肾移植患者需要服用多种免疫抑制剂抗排斥治疗，是各类感染的高危人群。罕见病原体感染、混合感染是诊断及治疗的难点，抗生素覆盖病原微生物不准确和血药浓度不足均会影响疗效，增加病死率，及时且精准的鉴定病原微生物至关重要 [1]。现阶段病原微生物检测最常见的方法是体液涂片和培养，组织病理学检查是侵袭性真菌感染确诊的金标准，聚合酶链式反应（PCR）能够快速、准确、高灵敏度的找到特定感染病原体，抗原抗体检测可区分急性和既往感染。但体液培养耗时长、灵敏度差、抗生素治疗后送检标本的阳性率更低。怀疑侵袭性真菌感染时，并非所有患者都能获取感染组织标本送检组织病理学检查。PCR难以发现未知病原微生物。免疫抑制患者的病原微生物抗体检测，诊断效率亦欠佳 [2]。宏基因组二代测序技术（mNGS）可直接提取送检样本中全部微生物的核酸进行高通量测序，快速且客观的检测样本中的病原微生物，广覆盖、无偏倚、无需假设。近年来已广泛应用于急危重症和免疫缺陷患者感染的鉴别诊断中 [3,4]。本文报道1例肾移植患者，间断发热1个月，右侧鼻翼及鼻腔丘疹样溃疡形成，双侧眼睑粘膜红肿，CT见两肺大片状及结节样实性密度影，通过mNGS鉴定出马尔尼菲蓝状菌、烟曲霉、哥伦比亚分枝杆菌混合感染，调整抗生素后病情好转，现进行分析总结。

目的:研究海盐弗朗西斯菌( Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。 方法:纳入GenBank数据库中的相关基因组数据，对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析，分析16S rRNA基因、 rpoB基因、 mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性，基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌( Francisella philomiragia) ATCC 25015 T为参考，采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。 结果:海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现， mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示，基于16S rRNA基因和 mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种，但 mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因，主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外，8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因 blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力，与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015 T相近。 结论:海盐弗朗西斯菌是一种致病能力与蜃楼弗朗西斯菌相近的罕见病原体， mdh基因可作为快速鉴定海盐弗朗西斯菌的分子靶标。

弓形虫病是一种少见但可能致命的机会性寄生虫感染，可发生于异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）受者。移植后任何时间都可能发病，中位发病时间为术后2个月。弓形虫肺部感染非常罕见，预后非常差，病死率极高，弓形虫病的影像学表现与耶氏肺孢子菌肺炎（PJP）类似；确诊通常需要证实组织或体液中存在速殖子。弓形虫感染无特征性的临床症状及体征、病原体镜检阳性率不高、形态难以鉴别，因此需要提高警惕，更强调预防。对于allo-HSCT患者，推荐从植活到整个免疫抑制治疗期间持续给予复方磺胺甲唑（SMZco）进行预防性治疗。本文报道两例通过宏基因组二代测序（mNGS）技术确诊的移植后弓形虫感染病例并进行文献复习。

肺真菌病是一种病死率较高的肺部炎症性疾病，其临床表现缺乏特异性，早期诊断困难。传统的真菌检测方法的检出率和诊断准确性受到一定限制。高通量测序又称为下一代测序技术或二代测序技术，是一种新型的病原体检测手段，可以同时检测多个微生物的核酸序列，从而具有在混合感染和罕见真菌感染的诊断中更有优势的特点。高通量测序技术仍存在局限性，需要结合临床区分定植菌和致病菌。

产免疫分枝杆菌是一种罕见的非结核分枝杆菌，属于快生长型分枝杆菌，可引起皮肤感染、角膜炎、导管相关感染、慢性肺炎和脓毒症等，其感染多发生在美洲，国内诊治经验很少。本文报道1例由产免疫分枝杆菌引起的全身多发皮肤软组织感染病例，经培养、质谱鉴定和宏基因组二代测序检测明确病原体，最终参考抗菌药物敏感性试验结果，通过联合抗分枝杆菌治疗取得了良好疗效。面对罕见感染病例，临床微生物实验室采用全面的诊断方法和应用新技术对于精准诊治具有重要价值。

宏基因组下一代基因测序（mNGS）能够无偏倚分析患者样本中全部微生物和宿主基因含量，被越来越多地用于诊断罕见、复杂和严重感染性疾病。此外，mNGS在病原体亚型分类、耐药性、毒力分析以及病原体与宿主发育相关性等方面也有广阔的应用前景。因感染人类免疫缺陷病毒（HIV）所致患者因免疫缺陷诱发的眼部机会性感染会严重破坏眼部组织结构和功能，是危及视力，导致患者失明的重要原因。HIV眼病的致病微生物包含细菌、病毒、真菌、螺旋体或寄生虫等。HIV患者机会性感染临床症状和体征多变，甚至存在混合感染，难以鉴别，而传统病原学检测由于眼球体积小、眼内液细胞含量少而取样困难，且特异性差，故应用受限。mNGS相比传统检测方法，可以小样本、快速、准确识别眼内感染的全部病原体并对病原体毒力、耐药性等做出分析。笔者将按病原体分类介绍mNGS在对并发眼内机会性感染的HIV患者进行无偏倚微生物检测分析中的应用。

马红球菌是人类机会致病菌，偶见于艾滋病或恶性肿瘤患者。非艾滋病患者肺部感染该菌并形成占位性病变非常罕见，临床、影像及病理医师对其普遍认识不足，易误诊为各种肿瘤。本文报道1例患有自身免疫性贫血的患者，因咳嗽行胸部CT检查发现右肺下叶占位性病变，考虑恶性病变可能性大，遂行外科手术切除。镜下组织学和免疫组织化学提示病变由大量增生的组织细胞构成。特殊染色、电镜均查见组织细胞胞质内含有大量的短棒状杆菌。最后经微生物宏基因组二代测序以及微生物培养确诊该病原体为马红球菌。

非免疫缺陷患者患中枢神经系统曲霉病在临床罕见，其实验室检查结果及影像学表现缺乏特异性，临床诊断较困难，易被漏诊或误诊。本研究2例非免疫缺陷的中枢神经系统感染患者通过脑脊液宏基因组学二代测序诊断为曲霉感染，经规律抗真菌治疗后，患者临床症状好转，中枢神经系统感染病灶稳定。临床上需尽早识别病原体，及时、有效治疗以降低病死率。

化脓性骨髓炎是病原体侵犯骨髓所致的一类感染性疾病，感染途径包括血流播散、邻近组织感染的直接蔓延、手术或创伤致骨髓直接感染。肾衰竭患者需要接受血液透析、腹膜透析等肾脏替代治疗。感染是血液透析患者严重的并发症，但发生化脓性骨髓炎者罕见。复旦大学附属华山医院收治了一例耐甲氧西林金黄色葡萄球菌致化脓性骨髓炎的血液透析患者，表现为低热伴右侧大腿疼痛、C反应蛋白和血常规均正常，万古霉素治疗有效。

黏质沙雷菌属肠杆菌科，是一种重要的条件致病性革兰阴性菌。该菌广泛分布于自然界中，是水、土壤、植物和动物中的常居菌群，通常很少引起感染，但在机体免疫力低下的患者中，可导致呼吸道、泌尿道等部位感染，甚至会引起医院感染的爆发。本文报道1例黏质沙雷菌致腹膜透析相关性腹膜炎的罕见病例并结合文献复习，总结该病原体导致腹膜炎的临床特点和治疗转归，为临床决策提供依据。