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人类白细胞抗原Ⅰ、Ⅱ类等位基因及单倍体多态性与中国南方汉族白血病的相关性
编辑人员丨5天前
目的:探讨人类白细胞抗原(HLA)Ⅰ类(A、B、C)、Ⅱ类(DRB1、DQB1、DPB1)等位基因和单倍体多态性与中国南方汉族急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓系白血病(AML)以及慢性粒细胞白血病(CML)的相关性。方法:收集深圳市血液中心845例中国南方汉族白血病患者(323例ALL、350例AML及172例CML)和745名中国南方汉族健康献血者的外周血样本。应用聚合酶链反应反向序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-rSSO)及测序分型(PCR-SBT)方法对HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1进行基因分型,鉴定HLA等位基因前4位数。采用Arlequin 3.5软件分析HLA单倍体;从HLA低分辨水平(等位基因前2位数)及高分辨水平(等位基因前4位数)分别统计分析HLA等位基因和单倍体多态性与3种白血病的相关性。结果:经Bonferroni校正,ALL组A*02(36.22%比28.26%, χ2=13.41, PC<0.01)及其单倍体A*02-B*46-C*01(15.35%比10.23%, χ2=10.90, PC=0.02)、DRB1*12(15.79%比11.10%, χ2=9.02, PC=0.03)、A*02:03(9.75%比5.32%, χ2=14.25, PC=0.002)及其单倍体A*02:03-B*38:02-C*07:02(3.80%比1.51%, χ2=10.41, PC=0.02)的频率均高于对照组,是ALL易感因素;AML组A*11-B*15-C*08-DRB1*15-DQB1*06-DPB1*02的频率高于对照组(1.34%比0.07%, χ2=12.54, PC=0.003),是AML易感单倍体;CML组A*02(36.63%比28.26%, χ2=9.33, PC=0.02)及其单倍体A*02-B*15-C*04(2.17%比0.29%, χ2=11.74, PC=0.02)、DRB1*03:01-DQB1*02:01-DPB1*02:01(1.86%比0.14%, χ2=13.10, PC=0.01)的频率均高于对照组,是CML易感因素;CML组DRB1*13的频率低于对照组(1.45%比5.25%, χ2=9.29, PC=0.03),是CML拮抗基因。 结论:在HLA低分辨及高分辨水平发现了白血病易感或拮抗HLA等位基因和单倍体,可为探究中国南方汉族白血病发病机制并制订有效治疗策略提供参考。
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编辑人员丨5天前
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T细胞表位模型和表达模型对非亲缘造血干细胞移植供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能评估
编辑人员丨5天前
目的:评估T细胞表位(TCE)模型和表达模型对人类白细胞抗原(HLA)相合非亲缘造血干细胞移植(MUD-HSCT)供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能。方法:回顾性分析2016至2019年陕西省血液中心进行HLA高分辨分型确认的MUD-HSCT供受者364例(182对)。182例受者中,男121例,女61例,年龄(26.3±14.2)岁;182例供者中,男148例,女34例,年龄(33.7±7.5)岁。应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS)技术和基于LABScan ? 3D 平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等进行HLA-A、B、C、DRB1、DQB1、DPB1基因高分辨分型,采用PCR-SBT进行单核苷酸多态性(SNP)分型,运用TCE模型和表达模型评估MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配模式和急性移植物抗宿主病(aGVHD)风险。 结果:检出26种HLA-DPB1等位基因及其3′-UTR rs9277534 SNP基因型,发现并正式命名2个新等位基因HLA-DPB1*1052∶01 和HLA-DPB1*1119∶01。HLA-DPB1基因总错配率达90.66%(165/182),TCE模型允许错配占47.80%(87/182),不允许错配占42.86%(78/182);移植物抗宿主(GvH)方向的不允许错配为13.73%(25/182),宿主抗移植物(HvG)方向的不允许错配为29.12%(53/182)。TCE模型中共有73对供受者符合表达模型评估标准,其中TCE允许错配组的受者DP5错配占34.25%(25/73),根据表达模型预测其移植后aGVHD风险为高风险;TCE不允许错配组的受者DP2错配占6.85%(5/73),受者DP5错配占10.86%(8/73),均被预测为aGVHD高风险。两种模型之间的整体一致性为27.27%,不一致性为16.97%。结论:TCE模型和表达模型是预测MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配风险的有效工具,综合应用两种模型有助于移植风险分层评估。
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编辑人员丨5天前
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Dickkopf相关蛋白3甲基化对直肠癌细胞生物学行为的影响及其临床意义
编辑人员丨5天前
目的:探讨Dickkopf相关蛋白3(DKK3)基因高甲基化对直肠癌增殖、迁移及侵袭的影响及其临床价值。方法:SW480、LOVO、HT29及HCT116等直肠癌细胞购自中国科学院细胞库。选择2016年1月至2016年12月直肠癌患者(直肠癌组)及直肠良性疾病患者(对照组)为研究对象。设计合成寡核苷酸序列(MON、UMON和CON)并转染至LOVO直肠癌细胞。采用甲基特异性PCR检测直肠癌患者(肿瘤组织、癌旁组织)、对照组直肠组织及直肠癌细胞系中DKK3基因甲基化状态;分析DKK3基因甲基化与临床病理因素、无进展生存期(PFS)及总生存期的关系;Transwell小室检测MON组、UMON组及CON组LOVO直肠癌细胞迁移及侵袭。两组间均数比较用独立样本 t检验;多组间均数比较用单因素方差分析(组间比较用LSD- t检验)。Kaplan-Meier生存分析并采用Log-rank比较。 结果:直肠癌组患者肿瘤组织DKK3基因甲基化率显著高于癌旁组织及对照组直肠组织(甲基化率分别72.2%、11.1%比12.0%),差异有统计学意义( χ2=88.756, P<0.05)。SW480、HT29及HCT116等直肠癌细胞系中DKK3基因呈甲基化状态,而在LOVO直肠癌细胞中呈未甲基化状态。低+中分化、N2淋巴结转移、肿瘤最大径≥3 cm、T3+T4及Ⅲ+Ⅳ期患者DKK3基因甲基化率显著高于高分化、N0+N1淋巴结转移、肿瘤最大径<3 cm、T1+T2及Ⅰ+Ⅱ期患者(甲基化率分别79.31%比59.38%、86.11%比62.96%、83.67%比58.54%、83.33%比59.52%、82.76%比53.13%),差异有统计学意义( χ2=5.922、4.673、5.833、5.198、7.610,均 P<0.05)。DKK3基因甲基化患者PFS及中位生存期显著低于DKK3基因未甲基化患者[PFS为(24.4±3.8)个月比(33.7±4.1)个月,中位生存期为(31.5±4.2)个月比(42.8±5.4)个月],差异有统计学意义(Log-rank=21.135、30.876, P<0.05)。MON组LOVO直肠癌细胞1~6 d细胞活力、细胞迁移数及侵袭数均显著高于UMON组及CON组LOVO直肠癌细胞[1 d的吸光度( A)值分别为0.21±0.03、0.14±0.03比0.15±0.04、2 d的 A值分别为0.31±0.04、0.21±0.04比0.23±0.05、3 d的 A值分别为0.42±0.05、0.29±0.05比0.28±0.06、4 d的 A值分别为0.57±0.05、0.33±0.06比0.35±0.05、5 d的 A值分别为0.71±0.08、0.45±0.06比0.44±0.07、6 d的 A值分别为0.89±0.09、0.53±0.08比0.54±0.09,细胞迁移数分别为(687.1±23.5)、(287.5±15.4)个比(285.9±15.1)个;细胞侵袭数分别为(419.6±34.2)、(151.7±14.9)个比(152.6±15.5)个],差异有统计学意义( F=11.382、13.263、14.651、16.128、19.877、21.235、44.981、37.247, P<0.05)。 结论:DKK3基因高甲基化可促进直肠癌细胞增殖、迁移及侵袭,有助于直肠癌病情及预后评估。
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编辑人员丨5天前
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TLR9通路激活对原代肾小管上皮细胞转录组的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨Toll样受体9(TLR9)信号通路激活对肾小管细胞转录组的影响。方法:提取并培养小鼠原代肾小管上皮细胞,在细胞融合度达80%时分为两组,分别加入10 μL磷酸盐缓冲液(PBS,PBS对照组)和终浓度为5 μmol/L的TLR9激活剂胞嘧啶-鸟嘌呤寡脱氧核苷酸(CpG-ODN,CpG-ODN处理组)。提取细胞RNA后在Illumina平台进行测序,使用差异基因分析软件DEGseq分析两组细胞中基因的差异表达情况,通过Goatools和KOBAS在线软件分析差异基因所参与的信号通路,应用Homer软件预测转录因子。结果:与PBS对照组相比,CpG-ODN处理后有584个显著的差异表达基因,其中102个基因表达上调,482个表达下调。差异表达基因富集最显著的基因本体(GO)为β-干扰素响应、病毒响应或防御等炎症反应相关条目;京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)信号通路富集结果显示,富集系数最显著的信号通路包括2'-5'-寡腺苷酸合成酶活性、核糖核酸酶活性的调节、病毒生命周期的负调控、β-干扰素响应和对原生动物的防御反应等。转录因子预测结果显示,干扰素调节因子3(IRF3)是差异基因启动子序列上富集最显著的转录因子;IRF3是TLR9下游表达差异最显著的转录因子,转录因子21(TCF21)、锌指蛋白135(ZNF135)和阳性调节域4(PRDM4)等转录因子可能是TLR9信号通路的新候选靶标。结论:CpG-ODN激活TLR9信号通路,原代肾小管上皮细胞能直接响应CpG-ODN的刺激并发生转录组学变化,为进一步探究TLR9信号通路在脓毒症相关性急性肾损伤中的分子机制研究提供了基础。
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编辑人员丨5天前
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SOX7基因甲基化在肾癌中的临床价值及对肾癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响
编辑人员丨5天前
目的:研究SRY盒转录因子7( SOX7)基因甲基化在肾癌中的临床价值及对肾癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。 方法:选择80例肾癌患者(肾癌组)及50例肾脏良性疾病患者(对照组)为研究对象。设计合成寡核苷酸序列(MON、UMON和CON)并转染至肾癌细胞A498。采用甲基特异性PCR检测肾癌患者(肿瘤组织、癌旁组织)和对照组肾脏组织中 SOX7基因甲基化状态,分析 SOX7基因甲基化与临床病理因素的关系,MTT法检测 SOX7基因甲基化对肾癌细胞增殖的影响,Transwell小室法检测 SOX7基因甲基化对肾癌细胞迁移和侵袭的影响。 结果:肾癌组患者肿瘤组织 SOX7基因甲基化率高于癌旁组织和对照组肾脏组织,差异有统计学意义(χ 2=67.522, P<0.05)。肾癌细胞Caki-1、786-O、769-P中 SOX7基因呈甲基化状态,而在A498细胞中呈未甲基化状态。肾癌组患者肿瘤组织 SOX7基因甲基化率在性别、年龄及病理类型方面比较差异无统计学意义(均 P>0.05),在分化程度、肿瘤最大径、淋巴结转移、肿瘤数量及肿瘤分期方面比较差异均有统计学意义(均 P<0.05)。转染MON后可成功诱导A498细胞 SOX7基因甲基化,MON组A498细胞第1~7天细胞活力高于UMON组和CON组( P<0.05)。 结论:SOX7基因甲基化可促进肾癌细胞增殖、迁移和侵袭,在肾癌的病情及预后评估中具有重要临床价值。
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编辑人员丨5天前
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长链非编码RNA LINC01234通过靶向微小RNA-940调控前列腺癌细胞的增殖、凋亡、迁移及侵袭
编辑人员丨5天前
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA) LINC01234对前列腺癌细胞的增殖、凋亡、迁移及侵袭的影响及其分子机制。方法:采用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测收集2017年5月至2018年7月郑州大学第一附属医院收治的20例前列腺癌患者的前列腺癌组织及癌旁组织中LINC01234、微小RNA(miRNA,miR)-940的表达水平。分别将LINC01234小干扰RNA(si-LINC01234)、乱序无意义阴性序列(si-NC)、微小RNA-940模拟物(miR-940 mimics)、阴性对照基因(miR-NC)、si-LINC01234+阴性对照(anti-miR-NC)、si-LINC01234+微小RNA 940特异性寡核苷酸抑制剂(anti-miR-940)转染至DU145细胞。分别记作si-NC、si-LINC01234、miR-NC、miR-940、si-LINC01234+anti-miR-NC、si-LINC01234+anti-miR-940组。噻唑蓝(MTT)检测各组细胞的活性;流式细胞术检测各组细胞凋亡率;Transwell法检测各组细胞的迁移及侵袭;双荧光素酶报告实验验证LINC01234与miR-940的靶向关系。两组间比较采用独立样本 t检验,多组间比较采用单因素方差分析。 结果:LINC01234在前列腺癌组织中的表达水平高于癌旁组织(1.00±0.08比2.61±0.25, t=27.430, P<0.05),miR-940在前列腺癌组织中的表达水平低于癌旁组织(1.00±0.09比0.56±0.05, t=19.112, P<0.05),差异有统计学意义;转染si-LINC01234、miR-940 mimics后细胞活力显著降低(1.29±0.11比0.71±0.06;1.24±0.09比0.79±0.07, t=13.886, P<0.05),迁移细胞数[(84.36±8.12)个比(39.41±4.22)个;(86.25±8.14)个比(44.37±4.48)个]与侵袭细胞数[(67.25±6.74)个比(28.44±3.58)个;(69.48±6.25)个比(33.47±4.18)个]显著减少( t=14.735、15.309, P<0.05),细胞凋亡率[(6.58±0.61)%比(20.36±2.14)%;(7.11±0.71)%比(18.26±1.36)%]显著升高( t=18.577, P<0.05),差异均有统计学意义;双荧光素酶报告实验证实miR-940过表达可抑制野生型(WT)-LINC01234细胞的荧光活性,LINC01234可负向调控miR-940的表达( t=328.298, P<0.05),差异有统计学意义;干扰miR-940表达可逆转抑制LINC01234表达对前列腺癌细胞增殖、迁移、侵袭的抑制作用及其对凋亡的促进作用。 结论:lncRNA LINC01234可能通过靶向miR-940促进前列腺癌细胞增殖、迁移及侵袭,抑制细胞凋亡。
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编辑人员丨5天前
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一例白血病患者HLA位点杂合性丢失的分析
编辑人员丨5天前
目的:分析1例白血病患者人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)杂合性丢失情况。方法:采用聚合酶链反应序列特异性寡核苷酸探针法和聚合酶链反应测序方法对患者移植后外周血、头发毛囊、口腔黏膜拭子及其父母外周血进行HLA分型。采用23位点短串联重复序列(short tandem repeat, STR)测定试剂盒和本实验室建立的HLA区域内的6个STR位点方法对患者移植后的外周血、口腔黏膜拭子及其父母外周血进行STR位点检测。结果:患者经父亲源单倍型造血干细胞移植后,外周血标本HLA基因型与父亲完全一致。患者头发毛囊标本HLA结果为HLA-A*02:01,24:02, C*03:03,03:04, B*13:01,15:01, DRB1*08:03,12:02, DQB1*03:01,06:01。口腔黏膜拭子为HLA纯合子,只存在父亲单倍型HLA-A*24:02-C*03:03-B*15:01-DRB1*08:03-DQB1*06:01,丢失了母亲单倍型HLA-A*02:01-C*03:04-B*13:01-DRB1*12:02-DQB1*03:01。患者移植后外周血23个STR位点与父亲完全一致。口腔黏膜拭子23位点短串联重复位点无丢失,但6号染色体上HLA区域的6个STR位点至少有4个发生了丢失。结论:发现1例单倍型造血干细胞移植白血病患者的口腔黏膜拭子发生HLA杂合性丢失。
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编辑人员丨5天前
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从调控肺泡中性粒细胞凋亡探讨血必净注射液防治体外循环肺损伤的机制
编辑人员丨5天前
目的:从调控中性粒细胞(PMN)凋亡探讨血必净注射液对体外循环(CPB)所致急性肺损伤(ALI)的防治作用。方法:按随机数字表法将30只雄性SD大鼠分为假手术组(Sham组)、CPB模型组(CPB组)、血必净预处理组(XBJ组),每组10只。CPB组和XBJ组CPB 60 min后停机;Sham组不行CPB。XBJ组CPB前2 h腹腔注射4 mL/kg血必净注射液;Sham组和CPB组注射等量生理盐水。CPB后4 h,取动脉血进行血气分析,计算呼吸指数(RI);取肺组织测定肺系数(LI)和肺含水率。收集支气管肺泡灌洗液(BALF)获取PMN,检测天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶3(caspase-3)活性,并用流式细胞仪检测细胞凋亡率;实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测微小RNA-142-3p(miR-142-3p)、FoxO1 mRNA表达;蛋白质免疫印迹试验(Western blotting)检测FoxO1蛋白表达。此外,将HL-60细胞分为对照寡核苷酸转染组、miR-142-3p模拟物转染组和miR-142-3p拮抗物转染组,转染48 h后双荧光素酶报告基因检测miR-142-3p与FoxO1结合的活性。结果:与Sham组相比,CPB组大鼠RI、LI及肺含水率显著升高,BALF获取PMN中caspase-3活性和细胞凋亡率显著降低,miR-142-3p表达下降,FoxO1蛋白表达增加。与CPB组比较,XBJ组大鼠RI、LI、肺含水率显著降低〔RI:0.281±0.066比0.379±0.071,LI:4.50±0.26比5.71±0.42,肺含水率:(80.31±3.25)%比(84.59±3.41)%,均 P<0.01〕,BALF获取PMN中caspase-3活性和细胞凋亡率显著升高〔caspase-3活性:0.350±0.021比0.210±0.014,凋亡率:(15.490±1.382)%比(8.700±0.701)%,均 P<0.01〕,miR-142-3p表达显著上调(2 -ΔΔCt:2.61±0.17比0.62±0.05, P<0.01),FoxO1蛋白表达显著降低〔FoxO1/GAPDH(相对表达量):0.81±0.04比1.22±0.06, P<0.01〕。而3组间FoxO1 mRNA表达差异无统计学意义。生物信息学分析结果表明,miR-142-3p可以结合FoxO1 3'非翻译区(3'UTR)。与转染无关对照寡核苷酸序列比较,转染miR-142-3p模拟物可以降低HL-60细胞FoxO1蛋白表达〔FoxO1/GAPDH(相对表达量):0.48±0.06比1.00±0.05, P<0.01〕,而转染miR-142-3p拮抗物后FoxO1蛋白表达上升〔FoxO1/GAPDH(相对表达量):1.37±0.21比1.00±0.05, P<0.05〕,但转染miR-142-3p模拟物或拮抗物对FoxO1 mRNA表达均无影响。荧光素酶报告基因显示,miR-142-3p可以与FoxO1 3'UTR结合抑制FoxO1表达。 结论:血必净注射液可能通过miR-142-3p/FoxO1轴促进肺泡PMN凋亡,发挥防治CPB所致ALI的作用。
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编辑人员丨5天前
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HLA-DQB1*03:90N碱基缺失的序列分析及确认
编辑人员丨5天前
目的:确认人类白细胞抗原罕见等位基因HLA-DQB1*03:90N的序列,探讨检测方法,以提高HLA分型的准确性。方法:采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligonudeotide probe,SSOP)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库深圳分库登记的2265例造血干细胞捐献者进行HLA分型检测,针对1例HLA-DQB1罕见等位基因进一步选择聚合酶链反应-直接测序分型(sequence-based tying,SBT)技术和基于Ion Torrent S5平台的二代测序(next generation sequencing,NGS)分析技术进行确认。结果:HLA-DQB1位点SSOP分型结果显示为罕见等位基因,经SBT复核发现序列在第2外显子疑似插入或缺失,最后通过NGS确认结果为DQB1*03:90N,DQB1*06:01。结论:经SSOP法检测得到的罕见等位基因不能轻易排除,应借助多种方法复核确认,保证HLA基因分型结果的准确性。罕见等位基因或新等位基因序列存在碱基缺失,采用二代测序技术可能得到更准确的结果。
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编辑人员丨5天前
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老年人慢性纤维化肺曲霉病1例
编辑人员丨5天前
肺曲霉菌是一种机会致病性霉菌,发病后会出现过敏性疾病到浸润性疾病的不同临床表现,未经治疗的慢性肺曲霉病(CPA)常发展为慢性纤维化肺曲霉病(CFPA),进展到终末期会发展为复杂性慢性肺曲霉病(CCPA)伴发严重肺间质纤维化最终导致呼吸衰竭而死亡。老年人感染率高,尤其是对于合并免疫系统损伤性疾病者,严重基础疾病、肺损伤和老年人免疫反应受损者,病情进展更快速易转为重症或者死亡。本文报道1例患者慢性纤维化肺曲霉菌病的发病过程、影像学特点和病原学结果,并对尼达尼布改善慢性纤维化肺曲霉病患者的肺功能进行分析,最终发现慢性纤维化肺曲霉菌病经过抗真菌、抗感染、抗纤维化等治疗后患者肺功能明显好转,尤其尼达尼布对于慢性纤维化肺曲霉菌患者肺功能有改善作用,对于老年患者真菌感染并发肺间质性病变的诊治提供一定的建议和启示。
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编辑人员丨5天前
