Background::Thymic carcinomas (TCs) and thymic neuroendocrine neoplasms (TNENs) are two aggressive subtypes of thymic malignancy. Traditional therapy for advanced TCs and TNENs has limited outcome. New genomic profiling of TCs and TNENs might provide insights that contribute to the development of new treatment approaches.Methods::We used gene panel sequencing technologies to investigate the genetic aberrations of 32 TC patients and 15 TNEN patients who underwent surgery at Shanghai Chest Hospital between 2015 and 2017. Patient samples were sequenced using a 324-gene platform with licensed technologies. In this study, we focused on clinically relevant genomic alterations (CRGAs), which are previously proven to be pathogenic alterations, to identify the pathology-specific mutational patterns, prognostic signatures of TCs and TNENs.Results::The mutational profiles between TCs and TNENs were diverse. The genetic alterations that ranked highest in TCs were in CDKN2A, TP53, ASXL1, CDKN2B, PIK3C2G, PTCH1, and ROS1, while those in TNENs were in MEN1, MLL2, APC, RB1, and TSC2. Prognostic analysis showed that mutations of ROS1, CDKN2A, CDKN2B, BRAF, and BAP1 were significantly associated with worse outcomes in TC patients, and that mutation of ERBB2 indicated shortened disease-free survival (DFS) and overall survival (OS) in TNEN patients. Further investigation found that the prognosis-related genes were focused on signal pathways of cell cycle control, chromatin remodeling/DNA methylation, phosphoinositide 3-kinases (PI3K)/protein kinase B (AKT)/mammalian target of rapamycin (mTOR), and receptor tyrosine kinase (RTK)/RAS/mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling. Conclusion::We profiled the mutational features of 47 Chinese patients with thymic malignancy of diverse pathologic phenotypes to uncover the integrated genomic landscape of these rare tumors, and identified the pathology-specific mutational patterns, prognostic signatures, and potential therapeutic targets for TCs and TNENs.

目的:探讨含表皮生长因子的纤维蛋白细胞外基质蛋白1（EGF containing fibulin extracellular matrix protein 1，EFEMP1）在恶性间皮瘤与低分化腺癌鉴别诊断中的作用，分析EFEMP1与传统免疫组织化学标志物联合对提高恶性间皮瘤病理诊断准确性的价值。方法:收集已确诊为恶性间皮瘤的病理组织蜡块33例，良性间皮肿瘤5例，低分化癌与恶性间皮瘤不能鉴别的疑难病例7例；低分化肺腺癌组织芯片40例，低分化肠腺癌组织芯片20例；恶性间皮瘤胸腹腔积液细胞蜡块15例，腺癌胸腹腔积液细胞蜡块11例。应用免疫组织化学方法（EnVision二步法）检测EFEMP1、BerEP4、Calretinin、WT1和D2-40的表达情况，应用荧光原位杂交方法检测CDKN2A的突变情况，并分析各组病例表达差异。结果:在33例恶性间皮瘤中EFEMP1阳性表达率为78.8%（26/33），在40例低分化肺腺癌和20例低分化肠腺癌（以下简称低分化腺癌）中肿瘤细胞均不表达EFEMP1，两者差异有统计学意义（ P<0.05）。在15例恶性间皮瘤胸腹腔积液细胞蜡块中EFEMP1胞质弥漫阳性表达（15/15）。联合运用EFEMP1、BerEP4、Calretinin对鉴别恶性间皮瘤与低分化腺癌的特异度为98.3%，灵敏度为90.9%，受试者工作特征曲线（ROC曲线）下面积为0.958。 结论:EFEMP1在恶性间皮瘤组织中高表达，是诊断恶性间皮瘤的重要标志物。在胸腹腔积液细胞蜡块中，EFEMP1比Calretinin更有利于间皮细胞的形态观察。EFEMP1与BerEP4、Calretinin联合运用，有助于提高鉴别恶性间皮瘤和低分化腺癌的病理诊断准确性。

目的:探讨不同剂量率 60Co γ射线照射对辐射诱导的基因表达水平改变的影响。 方法:60Co γ射线照射3例正常人离体外周血，剂量率分别为0.2、1.0和2.0 Gy/min，照射剂量为0、1、2、4和6 Gy，照射后24 h收集细胞，实时荧光定量(PCR)法对11个基因(CDKN1A、MDM2、PCNA、FDXR、GADD45A、PHPT1、ASTN2、TNFSF4、POLH、GDF-15和PPM1D)mRNA表达水平进行相对定量检测；逐步回归法构建不同剂量率基因组合表达模型。 结果:不同剂量率0.2、1和2 Gy/min 60Co γ射线照射后，辐射诱导的11个基因的相对表达量随照射剂量增加而升高，具有显著的剂量依赖性( R2＝0.744～0.998， P< 0.05)；0.2 Gy/min 60Co γ射线照射2 Gy后，CDKN1A、FDXR、PHPT1和TNFSF4基因的表达量明显高于1和2 Gy/min剂量率组，差异具有统计学意义( t＝3.73、5.73、2.44、2.77、3.53、2.68、2.43、2.05， P< 0.05)；2 Gy/min 60Co γ射线照射6 Gy后，PPM1D基因表达量明显高于其他两个剂量率组( t＝3.82、2.54， P< 0.05)；不同剂量率基因组合表达模型由2～3个基因组成，回归方程的 R2值为0.951～0.976( P< 0.05)。 结论:在0.2～2 Gy/min剂量率范围内，不同剂量率 60Co γ射线照射可能会影响辐射诱导人外周血基因表达水平的改变。

目的:分析8种人胰腺癌细胞株中常见肿瘤相关基因突变，为胰腺癌基础研究中选择合适的细胞株提供依据。方法:体外培养8种人胰腺癌细胞株(AsPC-1、BxPC-3、Capan-1、Capan-2、MIA PaCa-2、PANC-1、Patu8988和T3M4，均购自美国模式培养物集存库)，采用二代测序技术检测113个肿瘤相关基因突变情况，结合京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对突变基因进行功能分析。结果:二代测序结果显示，8种人胰腺癌细胞株中共确定36个基因、79个位点发生突变。鼠类肉瘤病毒癌基因(KRAS)、肿瘤蛋白P53(TP53)、细胞周期依赖性激酶抑制基因(CDKN2A)和胰腺癌缺失基因(DPC4/SMAD4)在8种胰腺癌细胞株中的突变率分别为87.5%(7/8)、100.0%(8/8)、50.0%(4/8)和37.5%(3/8)。AsPC-1和Capan-1细胞中同时存在上述4个基因的突变，BxPC-3细胞株是KRAS野生型胰腺癌，CDKN2A基因在AsPC-1、Capan-1、Capan-2和Patu8988细胞中检测到突变，而DPC4/SMAD4在AsPC-1、Capan-1和T3M4细胞中发生突变。其他发生率较高的突变基因包括AT丰富结合域1A(ARID1A)基因(AsPC-1、Capan-1、Capan-2、MIA PaCa-2和T3M4发生突变)、环磷腺苷效应元件结合蛋白(CREBBP)基因(Capan-1、Capan-2、MIA PaCa-2和T3M4发生突变)、NOTCH1(BxPC-3、Capan-2、MIA PaCa-2和T3M4发生突变)、腺瘤性息肉病(APC)基因(AsPC-1、Capan-1和Patu8988发生突变)和E1A结合蛋白P300(EP300)基因(BxPC-3、MIA PaCa-2和T3M4发生突变)。突变基因功能主要涉及Ras/丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、细胞周期调控、Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)通路、NOTCH信号通路、染色质重塑复合物家族、转化生长因子β(TGF-β)信号通路、DNA损伤修复、Hedgehog和磷脂酰肌醇3激酶丝氨酸/苏氨酸激酶(PI3K-Akt)信号通路等。结论:8种胰腺癌细胞株具备人胰腺癌组织的基因学特征，不同细胞株具有不同的基因突变特点，实验研究中应根据不同细胞的基因突变情况合理选择细胞株并分析研究结果。

2021年第5版WHO中枢神经系统肿瘤分类首次将部分分子遗传学特征纳入脑膜瘤分类体系，并对诊断标准进行了修订和补充。除了NF2双等位基因失活或其他经典的脑膜瘤的驱动基因突变之外，部分分子特征具有分型特异性，如TRAF7和KLF4共突变为分泌型脑膜瘤的分子标志物，SMARCE1突变为透明细胞型脑膜瘤的特征性基因改变，以及横纹肌样脑膜瘤相关基因突变BAP1等。在分级方面，TERT启动子突变和/或CDKN2A/B纯合缺失，无论有无间变性组织学特征，均诊断为中枢神经系统WHO 3级间变性脑膜瘤。另外，H3K27me3缺失也往往是提示预后较差的特征。本文就脑膜瘤的WHO新分类进行简要解读，并分析其可能的实践局限性，以期在诊断工作中更方便理解分类进展及应用。

目的:借助生物信息学分析脓毒血症患者急性肺损伤(ALI)的差异基因，为临床的进一步研究提供理论支持。方法:首先下载基因芯片数据集GSE10474，并使用limma包对数据进行了标准化处理，接着利用贝叶斯算法筛选脓毒血症和ALI的差异靶点基因并对其结果进行可视化处理，之后利用R的ClusterProfile包对所筛选出的差异基因进行功能注释(GO)和通路分析(KEGG)，最后借助string数据库和cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络分析并构建及识别网络中的核心驱动基因。结果:脓毒血症合并ALI组( n＝13)和单纯脓毒血症组( n＝21)数据经标准化处理前，其基线较为紊乱，而在进行标准化处理后，基线基本趋于一致。初步筛选出73个差异基因(45个上调基因和28个下调基因)。前10个差异基因中，上调基因为BTNL8、CDKN1A、TREM1、TAK1、H4FH，下调基因为CYBRD1、HOPX、UPB1、NME8、FAR2；且前10个差异基因在脓毒血症患者和脓毒血症合并ALI患者中的表达差异有统计学意义。GO富集分析可见这些差异基因主要富集在反式高尔基网络膜、细胞膜腔侧以及IRE1介导的未折叠蛋白反应中。KEGG分析其通路信号有3条，即ZAP-70酪氨酸激酶、CD3和TCR Zeta链的磷酸化以及PD-1信号通路。string数据库和cytoscape软件分析发现FCGR2B、HLA-DQB1、HLA-DRA、CD74、CD86、CD4、SEC31A与其他基因存在较强的互作关系。 结论:应用生物信息学可有效分析脓毒血症患者合并ALI的差异基因，为研究脓毒血症的发病机制提供一定方向。

文献报道一类罕见梭形肉瘤样形态特征的胶质瘤，起源于少突胶质细胞瘤，称为少突胶质肉瘤，其大部分为复发性病例，原发灶为少突胶质细胞瘤，极少部分直接发展而来。本文报道1例少突胶质肉瘤，该例为复发病例，原发灶为少突胶质细胞瘤（WHO 2级），分子特征为IDH突变伴有1p/19q共缺失，ATRX未见表达缺失，p53野生型，CDKN2A/B未见纯合性缺失；复发性肿瘤呈梭形细胞肉瘤样形态，分子特征为具有IDH突变和TERT启动子突变，未见1p/19q共缺失及ATRX表达缺失，而p53表达增高和H3K27me3表达显著增高，同时伴有CDKN2A/B纯合性缺失。患者复发后4.5个月死亡。回顾相关文献并总结少突胶质肉瘤的组织学特点、分子特征及预后，推荐诊断标准：（1）肉瘤样形态；（2）IDH突变；（3）TERT启动子突变和/或1p/19q共缺失，或独特的DNA甲基化谱，尚需更多病例研究以提高对这一罕见疾病的认识。

目的:探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因及分子标志物。方法:收集2017—2018年间31例在中国医学科学院肿瘤医院采用根治性同期放化疗的局部晚期食管鳞癌患者治疗前外周血并提取血浆Cf DNA，采用基于NovaSeq6000高通量测序平台的目标基因捕获测序技术检测靶基因与肿瘤突变负荷(TMB)变化。根据放化疗近期疗效将患者分为放化疗敏感组(CR+PR)和放化疗抗拒组(SD+PD)，综合生物信息学和临床资料分析两组间的基因突变和TMB差异。结果:31例患者测序数据中突变频率>10%的肿瘤相关基因为Tp53、NOTCH1、BRAF、FGFR4、CDKN2A、ATRX和AXIN2，他们在放化疗敏感组和放化疗抗拒组均有分布且相近。高频突变基因主要与7条信号通路相关，主要涉及凋亡信号通路和细胞周期信号通路等，它们主要参与的是RTK-RAS信号通路。放化疗敏感组患者TMB值高于放化疗抵抗组( P＝0.04)，但GXYLT1和KRT18基因在放化疗抵抗组患者的突变率高于放化疗敏感组( P<0.05)。 结论:Tp53、NOTCH1和CDKN2A可能是与食管鳞癌发生发展相关的高频突变基因，而KRT18、GXYLT1和TMB与局部晚期食管鳞癌患者同期放化疗敏感性密切相关。

目的:使用计算机工具和公开数据库挖掘与皮肤鳞状细胞癌(cSCC)相关的基因和信号通路，并通过深度学习模型探索治疗cSCC的靶点及药物。方法:通过文本挖掘和GeneCodis找出与cSCC高度相关的基因；使用STRING和Cytoscape进行蛋白质-蛋白质相互作用分析；通过DGIdb数据库基于药物-基因相互作用分析，得到候选药物；利用药物-靶点相互作用深度学习模型DeepPurpose，采用深度学习算法，在药靶相关性的基础上进一步对药物-靶点亲和力进行预测，并给出与目标靶点亲和力较高的部分药物推荐。结果:通过文本挖掘识别出与cSCC相关的121个基因；基因富集分析中产生了与10个信号通路有关的11个基因和54个靶向药物。其中，主要通路包括"pathways in cancer"(癌症相关信号通路)、"MAPK signaling pathway"(MAPK信号通路)、"ErbB signaling pathway"(ErbB信号通路)；主要基因包括TP53、MDM2、CCND1、CDKN2A、HRAS、EGFR、MYC、ERBB2、AKT1、STAT3和SRC。通过DeepPurpose得到34个最终药物，包括11个化疗药物、17个酪氨酸激酶抑制剂、4个PI3K/AKT/mTOR抑制剂、1个丝裂原活化蛋白激酶抑制剂和维生素A酸。结论:使用计算机工具和深度学习模型有望成为一种新的探索靶向cSCC基因药物的有效方法。

目的:探讨结直肠癌CDKN1B表达与临床病理特征的关系及预后意义。方法:利用人类蛋白谱（HPA）数据库和基因表达谱交互分析（GEPIA）数据库分析CDKN1B在人结直肠癌组织中的表达情况及其与结直肠癌患者预后的相关性。回顾性分析扬州大学医学院宜兴临床学院自2020年1月至2021年12月经手术治疗的98例结直肠癌患者资料，收集病理标本。采用免疫组织化学法检测结直肠癌及癌旁正常组织（距癌灶2 cm）中CDNK1B蛋白表达水平，分析CDNK1B表达与患者临床病理特征的相关性。结果:经既往生物信息学分析结果及HPA数据库、GEPIA数据库预测提示CDKN1B在结直肠癌中表达水平较正常结直肠组织低；HPA数据库中，CDKN1B高表达患者（425例）5年总生存率高于低表达患者（172例）（65%比51%），两组总生存差异有统计学意义（ P<0.001）；应用GEPIA数据库分期模块分析显示，CDKN1B基因表达水平与结直肠癌患者病理分期相关（ P＝0.033）。免疫组织化学法检测显示，CDKN1B定位于细胞核和细胞质。结直肠癌组织中CDKN1B高表达者比例低于癌旁正常组织[18.37%（18/98）比90.82%（89/98）， P<0.01]。低分化[低分化比高-中分化：3.70%（1/27）比23.94%（17/71）]、淋巴结转移[转移比未转移：6.38%（3/53）比29.41%（15/45）]、TNM分期越高[Ⅳ期比Ⅲ期比Ⅱ期比Ⅰ期：5.00%（1/20）比13.95%（3/33）比20.59%（8/30）比36.36%（6/15）]结直肠癌患者癌组织CDKN1B高表达者比例均较低（均 P<0.05），患者性别、年龄、肿瘤大小亚组间癌组织CDKN1B高表达者比例差异均无统计学意义（均 P>0.05）。 结论:CDKN1B主要表达于细胞核和细胞质，在结直肠癌组织中低表达；其表达越低，提示患者预后越差。CDKN1B可能成为结直肠癌临床诊疗与预后评估的标志物。