目的 探究胆总管结石合并胆道感染患者的胆汁病原菌分布和耐药性.方法 选取中国十九冶集团职工医院2019年6月至2023年1月收治的胆道感染的胆总管结石患者105例.根据结石的情况将患者分为初发组和复发组.收集受试者的一般资料,包括性别、年龄、临床表现、实验室检查结果及影像学检查结果等.使用VITEK 2 Compact全自动菌种分析仪分离鉴定胆汁中的菌株.使用纸片琼脂扩散法进行药物敏感试验.观察受试者的抗生素使用史,胆汁菌株培养的阳性率、分布情况,胆汁中细菌的耐药情况等.结果 结石初发组55例,复发组50例.与复发组相比,初发组的抗生素使用率更高(P＜0.05).初发组和复发组的胆汁培养阳性率分别为83.6％(46/55)和94.0％(47/50),差异有统计学意义(x2=-3.923,P=0.001).复发组革兰阴性菌为84.0％(36/50),大肠埃希菌为30.0％(15/50)高于初发组的63.6％(13/55)和23.6％(13/55),差异有统计学意义(P＜0.05).其他病原菌分布初发组和复发组差异无统计学意义(P＞0.05).与初发组相比,病原菌耐药率在复发组中明显增高,耐药性明显增强有大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和铜绿假单胞菌(P＜0.05).结论 初发和复发胆总管结石合并胆道感染患者的病原菌分布相似,但复发组的病原菌耐药性高于初发组,临床医生用药应根据患者结石复发情况、耐药实验慎重选择抗生素.

探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CRKP）的临床分布及耐药特征，为预防CRKP的感染和治疗提供参考依据。回顾性分析2017年1月至2021年12月临床分离的510株CRKP菌株，应用 MALDI-TOF质谱仪和VITEK-2 Compact微生物药敏分析仪进行菌种鉴定和药敏试验，采用碳青霉烯酶抑制剂增强试验对CRKP菌株进行碳青霉烯酶表型检测，通过免疫显色法对CRKP菌株进一步分型并用聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）进行基因检测。结果显示，510株CRKP菌株主要来源于痰液302株（59.2%）、尿液127株（24.9%）、血液47株（9.2%）；科室主要分布于重症医学科231株（45.3%），其次为呼吸内科108株（21.2%）和神经外科79株（15.5%）；药敏试验结果显示对常用抗菌药物的耐药率均较高，仅对替加环素和头孢他啶/阿维巴坦保持很好的敏感性，但对替加环素的耐药率逐年上升，从2017年的1.0%上升到2021年的10.1%，差异有统计学意义（ χ2=14.444， P<0.05）。碳青霉烯酶抑制剂增强试验结果显示，510株CRKP中产碳青霉烯酶 461株（90.4%），其中丝氨酸酶 450株（88.2%），金属酶 9株（1.8%），既产丝氨酸又产金属酶2株（0.4%）；不产酶的有49株（9.6%）；免疫显色法进一步分型显示 461株CRKP中分型检测为KPC 450株（97.6%），IMP 2株（0.4%）；NDM 7株（1.5%）；KPC+NDM 2株（0.4%）；PCR基因检测结果：blaKPC 450株（97.6%），blaIMP 2株（0.4%），blaNDM 7株（1.5%），blaKPC+NDM 2株（0.4%）。综上，CRKP菌株主要来源于痰液标本，分布于重症医学科，耐药特征以产碳青霉烯酶中的KPC型为主，临床微生物实验室应加强对CRKP菌株的监测，为预防CRKP的感染，减少细菌耐药的产生提供参考依据。

目的:研究海盐弗朗西斯菌( Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。 方法:纳入GenBank数据库中的相关基因组数据，对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析，分析16S rRNA基因、 rpoB基因、 mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性，基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌( Francisella philomiragia) ATCC 25015 T为参考，采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。 结果:海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现， mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示，基于16S rRNA基因和 mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种，但 mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因，主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外，8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因 blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力，与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015 T相近。 结论:海盐弗朗西斯菌是一种致病能力与蜃楼弗朗西斯菌相近的罕见病原体， mdh基因可作为快速鉴定海盐弗朗西斯菌的分子靶标。

目的:探讨肠道嗜黏蛋白阿克曼菌(AKK)人群分布特征及其和肥胖关系的剂量效应，为该菌用于肥胖干预提供参考。方法:纳入2008年广东肠道微生物组计划中6 986名包含体重指数、腰围及常见混杂因素包括年龄、性别、舒张压、收缩压、空腹血糖、三酰甘油、总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、尿酸的志愿者。根据细菌16S核糖体RNA(16S rRNA)基因测序信息，计算AKK属及其操作分类单元(OTUs)丰度；根据2002年中国肥胖工作组标准，诊断中心性或全身性肥胖。通过多变量 logistic回归，计算AKK菌每升高一个单位，患肥胖风险的 OR(95% CI)值；通过比较AKK菌第1~20分位数 OR值的变化估计AKK对肥胖的剂量效应。 结果:共注释到3种AKK菌(AKK OTU1、AKK OTU2、AKK OTU3)：AKK OTU1及AKK OTU2分布于90%以上人群；AKK OTU3分布于21.7%的人群中；3种OTUs均呈"双峰"分布，但和常见混杂因素的相关性具有差异。AKK OTU1、AKK OTU2及AKK属为肥胖的保护因素，对中心性肥胖的 OR(95% CI)分别为0.95(0.93~0.98)、0.97(0.94~0.99)、0.93(0.91~0.96)，对全身性肥胖的 OR(95% CI)分别为0.88(0.80~0.97)、0.98(0.93~1.02)、0.81(0.74~0.89)；该保护效应在调整常见混杂因素后仍然显著。通过剂量分析可知，AKK菌对中心性肥胖和全身性肥胖的保护效应随其浓度升高而增加，达到显著保护作用的最小剂量分别为1.83%和4.98%。 结论:AKK菌是肥胖的保护因素，但肥胖干预需要考虑AKK菌剂量效应及不同菌种/株水平的差异。

目的:了解江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌的分布特点及分子特征。方法:2017-2021年，在小肠结肠炎耶尔森菌国家级主动监测点江苏省徐州市铜山区和盐城市东台市，采集腹泻患者粪便标本，进行耶尔森菌菌株分离；同时，收集全省哨点医院疑似耶尔森菌菌株。提取分离菌株DNA进行全基因组重测序，并上传至EnteroBase数据库进行耶尔森菌种型鉴定，原始数据经清洁和处理后进行16S核糖体RNA（16S rRNA）基因多态性分析；通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）和病原菌毒力因子数据库（VFDB）扫描5种毒力基因（ail、ystA、ystB、yadA、virF）携带情况，同时构建K-mer树并进行基因组特征分析。结果:2017-2021年，共采集腹泻患者粪便标本2 058份，经分离鉴定，得到57株耶尔森菌；同时，通过哨点医院收集到2株耶尔森菌。经EnteroBase数据库比对，51株菌为小肠结肠炎耶尔森菌，4株菌为 Yersinia proxima，阿利克西奇耶尔森菌、马赛耶尔森菌、中间耶尔森菌及 Yersinia canariae各1株。16S rRNA基因多态性分析显示，全部菌株被聚类为3个大组，可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。51株小肠结肠炎耶尔森菌中，49株为毒力基因Ⅲ型（ail-、ystA-、ystB+、yadA-、virF-），2株为毒力基因Ⅱ型（ail+、ystA+、ystB-、yadA-、 virF-）；8株其他耶尔森菌均为毒力基因Ⅳ型（ail-、ystA-、ystB-、yadA-、virF-）。K-mer分析可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌，JS-XZ-2020001菌株与其他小肠结肠炎耶尔森菌距离较远，血清型为O8的小肠结肠炎耶尔森菌分布较集中。 结论:江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌以小肠结肠炎耶尔森菌为主，其他耶尔森菌少量并存，同时发现了 Yersinia proxima和 Yersinia canariae两个耶尔森菌新种型。小肠结肠炎耶尔森菌的毒力基因携带以Ⅲ型为主。16S rRNA基因多态性分析和K-mer分析均可有效区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。

目的:了解儿童侵袭性真菌感染分离真菌种类分布及对抗真菌药物的敏感性。方法:对2010年1月至2016年12月首都医科大学附属北京儿童医院患儿所有无菌部位标本初次分离的真菌菌株进行分析，药敏试验采用ATB-FUNGUS 3酵母菌药敏试条，进行5-氟胞嘧啶、氟康唑、两性霉素B、伊曲康唑和伏立康唑5种抗真菌药物检测，按照临床实验室标准化委员会M27-A2规则及标准进行。采用WHONET 5.6软件进行数据统计分析。结果:自无菌部位标本共分离236株真菌，来源于血液标本占64.0%(151株)，脑脊液22.9%(54株)，骨髓3.8%(9株)，腹水3.8%(9株)，胸水3.4%(8株)和组织2.1%(5株)。236株真菌中，前3位检出的分别为念珠菌属[175株(74.2%)]、新型隐球菌属[31株(13.1%)]和酵母菌属[9株(3.8%)]。念珠菌属中，前3位分离菌分别为白色念珠菌[107株(61.1%)]、近平滑念珠菌[33株(18.9%)]、热带念珠菌[13株(7.4%)]。少见真菌马尔尼菲蓝状菌、根霉、外瓶霉均有检出。念珠菌对二性霉素B敏感率为100%。新型隐球菌对氟康唑、伏立康唑和两性霉素B均100%敏感。结论:儿科侵袭性真菌感染患者中分离出的念珠菌最多，其中白色念珠菌占主要地位。新型隐球菌引起中枢神经系统和全身播散性感染不容忽视。二性霉素B对念珠菌和新型隐球菌均有较高的抗菌活性。应加强儿科分离深部真菌感染种类和耐药性监测，以有效控制深部真菌感染和合理使用抗真菌药物。

目的:探讨极低出生体重儿经外周中心静脉置管（peripherally inserted central venous catheter，PICC）导管相关血流感染（catheter-related bloodstream infections，CRBSI）的病原学及临床特点。方法:选择2018年11月至2021年10月郑州大学第三附属医院新生儿重症监护病房收治的PICC后发生CRBSI的极低出生体重儿进行回顾性研究，分析病原菌分布及耐药性。将细菌感染的患儿分为革兰阴性（G -）菌组和革兰阳性（G +）菌组，比较两组患儿的一般情况、PICC留置时间、留置部位、感染时体重、脂肪乳和预防性抗生素使用情况、临床表现及实验室检查结果。 结果:共纳入70例CRBSI患儿，检出70株病原菌。G -菌占50.0%（35/70），以肺炎克雷伯菌（34.3%，12/35）和粘质沙雷菌（34.3%，12/35）为主，肺炎克雷伯菌耐药更严重；G +菌占47.1%（33/70），主要为表皮葡萄球菌（45.5%，15/33），大多为耐甲氧西林菌株（86.7%，13/15），蜡样芽孢杆菌仅占6.1%（2/33），但2例蜡样芽孢杆菌CRBSI均导致患儿很快死亡；真菌占2.9%（2/70）。患儿主要临床表现为呼吸暂停，最常见的并发症为休克，G +菌组与G -菌组在临床表现、实验室检查及预后方面的差异均无统计学意义（ P>0.05），但G +菌组胎龄、感染时脂肪乳用量均大于G -菌组，感染时体重小于G -菌组，差异有统计学意义（ P<0.05）。 结论:新生儿重症监护病房极低出生体重儿PICC引起的CRBSI多为条件致病菌，根据临床表现及常规生化检查难以判断感染菌种，但胎龄较大、体重较小、脂肪乳用量较大者更易感染G +菌。

目的:分析致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌（CoECO）的表型和基因型特征，为经验性抗感染治疗提供线索。方法:回顾性分析2010至2020年解放军总医院第一医学中心检验科自血液和腹腔标本中分离出的大肠埃希菌菌株。使用质谱鉴定仪鉴定菌种。使用全自动细菌鉴定药敏仪测定最小抑菌浓度。采用2×150 bp双末端测序策略对大肠埃希菌进行高通量测序。基因组序列经拼接后，使用kSNP3软件对菌株序列进行单核苷酸多态性（SNP）分析，以明确菌株间的同源关系；若分离自两部位的菌株具有较高同源关系，视为同一菌株，则该病例为CoECO感染病例。使用PubMLST网站确定多位点序列型（MLST），使用CARD网站筛选耐药基因。结果:共筛选出70例CoECO感染病例，其中男45例，女25例，年龄（59.2±16.3）岁。每例CoECO感染病例选取1株大肠埃希菌进行后续分析，共计70株，分属于35种ST型，菌株数量较多的ST型包括：ST38（ n=6）、ST405（ n=6）、ST1193（ n=6）、ST131（ n=5），其他ST型所含菌株均少于5株。菌株间同源关系比较分散，整体呈现散发趋势，仅有个别菌株引起了小规模爆发。药敏结果显示：大肠埃希菌对氨苄西林的耐药率最高（91.4%，64/70），其次为氨苄西林/舒巴坦（74.3%，52/70）、头孢曲松（72.9%，51/70）、环丙沙星（71.4%，50/70）、左氧氟沙星（71.4%，50/70）；对哌拉西林/他唑巴坦、碳青霉烯类和阿米卡星保持较高敏感性。耐药基因携带数量最多的是tet（A/B）（70.0%，49/70），其次分别为bla TEM（58.6%，41/70）、sul1（55.7%，40/70）、sul2（54.3%，38/70）、bla CTX-M-14（25.7%，18/70）、bla CTX-M-15（17.1%，13/70）、bla CTX-M-55（15.7%，11/70）、bla CTX-M-64/65（5.7%，4/70）、bla CTX-M-27（4.3%，3/70）、mcr-1（4.3%，3/70）、bla NDM-5（2.9%，2/70）。 结论:CoECO整体呈散发分布，无明显优势克隆，未发现具有明显优势的基因型；菌株虽然对部分抗菌药物耐药率较高，但携带耐药基因比例较低，对部分一线抗菌药物有较高敏感性。

目的:探讨肺炎型肺癌患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中微生物菌群的多样性和群落差异等特征及其临床意义。方法:以回顾性研究方法采集9例肺炎型肺癌、11例结节型(最大径≤3 cm)早期肺癌患者与7例健康人的BALF，提取BALF菌群的总DNA，经通用引物扩增16s rRNA基因，利用高通量测序平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4)区高通量二代测序(NGS)分析后，分析微生物菌群分数量及分布特征，并比较肺炎型、结节型肺癌患者及对照组3组间BALF中微生物菌群差异。采用受试者工作特征曲线(ROC)检测肺炎型肺癌诊断预测价值。结果:肺炎型组患者BALF中中位细菌序列数量为9 235(3 498，30 743)，高于对照组[382(98，2 508)]及结节型组[486(96，780)]( P值均＝0.001)；中位细菌菌种种类肺炎型组[9(6.5，10.5)]高于对照组[2(2，6)]及结节型组[4(2，7)]，肺炎型组较对照组和结节型组细菌菌种增多( P＝0.015及 P＝0.021)；肺炎型组中肺炎链球菌属、普雷沃菌属的检出阳性率(9/9，100.0%)、(8/9，88.9%)，均高于对照组(3/7，42.9%)、(2/7，28.6%)及结节型组(4/11，36.4%)、(4/11，36.4%)( P值均<0.05)；肺炎型组检出占优势菌黑普雷沃菌8例(8/9，88.9%)，较结节型组3例(3/11，27.3%)及对照组1例(1/7，14.3%)优势患者占比增高，差异有统计学意义( P值均<0.01)；产黑普雷沃菌序列数为2 392(521.3，11 715)高于对照组(219)及结节型组[48(9，498)]( P值均<0.05)。以普雷沃菌属序列数占比为37.3%或产黑普雷沃菌序列数263为临界值，预测肺炎型肺癌诊断的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.84(0.663，1.000， P＝0.004 7)和0.92(0.785，1.000， P＝0.000 5)。 结论:肺炎型肺癌患者下呼吸道微生物菌属菌种、数量较健康人复杂，微生物菌群种群分布与局部早期肺癌患者及健康对照组存在差异，其中以普雷沃菌属及产黑普雷沃细菌分布较为普遍，占明显优势，普雷沃菌属占比及产黑普雷沃细菌序列数对肺炎型肺癌可能具有一定的诊断预测价值。

目的:探讨不同术前胆道引流方式对恶性梗阻性黄疸胆汁细菌培养及耐药性的影响。方法:采用回顾性描述性研究方法。收集2015年1月至2018年12月解放军总医院第一医学中心收治的317例恶性梗阻性黄疸病人的临床资料；男216例，女101例；年龄为（62±10）岁。317例病人中，158例术前无胆道引流，115例术前胆道引流方式为经皮经肝穿刺胆道引流（PTCD），44例术前胆道引流方式为经内镜逆行胆道引流（ERBD）。观察指标：（1）不同术前胆道引流方式胆汁细菌培养情况。（2）胆汁细菌培养阳性病人临床病理特征。（3）不同术前胆道引流方式胆汁细菌耐药性情况。正态分布的计量资料以 x±s表示，计数资料以绝对数或百分比表示，组间比较采用 χ2检验，两两比较进行Bonferroni校正，多重比较中检验水准为0.016 7。 结果:（1）不同术前胆道引流方式胆汁细菌培养情况：317例病人中，116例细菌培养阳性，包括43个菌种共168株菌株，其中术前无胆道引流36例（46株），行PTCD 39例（49株），行ERBD 41例（73株）。①317例病人细菌培养阳性率为36.59%（116/317），术前无胆道引流、行PTCD、行ERBD病人细菌培养阳性率分别为22.78%（36/158）、33.91%（39/115）、93.18%（41/44），3者细菌培养阳性率比较，差异有统计学意义（ χ2=74.066， P<0.05），其中术前行PTCD与术前无胆道引流病人比较，差异无统计学意义（ χ2=4.137， P>0.016 7），术前行ERBD与术前无胆道引流和行PTCD病人比较，差异均有统计学意义（ χ2=72.305，44.718， P<0.016 7）。②多重细菌感染占比为36.21%（42/116），术前无胆道引流、行PTCD、行ERBD病人多重细菌感染占比分别为19.44%（7/36）、23.08%（9/39）、63.41%（26/41），3者多重细菌感染占比比较，差异有统计学意义（ χ2=20.431， P<0.05），其中术前行PTCD与术前无胆道引流病人比较，差异无统计学意义（ χ2=0.147， P>0.016 7），术前行ERBD与术前无胆道引流和行PTCD病人比较，差异均有统计学意义（ χ2=15.133，13.215， P<0.016 7）。③多重耐药菌占比为30.95%（52/168），术前无胆道引流、行PTCD、行ERBD病人多重耐药菌占比分别为15.22%（7/46）、26.53%（13/49）、43.84%（32/73），3者多重耐药菌占比比较，差异有统计学意义（ χ2=11.447， P<0.05），其中术前行PTCD与术前无胆道引流病人比较，差异无统计学意义（ χ2=1.827， P>0.016 7），术前行ERBD与术前无胆道引流病人比较，差异有统计学意义（ χ2=10.490， P<0.016 7），术前行ERBD与术前行PTCD病人比较，差异无统计学意义 χ2=3.772， P>0.016 7）。（2）胆汁细菌培养阳性病人临床病理特征：病人年龄、腹部手术史、黄疸程度、胆道梗阻位置均与细菌培养阳性无关（ χ2=4.865，1.423，4.922，0.030， P>0.05）。（3）不同术前胆道引流方式胆汁细菌耐药性情况：术前无胆道引流病人中革兰氏阳性菌对呋喃妥因、利奈唑烷、替加环素耐药率均为0，革兰氏阴性菌对哌拉西林他唑巴坦、庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星、亚胺培南耐药率均为0。行PTCD病人中革兰氏阳性菌对利奈唑烷、替加环素耐药率均为0。行ERBD病人中革兰氏阳性菌对利奈唑烷、替加环素耐药率均为0。革兰氏阳性菌耐药率最低的前4种抗菌药物分别为利奈唑烷、替加环素、万古霉素和呋喃妥因。革兰氏阴性菌耐药率最低的前4种抗菌药物分别为亚胺培南、哌拉西林他唑巴坦、阿米卡星和妥布霉素。7株真菌菌株对抗真菌药物耐药率为0。 结论:术前行ERBD的病人更易发生感染性并发症，且耐药菌及多重耐药菌比例高。革兰氏阳性菌感染可选用利奈唑胺、替加环素、万古霉素。革兰氏阴性菌感染可选用亚胺培南、哌拉西林他唑巴坦、阿米卡星、妥布霉素。