目的 探讨miR-15a-5p调控Wnt信号通路对PQ致肺纤维化的影响及分子机制.方法 构建PQ诱导的16HBE细胞模型,采用高通量miRNA芯片技术和RT-qPCR筛选表达差异明显的miR-15a-5p进行实验.实验分组为:NC组(对照组):无特殊处理;PQ组:50 μmol/L PQ处理细胞72 h;miR-15a-5p组:转染miR-15a-5p过表达慢病毒的16HBE稳转株;miR-15a-5p+PQ组:50 μmol/L PQ处理稳转株细胞72 h.RT-qPCR和Western blot检测Wnt通路相关基因Wnt3 α和β-catenin、成纤维细胞标记基因Collagen I、Vimentin和α SMA,上皮细胞标记基因Occludin和CK18表达情况.构建PQ诱导的肺纤维化小鼠模型,采用Western blot、HE染色和免疫组织化学检测蛋白表达及肺组织损伤情况.数据以均数±标准差((x)±s)表示,采用独立样本t检验分析两组间数据.结果 细胞损伤模型中,Wnt3α、β-catenin、成纤维细胞标记基因Collagen I、Vimentin和α SMA表达显著上调(P＜0.05),上皮细胞标记基因Occludin和CK18显著下调(P＜0.05),过表达miR-15a-5p可靶向抑制Wnt3α表达并缓解PQ诱导的EMT进程.动物模型中,Wnt3α、β-catenin、成纤维细胞标记基因Collagen I、Vimentin和α SMA蛋白水平显著升高(P＜0.01),肺组织结构紊乱并发生纤维化,过表达miR-15a-5p可抑制Wnt3 α蛋白表达水平(P＜0.05)且改善肺组织损伤.结论 miR-15a-5p可通过调控Wnt3 α/β-catenin信号通路改善PQ导致的肺损伤,从而抑制肺纤维化的发生发展.

目的 探讨循环微小核糖核酸(miR)-126-3p在非小细胞肺癌(NSCLC)中表达及诊断价值.方法 收集多中心miR芯片及测序数据探讨NSCLC的循环miR-126-3p的表达差异.为了评估循环miR-126-3p综合表达水平,计算标准化均数差(SMD)和综合受试者工作特征(sROC)曲线,分析sROC曲线的曲线下面积(AUC),探讨灵敏度、特异度、阳性阴性似然比,并结合组织进一步综合分析循环miR-126-3p表达.通过miRDB、starBase v2.0和TargetScan 7.1,结合NSCLC中的上调差异基因,利用互补序列方法筛选了循环miR-126-3p潜在靶基因.结果 基于6项循环miR数据集发现循环miR-126-3p表达水平高于对照组,差异有统计学意义(P＜0.05),受试者工作曲线显示循环miR-126-3p有较强的诊断效能(AUC＞0.5),而在199例NSCLC组中综合表达低于对照组(SMD=-1.46).sROC曲线显示循环miR-126-3p区分NSCLC组和对照组有高准确性(AUC=0.91),Egger's检验不存在发表偏倚(P＞0.05),灵敏度、特异度均≥0.80,阳性似然比、阴性似然比为5.37和0.18.此外,对26个数据集1 320例NSCLC循环和组织综合分析显示,循环miR-126-3p在NSCLC组中表达低于对照组(SMD=-2.07).sROC曲线显示低表达的循环miR-126-3p在区分NSCLC组和对照组有高准确性(AUC=0.97).此外,筛选得到循环miR-126-3p的潜在靶基因ADAM9和SLC7A5在NSCLC组中表达均高于对照组.结论 低表达的循环miR-126-3p可能是NSCLC高准确性筛查的重要生物标志物.

目的 探讨自噬相关基因在人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)/艾滋病(acquired immune deficiency syndrome,AIDS)肺脾气虚证中的表达及意义.方法 选取河南驻马店市 20 例HIV/AIDS肺脾气虚证患者作为研究对象,同地区20 例健康人为对照,HIV/AIDS肺脾气虚证患者用益艾康胶囊进行干预治疗.采用基因芯片技术,检测分析两组人群外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)中自噬相关基因的表达.结果 HIV/AIDS肺脾气虚证组患者中DDIT4、IRS2、CXCR4 表达下调,PDPK1 表达上调,经益艾康治疗后差异基因发生转归,差异有统计学意义(P<0.05).应用KEGG分析发现DDIT4、CXCR4、PDPK1、IRS2 与磷脂酰肌醇 3-激酶/蛋白激酶B/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(phosphoinositide 3-kinase/protein kinase B/mammalian target of rapamycin,PI3K/PKB,又称Akt/mTOR)信号通路相关.结论 HIV/AIDS肺脾气虚证人群中自噬相关基因差异表达,益艾康可能通过调节DDIT4、CXCR4、IRS2 的表达影响HIV/AIDS肺脾气虚证患者的自噬过程.

目的 基于网络药理学初探表皮生长因子受体(EGFR)突变非小细胞肺癌(NSCLC)与酪氨酸激酶抑制剂(TKI)相关皮疹间的关联机制并预测潜在中药.方法 利用基因表达汇编数据库收集使用TKI厄洛替尼处理前后EGFR突变NSCLC细胞、正常成纤维细胞的基因芯片数据,用R 4.3.2软件limma包筛选差异表达基因,用venn包筛选交集靶基因,用ClusterProfiler包对差异表达基因及交集靶基因进行功能富集分析.通过CoreMine Medical数据库对交集靶基因进行潜在中药预测,统计性味归经,并利用分子对接方法进行验证.结果 筛选出 126个交集靶基因,基因本体、京都基因与基因组百科全书富集分析提示差异表达基因及交集靶基因均富集在染色体、纺锤体等区域,参与有丝分裂、DNA复制等生物学过程及DNA复制、溶酶体、细胞循环等相关信号通路.基因集富集分析显示厄洛替尼处理后,NSCLC细胞的趋化因子通路、核苷酸结合寡聚域样受体信号通路等被激活,成纤维细胞哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路、氨基酸代谢通路出现扰动.通过CoreMine Medical数据库预测了354种主要性属寒、温、平,味属苦、辛、甘,归胃、肺、肝经的中药.以黄芩为例筛选有实验支持的靶基因及对应活性成分并进行分子对接分析,发现靶基因与活性成分结合性能好.结论 EGFR突变NSCLC、TKI相关皮疹在发病机制上具有同源性,均涉及DNA复制、细胞循环等,可为EGFR突变NSCLC伴TKI相关皮疹患者的临证用药提供指导.

目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤（VILI）小鼠的差异表达基因（DEG），并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1（生物信息学分析）：从基因表达数据库（GEO）下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662，通过统计分析获得DEG，运用韦恩图获得两个数据的共同DEG，然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科（KEGG）通路富集分析，最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库（STRING）对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用（PPI）分析，并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件（MCODE），以及CytoHubba插件中最大团中心性（MCC）、最大邻居连通度（MNC）与度（degree）算法进行拓扑分析，筛选出关键基因。②实验2（相关基因编码蛋白验证）：构建C57BL/6小鼠大潮气量（20 mL/kg）VILI模型，并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红（HE）染色，观察肺组织病理学改变；并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果：GSE9368数据中筛选出114个DEG，其中上调99个，下调15个；GSE11662数据中筛选出258个DEG，其中上调188个，下调70个；获得共同DEG 66个，其中上调61个，下调5个。GO功能注释结果表明，共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程；KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块，并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因，分别为细胞因子信号转导抑制因子3（SOCS3）、白细胞介素-1β（IL-1β）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2（CXCL2）、CXC型趋化因子受体2（CXCR2）、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1（CCR1）。②实验2结果：构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示，与自主呼吸对照组相比，机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤；通气结束后6 h肺组织结构受损明显，肺泡腔可见不同程度出血和塌陷，肺泡壁明显增厚，肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色，结果显示，随通气时间延长，小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调，6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β（积分 A值）：8.40±2.67比5.10±0.94，SOCS3（积分 A值）：9.74±1.80比5.95±1.31，MMP-9（积分 A值）：11.45±6.20比5.36±1.28，均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现，VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关；IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。

目的:探讨免疫组织化学（IHC）法检测非小细胞肺癌免疫治疗预测标志物PD-L1在肿瘤细胞中的表达及3种克隆抗体染色一致性、相关性，为逐步规范IHC法各种抗体检测PD-L1表达提供试验依据。方法:收集2010年1月至2014年12月中国医学科学院 北京协和医学院 北京协和医院100例非小细胞肺癌样本，制作成组织芯片。3种克隆抗体（Dako公司22C3，Roche公司Ventana SP142 和SP263）检测肿瘤细胞中PD-L1表达，判读并对比3种抗体染色结果；抗体间互换cut-off值、筛定公共cut-off值，分别判读染色结果并计算肿瘤比例评分（tumor proportion score，TPS），对抗体一致性、相关性进行统计学分析。结果:3种抗体均获得了良好的染色结果，定位准确、背景清晰，其中抗体SP263、22C3 PD-L1阳性染色结果均高于SP142染色结果。SP263与22C3抗体相关性较好（Kappa=0.828， P<0.01）；SP142与SP263（Kappa=0.570， P<0.01）和22C3（Kappa=0.722， P<0.01）抗体间有一定相关性。5%可作为判读公共cut-off值，此时3种抗体的PD-L1表达差异最小，一致性较高。3种抗体互换判读cut-off值时，22C3和SP263 抗体间PD-L1表达一致率为95%，一致性较高。 结论:3种抗体均能检测肿瘤细胞中PD-L1，22C3和SP263 抗体间一致性较高。5%或许可以作为3种抗体PD-L1判读共用cut-off值。提示不同克隆抗体对肿瘤细胞中PD-L1染色结果有交换的可能，有助于各种PD-L1抗体及检测平台的合理使用，意味着在未来的临床用药筛选上将加大实用性。

目的:探讨含表皮生长因子的纤维蛋白细胞外基质蛋白1（EGF containing fibulin extracellular matrix protein 1，EFEMP1）在恶性间皮瘤与低分化腺癌鉴别诊断中的作用，分析EFEMP1与传统免疫组织化学标志物联合对提高恶性间皮瘤病理诊断准确性的价值。方法:收集已确诊为恶性间皮瘤的病理组织蜡块33例，良性间皮肿瘤5例，低分化癌与恶性间皮瘤不能鉴别的疑难病例7例；低分化肺腺癌组织芯片40例，低分化肠腺癌组织芯片20例；恶性间皮瘤胸腹腔积液细胞蜡块15例，腺癌胸腹腔积液细胞蜡块11例。应用免疫组织化学方法（EnVision二步法）检测EFEMP1、BerEP4、Calretinin、WT1和D2-40的表达情况，应用荧光原位杂交方法检测CDKN2A的突变情况，并分析各组病例表达差异。结果:在33例恶性间皮瘤中EFEMP1阳性表达率为78.8%（26/33），在40例低分化肺腺癌和20例低分化肠腺癌（以下简称低分化腺癌）中肿瘤细胞均不表达EFEMP1，两者差异有统计学意义（ P<0.05）。在15例恶性间皮瘤胸腹腔积液细胞蜡块中EFEMP1胞质弥漫阳性表达（15/15）。联合运用EFEMP1、BerEP4、Calretinin对鉴别恶性间皮瘤与低分化腺癌的特异度为98.3%，灵敏度为90.9%，受试者工作特征曲线（ROC曲线）下面积为0.958。 结论:EFEMP1在恶性间皮瘤组织中高表达，是诊断恶性间皮瘤的重要标志物。在胸腹腔积液细胞蜡块中，EFEMP1比Calretinin更有利于间皮细胞的形态观察。EFEMP1与BerEP4、Calretinin联合运用，有助于提高鉴别恶性间皮瘤和低分化腺癌的病理诊断准确性。

目的:探索小鼠正常肺组织在重离子射线暴露后不同时期、不同暴露剂量下转录水平表达改变，为寻找重离子放射敏感基因、研究重离子放射效应与损伤机制奠定基础。方法:时间梯度实验：采用14.5Gy碳离子射线对小鼠进行全肺野照射，分别于照射后3天和1、3、24周提取肺组织总RNA。剂量梯度实验：采用0、7.5、10.5、12.5、14.5、17.5、20Gy重离子射线照射后1周提取肺组织总RNA。两组实验均行全转录组芯片检测。结果:重离子射线14.5Gy照射后急性期(3天)、亚急性期(1周)、炎症期(3周)、纤维化期(24周)小鼠肺部全转录组基因表达主成分分析出现各阶段差异性分离；其中以照射后3天基因表达差异最为显著，照射后1周与其余各时间点均一性最高。细胞凋亡是重离子照射后肺组织主要的细胞死亡类型，以Phlda3为中心的Gdf15、Mgmt、Bax相互关联基因是放射敏感基因( R＝0.76， P<0.001)。 结论:本研究为重离子照射后正常肺组织生物学效应机制提供了转录水平依据。

目的:探讨结肠癌转移相关基因1(MACC1)在侵袭转移中的作用及其机制。方法:收集2016年7月至2017年9月于江南大学附属医院手术切除肺癌组织及其对应的癌旁组织180例，构建组织微阵列免疫组织化学检测组织中MACC1与β-连环蛋白(β-catenin)的表达情况。采用慢病毒介导的小干扰RNA(siRNA)下调MACC1在A549细胞中的表达，分为对照组、慢病毒空载体组和敲低组。构建短发卡RNA(shRNA)质粒实现MACC1-shRNA干扰质粒后慢病毒感染H1299细胞(购自美国ATCC公司)使MACC1基因的沉默，分为质粒转染组与慢病毒空载体组，采用5-乙炔基-2’脱氧尿嘧啶核苷(EdU)法、Transwell小室实验、划痕试验分别检测细胞增殖能力、侵袭性和迁移性。组间比较采用两独立样本 t检验。 结果:组织芯片免疫组织化学显示肺腺癌组织中MACC1与β-catenin的表达水平呈正相关(相关系数0.397， P<0.05)；慢病毒介导A549细胞MACC1下调后引起β-catenin表达下降[对照组(0.83±0.04)比空载体组(0.91±0.09， t＝-0.241， P>0.05；空载体组(0.91±0.09)比敲低组(0.24±0.02， t＝1.940, P<0.05)；对照组(0.83±0.04)比敲低组(0.24±0.02， t＝1.699， P<0.05]；沉默MACC1后行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测H1299的β-catenin表达显著下降(0.79±0.07比0.38±0.08， t＝3.267， P<0.05)，且质粒转染组H1299细胞平均穿膜细胞数[(18.3±2.36)个]少于慢病毒空载体组[(36.2±2.1)个， t＝-13.460， P<0.05]；划痕实验显示24 h后质粒转染组[(266±27) μm]距离明显小于慢病毒空载体组[(931±36) μm， t＝2.631， P<0.01]。 结论:MACC1在肺腺癌中高表达，促进癌基因β-catenin的表达，从而促进肺腺癌的侵袭转移。

目的:通过生物信息学的方法分析系统性红斑狼疮（SLE）患者PBMCs的差异表达基因，筛选并分析铁死亡相关关键基因，从转录水平探索铁死亡参与SLE发病的可能机制。方法:从美国国家生物技术信息中心（NCBI）的子数据库基因芯片公共数据库（GEO）检索出符合筛选标准的健康对照组（HC组）和SLE患者（SLE组）的数据集和样本信息，利用GEO2R、R语言及相关软件包进行分析获得差异表达基因、基因本体论（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析结果。利用STRING、Cytoscape等工具分析差异基因的蛋白交互作用网络（PPI），探索关键基因与通路，寻找潜在作用靶点。此外，通过实时荧光定量反转录PCR（RT-qPCR）验证关键基因在SLE中的表达。采用Mann-Whitney U秩和检验比较2组PBMCs中关键基因的表达差异；采用Spearman秩相关分析探索其与SLE疾病活动度的关系。 结果:研究纳入了6个数据集，SLE组和HC组的差异基因中与铁死亡相关的基因合计166个。差异基因主要在肺泡巨噬细胞、中性粒细胞、CD49 +细胞和CD31 +细胞等免疫细胞中特异性表达。GO富集分析和KEGG通路富集分析提示差异基因主要参与了细胞的氧化应激反应、感染和TNF信号通路等多个与SLE密切相关的信号通路。不同算法筛选出的Hub基因均提示RELA基因为关键基因，且RT-qPCR证实，相较于HC组RELA基因表达水平[0.75（0.37，1.13）]，SLE组中表达水平[2.02（1.19，4.06）]出现上升，差异具有统计学意义（ Z=-3.08， P=0.002），并与SLE样本对应的SLEDAI呈正相关（ r=0.52， P=0.019）。 结论:多种免疫细胞，包括肺泡巨噬细胞和CD49 + NK细胞等的铁死亡过程参与SLE的发病机制，其中RELA基因可能通过NF-κB通路参与SLE患者PBMCs铁死亡过程。