目的:了解吉林省HIV-1（human immunodeficiency virus-1，HIV-1）感染者治疗前基因型耐药及分子网络传播情况。方法:选取2022年治疗前HIV感染者228名，提取血浆RNA、反转录PCR扩增HIV-1 pol基因片段。建立进化树确定亚型、解析基因型耐药突变（drug resistance mutations，DRMs）情况并构建HIV分子网络评估传播关系。 结果:从228例样本中成功获得206条 pol基因序列，基因亚型主要为CRF01_AE（60.68%，125/206）、CRF07_BC （30.10%，62/206）和B亚型（5.34%，11/206）。总耐药率为9.22%（19/206），耐药突变以非核苷逆转录酶抑制剂为主，占8.25%（17/206）。多因素logistic回归分析表明，40~49岁和≥50岁，离异或丧偶感染人群产生耐药的风险较高（ P<0.05）。白城地区和CRF07_BC感染者入网风险更大（ P<0.05）。有63条序列入网（30.58%，63/206），形成23个分子簇。入网病例中6例携带DRMs。出现本市和跨市连接边关系。异性与同性性传播感染人群存在混合连接边。 结论:吉林省HIV感染者治疗前耐药率处于中等水平，分子网络中的毒株呈地区聚集性，加强耐药监测，对网络桥梁人群进行有针对性的干预措施，减少治疗前发生耐药传播的可能性。

目的:分析中国流行的柯萨奇病毒A6型（coxsackievirus A6，CVA6）D3基因亚型中的D3a和D3b分支序列结构蛋白B细胞抗原表位氨基酸差异性来优化设计CVA6病毒样颗粒（virus-like particle，VLP）疫苗。方法:对GenBank下载的含有P1区核苷酸CVA6序列，使用MEGA.11.0软件基于VP1序列采用最大似然法构建进化树划分基因型及亚型。采用在线工具WebLogo并结合CVA6 B细胞抗原表位研究的相关文献，对D3a和D3b分支序列VP1-VP3区B细胞抗原表位氨基酸差异性分析，为筛选疫苗候选株进行CVA6 VLP的制备。结果:D3a与D3b分支序列在VP1 N末端P27位点分别是天冬酰胺（96.2%）和丝氨酸（92.9%）；在VP3 N末端P60位点为甘氨酸（98.8%）和丝氨酸（60.0%）。基于上述差异性选择具有D3a（VP3-N-P60）和D3b（VP1-N-P27）两分支序列共有的B细胞抗原表位D3a-JX2018（GenBank accession number：MN845862）作为疫苗候选株，并成功制备了CVA6 VLP。结论:本研究为疫苗候选株的选择提供了新的思路，为日后CVA6 VLPs疫苗和免疫诊断试剂的研发提供了基础。

目的:对活禽市场环境中检出的3份H5N6亚型禽流感病毒（avian influenza virus，AIV）标本进行测序鉴定和基因特征分析，为预防人感染H5N6亚型AIV提供依据。方法:通过实时荧光定量PCR确定病毒型别，采用二代测序方法对病毒血凝素（hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶（neuraminidase，NA）基因序列进行测序。使用NCBI中BLAST模块进行比对，用Mega7.0软件构建进化树并进行基因特征分析。结果:3份H5亚型阳性标本经测序鉴定为H5N6亚型AIV，属于Clade2.3.4.4支系。病毒的HA蛋白存在6个连续碱性氨基酸（LRERRRKRGL，其中R，K为碱性氨基酸）；病毒HA蛋白的受体结合位点238~240位氨基酸是QRG（氨基酸排序以H3-HA为准），受体特征为禽源；NA蛋白第69~73位点氨基酸未出现茎缺失。结论:环境中3份H5亚型AIV核酸阳性病毒鉴定为新型H5N6亚型AIV，属于高致病AIV，但具有不容易感染人的受体结合特征。活禽市场中持续存在H5N6病毒，对人类健康和公共卫生存在威胁，需要继续加强监测。

目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。

目的:探讨长沙市的人乳头瘤病毒(HPV)感染情况及基因型分布特点。方法:选取2019年1月至11月长沙市参加宫颈筛查的113 838例已婚妇女进行HPV感染检测和基因型分型。结果:HPV总阳性率12.04%(13 709/113 838)，高危型HPV基因感染较高的亚型分别是HPV-52、58、16、68、18；低危型HPV基因感染较高的亚型分别为HPV-6、11，其中高危型占94.99%(16 009/16 853)，低危型占5.01%(844/16 853)。HPV阳性感染单一感染为主，感染率为80.65%，双重感染率为16.16%。13 709例HPV感染妇女中细胞学异常发生率为26.70%(3 660/13 709)，宫颈病变发生率为15.10%(2 070/13 709)。目前已上市的HPV疫苗缺乏对HPV-68高危亚型的覆盖。结论:长沙市女性宫颈HPV的感染率为12.04%，主要感染的基因型为HPV-52、58、16、68、18，主要以高危型、单一感染为主。目前已上市的HPV疫苗缺乏对HPV-68高危亚型的覆盖。

目的:调研上海市浦东新区丙型肝炎病毒(HCV)感染高风险人群的HCV抗体阳性率、HCV现症感染率和HCV基因型的分布，为上海地区"丙型肝炎微消除"策略制订提供参考。方法:纳入2021年7月至2022年11月参加浦东新区社区卫生服务中心和公立医院举办的常规体格检查活动的自愿或强制接受戒毒或美沙酮治疗的静脉药瘾人群、艾滋病自愿咨询检测(HIV VCT)门诊就诊人员、性病门诊就诊人员、商业性工作人员，进行等比例抽样调研，收集患者体格检查剩余的全血并分离血浆，进行HCV抗体检测，并对其中阳性反应样本加测HCV RNA和HCV基因型。结果:共筛查HCV高风险人群1 000名，包括453名静脉药瘾人群，166例HIV感染者，245名性病门诊就诊人员，136名商业性工作人员，其HCV抗体阳性率分别为21.85%(99/453)、1.81%(3/166)、1.22%(3/245)和0(0/136)。在高风险人群HCV抗体阳性人员中，HCV RNA阳性的检出率为42.68%(35/82)。HCV RNA阳性人群中文化程度为初中及以下者占74.29%(26/35)，婚姻状况为非已婚者占77.14%(27/35)。12份进行HCV基因亚型检测的样本中，基因3型和6型各5份，HCV 1b亚型2份。结论:静脉药瘾人群为主要的HCV感染潜在人群，亦为后续"丙型肝炎微消除"策略应率先针对的对象。HCV感染高风险人群中基因3型和6型占比高，泛基因型直接抗病毒药物方案可能更加适合。高风险人群的HCV感染者文化程度和在婚率较低，可能需要宣教和社区人文关怀。

目的:分析2019—2022年河南省肾综合征出血热（HFRS）宿主动物分布及携带汉坦病毒（HV）情况。方法:在河南省HFRS监测点开展宿主动物监测，采用实时荧光定量PCR法检测鼠肺HV，分析河南省鼠类动物携带HV型别，对阳性样本进行测序，分析核苷酸序列的同源性及变异情况。结果:2019—2022年共捕鼠1 308只，16份鼠肺HV核酸阳性，鼠HV阳性率为1.22%（16/1 308）。按种类，黑线姬鼠HV阳性率最高（68.75%，11/16）。按分布地，野外鼠HV阳性率最高（2.50%，12/480），居民区鼠HV阳性率为0.53%（4/759）。16份阳性样本分型结果显示，所携带的病毒均属于Ⅰ型汉滩病毒。阳性样本测序后获得8条S基因片段（OQ681444~OQ681451）和6条M基因片段（OQ681438~OQ681443）；S和M基因片段与陕西84FLi株、四川SN7 株相似性较高。S和M基因片段系统进化分析显示，均为汉滩病毒H5基因亚型。氨基酸序列分析显示，与汉滩病毒疫苗株84FLi相比，8条S片段编码氨基酸第74位由天冬酰胺替换为丝氨酸；XC2022047株在Gn区第14位由色氨酸替换为甘氨酸，XC2022022和XC2022024第359位由异亮氨酸替换为丙氨酸。结论:2019—2022年河南省宿主动物携带HV属于Ⅰ型汉滩病毒，黑线姬鼠仍然是汉滩病毒的优势宿主。同疫苗株比较，S和M基因片段的免疫表位区均有氨基酸位点替换。

目的:分析长沙地区2020—2022年人乳头瘤病毒（HPV）感染情况、亚型分布特征，以及行阴道镜和宫颈组织病理学检查HPV阳性患者的病理组织活检结局。方法:回顾性分析2020年1月至2022年10月在湖南中医药大学第一附属医院妇科门诊、健康管理科及皮肤性病科就诊的60 354例患者HPV感染状况，分为<25岁组（3 250例）、25~34岁组（19 406例）、35~44岁组（17 297例）、45~54岁组（13 104例）、55~64岁组（4 793例）、≥65岁组（2 504例）。女性采集宫颈脱落细胞，男性采集病变部位，HPV分型检测采用PCR及流式荧光杂交法，可检测27种HPV基因分型。分析不同就诊科室、不同年龄段患者HPV亚型分布情况；分析224例HPV阳性同时进行了阴道镜和宫颈组织病理学检查的患者其HPV各亚型感染情况与病理组织活检结局的关系。相关性分析采用皮尔逊相关检验，双侧 P<0.05具有统计学意义；率的组间比较采用Pearson卡方检验或连续校正卡方检验，双侧 P<0.05为差异有统计学意义；多个样本率之间的比较采用卡方分割检验，根据分组数量对检验水准进行校正后再比较，双侧 P小于校准后的检验水准为差异有统计学意义。 结果:HPV总体阳性率为16.4%（9 909/60 354）。在所有HPV阳性患者中，HPV单一型占75.5%（7 479/9 909），HPV多重型占24.5%（2 430/9 909）。占比从高到低前6位的HPV型别依次为52型22.8%（2 256/9 909）、58型11.1%（1 097/9 909）、53型10.5%（1 045/9 909）、16型9.0%（890/9 909）、61型7.8%（774/9 909）及6型7.6%（750/9 909）。各年龄段组间总体感染率差异具有统计学意义（χ 2=536.90， P<0.001），其中<25岁组HPV感染率最高，为30.1%（978/3 250），均高于25~34岁组15.6%（3 035/19 406）、35~44岁组14.2%（2 464/17 297）、45~54岁组16.1%（2 115/13 104）、55~64岁组19.1%（915/4 793）及≥65岁组16.1%（402/2 504），差异均有统计学意义（ P均<0.001）。皮肤性病门诊就诊患者的HPV感染最高的型别是6型16.7%（378/2 266）和11型10.5%（239/2 266）。HPV16在宫颈上皮内瘤变（CIN）3级及宫颈癌患者中阳性率为12/17，高于炎性改变的病例［25.0%（35/140）］和CIN1级的病例［23.0%（11/48）］，统计值分别为χ 2=15.02， P<0.001和χ 2=12.48， P<0.001，差异均具有统计学意义。 结论:<25岁人群HPV感染率最高；低危型HPV6和11型是引起皮肤性病的主要型别。全部就诊人群中，高危型HPV52型、58型及53型是长沙地区女性最常见的感染型别，但高级别宫颈上皮内瘤变及宫颈癌与HPV16型感染更为密切。

目的:了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法:采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus，HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus，CV)和新型肠道病毒(enterovirus，EV)，以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus，WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus，CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus，HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus，CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列，测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果:RD细胞分离培养出6株毒株，但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性，但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV，与分离培养结果一致，分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型，柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型，但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆，ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论:ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体，且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性，ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。

目的:了解2016年至2019年云南省德宏傣族景颇族自治州(以下简称"德宏州")境内新报告缅甸籍人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)/丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)合并感染者的HIV和HCV基因亚型分布特征。方法:通过全国艾滋病综合防治数据信息系统收集2016年1月至2019年12月德宏州境内新报告缅甸籍HIV/HCV合并感染者共1 289例，选取血浆样本留存量≥200 μL的996例患者进行HIV和HCV基因亚型检测。采用巢式聚合酶链反应分别扩增HIV pol基因区、HCV核心蛋白结合包膜蛋白(core protein-binding envelope protein， CE1)基因区和非结构蛋白5B(non-structural protein 5B， NS5 B)基因区，通过MEGA 7.0软件构建系统进化树，明确基因分型。统计学分析采用 χ2检验，采用趋势 χ2检验分析HIV和HCV基因亚型逐年变化趋势。 结果:996例HIV/HCV合并感染者中，554例(55.6%)成功扩增HIV和HCV基因片段并明确分型。HIV和HCV基因分型呈多样化。HIV基因亚型以C型和BC重组亚型为主，分别占40.3%(223/554)和33.6%(186/554)；其次为B型、流行重组型(circulating recombinant form，CRF)01_AE型，分别占6.5%(36/554)和3.6%(20/554)。HCV基因亚型以3b型为主，占31.2%(173/554)；其次为6u、1a、6n、3a、6xg型，分别占19.5%(108/554)、17.5%(97/554)、11.4%(63/554)、8.7%(48/554)、6.3%(35/554)。2016年至2019年HIV C型的构成比呈逐年下降趋势( χ趋势2＝7.23， P<0.001)，BC重组亚型呈上升趋势( χ趋势2＝5.97， P<0.001)。2019年BC重组亚型构成比为54.9%(101/184)，高于C型的21.7%(40/184)。2016年至2019年HCV 3b型、6u型、1a型的构成比无明显变化趋势( χ趋势2＝1.43、1.79、0.39， P＝0.152、0.074、0.695)。不同民族患者的HIV基因亚型分布差异有统计学意义( χ2＝22.06， P＝0.037)。 结论:德宏州境内缅甸籍HIV/HCV合并感染者的HIV和HCV基因亚型种类复杂多样。其中，HIV BC重组亚型成为优势传播毒株的趋势显著，需要进一步加强对境内缅甸籍人群中HCV和HIV基因亚型流行特征的监测。