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特殊复杂染色体重排1例男性携带者的遗传学分析与PGT-SR助孕结局
编辑人员丨2天前
目的:探讨1 例特殊染色体复杂重排(CCR)男性携带者的临床特征、遗传学特征与胚胎植入前染色体结构重排筛查(PGT-SR)的助孕结局.方法:通过改良高分辨G显带技术和低深度高通量全基因组测序技术(WGLCS)分别对该男性患者的细胞染色体核型和分子核型进行分析.此外,利用二代测序技术(NGS)对该男性患者进行单精子染色体拷贝数(CNV)分析和 PGT-SR 助孕.结果:该男性患者核型为:46,XY,der(5)inv(5)(q14.3q23.2)t(5;14;11)(q23.2;q31.1;q21),der(11)t(5;14;11);der(14)t(5;14;11),其易位断点位于基因间区.单精子测序结果显示该男性精子中20.0%(7/35)为正常单倍体.PGT-SR结果显示正常/平衡的胚胎比率为25.0%(4/16),经过2 次冷冻的单囊胚移植后,夫妇成功活产一健康男婴.此外,对已报道的男性CCRs携带者进行了文献回顾,总结了其正常/平衡精子比率和PGT-SR结局.结论:本研究提示男性CCRs携带者的正常单倍体精子比率可能高于理论预测,通过PGT-SR可有效改善其妊娠结局,在遗传咨询方面为他们提供了有价值的数据.
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编辑人员丨2天前
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口腔鳞状细胞癌免疫相关预后风险模型的构建与验证
编辑人员丨2天前
目的:分析口腔鳞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)中差异表达的免疫相关核心基因,构建OSCC患者的免疫相关预后风险模型.方法:对癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库内的OSCC患者RNA测序数据进行加权基因共表达网络分析,识别免疫相关模块和关键基因.采用单因素Cox回归分析和生存分析,筛选与免疫预后相关的核心基因,构建OSCC的免疫相关预后风险模型;进一步采用Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线和来自外部GSE41613数据集评估该预后风险模型的预测能力.应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测OSCC患者肿瘤组织样本中8个免疫预后核心基因的表达,计算风险评分,评估该评分与肿瘤浸润深度间的相关性.采用SPSS 21.0软件包对数据进行统计学分析.结果:成功构建基于8个免疫预后核心基因(CSF2RA、CLEC4C、COL5A3、CTSG、EDNRA、GPC4、GUCY1A2和ANGPT2)的口腔鳞癌预后风险模型.Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线和外部GSE41613数据集验证显示,该模型具有良好的预后预测效能.基于该模型计算的OSCC患者的风险评分与肿瘤浸润深度呈正相关,表明该模型同时具有预测OSCC潜在风险的能力.结论:基于8个免疫预后核心基因构建的预后风险模型具有预测OSCC患者预后的能力,有望成为口腔鳞癌免疫防治的重要参考.
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编辑人员丨2天前
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一例22q12.1-q13.3重复患儿的遗传学分析
编辑人员丨2天前
目的:对1例先天性心脏病合并腭裂等畸形的新生儿进行遗传学分析。方法:应用常规G带对患儿及其父母外周血染色体进行核型分析,用低深度全基因组高通量测序技术(low-coverage massively parallel copy number variation sequencing, CNV-seq)对患儿及其父母进行拷贝数变异(copy number variants, CNVs)分析。结果:患儿核型为46, X, add (Y) (q11.23),Y染色体长臂存在不明来源的染色体片段,CNV-seq结果为seq[hg19]22q12.1q13.3(29 520 001~51 180 000)×3。父母核型及CNV-seq结果均正常。结论:患儿Y染色体上的不明来源染色体片段为22q12.1-q13.3重复区域,属新发变异,患儿异常表型为其所导致。CNV-Seq与核型分析技术相互补充,明确诊断,为遗传咨询提供精准指导。
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编辑人员丨2天前
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多组学分析揭示瘢痕形成和创面再生愈合中的不同分子轨迹
编辑人员丨2天前
再生是组织修复的“圣杯”,但皮肤损伤通常会产生纤维化的、无功能的瘢痕。如何通过再生治疗避免创面愈合后形成瘢痕,需要对损伤到纤维化或再生进程中的分子过程进行深度理解。该文报道了导致皮肤创面细胞瘢痕化或再生的不同分子事件,从转录(单细胞RNA 测序)、蛋白质(timsTOF蛋白质组学)和组织(ECM 超微结构分析)水平上刻画了瘢痕形成与YAP抑制下的创面再生;利用单细胞表面标记,整合长时程多模态数据来揭示纤维化和再生愈合的分子轨迹。结果表明,阻断YAP 机械转导可通过激活Trps1和Wnt信号的Fb实现再生修复。最后,作者通过体内实验进行创面基因敲除和过表达,确定Trps1 是必要的和部分充分的创面再生关键调控基因。该研究建立了一个成年哺乳动物创面再生的分子生物学、细胞生物学以及蛋白质图谱,为未来研究皮肤创面再生与阻断纤维化瘢痕形成提供了广泛的研究资源。
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编辑人员丨2天前
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环状RNA翻译能力在胶质瘤中的研究进展
编辑人员丨2天前
环状RNA是一类具有共价闭环结构的单链非编码RNA。联合深度测序、生物信息学和分子生物学方法的研究证实,环状RNA具有翻译功能,其编码的蛋白质或多肽能够调控胶质瘤的发生、进展和放化疗抵抗等恶性生物学行为。本文综述了环状RNA的生物发生、功能机制,尤其是翻译机制和相关研究方法,并系统总结了环状RNA的翻译功能在胶质瘤领域的研究进展,以期为胶质瘤发病机制的研究和临床治疗提供参考。
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编辑人员丨2天前
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陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒基因特征分析
编辑人员丨2天前
目的:分析陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒(EA H1N1 SIV)的基因特征。方法:采集患者咽拭子标本,接种MDCK细胞进行病毒分离获得毒株,采用全基因组深度测序方法获得分离株的8个基因节段序列,通过GenBank数据库中Blast程序进行核苷酸同源性分析,构建系统进化树,分析病毒基因特征。结果:病例咽拭子标本经实验室确诊为EA H1N1 SIV,后分离毒株命名为A/Shaanxi-Weicheng/1351/2022(H1N1v)。同源性分析显示,该分离株的PB2、NP、HA、NA和M基因均与A/swine/Beijing/0301/2018(H1N1)核苷酸同源性最高,分别为98.29%、98.73%、97.41%、97.52%和99.08%。进化树显示,该分离株属于G4基因型EA H1N1 SIV,其中PB2、PB1、PA、NP和M基因来自pdm/09 H1N1,HA和NA基因来自EA H1N1,NS基因来自三源重配H1N1。其HA蛋白裂解位点为IPSIQSR↓G,为低致病性流感病毒的分子特征。NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变。PB2蛋白701N、PA蛋白P224S突变、NP蛋白Q357K突变、M蛋白P41A突变和NS蛋白92D均说明其对哺乳动物的适应性增强。结论:该患者为陕西省首例人感染G4基因型EA H1N1 SIV病例,该病毒为低致病性,但其对哺乳动物的适应性增强,需要加强对此类SIVs的监测。
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编辑人员丨2天前
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CNV-seq产前诊断重度胎儿生长受限的Wolf-Hirschhorn综合征1例
编辑人员丨2天前
目的:对1例超声提示重度胎儿生长受限的胎儿行介入性产前诊断及遗传学分析,探讨相关遗传学病因。方法:对该孕妇行羊膜腔穿刺术,羊水行染色体核型分析和低深度全基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq),同时采取父母外周血行CNV-seq验证来源。结果:胎儿羊水染色体核型未见明显异常;CNV-seq检测到其染色体4p16.3-p16.2区域存在至少4.88 Mb拷贝数缺失,涉及Wolf-Hirschhorn综合征,为1类致病突变。父母外周血CNV-seq检测结果未见此缺失,提示胎儿该缺失为新发变异。结论:通过CNV-seq明确了1例重度生长受限胎儿为Wolf-Hirschhorn综合征,明确了病因,指导准确的遗传咨询。
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编辑人员丨2天前
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广东省新型冠状病毒全基因组序列测定及其影响因素分析
编辑人员丨2天前
目的:对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS),获取基因组序列并分析测序影响因素。方法:2020年1月,收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份,运用RNA建库的方法进行测序,获得新型冠状病毒的基因组序列,采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果:从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列,其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%~99.90%。Ct值低的样本,测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论:标本中新型冠状病毒的Ct值低,测序质量好。
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编辑人员丨2天前
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MYRF基因新发变异致心脏-泌尿生殖综合征胎儿1例的遗传学分析
编辑人员丨2天前
目的:探讨1例心脏-泌尿生殖综合征(CUGS)胎儿的临床特征及基因变异特点。方法:选取2019年1月首都医科大学附属北京安贞医院胎儿心脏病母胎医学中心诊断的1例先天性心脏病胎儿为研究对象。收集胎儿的临床资料,应用低深度全基因组测序(CNV-seq)和家系全外显子组测序(trio-WES)技术对胎儿及其父母进行遗传学分析,对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果:胎儿超声心动图提示主动脉弓发育不良。trio-WES检测发现胎儿携带 MYRF基因c.1792-2A>C剪接变异,其父母均为野生型;Sanger测序验证该变异为新发变异。根据美国医学遗传与基因组学学会(ACMG)相关指南,评估为可能致病性变异。CNV-seq检测未发现非整倍体或与胎儿表型相关的致病性拷贝数变异。结合胎儿的临床表型及遗传学检测结果,考虑诊断为CUGS。 结论:MYRF基因c.1792-2A>C新发剪接变异可能是导致胎儿心脏畸形的遗传学病因。本研究丰富了 MYRF基因的致病变异谱。
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编辑人员丨2天前
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季节性流感疫苗免疫血清对欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应
编辑人员丨2天前
目的:评估季节性流感疫苗免疫血清对欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应。方法:9株人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒株来自江苏、河北、山东、云南、湖南、福建和天津等省份的国家级流感监测网络实验室,通过深度测序分析其血凝素特性。于2019年10月在云南省安宁市接种2019-2020年度季节性流感疫苗的儿童(2~5岁)、成人(24~57岁)和老年人(60~84岁)中各招募30名志愿者,采集其接种疫苗前和接种1个月后血清。通过血凝抑制试验评估免疫前后血清对2015年以来分离的4株人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应。结果:9株欧亚类禽H1N1猪流感病毒的血凝素基因同源性较一致,但与甲型流感病毒[A(H1N1)pdm09](以下简称“疫苗株”)的血凝素重链和轻链氨基酸基因的差异分别为90~101个和24~30个氨基酸。疫苗株抗血清对疫苗株的抗体滴度为2 560,欧亚类禽H1N1猪流感病毒以及欧亚类禽H1N1猪流感病毒抗血清对疫苗株的抗体滴度均为640。接种季节性流感疫苗的儿童、成人和老年组人群针对疫苗株的抗体滴度≥40者占比分别为90.0%、70.0%和73.3%;而对4株欧亚类禽H1N1猪流感病毒仅为46.7%、36.7%和33.3%~43.3%。结论:接种季节性流感疫苗不能对欧亚类禽H1N1猪流感病毒产生有效的交叉保护作用。
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编辑人员丨2天前
