目的:分析云南省昆明市2016－2018年MSM中HIV-1分子网络的特征，探讨HIV-1传播网络的危险因素，为干预的有效实施提供依据。方法:2016－2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份，通过巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因，按照最大似然进化树中bootstrap值>95%和基因距离<3%构建分子网络，对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。 结果:459份样品获得 pol序列，检测到7种HIV-1基因型，其中以CRF07_BC（49.2%，226/459）和CRF01_AE（40.3%，185/459）为主，其他基因型包括URFs（4.8%，22/459）、CRF08_BC（3.1%，14/459）、CRF55_01B（1.7%，8/459）、B亚型（0.7%，3/459）和CRF68_01B（0.2%，1/459）。共163条序列进入网络，入网率为35.5%（163/459），形成56个簇，簇内个体数在2～13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析，发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大；多因素logistic回归分析结果显示，性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素；按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准，有6个传播簇可判定为活跃传播簇，外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。 结论:昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂，进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴，活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预，本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。

目的:分析我国6个省19个城市男男性行为人群（MSM）HIV-1基因亚型分布及抗病毒治疗前耐药情况。方法:2019年4-11月，在河北、山东、江苏、浙江、福建和广东6个省19个城市收集未接受抗病毒治疗MSM HIV-1感染者的血浆样本574份，提取RNA，反转录后经巢式PCR扩增HIV-1 pol 基因区片段。PCR 产物测序后进行序列分析，构建系统进化树判定病毒基因亚型，提交斯坦福耐药数据库分析耐药。 结果:有479份样本PCR扩增成功并获得核酸序列，检出的HIV-1基因亚型有9种，其中CRF01_AE（43.4%）和CRF07_BC（36.3%）所占比例较大，随后依次为B（6.3%）、CRF55_01B（5.9%）、CRF59_01B（0.8%）、CRF65_cpx（0.8%）、CRF103_01B（0.4%）、CRF67_01B（0.4%）和CRF68_01B（0.2%）；另有26份（5.5%）样本的基因亚型为未知亚型。不同省份之间的基因亚型构成比差异有统计学意义（ χ2=44.141， P<0.001）。总体抗病毒治疗前耐药率为4.6%（22/479），其中对非核苷类反转录酶抑制剂、核苷类反转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂的耐药率分别为3.5%（17/479）、0.8%（4/479）和0.2%（1/479）。新近感染者的抗病毒治疗前耐药率高于长期感染者，差异有统计学意义（ χ2=4.634， P=0.031）。 结论:我国6个省19个城市MSM 的HIV-1感染者中HIV-1基因亚型多样化，不同省份之间的基因亚型构成比不同；整体抗病毒治疗前耐药率处于低水平，但新近感染者的耐药率较高，建议重点加强此类人群的耐药监测。

目的:研究安徽省合肥市2020年新报告HIV-1感染者的传播性耐药（transmitted drug resistance，TDR）及分子传播网络情况。方法:收集合肥市2020年1—12月新报告HIV-1感染者，扩增 pol基因区（2 253~3 314 nt），判定基因型耐药情况，构建分子传播网络并分析进入网络病例的相关特征。 结果:成功扩增 pol基因区序列376条，主要的毒株为CRF07_BC（157，41.8%）和CRF01_AE（136，36.2%）。新报告感染者TDR为2.7%（10/376），10例携带监测性耐药突变（surveillance drug resistance mutation，SDRM），并且毒株CRF55_01B所占比例较大（4/10）。分别以0.5%作为基因距离阈值构建了分子传播网络，CRF01_AE的大型网络以已婚中年男男性行为者（men who have sex with men，MSM）为主，而CRF07_BC则以教育水平较高的未婚MSM为主。通过logistic回归分析入网的影响因素发现CD4细胞计数在200~500个/μL者（ aOR=3.219，95% CI：1.226~8.452）与CD4细胞计数>500个/μL者（ aOR=5.375，95% CI：1.664~17.364）更易进入网络。 结论:合肥地区2020年新报告HIV-1感染人群以中青年MSM为主，TDR较低，但要加强CRF55_01B的耐药监测。

目的:分析2022—2023年西安市接受初始抗逆转录病毒治疗病例治疗前HIV-1基因耐药特征及亚型分布情况。方法:募集2022年5月至2023年3月西安市初始ART病例，采集静脉抗凝全血303份，提取病毒RNA，经反转录和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因片段，进行Sanger测序。获得的 pol基因片段序列经COMET HIV-1判断亚型，并经Los Alamos国家实验室HIV BLAST和RIP工具验证亚型。用斯坦福大学HIV耐药数据库HIVdb Program工具对序列信息进行耐药解析。 结果:303例样本PCR扩增成功并获得 pol基因片段序列260例。共检测到10种亚型或流行重组型，以CRF07_BC为主（55.77%），其次为CRF01_AE（32.69%）、CRF55_01B（4.62%）和B亚型（2.69%）。20例存在治疗前耐药相关突变（DRMs）并对一线治疗药物存在低度到高度耐受，总体治疗前耐药率为7.69%。CRF01_AE毒株耐药占比最高（3.46%）；其次是CRF07_BC（1.92%）和CRF55_01B（1.15%）。非核苷类逆转录酶抑制剂耐药发生率最高，以依非韦伦和奈韦拉平药物耐药发生最常见。 结论:西安市治疗前HIV-1基因型耐药发生水平较高（7.69%），应加强治疗前耐药监测检测，分析HIV-1耐药毒株传播来源，为临床用药和个体化治疗提供数据支持。

目的:分析2008-2017年广州市注射吸毒人群HIV-1分子网络的分布特征，为该人群艾滋病防控提供参考依据。方法:选取2008-2017年广州市新确证的注射吸毒HIV-1感染者血清样本，进行 pol区基因扩增及测序后，利用Cluster Picker 1.2.3软件识别系统进化树中的分子簇，使用HyPhy 2.2.4中TN93模型计算成簇序列间的基因距离，通过可视化软件Cytoscape 3.8.2构建分子网络，采用 χ2检验或确切概率法进行成簇分析和中心性分析。 结果:成功扩增获得 pol区基因片段586条（73.9%，586/793），共产生80个分子簇，成簇率为46.6%（273/586）。成簇样本与未成簇样本比较，汉族（48.4%，260/537）、广东籍（52.7%，146/277）和CRF55_01B（93.3%，14/15）的成簇比例更高。分子网络度值范围为1~7，度值≥3的节点占12.8%（24/187），其与网络中另外81个节点相关联（43.3%，81/187）。中心性分析结果显示，HIV-1感染者职业为家务/待业者在高程度中心性（19.0%，19/100）、高中介中心性（22.0%，22/100）和高亲近中心性（32.0%，32/100）的比例更高。 结论:广州市注射吸毒人群HIV-1分子成簇风险较高，应将具有本地及广西籍、家务/待业特征的注射吸毒人群作为重点干预目标，并实施精准干预，降低该人群HIV-1感染率。

目的:了解宁波市2022年新报告HIV-1感染者毒株基因型特征和原发耐药情况。方法:收集2022年1—12月宁波市新报告HIV-1感染者ART治疗前血浆，提取RNA，反转录后巢氏PCR扩增HIV-1 pol基因片段，系统进化分析鉴定基因亚型，同时提交序列至斯坦福大学耐药数据库进行耐药分析。 结果:2022年宁波市新报告HIV-1感染者628例，成功获得426例序列，共检出15种基因亚型。CRF07_BC（42.0%，179/426）和CRF01_AE（30.5%，130/426)为两个优势基因亚型，随后依次为独特重组型（unique recombinant form，URF）(01_AE/07_BC) (7.0%，30/426)、CRF 08_BC（6.6%，28/426)、CRF 55_01B（4.9%，21/426)、CRF85_BC（2.3%，10/426）、B (2.1%，9/426)、C（1.9%，8/426)、URF(B/C) (0.7%，3/426)、URF (01_AE/C)（0.5%，2/426）、URF (01_AE/B)（0.5%，2/426）、CRF59_01B（0.2%，1/426）、CRF64_BC（0.2%，1/426）、CRF67_B（0.2%，1/426）和A1（0.2%，1/426）。治疗前耐药率为6.3%(27/426)，其中非核苷类逆转录酶抑制剂、核苷类逆转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂耐药率分别为3.8%(16/426)、1.9%(8/426)和0.9%(4/426)。结论:2022年宁波市新报告HIV-1感染者毒株亚型复杂多样，有较高比例URF，治疗前处于中度耐药。

目的:了解南京市新诊断的青年学生人群HIV-1基因亚型及耐药情况，为该人群艾滋病防控工作提供依据。方法:以2015年9月至2019年7月期间南京市新诊断的200例青年学生HIV-1感染者为研究对象，调查其人口学信息，并采集血样。通过RNA提取、PCR扩增，成功获得 pol区片段191条，进一步进行亚型和耐药突变分析。 结果:CRF01_AE (41.4%)和CRF07_BC (30.9%)为主要亚型，其他依次为独特重组型(unique recombinant forms, URFs) (15.7%)、CRF55_01B (5.2%)、CRF68_01B (3.1%)、CRF67_01B (2.6%)和B亚型(1.0%)。耐药突变发生率为16.8%，其中传播性耐药率为4.2%。CRF01_AE、CRF07_BC、CRF55_01B、URFs及其他亚型毒株的传播性耐药比例分别为2.5%、1.7%、10.0%、10.0%和7.7% ( P>0.05)。 结论:青年学生人群中HIV-1重组毒株快速出现，需引起高度重视；传播性耐药临近警戒水平，需要持续监测。

目的:了解2018年昆明市MSM的HIV-1基因型及耐药特征。方法:收集昆明市2018年1-12月新报告HIV-1感染的MSM的血浆样品193份，提取病毒RNA，采用巢式PCR扩增 gag、 pol和 env区基因片段，进行基因分型和耐药分析，通过Bayesian Markov Chain Monte Carlo（MCMC）方法分析昆明市MSM感染者中CRF55_01B和CRF68_01B的进化特征。 结果:193份样品中发现多个HIV-1基因型，包括CRF07_BC（39.4%，76/193）、CRF01_AE（34.2%，66/193）、独特型重组（20.2%，39/193）、CRF08_BC（3.1%，6/193）、CRF55_01B（1.6%，3/193）、B亚型（1.0%，2/193）和CRF68_01B（0.5%，1/193）。Bayesian进化分析结果显示CRF55_01B从外省进入昆明市后已开始在本地传播，而CRF68_01B可能来自于我国东部地区。2018年昆明市MSM抗病毒治疗前的HIV-1耐药株流行率为2.6%（5/190），对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变发生率最高（2.1%，4/190）。结论:昆明市MSM的HIV-1基因型多样性逐年增加。MSM未接受抗病毒治疗HIV-1感染者耐药发生率虽然较低，但存在抗病毒治疗一线药物的多重耐药株。

目的:分析重庆市渝北区新报告病例的Ⅰ型人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus type 1，HIV-1）基因型及分子传播网络特征，为该地区有效干预HIV传播提供科学参考依据。方法:采用横断面调查的方法，选取2020—2021年新报告的HIV/AIDS作为研究对象，收集流行病学信息，并采集血液样本用于基因分析，通过计算 pol区基因距离构建分子网络。使用 χ2检验比较计数资料的组间差异。 结果:获得370条 pol区基因序列，共检测出8种HIV-1基因型，CRF07_BC是最主要的传播亚型，占61.6%（228/370），其次为CRF08_BC和CRF01_AE，各占14.1%（52/370），其他基因型包括CRF85_BC、CRF55_01B、C亚型、B亚型和独特重组型。共有183条序列进入网络，入网率为49.5%，形成42个簇，簇内的节点数介于2~19个之间。入网者中首次CD4 + T淋巴细胞计数<200个/μL和基因型为CRF01_AE的高传播网络分值比例更高，共有4个传播簇被判定为重点传播簇。 结论:渝北区新报告HIV/AIDS的HIV-1基因型呈多样性和复杂性特征，且存在传播风险较高的CRF07_BC和CRF01_AE重点传播簇，应根据成簇情况对传播簇中的个体实施精准干预。

目的:了解天津市2014—2018年青年男男性行为HIV感染未治疗患者基因型分布和传播性耐药（transmitted drug resistance，TDR）的流行特点。方法:收集天津市2014—2018年青年男男性行为HIV感染未治疗患者的血浆进行核酸提取，巢式PCR扩增HIV-1的 pol基因，基因测序后成功获得124例 pol基因序列，用于基因型和耐药分析。 结果:124例样本，CRF01_AE和CRF07_BC占比最高，分别为54.8%（68/124）和28.2%（35/124），B亚型占6.5%（8/124），CRF55_01B占3.2%（4/124），首次报道1例CRF68_01B，另外独特重组型（unique recombinant form，URF）有8例占6.5%（8/124）。TDR流行率为7. 2%（9/124）。TDR突变单因素分析表明，耐药突变发生与HIV-1基因亚型有关，差异具有统计学意义（ p<0.05）。TDR以非核苷酸逆转录酶抑制剂（non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors，NNRTIs）耐药突变为主，有7例（5例为K101E位点突变，2例为K103N位点突变）占5.6%（7/124）；核苷酸逆转录酶抑制剂（nucleoside reverse transcriptase inhibitors，NRTIs）耐药突变者1例（M184I位点突变）占0. 8%（ 1/124）；蛋白酶抑制剂（protease inhibitors，PIs）突变者1例（M46I位点突变）占0. 8%（1 /124）；无联合突变者。 结论:天津市青年男男性行为HIV感染未治疗患者流行毒株以CRF01_AE和CRF07_BC亚型为主，同时存在多种亚型，且出现了一定比例的耐药毒株，应当采取进一步的防控措施防止耐药毒株的传播。