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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨6天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨6天前
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基于网络药理学的鹅不食草治疗支气管哮喘机制研究
编辑人员丨6天前
目的:筛选鹅不食草治疗支气管哮喘的活性成分及对应靶点,构建药物成分-靶点-通路网络,探讨鹅不食草治疗支气管哮喘的作用机制。方法:通过TCMSP和Drugbank数据库筛选鹅不食草活性成分及作用靶点,运用Cytoscape软件构建靶点间相互作用网络并进行交联分析,筛选出鹅不食草治疗支气管哮喘的活性成分及靶点,基于DAVID数据库进行GO分类富集分析和通路富集分析,获取通路相关信息并进一步构建成分-靶点-通路网络模型。结果:预测得到15个鹅不食草治疗支气管哮喘的活性成分和75个主要靶点,并推断其作用机制可能与ATP结合信号通路、趋化因子激活信号通路、胞外网状结构信号通路等有关,其中IL-6、TNF、MAPK1、肿瘤蛋白p53、JUN等基因可能为关键靶点。结论:基于网络药理学探讨鹅不食草治疗支气管哮喘多成分-多靶点-多途径的特点,为阐述鹅不食草治疗支气管哮喘的作用机制和开展进一步研究提供了依据。
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编辑人员丨6天前
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新发 ATP7B基因复合杂合变异所致肝豆状核变性1例
编辑人员丨6天前
女性,11岁,2022年4月15日因"右手抖动2月余,右下肢跛行1月,发音不清半个月"就诊于临沂市人民医院。患儿系G 1P 1,因母亲为瘢痕子宫行剖宫产娩出,出生时无窒息缺氧史,发育未见异常,否认特殊疾病史。父母亲均表型未见异常,系非近亲结婚,否认家族遗传性病及传染性病史。体格检查:神志清楚,正常面容,行走时右下肢呈拖拽步态,能正常交流,但发音不清晰,语速及语调正常,无张口受限,无记忆力下降,右手呈运动性抖动,手指稍僵硬,伸屈活动欠灵活,肌张力增高,伸舌居中、活动尚可,余查体未见异常。
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编辑人员丨6天前
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miR-125a-5p靶向 Scarb1基因对缺氧/复氧心肌细胞损伤的影响及其机制研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨miR-125a-5p靶向调控清道夫受体B1( Scarb1)基因对缺氧/复氧大鼠心肌细胞损伤的影响及作用机制。 方法:将体外培养的H9c2大鼠心肌细胞随机分为空白对照组、缺氧/复氧组、转染对照组和miR-125a-5p转染组。检测各组miR-125a-5p的表达量、心肌细胞的活力、凋亡率、ATP含量以及Scarb1、Cyt C、Bax、Bcl-2及NF-κB信号通路相关蛋白的表达情况。利用Targetscan软件预测miR-125a-5p的靶基因,用双荧光素酶报告基因实验验证miR-125a-5p和 Scarb1的靶向关系。 结果:与空白对照组相比,缺氧/复氧组心肌细胞miR-125a-5p、Bax、Cyt C的表达和凋亡率明显升高( P<0.05),细胞活力、Scarb1、Bcl-2的表达及ATP含量明显降低( P<0.05)。与转染对照组相比,miR-125a-5p转染组的情况与上述变化相反。双荧光素酶报告基因实验证实 Scarb1为miR-125a-5p的靶基因。缺氧/复氧能够促进心肌细胞中NF-κB p65、c-Myc和Cyclin D1蛋白的表达,而下调miR-125a-5p的表达则能够抑制上述蛋白的表达。 结论:缺氧/复氧能够诱导心肌细胞中miR-125a-5p的表达,抑制miR-125a-5p则能够通过上调 Scarb1的表达对缺氧/复氧心肌细胞起保护作用,其机制可能与抑制NF-κB信号通路的活化有关。
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编辑人员丨6天前
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生物信息学分析转录因子E2F1/2/7/8在前列腺癌中的作用
编辑人员丨6天前
目的:通过生物信息学分析转录因子E2F1/2/7/8在前列腺癌(PCa)中的生物学作用。方法:在GEPIA数据库中,以50%为界值将E2F1/2/7/8基因表达水平分为低表达组和高表达组,分析E2F1/2/7/8表达差异与PCa患者无病生存率(DFS)的关系。TCGA数据库包含497例PCa和52例正常前列腺组织,UALCAN网站分析TCGA数据库中基因转录水平及其与Gleason评分的关系。分别获取E2F1/2/7/8的相关基因,将4组相关基因取交集绘制韦恩图获得最终相关基因,进一步行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果:E2F1/2/7/8表达水平越低,PCa患者DFS越高(均 P<0.05)。与正常前列腺组织比较,PCa组织中E2F1/2/7表达升高(均 P<0.05)。E2F1/2/7/8表达水平越高,PCa患者的Gleason评分越高(均 P<0.05)。126个最终相关基因的GO功能分析显示,相关基因在生物学过程(BP)方面主要富集于细胞分裂、有丝分裂、姐妹染色体结合、细胞增殖以及DNA复制等,在细胞成分(CC)方面主要富集于细胞核、细胞核质、细胞质以及细胞溶质等,在分子功能(MF)方面主要富集于蛋白结合、ATP及DNA结合等;KEGG富集于细胞周期、卵母细胞减数分裂、孕酮介导的卵母细胞成熟等信号通路。 结论:转录因子家族中E2F1/2/7/8可通过调节细胞周期,发挥致癌基因作用。
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编辑人员丨6天前
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LiaSR双组分信号转导系统调控变异链球菌耐酸和生物膜形成能力的机制研究
编辑人员丨6天前
目的:探究LiaSR双组分信号转导系统对变异链球菌(Sm)593号(Sm 593)临床株耐酸和生物膜形成的影响及相关机制。方法:以Sm 593及其liaS和liaR基因敲除株为研究菌株,采用全自动生长曲线测定仪检测并绘制pH=5.5环境中各菌株的生长曲线;用菌落计数法检测细菌的适应性耐酸能力;使用Laurdan探针、氢-钾腺苷三磷酸(ATP)酶试剂盒、质子通透性检测实验和实时荧光定量PCR(RT-qPCR)探究LiaSR双组分信号转导系统介导的耐酸机制。体外构建各菌株的生物膜,通过结晶紫染色法、菌落计数法、SYTOX探针检测法和蒽酮-硫酸法探究各菌株的生物膜总量、活菌数、胞外DNA(eDNA)和胞外多糖含量;采用RT-qPCR法检测胞外多糖合成相关基因的表达情况。结果:pH=5.5环境中,liaS和liaR基因敲除株的生长受到显著抑制( P<0.05)。适应性耐酸曲线显示敲除株与野生株相比,固有耐酸和适应性耐酸能力均显著下降( P<0.05)。对三菌株无预酸化处理20和40 min以及预酸化处理20和40 min后,liaS基因敲除株生存率[(8.98±2.00)%、(0.18±0.07)%、(14.88±8.64)%、(0.82±0.91)%]和liaR基因敲除株生存率[(0.38±0.19)%、(0.34±0.18)%、(7.89±2.02)%、(1.52±0.37)%]均分别显著低于野生株[(32.49±9.75)%、(1.27±0.32)%、(62.76±29.06)%、(8.02±1.25)%](均 P<0.05)。此外,liaS和liaR敲除株膜流动性(0.18±0.04和0.18±0.05)均显著低于野生株(0.08±0.05)(均 P<0.01);不饱和脂肪酸合成基因fabM表达水平(0.52±0.11和0.57±0.05)与野生株(1.04±0.30)相比均显著降低约1/2(均 P<0.001);H +-ATP酶活性(917.06±59.53和469.53±47.65)与野生株(127.00±50.71)相比显著升高7.22和3.70倍(均 P<0.001),且编码H +-ATP酶基因atpD的表达水平(3.39±0.21和1.94±0.17)也较野生株(1.00±0.15)显著升高3.39和1.94倍(均 P<0.01)。liaR基因敲除株的终末pH值(4.76±0.01)显著低于野生株(4.90±0.00),liaS基因敲除株的终末pH值(5.19±0.01)显著高于野生株(均 P<0.001)。liaS和liaR基因敲除株与野生株相比,Sm 593生物膜总量未发生明显变化,生物膜活菌数均显著少于野生株(均 P<0.05),且eDNA含量均显著高于野生株(均 P<0.01)。liaS基因敲除株生物膜水溶性多糖含量与野生株相比显著增加1.88倍( P=0.003)。liaS和liaR基因敲除株胞外多糖合成相关基因gtfD表达水平较野生株显著升高47.43和16.90倍(均 P<0.05),liaS基因敲除株中gtfC基因比野生株显著高表达1.65倍( P=0.014)。 结论:LiaSR双组分信号转导系统通过调控膜不饱和脂肪酸合成和胞膜流动性,参与Sm 593的耐酸过程;LiaR反应调节蛋白还可参与调节膜质子通透性,增强Sm 593的耐酸能力;此双组分信号转导系统可负向调控生物膜胞外基质的产生。
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编辑人员丨6天前
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基于生物信息学方法筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因
编辑人员丨6天前
目的:利用生物信息学技术筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因(FRG)。方法:使用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载RNA测序数据,共545例结直肠腺癌患者临床信息,602例数据集。从FerrDb数据库下载FRG基因集。取FRG基因集与TCGA数据库基因集交集,得到FRG表达数据集。使用R软件筛选结直肠腺癌组织与癌旁组织间差异表达FRG和预后相关基因,获得影响结直肠腺癌预后的FRG。通过在线蛋白互作网络工具分析蛋白之间的互作关系及蛋白质表达的相关性。使用LASSO回归分析构建患者5年总生存率的预后风险模型,计算TCGA数据库509例结直肠腺癌样本的风险值,以中位风险值为临界值,将患者分为高风险组(≥中位风险值)、低风险组(<中位风险值),并绘制生存曲线。绘制依据FRG预后模型的风险值预测TCGA数据库中结直肠腺癌患者5年总生存率时间依赖的受试者工作特征(ROC)曲线,使用Cox比例风险模型进行单因素和多因素生存分析,筛选影响预后的因素。基于基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对与结直肠腺癌预后相关的FRG进行通路富集分析。结果:数据库中545例患者临床信息,602个数据集中,通过比较发现199个在结直肠腺癌中差异表达的FRG,28个预后相关的FRG,取交集后发现21个影响结直肠腺癌患者预后的FRG。DUOX2、NOX4、NOX1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、ULK1、ATG3与WIPI1基因间可能有相关性;NOX4、NOX5、PLIN4和ATP6V1G2基因表达呈正相关,ULK1与MAPK1、MYB、FANCD2、ATG3、ATP5MC3基因表达呈负相关。使用LASSO回归分析,最终筛选出15个FRG(ATP5MC3、NOX4、NOX5、ALOX12B、ATG3、WIPI1、MAPK1、MYB、AKR1C1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、DRD4、SLC2A3、PLIN4),构建风险模型,风险值=NOX4×0.139-ATP5M3×0.108+NOX5×1.486+ALOX12B×0.475-ATG3×0.030-WIPI1×0.170-MAPK1×0.271-MYB×0.063+AKR1C1×0.021+DDIT3×0.186+JDP2×0.292+ATP6V1G2×0.777+ DRD4×0.294+SLC2A3×0.059+PLIN4×0.113。高风险组患者总生存较低风险组差( P<0.001),低风险组5年总生存率为76.8%,高风险组5年总生存率为48.2%。多因素生存分析显示年龄和风险值是预后的独立影响因素。使用预后相关FRG构建的风险模型能够较好地预测患者5年总生存率(曲线下面积0.728)。高、低风险组患者中的差异表达基因可能与细胞外基质组成和细胞外结构构成、局部黏附等基因通路有关。 结论:依据筛选的FRG构建的预后风险模型可较好评估结直肠腺癌患者预后,这些FRG有望成为结直肠腺癌预后相关新的候选生物标志物。
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编辑人员丨6天前
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miR-511-3p靶向ATP2A2调控内质网应激对肺癌细胞增殖和凋亡的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨miRNA-511-3p(miR-511-3p)对肺癌细胞增殖和凋亡的影响,及ATP2A2、内质网应激在其中的可能作用。方法:回顾性收集2020年1月至2022年3月惠州市中心人民医院69例肺癌患者的肺癌组织和癌旁正常组织(距离肿瘤>2 cm)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测癌和癌旁组织以及永生化肺上皮细胞株BEAS-2B、人肺细胞株CCD-19Lu、人肺癌细胞株A549、H1975、H1299中miR-511-3p转录水平相对表达量。选择miR-511-3p相对表达水平最低的肺癌细胞株A549进行后续实验。将细胞分为miR对照组(转染miR-511-3p无关序列)、miR-511-3p过表达组(转染miR-511-3p模拟物)、miR-511-3p敲低组(转染miR-511-3p抑制物);另取A549细胞分为ATP2A2过表达对照组(转染空载质粒)、ATP2A2过表达组(转染ATP2A2过表达质粒),以及ATP2A2敲低对照组(转染载有小干扰RNA无关序列的质粒)和ATP2A2敲低组(转染载有ATP2A2小干扰RNA序列的质粒)。采用qRT-PCR法检测各组A549细胞miR-511-3p和ATP2A2转录水平相对表达量;蛋白质印迹法检测各组A549细胞ATP2A2蛋白及内质网应激标志蛋白的相对表达量;双荧光素酶报告基因实验验证miR-511-3p与ATP2A2 mRNA的靶向关系;CCK-8法检测各组A549细胞增殖能力(以吸光度值表示);流式细胞术检测各组A549细胞中凋亡细胞占比;无机磷比色法检测各组A549细胞Ca 2+-ATP酶活性;荧光探针法检测各组A549细胞Ca 2+浓度。 结果:69例患者肺癌组织和癌旁组织miR-511-3p转录水平相对表达量分别为0.08±0.03、0.17±0.12,差异有统计学意义( t=6.04, P<0.05)。miR-511-3p过表达组、miR-511-3p敲低组、miR对照组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(58.1±6.1)%、(11.0±1.3)%、(22.0±2.1)%,miR-511-3p过表达组较miR对照组高,miR-511-3p敲低组较对照组低,差异均有统计学意义( t值分别为9.70、7.64,均 P<0.05)。培养24、48、72 h后,miR-511-3p过表达组A549细胞增殖能力均较miR对照组低,miR-511-3p敲低组均较miR对照组高,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。ATP2A2敲低组、ATP2A2敲低对照组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(58.2±1.5)%、(23.8±1.0)%,差异有统计学意义( t=33.94, P<0.05);ATP2A2过表达组、ATP2A2过表达对照组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(13.8±2.0)%、(23.8±1.0)%,差异有统计学意义( t=7.96,均 P<0.05)。miR-511-3p过表达组、miR-511-3p敲低组、miR对照组A549细胞ATP2A2转录水平相对表达量分别为0.11±0.01、1.34±0.19、0.51±0.12,miR-511-3p过表达组较miR对照组低,miR-511-3p敲低组较对照组高,差异均有统计学意义( t值分别为5.76、6.40,均 P<0.05);miR-511-3p过表达组A549细胞ATP2A2蛋白相对表达量较其对照组低,miR-511-3p敲低组较其对照组高,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验验证miR-511-3p与ATP2A2 mRNA存在靶向关系。对照组、miR-511-3p过表达组、ATP2A2过表达组、miR-511-3p过表达+ATP2A2过表达组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(21.5±3.0)%、(58.1±5.0)%、(13.3±1.2)%、(20.5±4.0)%,差异有统计学意义( F=73.28, P<0.001);对照组、miR-511-3p敲低组、ATP2A2敲低组、miR-511-3p敲低+ATP2A2敲低组A549细胞中凋亡细胞占比分别为(23.5±3.0)%、(11.3±1.2)%、(60.1±7.0)%、(25.6±5.0)%,差异有统计学意义( F=78.45, P<0.001)。ATP2A2过表达组A549细胞Ca 2+-ATP酶活性高于对照组,ATP2A2敲低组低于对照组,差异均有统计学意义( t值分别为4.61、6.07,均 P<0.05);ATP2A2过表达组A549细胞内Ca 2+浓度低于对照组,ATP2A2敲低组高于对照组,差异均有统计学意义( t值分别为3.30、3.95,均 P< 0.05)。miR-511-3p过表达组A549细胞Ca 2+-ATP酶活性低于miR对照组,miR-511-3p敲低组高于miR对照组,差异均有统计学意义( t值分别为6.54、4.16,均 P<0.05);miR-511-3p过表达组A549细胞内Ca 2+浓度高于miR对照组,miR-511-3p敲低组低于miR对照组,差异均有统计学意义( t值分别为3.60、6.23,均 P<0.05)。敲低ATP2A2或过表达miR-511-3p的A549细胞内质网应激标志GRP78、PERK、p-eIF2a、ATF4、CHOP蛋白相对表达量均较相应对照组高,差异均有统计学意义(均 P<0.05);过表达ATP2A2或敲低miR-511-3p的A549细胞各蛋白相对表达量均较相应对照组低,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:miR-511-3p水平变化可能影响肺癌细胞的增殖和凋亡,机制可能是其靶向ATP2A2进而调控内质网应激而影响肺癌细胞凋亡。
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编辑人员丨6天前
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青少年高尿酸血症四例病例报道及文献复习
编辑人员丨6天前
目的:通过对青少年高尿酸血症临床特征进行汇总分析,以提高临床医师对该病的诊治认识。方法:选取2015年11月至2021年8月华中科技大学同济医学院附属同济医院内分泌科收治的有明确家族史的青少年高尿酸血症4例,对其临床表现、实验室检查、基因测序以及治疗效果进行分析。结果:在4例患者中,尿调节素(UMOD)基因突变2例(c.453C>T,p.C151C纯合突变1例;c.453C>Y,p.C151C杂合突变1例);腺苷三磷酸结合盒转运体G2(ABCG2)基因复合杂合突变1例(c.421C>A p.Q141K;c.34G>A p.V12M);ABCG2基因纯合突变1例(c.421C>A,p.Q141K)。4例患者规律药物治疗及调整生活饮食习惯后血尿酸水平明显下降。结论:高尿酸血症在青少年人群中的病因除原发性因素外,一些急慢性疾病、遗传性疾病也不容忽视。存在家族史的患者建议进行基因检测。药物安全性问题在青少年人群的治疗中也应得到重视。
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编辑人员丨6天前
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115例肝豆状核变性患者的基因型-表型关系和遗传学研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨肝豆状核变性(WD)的基因型-表型关系,研究 ATP7B基因突变谱。 方法:回顾性分析2015年至2022年在郑州大学第一附属医院确诊的115例WD患者的临床资料和基因检测结果。计量资料比较采用秩和检验,计数资料比较采用 χ2检验;采用多因素logisitc回归法分析患者基因型和表型的相关性。 结果:以肝脏表现起病的(肝型)占60.9%,神经系统症状起病的(脑型)占13.0%,肝脑混合型占26.1%。症状前个体占肝型的62.9%。二代测序诊断WD的占87.8%,联合多重连接探针扩增技术诊断WD的占89.6%,仅检测到1个致病位点的占10.4%。基因检测结合临床资料对WD的诊断率为100%。共检出 ATP7B变异76种,突变频率最高前3位的为c.2333G>T(p.Arg778Leu,30.7%)、c.2975C>T(p.Pro992Leu,7.3%)和c.2621C>T(p.Ala874Val,6.4%)。变异主要分布在第8、11~13和15~18号外显子,占变异总数的90%以上。发现新变异8个,分别为c.3724G > A(p.Glu1242Lys)、c.3703G > C(p.Gly1235Arg)、c.3593T > C(p.Val1198Ala)、c.2494A > C(p.Lys832Gln)、c.1517T > A(p.Ile506Lys)、c.484G > T(p.Glu162Ter)、c.1870-49A > G和第10~21号外显子缺失。肝组织病理学示细胞水肿变性、炎性和坏死,铜染色阳性率仅为42.8%。基因型-表型分析显示,携带p.Arg778Leu变异者比携带其他变异者的丙氨酸转氨酶(ALT)水平更高( P = 0.024),p.Arg778Leu纯合变异和脑型患者相关( P = 0.027)。 结论:基因检测在WD确诊中发挥重要作用。p.Arg778Leu为中国人群第1高频变异,携带该变异的患者ALT水平较高;p.Arg778Leu纯合变异易导致脑型WD。该研究扩展了 ATP7B基因变异谱。
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编辑人员丨6天前
