目的:了解1株人流感H3N2毒株的全基因组序列特征、遗传进化及生物学特性。方法:对浙江省丽水市分离的1株H3N2流感毒株进行全基因组测序，从美国国立生物信息中心(NCBI)和全球倡议分享流感数据库(GISAD)获取其他流感毒株基因组全序列，通过BioEdit7.0.9将该毒株8节段基因与其他序列比对，MEGA7.0软件邻接法构建进化树，并全面分析该毒株的进化、致病力和抗原性等特征。结果:测序得到该毒株为人流感分离株A/Homo sapien/China/LS340/2019（H3N2）株（LS340），LS340为典型的季节性人流感病毒，血凝素基因属于3C.2a1进化分支，具备人际传播能力，部分位点呈现高传播性和高致病性特征，对金刚烷胺耐药。与当季推荐疫苗株相比，抗原区出现涉及A、B两个表位3个位点突变。结论:LS340未出现重组、缺失等较大变异，但与当季推荐疫苗株相比已经发生抗原漂变，应及时更新疫苗，同时加强此类病毒变异监测，防止流感大流行发生。

目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测，HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份，其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%)，对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列，经分析全部为C3亚群，其中有16条序列为C3f基因型，有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%，与原株型Wash/47885/57相比差异较大，发生了12处共同的氨基酸突变，其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高，未发生共同的氨基酸突变，未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支，可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测，为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。

目的:分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法:采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本，进行核酸检测、病毒分离，选取20株乙型流感病毒代表毒株进行 HA和 NA基因测序，利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。 结果:2017—2020年度共监测病例标本4 575例，流感病毒阳性842例，其中乙型流感病毒阳性398例，阳性率8.70%(398/4 575)，占比47.27%(398/842)。2017—2020年度济宁分离的BV系和BY系流感病毒与疫苗株比， HA基因同源性分别为98.7%～98.8%、98.5%～99.1%。2018—2020年度BV系流感归属于Victoria clade 1A分支，2017—2018年度BY系流感归属于Yamagata clade 3分支。对抗原表位和耐药位点的变异情况进行了分析，发现多处抗原表位发生了变异，但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。 结论:2017—2020年度济宁市BV系和BY系乙型流感病毒均发生了数个抗原位点变异，出现了抗原转变，可能是引起乙型流感暴发的原因。

目的:评估季节性流感疫苗免疫血清对欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应。方法:9株人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒株来自江苏、河北、山东、云南、湖南、福建和天津等省份的国家级流感监测网络实验室，通过深度测序分析其血凝素特性。于2019年10月在云南省安宁市接种2019-2020年度季节性流感疫苗的儿童（2~5岁）、成人（24~57岁）和老年人（60~84岁）中各招募30名志愿者，采集其接种疫苗前和接种1个月后血清。通过血凝抑制试验评估免疫前后血清对2015年以来分离的4株人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应。结果:9株欧亚类禽H1N1猪流感病毒的血凝素基因同源性较一致，但与甲型流感病毒［A（H1N1）pdm09］（以下简称“疫苗株”）的血凝素重链和轻链氨基酸基因的差异分别为90~101个和24~30个氨基酸。疫苗株抗血清对疫苗株的抗体滴度为2 560，欧亚类禽H1N1猪流感病毒以及欧亚类禽H1N1猪流感病毒抗血清对疫苗株的抗体滴度均为640。接种季节性流感疫苗的儿童、成人和老年组人群针对疫苗株的抗体滴度≥40者占比分别为90.0%、70.0%和73.3%；而对4株欧亚类禽H1N1猪流感病毒仅为46.7%、36.7%和33.3%~43.3%。结论:接种季节性流感疫苗不能对欧亚类禽H1N1猪流感病毒产生有效的交叉保护作用。

目的:了解河北省2017—2020年流行期甲型H1N1流感的流行病学特征及血凝素(haemagglutinin, HA)基因变异进化情况，为流感防控提供科学依据。方法:从中国流感监测信息系统下载河北省2017年4月至2020年3月流感监测数据进行统计分析，选择期间分离的37株甲型H1N1流感毒株，对HA基因进行测序和进化分析。结果:河北省2017—2020年共检测流感样病例(influenza like illness, ILI)咽拭子标本57 670份，流感病毒核酸阳性8 569份，阳性率为14.86%，其中甲型H1N1占总阳性的比例为40.52%(3 472/8 569)。全省11个地市均有该病例检出，各年龄组均可发病，检出率最高的是25～岁组，冬春季为流行高峰。37株甲型H1N1流感病毒的HA基因均属于6B.1大分支，氨基酸同源性在97.31%～100.00%之间，2017—2018年流行期涉及的主要氨基酸变异位点有S74R、S164T、S183P和I295V；2018—2019年流感毒株主要氨基酸变异位点为S183P、H126Y、N129D、T185I、L233I、N260D；2019—2020年流行株出现D187A和Q189E变异。结论:河北省甲型N1N1流感流行具有明显的季节性，HA基因与其编码的氨基酸逐年变异，2019—2020年流行期甲型H1N1流感流行株与2020—2021年北半球疫苗株A/Guangdong-Maonan/SWL1536/2019高度同源。

目的:分析2021—2022年流行季北京市首起乙型流感Victoria系（BV）疫情的病毒血凝素（HA）的基因变异和进化特征以及与流感疫苗株的匹配性。方法:采集北京市朝阳区某小学乙型流感疫情流感样病例的咽拭子标本，提取核酸后利用二代测序技术进行测序分析。应用BioEdit分析HA基因的核苷酸和氨基酸变异位点，采用Mega 6.0软件中的NJ模式构建HA基因的遗传进化树并分析。结果:通过二代测序获得了2株BV的HA基因全长序列。与本年度的疫苗株HA基因相比较，疫情株有9个氨基酸位点发生变异，其中6个变异位点位于3个不同的抗原决定簇。遗传进化树分析显示疫情株HA基因位于Clade 1A.3a2分支，与2021—2022年度北半球推荐的流感疫苗株（B/Washington/02/2019）不在同一分支。结论:本起BV疫情毒株的HA基因在抗原表位发生多处变异，必需加强BV流感的监测与变异规律分析，为BV防控策略的制定提供有力的数据支撑。

目的:揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法:收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息，采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果:84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代；来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735)，来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74)；96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点，但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸；58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点，而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论:H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体，对哺乳动物的适应性增加，HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。

目的:研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法:收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10 481例，用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒，同时选取部分乙型流感病毒阳性样本，用特异性引物扩增HA和NA基因，进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果:发现自2014年以来，杭州地区每年都有乙型流感病毒的流行。其中5～14岁年龄段人群发病率最高。2014—2019年，杭州地区流行的Victoria系乙型流感病毒都属于V1A进化簇，而Yamagata系乙型流感病毒都属于Y3进化簇。HA和NA基因的序列一致性分别为94.67%～100.00%和97.13%～100.00%，并在多个抗原位点发生了改变，同时出现了重排株。结论:乙型流感病毒在杭州地区流感流行中影响显著。2014—2019年，杭州地区乙型流感病毒出现了抗原变异和基因重排，流行株和疫苗株之间存在不匹配的情况，但目前并未发现耐药株的出现和流行。

目的:研究2022—2024年盐城市分离的甲型H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)分子进化特征。方法:收集盐城市2022年4月至2024年3月间的流感哨点监测医院以及各县市区流感暴发点采集的流感样病例标本，Rt-qPCR进行核酸检测，阳性样本进行病毒分离。分离的甲型H3N2毒株，采用一步RT-PCR方法扩增HA1和NA基因并测序，采用相关生物信息学软件分析基因核苷酸、氨基酸位点变异及进化特征。结果:2022年4月至2024年3月间共采集5 020份样本，流感病毒核酸阳性检出率为18.59%(933/5 020)。2022年4月至2024年3月两个监测季冬春季流感峰明显，其中，仅2022年4月—2023年3月监测季夏季流感峰明显，甲型H3N2亚型流感病毒是两个监测季的优势流行株。遗传进化树显示：2022—2024年盐城市32株甲型H3N2毒株HA1和NA基因在各分支的聚类关系基本一致，2023—2024年24株分离株的HA1基因和NA基因与2022—2024年北半球疫苗株A/Darwin/9/2021(H3N2)聚类位于3C.2a1b.2a.2a.3a.1进化谱系；2022年8株分离株与2021—2022年北半球疫苗株A/Cambodia/e0826360/2020(H3N2)聚类位于3C.2a1b.2a.1a进化谱系。6株分离株(A/JSTH/11735/2023、A/JSTH/11788/2023、A/JSTH/11974/2023、A/JSYD/353/2023、A/JSYD/354/2023、A/JSTH/138/2023)均发生F79L、N122D、P239S、K276E氨基酸位点的变异，既存在于散发株又存在于暴发株。盐城市甲型H3N2毒株HA1基因编码区抗原表位、受体结合位点、糖基化位点发生了一定程度变异，基因层面上分析，2023—2024年24株分离株与2022—2024年北半球疫苗株A/Darwin/9/2021免疫原性匹配性较好，2022年8株分离株与2021—2022年北半球疫苗株A/Cambodia/e0826360/2020免疫原性匹配性较好。盐城市分离株未发生NA蛋白酶活性位点以及耐药位点的变化。结论:2022—2024年盐城市流行的甲型H3N2毒株HA1和NA基因正逐渐发生抗原性漂移，增加推荐疫苗株的不匹配度，造成流感的暴发流行。2022年盐城市分离株相对于疫苗株A/Darwin/9/2021(H3N2)已发生实质性抗原漂移。需要对甲型H3N2流感病毒进行动态监测及时发现变异株。

目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。