目的:通过对癌症基因组图片(TCGA)数据库中转录组数据进行分析，筛选与膀胱尿路上皮癌相关的预后分子标签。方法:提取TCGA数据库中膀胱尿路上皮癌患者的临床数据以及膀胱尿路上皮癌和癌旁组织中的转录组数据，采用LASSO-Cox回归分析筛选膀胱尿路上皮癌预后相关的mRNA，并构建膀胱尿路上皮癌的预后分子标签。结果:首先筛选出膀胱尿路上皮癌和膀胱正常组织中差异表达基因8738个，经过单因素Cox分析得到2824个与膀胱尿路上皮癌预后相关的基因( P<0.05)，选取 P<0.0001的mRNA 225个，进一步采用LASSO-Cox回归分析筛选出11个与膀胱尿路上皮癌预后相关的基因，分别为TPST1、ANXA1、LINC01138、AMIGO2、HOOK1、AC005730.2、KANK4、PEX5L、AL353572.1、CATSPER4、AL645939.1，最后联合这11个基因构建出膀胱尿路上皮癌的预后分子标签。利用分子标签基因构建的模型能将膀胱尿路上皮癌划分为高表达组和低表达组，绘制分子标签生存曲线及受试者工作特征(ROC)曲线，结果显示：分子标签表达水平与膀胱尿路上皮癌患者的预后有显著性关联，分子标签值越高，患者预后越差。 结论:通过对TCGA数据库的分析，发现TPST1、ANXA1、LINC01138、AMIGO2、HOOK1、AC005730.2、KANK4、PEX5L、AL353572.1、CATSPER4、AL645939.1和AL645939.1对膀胱尿路上皮癌的预后有影响，且构建的分子标签表达水平与膀胱尿路上皮癌的预后有显著性关联。

目的:报道1例以对视交流时不能抑制的大笑为主要表现的额颞叶痴呆（FTD）患者的临床表现和基因特点。方法:分析1例2019年10月18日就诊于首都医科大学宣武医院的FTD患者的临床表现、影像学特征，收集患者脑脊液、正电子发射断层摄影术-电子计算机体层扫描（PET-CT）、单光子发射计算机断层扫描等检查资料，并对患者血液标本进行FTD相关基因检测。结果:该患者为66岁女性，隐袭起病，症状逐渐进展，突出表现为与人对视交流时难以控制的大笑，有幼稚、固执等性格变化，有兴趣丧失、易激动等情绪变化，同时有轻微行动迟缓、语速变慢、言语含混等运动及语言障碍。头颅磁共振成像示双侧额颞叶、双侧海马萎缩；PET-CT脑代谢显像示双侧额顶颞叶、海马、枕叶代谢不同程度减低，右侧为著。最终诊断为行为变异型FTD。额颞叶相关基因检测发现该患者存在肌萎缩侧索硬化（ALS）致病基因ANXA11基因c.107C>G （p.P36R）突变。结论:这是第1例在单纯FTD中发现ALS致病基因ANXA11基因杂合突变的病例，提示ANXA11基因有可能在FTD发病机制中具有重要意义，也进一步支持ALS与FTD为谱系疾病的学说。

目的:利用生物信息学分析方法挖掘三叉神经痛（trigeminal neuralgia, TN）的关键基因并探索其重要免疫相关生物标志物。方法:从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus, GEO）获取与TN相关的基因表达谱数据集GSE186505，数据集中包含20个样本的芯片数据，其中10个是TN样本，10个是健康对照（healthy controls, HC）样本。用生物信息学方法对高通量测序数据进行标准化、归一化和显著性检验筛选与TN相关的差异表达基因（differentially expressed genes, DEG），并进行基因本体（gene ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集分析探索DEG的潜在生物学功能，通过蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络进一步筛选TN相关的关键基因，利用CIBERSORT分析不同样品中免疫细胞的浸润程度。结果:共筛选出56个DEG，其中包括23个上调基因和33个下调基因。在PPI分析中鉴定了两个必要的PPI模块，基于STRING数据库筛选出ANXA5、ENO1、CA2、FBP1、CD9、SMPD3、VSTM1、SPNS3、PRSS33、FAS、LENG8这11个关键基因可能参与TN的发生机制。富集分析表明，TN与细胞对肿瘤坏死因子的反应、半胱氨酸型内肽酶活性的调节、膜的外在成分、磷脂结合的外部成分和嘧啶代谢等密切相关（ P<0.05）。免疫细胞浸润分析显示，幼稚B细胞、M2巨噬细胞在TN样本中表达明显增加，而记忆B细胞、幼稚CD4 + T细胞在HC样本中表达增加。 结论:TN的发病机制可能是通过调节ANXA5、ENO1、CA2、FBP1、CD9、SMPD3、VSTM1、SPNS3、PRSS33、FAS、LENG8等基因，参与细胞对肿瘤坏死因子的反应、半胱氨酸型内肽酶活性的调节等生物过程，调控嘧啶代谢、糖酵解/糖异生、碳代谢等信号通路来完成的。TN发病与幼稚B细胞、M2巨噬细胞增多密切相关。

目的:探讨D-CAG方案治疗初次诱导缓解失败的急性髓系白血病（AML）的转录组学机制及其临床疗效。方法:以"decitabine"为检索词在基因表达综合（GEO）数据库中检索2021年8月28日前使用地西他滨前后AML细胞转录组数据，使用R语言包对数据进行差异表达分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）富集分析。采用STRING在线分析网站进行蛋白质互作网络（PPI）分析。利用基于逻辑组学理论设计的表观精准治疗预测平台（EpiMed）进行药物-疾病-靶点关联分析。检索并分析2015年10月8日至2018年7月9日在解放军第三○五医院使用标准蒽环类药物和阿糖胞苷方案（"3+7"方案）诱导缓解失败后使用D-CAG方案治疗的18例AML患者临床资料，评价患者疗效，并分析各药物使用剂量和使用时间对疗效的影响。结果:最终选择GPL5188平台GSE40442数据集中地西他滨使用前后AML细胞转录组数据，更新时间为2014年7月10日。共筛选出差异基因366个，其中表达上调的基因201个，表达下调的基因165个。差异基因主要与细胞周期调节，骨髓白细胞迁移、分化，转录调控和骨髓造血等信号通路相关。PPI分析筛选得到ANXA5、IL-10、THBS1、TLR4、JUN和CXCL12等10个核心基因。药物-疾病-靶点分析发现地西他滨对弥漫大B细胞淋巴瘤、血小板减少症、急性T淋巴细胞白血病、再生障碍性贫血、AML等多种血液疾病具有潜在治疗作用。18例患者初次诱导缓解后获得部分缓解（PR）7例（38.8%），未缓解（NR）11例（61.2%）；再次诱导缓解方案1个疗程后完全缓解（CR）9例，PR 5例，NR 4例，总有效率（ORR）77.8%（14/18）。初次诱导获得PR者较NR者在二次诱导时CR率高，分别为85.7%（6/7）和27.3%（3/11），差异具有统计学意义（ P＝0.049）。CR患者阿糖胞苷中位使用时间低于NR患者[10 d（7~14 d）比5 d（2~8 d）， Z＝3.89， P＝0.002]；CR患者骨髓原始细胞数与阿糖胞苷使用时间的比值中位数少于NR患者[2.29（0.89~9.10）比8.10（3.00~38.50）， Z＝-2.19， P＝0.006]；CR患者阿糖胞苷的中位剂量低于NR患者，分别为50 mg·m -2·d -1（30~150 mg·m -2·d -1）和100 mg·m -2·d -1（50~500 mg·m -2·d -1），差异无统计学意义（ Z＝-1.80， P＝0.074）。 结论:初次诱导达PR的初次诱导缓解失败的AML患者使用D-CAG方案治疗可能更易达CR，这种改变可能与地西他滨的表观调控作用相关。

目的:探究circ_0023990对甲状腺癌细胞放射敏感性的影响及可能机制。方法:采用逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）法检测2016年8月至2018年11月于河南省人民医院就诊的55例甲状腺癌患者［其中男12例，女43例，年龄（53.3±7.3）岁］癌组织及甲状腺癌细胞系（TPC-1、KTC-1、FTC-133和CAL-62）中circ_0023990的表达，分析癌组织中circ_0023990表达与患者临床病理特征的关系。甲状腺癌细胞TPC-1和KTC-1均分为circ_0023990小干拢RNA（sh-circ_0023990）组、无意义阴性序列（sh-NC）组、sh-circ_0023990+miR-873-5p抑制剂（anti-miR-873-5p）组、sh-circ_0023990+阴性对照序列（anti-miR-NC）组、miR-873-5p组、对照序列（miR-NC）组、miR-873-5p+pcDNA-ANXA2组和miR-873-5p+pcDNA组，克隆形成实验检测细胞放射敏感性；且各组细胞用4 Gy放射线照射后，蛋白质印迹法检测细胞中γH2AX蛋白表达。双荧光素酶报告基因实验验证circ_0023990与miR-873-5p及miR-873-5p与ANXA2的靶向关系。结果:circ_0023990在甲状腺癌组织表达高于正常组织（2.15±0.09比0.97±0.05， P<0.05），且其表达与甲状腺癌患者肿瘤大小、淋巴结转移及TNM分期密切相关（ P<0.05）。甲状腺癌TPC-1、KTC-1、FTC-133和CAL-62细胞中circ_0023990表达高于正常甲状腺细胞HTori-3（3.16±0.38、2.63±0.28、1.82±0.24、1.71±0.22比1.00±0.10， P均<0.05）。sh-circ_0023990组TPC-1和KTC-1细胞存活分数明显低于sh-NC组（ P<0.05），增敏比分别为2.482、1.643；sh-circ_0023990+anti-miR-873-5p组TPC-1和KTC-1细胞存活分数高于sh-circ_0023990+anti-miR-NC组（ P<0.05），增敏比分别为0.305、0.441。miR-873-5p组TPC-1、KTC-1细胞存活分数低于miR-NC组（ P<0.05），增敏比分别为2.044、1.653；miR-873-5p+pcDNA-ANXA2组TPC-1、KTC-1细胞存活分数高于miR-873-5p+pcDNA组（ P<0.05），增敏比分别为0.496、0.686。4 Gy+sh-circ_0023990组TPC-1和KTC-1细胞中γH2AX蛋白表达高于4 Gy+sh-NC组（2.68±0.27比1.87±0.25，2.46±0.19比1.77±0.14； P均<0.05），4Gy+sh-circ_0023990+anti-miR-873-5p组TPC-1和KTC-1细胞中γH2AX蛋白表达低于4 Gy+sh-circ_0023990+anti-miR-NC组（1.13±0.09比1.69±0.09，1.11±0.08比1.60±0.08， P均<0.05）；4 Gy+miR-873-5p组TPC-1和KTC-1细胞中γH2AX蛋白表达高于4 Gy+miR-NC组（2.35±0.16比1.84±0.14，2.26±0.12比1.77±0.13， P均<0.05），4Gy+miR-873-5p+pcDNA-ANXA2组TPC-1和KTC-1细胞中γH2AX蛋白表达低于4 Gy+miR-873-5p+pcDNA组（1.96±0.12比2.41±0.12，1.92±0.07比2.28±0.12， P均<0.05）。circ_0023990靶向负调控miR-873-5p，而ANXA2是miR-873-5p的靶基因。 结论:circ_0023990在甲状腺癌组织和细胞系中呈高表达，其可能通过靶向调控miR-873-5p/ANXA2轴促进体外甲状腺癌细胞放疗抗性。

目的:探索过表达膜联蛋白A1（ ANXA1）的人脂肪间充质干细胞（AMSC）治疗急性呼吸窘迫综合征（ARDS）小鼠的效果及其机制。 方法:采用实验研究方法。采用流式细胞术鉴定成人AMSC后，取第3代细胞进行后续实验。采用随机数字表法（分组方法下同），将细胞分为转染含 ANXA1基因RNA序列的质粒的过表达ANXA1组、转染对应空载质粒的空载对照组，另取细胞分为转染含 ANXA1基因小干扰RNA序列的质粒的敲减ANXA1组、转染对应空载质粒的空载对照组，转染后72 h，于荧光显微镜成像系统下观察荧光表达情况，分别采用蛋白质印迹法和实时荧光定量反转录PCR法检测ANXA1的蛋白和mRNA表达（样本数均为3）。取50只6~8周龄雄性C57BL/6J小鼠，分为假伤组、单纯ARDS组、正常细胞组、过表达ANXA1组、敲减ANXA1组，每组10只。将后4组小鼠均用内毒素/脂多糖制成ARDS肺损伤模型，假伤组小鼠模拟致假伤。伤后即刻，假伤组、单纯ARDS组小鼠均经尾静脉注射生理盐水，正常细胞组、过表达ANXA1组、敲减ANXA1组小鼠对应注射正常AMSC、过表达 ANXA1的AMSC、敲减 ANXA1的AMSC。注射后24 h，取每组5只小鼠，行伊文思蓝染色观察右肺组织大体染色情况，采用酶标仪检测左肺支气管肺泡灌洗液（BALF）上清液的吸光度值，了解肺血管通透性。注射后3 d，取各组剩余5只小鼠，取右肺组织，行苏木精-伊红染色观察病理学变化，行免疫组织化学染色观察CD11b和F4/80阳性巨噬细胞情况；采用酶联免疫吸附测定法检测左肺BALF上清液中肿瘤坏死因子α（TNF-α）、白细胞介素6（IL-6）和IL-1β水平。对数据行配对样本 t检验、单因素方差分析与LSD检验。 结果:转染后72 h，过表达ANXA1组与敲减ANXA1组AMSC均分别较对应空载对照组AMSC表达更高强度的荧光。转染后72 h，与对应空载对照组比较，过表达ANXA1组AMSC中ANXA1蛋白与mRNA表达均明显增多（ t值分别为249.80、6.56， P<0.05），敲减ANXA1组AMSC中ANXA1蛋白与mRNA表达均明显减少（ t值分别为176.50、18.18， P<0.05）。注射后24 h，与假伤组（BALF上清液的吸光度值为0.041±0.009）比较，单纯ARDS组小鼠肺组织明显蓝染且BALF上清液的吸光度值（0.126±0.022）明显升高（ P<0.05）；与单纯ARDS组比较，正常细胞组、过表达ANXA1组小鼠肺组织蓝染程度明显减轻且BALF上清液的吸光度值（0.095±0.020、0.069±0.015）明显降低（ P<0.05），敲减ANXA1组小鼠肺组织蓝染程度与BALF上清液的吸光度值（0.109±0.016， P>0.05）无明显变化；与正常细胞组比较，过表达ANXA1组小鼠BALF上清液的吸光度值明显降低（ P<0.05）。注射后3 d，单纯ARDS组小鼠肺组织结构较假伤组明显损伤；与单纯ARDS组比较，正常细胞组和过表达ANXA1组小鼠肺组织出血、炎症细胞浸润、肺泡萎陷及间质增宽程度等改变均明显减轻，敲减ANXA1组小鼠前述肺组织表现未明显改善。注射后3 d，单纯ARDS组小鼠肺组织中CD11b和F4/80阳性巨噬细胞数量均较假伤组明显增多；与单纯ARDS组比较，正常细胞组、过表达ANXA1组、敲减ANXA1组小鼠肺组织中CD11b和F4/80阳性巨噬细胞数量均减少，以过表达ANXA1组减少最明显。注射后3 d，与假伤组比较，单纯ARDS组小鼠BALF上清液中TNF-α、IL-6、IL-1β水平均显著升高（ P<0.05）；与单纯ARDS组比较，正常细胞组、过表达ANXA1组小鼠BALF上清液中TNF-α、IL-6、IL-1β水平以及敲减ANXA1组小鼠BALF上清液中IL-1β水平均明显降低（ P<0.05）；与正常细胞组比较，过表达ANXA1组小鼠BALF上清液中TNF-α水平明显降低（ P<0.05），敲减ANXA1组小鼠BALF上清液中TNF-α水平明显升高（ P<0.05）。 结论:过表达 ANXA1可以优化AMSC在ARDS治疗中的效果，增强该类细胞抑制炎症反应和改善肺血管通透性的作用，进而缓解ARDS小鼠的肺损伤。

目的 评估类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)关节滑液富集的 CC 趋化因子配体 18(CC chemokine lig-and 18,CCL18)与关节破坏的相关性及其可能机制.方法 纳入 2018 年 1 月至 2023 年 4 月于中山大学孙逸仙纪念医院风湿免疫科就诊的处于疾病活动期的 RA患者并随访 1 年,比较有或无放射学进展者基线关节滑液CCL18 水平的差异.体外细胞实验明确关节滑液富集的CCL18 或重组 CCL18 对 RA-成纤维样滑膜细胞(fibroblast-like synoviocytes,FLS)或健康FLS(healthy FLS,HFLS)迁移的影响.结果 RA 滑液 CCL18 显著高于配对的血清[差值为(806±609)ng/ml,P<0.001],有 1 年放射学进展者基线关节滑液CCL18 水平显著高于无放射学进展者[(914±166)ng/ml比(264±72)ng/ml,P<0.001].RA患者滑膜组织多重免疫荧光染色及公开的单细胞测序平台示滑膜 CCL18 主要由滑膜巨噬细胞产生.使用RA患者滑液预处理 24h可激活 RA-FLS的迁移活性,而CCL18 中和抗体可使 RA-FLS迁移率降低 40%(P<0.001).重组 CCL18 既直接激活RA-FLS或 HFLS的迁移活性,又可在Transwell下室发挥趋化作用,两种作用可叠加.采用Oris动态迁移实验连续观察 60h,CCL18 激活 RA-FLS迁移活性呈剂量和时间依赖性.进一步行高通量测序示重组 CCL18 诱导HFLS产生与 RA-FLS相似的基因转录谱.实时荧光定量聚合酶链反应验证,CCL18 干预的 HFLS 中ANXA2、THBS1、TAGLN、NNMT、CDH11、HSPB1、TRIM8、SUMO1 等 8 个与迁移相关基因表达上调.结论 RA滑液富集的 CCL18 主要由滑膜巨噬细胞产生并通过促进RA-FLS迁移参与关节破坏.

目的 筛选银屑病性关节炎(PsA)的致病基因,并对致病基因进行生物信息学分析.方法 选取美国生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据(编号为GSE61281),通过R编程语言分析PsA患者外周血样本和对照组外周血样本的芯片数据,筛选差异表达基因,使用GLAD4U数据库与ToppGene数据库对差异表达基因进行优化和补充,筛选出PsA的致病基因.用DAVID和KOBAS3.0在线工具对致病基因进行富集分析,String数据库构建PsA致病基因的PPI网络,筛选PsA发病过程中的重点基因、主要生物过程及信号通路.结果 得到了与PsA发病密切相关的基因,差异表达基因中与PsA高度相关(得分较高且差异显著)的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1.GO富集分析结果显示,在免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程中富集的基因较多且较显著.KEGG分析显示,PsA致病基因主要富集的通路是细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等.筛选的PsA致病基因与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.结论 筛选出与PsA发病高度相关的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1,这些致病基因参与免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程,可能通过影响细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等通路来发挥作用,并与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.

目的 乳腺导管原位癌(breast ductal carcinoma in situ,DCIS)是浸润性导管癌(invasive ductal carcinoma,IDC)的前驱病变,DCIS进展为IDC的机制尚不明确,本研究通过研究DCIS和IDC的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),从分子层面初步探讨介导二者发展的相关因素.方法 在美国国立生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)的基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取DCIS与IDC的相关基因芯片数据,采用R语言根据设定的条件(| log2FC |＞1,P＜0.05)筛选出二者的DEGs,用DAVID、String等在线数据库对上述所得基因数据进行功能富集分析、信号通路分析及预测蛋白质相互作用关系.结果 筛选出261个差异表达基因,其中上调差异基因16个,下调差异基因245个.GO富集分析显示,下调DEGs主要涉及内肽酶活性的负向调节(P=0.042)、蛋白质细胞外基质(P=0.003)、细胞外基质(P=0.006)、顶端质膜(P=0.006)、受体复合物(P=0.008)、黏附斑(P=0.007)和细胞表面(P=0.008)等细胞成分,肝素结合(P=0.013)、丝氨酸型内肽酶抑制剂活性(P=0.014)和受体结合(P=0.016)等分子功能;上调DEGs主要涉及胶原分解过程(P=0.002)和蛋白质细胞外基质(P=0.050);KEGG分析显示,下调DEGs主要参与酪氨酸代谢(P=0.010)和补体系统(P=0.036)等信号通路;通过String 分析得到的蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)发现这些基因编码蛋白间的相互作用主要集中在SEPP1、SERPINA1、SERPINA3、CLU、PROS1、MAGED2、VWF、CXCL12、CXCL11、CXCL1、CXCL2、GNG11、SAA1、ANXA1及CCL19等15个蛋白.结论 采用生物信息学方法对IDC与DCIS进行DEGs的分析,可有效发掘二者之间的相关信息,为乳腺癌的下一步研究提供新的思路.

目的 应用生物信息学方法筛选与早期胃癌预后相关的核心基因.方法 以"early gastric cancer,Homo"为关键词,从GEO数据库中下载人类早期胃癌基因芯片数据集(GSE3438、GSE55696).利用GEO2R在线分析工具筛选早期胃癌组织与正常胃组织的差异表达基因(DEGs),采用维恩图确定GSE3438、GSE55696数据集的交集基因.利用生物学信息注释数据库DAVID对早期胃癌DEGs进行GO功能注释和KEGG富集分析.应用STRING在线数据库,以medium confidence>0.4为条件构建DEGs的蛋白质相互作用网络,并通过Cytoscape的CytoHubba插件按基因节点的连接度筛选前6位核心基因.以核心基因mRNA表达的最佳截断值为临界值,将早期胃癌患者分为高表达者与低表达者,比较不同表达者的总生存期(OS).结果 从GSE3438、GSE55696数据集中共获取30个DEGs,其中表达上调基因11个、表达下调基因19个.GO功能注释显示,早期胃癌的DEGs主要存在于细胞外外来体的细胞学组分,介导烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP)为受体的氧化还原酶活性的生物学功能,参与细胞增殖调控的生物学过程.KEGG富集分析显示,DEGs主要参与糖酵解和糖异生以及细胞色素P450信号通路的调控.通过Cytoscape的CytoHubba插件按基因节点的连接度筛选前6位核心基因,分别为CDKN2A、ANXA2、CTSB、ATF3、CD59、CCND2.ANXA2高表达者中位OS高于ANXA2低表达者,CTSB高表达者中位OS低于CTSB低表达者(P均<0.01);CCND2、CD59、ATF3、CDKN2A不同表达者中位OS比较P均>0.05.结论 早期胃癌组织存在多种DEGs,其中ANXA2、CTSB表达变化可能与早期胃癌患者预后有关.