性及不良预后相关。D-loop区作为mtDNA的重要转录起始区域，深入而全面的研究势必有助于我们了解其在结直肠癌的发病以及进展过程中的作用，并进一步为临床的诊断、治疗提供指导。

目的 探讨线粒体D环(D-loop)控制区多态位点及线粒体DNA单倍群与中国汉族人群散发性帕金森病(PD)之间的关系.方法 收集中国西南地区四川汉族人群散发性PD患者 219 例和无关健康对照 233 例.随后采用聚合酶链式反应(PCR)和sanger测序的方法对线粒体D-loop非编码控制区进行测序.根据酶切和测序结果 将样本划分到不同单倍群.采用二元Logistic回归的方法分析各单核苷酸多态性(SNPs)及单倍群与四川地区散发性PD发病风险的相关性.结果 线粒体D-loop控制区测序的结果一共检测到338 个变体,包含突变、插入和缺失.有 54 个变体频率>5%,其中包括有 49 个SNP位点、2 个缺失和3 个插入.携带D-loop区变体数量与PD的发病风险无关(P>0.05).5 个SNPs表现出与PD具有显著关联:320C/T(P=0.021,OR=0.404,95%CI=0.187～0.872)、16140T/C(P=0.042,OR=2.430,95%CI=1.033～5.714)、16189T/C(P=0.001,OR=0.486,95%CI=0.312～0.755)、16224T/C(P=0.001,OR=0.138,95%CI=0.043～0.442)、16290C/T(P=0.002,OR=0.198,95%CI=0.073～0.539),差异具有统计学意义(P<0.05).PD病例和对照之间未检测到线粒体单倍群频率的差异.通过分层分析发现,男性中单倍群R9(P=0.045,OR=0.396,95%CI=0.160～0.980)和单倍群F(P=0.038,OR=0.354,95%CI=0.132～0.945)在两组之间存在显著性差异(P<0.05).在女性中,单倍群M7(P=0.016,OR=0.260,95%CI=0.087～0.779)在PD与对照组之间也具有显著性差异(P<0.05).结论 线粒体DNAD-loop区变体及单倍群与四川地区汉族人群散发性PD的发病风险存在相关性.

目的 测定和注释装饰短蚋(Simulium ornatum)线粒体全基因组序列,并在线粒体基因组水平上分析短蚋亚属与蚋亚属、纺蚋亚属之间的系统发育关系.方法 采用长PCR扩增加引物步移法和总DNA测序法对装饰短蚋线粒体全基因组序列进行扩增测序,应用邻接法重建装饰短蚋与其近缘物种的系统发育关系.结果 装饰短蚋线粒体基因组序列全长为 15640 bp,包括 13 个蛋白质编码基因(PCGs)、2 个rRNA基因、22 个tRNA基因及 1 个控制区(CR),A、T、C、G碱基含量分别为38.1%、36.4%、14.7%、10.8%;基于 13 个PCGs序列构建的系统发育关系表示为{[(S.ornatum+S.variegatum)+S.maculatum]+S.aureohirtum}+S.quinquestria-tum,基于DNA条码序列构建系统发育关系表示为{[(S.ornatum+S.variegatum)+S.quinquestriatum]+S.maculatum}+S.aureohirtum.结论 短蚋亚属与蚋亚属杂色蚋组(variegatum group)的亲缘关系最近,利用线粒体全基因组进行系统发育分析DNA条码序列具有更高的分辨率.

目的:川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)是我国特有珍稀物种,其粪便作为一种非损伤性样品,为珍稀濒危动物的种群数量调查、遗传多样性评价、亲缘关系、系统进化等研究带来了很大便利,本研究试图建立高效、简便的粪便样品保存方法.方法:在现有珍稀濒危动物粪便样品保存方法的基础上,分别使用干燥法、冷冻法和干燥-冷冻法保存川金丝猴的粪便样品,比较了不同保存方法的DNA提取效果,以及对mtDNA控制区片段的PCR扩增成功率和微卫星基因的PCR扩增效率.结果:干燥法、冷冻法和干燥-冷冻法三种不同保存方法保存粪便1周时间后,提取的粪便DNA样本扩增mtDNA片段的成功率均为92％,微卫星基因的扩增成功率分别为79％、78％、80％;保存2个月后,mtDNA片段扩增成功率分别为80％、76％和80％,微卫星基因扩增成功率分剐为65％、61％、67％;保存6个月后,mtDNA片段扩增成功率分别为56％、52％和64％,微卫星基因扩增成功率分别40％、34％、46％.因此,随着保存时间的增长,三种方法的保存效率都将明显降低,但干燥-冷冻法得到的DNA样本扩增成功率相对较高.结论:粪便样品能够为川金丝猴的遗传多样性评价等相关研究提供有效信息,干燥-冷冻法保存能够更为有效的保证DNA的提取和基因扩增效率.

测定了采自长江口和杭州湾交汇海域的一头死亡大型须鲸骨骼标本的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列(Control region) 976 bp(登录号MF781125)、细胞色素C氧化酶Ⅰ基因(CO Ⅰ)序列642bp(登录号MG010134)和Cyt b序列307 bp(登录号MG010133).通过与GenBank已发表的同源序列blast结果表明,与美国加利福尼亚海域长须鲸(Balaenoptera physalu)的控制区序列相似度达99％,仅在756 bp处有一个碱基T和C转换的差异;基于HKG+G模型,使用UPGMA聚类分析法和最大似然法(ML)构建的系统发育树与blast结果一致,故将标本鉴定为长须鲸,推测该个体来源于北太平洋.获取的细胞色素C氧化酶Ⅰ和Cyt b序列存在多个终止密码子,无法获取同源性较高的序列,推断可能为线粒体假基因.

为评价圈养及野生藏酋猴Macaca thibetana子代遗传多样性的差异,本研究利用藏酋猴线粒体控制区(mtDNA D-loop)全长序列,对四川省金阳地区野生亲本及子一代、马边地区野生亲本及圈养繁殖子一代共102只个体开展了遗传结构变异分析.结果显示,藏酋猴mtDNA D-loop的序列长度为1 091 bp,包括115个变异位点,66个单倍型,其中,马边种群亲本与子一代共享2个单倍型,金阳种群亲本与子一代共享1个单倍型.马边种群2个世代个体的核苷酸多态性分别为0.004 77和0.00409;而金阳种群2个世代个体的核苷酸多态性分别为0.002 30和0.002 78,子一代与亲本的遗传多样性差异无统计学意义,均处于较低水平.马边和金阳地区子一代与亲本之间的遗传距离分别为0.024 09和0.002 55,表明圈养和野生条件下的子一代与亲本间均未出现明显的遗传分化.根据D-loop全长序列所构建的邻接(NJ)树显示,金阳或马边地区的不同世代个体在NJ树上互相交叉,未形成独有的进化支,说明无论自然条件下的随机交配还是圈养繁育的人为选择压力均没有对藏酋猴种群的遗传结构造成大的影响.本研究首次利用mtDNA D-loop全长序列分析藏酋猴野外与圈养繁殖的亲本与子一代间的遗传差异,为藏酋猴实验动物遗传控制标准化提供数据支持.

异鳔鳅鮀(Xenophysogobio boulengeri)是长江上游特有鱼类,目前主要分布在长江上游干流及岷江江段,近年来其资源量呈显著下降趋势.本研究采用线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,分析江津、南溪、犍为和水富4个群体共178尾异鳔鳅鮀的遗传多样性.结果表明:异鳔鳅鮀线粒体控制区序列共检测出38个变异位点,定义41个单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.817和0.002;分子方差分析(AMOVA)显示总群体间无显著遗传分化,绝大部分变异来自群体内部;但基因流(Nm)分析显示部分群体间基因交流受到阻碍,两两群体间的FST值支持部分群体间出现初步分化;错配分布及中性检验表明,异鳔鳅鮀在历史上曾发生过群体扩张事件,发生群体扩张的时间是0.0173 Ma;单倍型网络结构及NJ系统发育分析显示异鳔鳅鮀遗传结构比较单一.基于上述结论,应将异鳔鳅鮀作为一个整体进行就地保护.

目的:探知克里雅人线粒体DNA(mtDNA)遗传结构和遗传多样性,构建人群mtDNA遗传数据库.方法:运用二代测序技术对70个来自达里雅布依的克里雅人mtDNA基因组全序列进行了测序和分型.结果:70个个体共检出变异位点256处,控制区变异位点71处,编码区变异位点185,其中多态性位点245处.A263G、A750G、A4769G、A8860G、A15326G5个位点变异率为100％.界定了20种单倍型,高频率单倍型有F1a1 (15.7％)、M8a2a1(12.9％)、H1t(11.4％)、M11a2(10.0％).主成分分析结果表明:克里雅人与维吾尔族相聚的最近,与藏族和壮族相离较远,且中亚各人群相聚的较近.多态性指标显示,克里雅人π=0.1827、HD=0.9264、DP=0.9132,遗传多样性丰富.人群邻接系统进化树结果揭示,克里雅人与新疆维吾尔族人群亲缘关系最近,与藏族人群亲缘关系远.结论:克里雅人mtDNA遗传结构与维吾尔族人群最接近、亲缘关系最近,具有明显的亚欧混合现象.这与丝绸之路贸易的兴起-昌盛-衰落伴随着人群交流密不可分,是人群长期基因融合的结果.

为研究广西主养区域逃逸罗非鱼的遗传多样性,本研究对广西玉林、南宁、钦州、贵港、防城港、北海的六个地理群体的尼罗罗非鱼线粒体D-loop序列进行了分析比较.通过聚合酶链式反应(PCR)和测序,获得了广西玉林、南宁、钦州、贵港、防城港、北海等六个地理群体的尼罗罗非鱼线粒体D-loop序列,采用序列比对和构建系统进化树等生物信息学分析方法探讨了不同地区尼罗罗非鱼线粒体D-loop的多样性.测序结果表明,在得到的线粒体D-loop区序列中,四种碱基A、G、T、C的平均比例分别为32.05％、20.79％、33.19％和13.97％,其中碱基C含量最低,碱基T含量最高.C+G(34.75％)的含量明显低于A+T(65.25％)的含量.共检测到140个变异位点,其中转换为79个,颠换为42个,19个插入(缺失)位点.碱基替换与插入(缺失)的比为6.39.在所测得的罗非鱼D-loop序列中成功识别保守序列CSB-2,CSB-3和相似序列CSB-1.系统进化分析表明,南宁地区罗非鱼的遗传距离值相对其它地区的遗传距离值较小,序列与参考序列最为接近,说明该区域罗非鱼的遗传分化程度最低;钦州地区逃逸尼罗罗非鱼的遗传距离相对其它地区间遗传距离值较远,在系统发育树中钦州地区罗非鱼也聚为整一小枝,说明钦州地区罗非鱼较其它区域有明显的遗传分化.