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基于网络药理学与分子对接探讨犀角地黄汤治疗脓毒症的分子作用机制
编辑人员丨16小时前
目的 基于网络药理学和分子对接探究犀角地黄汤治疗脓毒症的主要功效.方法 通过文献检索并利用TCSMP和BATMAN-TCM数据库,筛选并预测犀角地黄汤的活性成分及潜在靶点.利用GeneCard和DisGeNET数据库筛选脓毒症的相关基因.通过STRING数据库绘制潜在靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,利用MCODE分析得到关键基因簇后用CytoHubba分析基因簇,得到核心的基因靶点,采用MOE软件进行分子对接验证,采用clusterProfiler包进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析.采用Cytoscape 3.8软件构建犀角地黄汤-活性成分-疾病-靶基因网络.结果 最终筛选出犀角地黄汤的活性成分38个,主要靶点138个,主要参与调节白细胞介素17(IL-17)信号通路和肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多种人体信号通路.JUN、RELA和JL-6为核心靶点,其中己醛、芍药苷、槲皮素、鞣花酸、黄芩素、山萘酚和石竹烯等是犀角地黄汤发挥功效的主要活性成分,且分子对接结果显示其与JUN、RELA和IL-6可以通过氢键、碳氢键和疏水性相互作用的共同作用达到稳定结合的效果.结论 通过系统地探讨犀角地黄汤的主要活性成分和其作用靶点与脓毒症的联系,为犀角地黄汤的用药提供理论依据,也为深入研究其活性成分提供参考价值.
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编辑人员丨16小时前
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中国老年人慢性病共病模式探讨——基于CHARLS数据库解析
编辑人员丨1周前
目的 了解我国老年人群慢性病流行现状及共病规律,为制定慢性病管理措施提供参考.方法 基于2020年CHARLS数据库,分析年龄≥60岁老年人10 635名的基本信息和健康数据,探索15种常见慢性病流行趋势,并引入实际预期比(O/E)、凝聚层次聚类分析挖掘共病模式.结果 中国老年人慢性病患病率为86.39%,以高血压病(48.49%)、关节炎(43.12%)、胃部疾病(不包括肿瘤或癌)(32.06%)为主;共病患病率66.30%,二病共存组合前三位的是"高血压病+关节炎"(22.28%,O/E=1.07)、"高血压病+血脂异常"(20.25%,O/E=1.44)、"胃部疾病+关节炎"(18.65%,O/E=1.35);三病共存组合前三位的是"高血压病+关节炎+血脂异常"(10.31%,O/E=1.70)、"高血压病+血脂异常+心脏病"(9.70%,O/E=2.65)、"关节炎+胃部疾病+高血压病"(9.49%,O/E=1.42);凝聚层次聚类分析整体按照恶性肿瘤、情感及精神疾病、"中风+记忆有关疾病+帕金森症"、"血脂异常+糖尿病+高血压病+心脏病"、"慢性肺部疾患+哮喘+胃部疾病+关节炎+肝脏疾病+肾脏疾病"分别聚类成簇,形成共病模式.结论 中国老年人慢性病患病率整体逐年升高,且存在聚集趋势.
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编辑人员丨1周前
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不同性别自闭症谱系障碍患儿的静息态脑功能成像研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨自闭症谱系障碍(ASD)患儿大脑局部功能连接的性别差异及其与患儿临床症状严重程度的相关性。方法:在国际自闭症脑成像交换数据库中,提取其中5个站点中符合纳入标准的72例ASD患儿(男性36例、女性36例)及72例正常对照者(男性36例、女性36例)的脑部静息态功能磁共振成像(rs-fMRI)及T1WI结构像数据,采用局部一致性(ReHo)分析方法评估4组被试者的大脑局部功能连接水平,并采用协方差分析(以性别及诊断为因子;以年龄、总智商评分、头动参数为协变量)比较4组被试者各脑区ReHo值的差异,采用Pearson相关性分析检验上述协方差分析显示的差异显著脑区的ReHo值与ASD患儿孤独症诊断访谈量表修订版(ADI-R)3个维度评分的相关性。结果:(1)4组被试者ReHo值的诊断主效应结果显示,相较于正常对照者,ASD患儿左侧中央前回及左侧楔前叶的ReHo值明显升高,右侧小脑后叶的ReHo值明显降低,差异均有统计学意义(GRF校正,体素水平 P<0.01、簇水平 P<0.05);性别主效应结果显示,相较于女性,男性右侧颞中回的ReHo值明显升高,左侧额下回、左侧楔前叶、右侧角回、右侧缘上回的ReHo值明显降低,差异均有统计学意义(GRF校正,体素水平 P<0.01、簇水平 P<0.05);诊断×性别交互效应结果显示,左侧额中回的ReHo值在4组间差异有统计学意义(GRF校正,体素水平 P<0.01、簇水平 P<0.05)。(2)Pearson相关性分析显示,男性ASD患儿的右侧颞中回的ReHo值与其ADI-R量表中的言语交流维度评分呈正相关关系( r=0.387, P=0.026),右侧小脑后叶的ReHo值与社会交往维度评分呈正相关关系( r=0.364, P=0.037);女性ASD患儿的右侧缘上回的ReHo值与其ADI-R量表中的社会交往维度评分呈负相关关系( r=-0.395, P=0.031),左侧额中回的ReHo值与重复刻板行为维度评分呈负相关关系( r=-0.398, P=0.029)。 结论:ASD患儿存在局部功能连接异常的脑区,且男性与女性ASD患儿间局部功能连接水平存在差异,此可能是两者临床表现存在差异的脑功能基础,同时部分脑区局部功能连接水平也与患儿的临床症状严重程度相关。
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编辑人员丨1周前
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一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情病毒全基因组特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况,为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本,使用数字PCR方法对病毒载量进行测定,使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析,对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果:全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×10 4拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×10 4拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份,均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇,内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。 结论:该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成,疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。
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编辑人员丨1周前
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青海省玉树藏族自治州鼠疫耶尔森菌CRISPR基因分型研究
编辑人员丨1周前
目的:了解青海省玉树藏族自治州(简称玉树州)鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)规律成簇的间隔短回文重复(CRISPR)的基因分型,探讨其遗传特征。方法:选取1963 - 2007年分离自玉树州鼠疫自然疫源地的44株代表性鼠疫菌,提取DNA,针对CRISPR的3个位点(YPa、YPb和YPc)设计引物,进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序及分析,鉴定CRISPR间区序列(spacer),确定CRISPR基因型和类群。结果:44株鼠疫菌在CRISPR 3个位点上共有23种spacer,YPa位点14种、YPb位点6种、YPc位点3种,其中有2种新spacer,a106和a107。根据spacer阵列形式,44株鼠疫菌被分为15个CRISPR基因型、6个CRISPR类群,6个类群分别为Cb4、Cc3′、Ca7、Ca7′、Ca△5′和Ca35′,其中Ca7为主要流行类群(34株)。结论:玉树州鼠疫菌CRISPR位点具有多种基因型,遗传多态性较高,种群结构复杂。
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编辑人员丨1周前
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基于CRISPR技术构建发光噬菌体及其在大肠埃希菌鉴定中的应用
编辑人员丨1周前
目的:构建针对大肠埃希菌的重组发光噬菌体(HT7),并评估其对大肠埃希菌的鉴定能力。方法:首先通过基因工程构建小向导RNA表达质粒pCRISPR-sg(1~10)和PFN-1000同源重组质粒菌株,并用双层平板筛选切割效率最高的小向导RNA(sgRNA);采用同源重组与规律成簇的间隔短回文重复(CRISPR)系统联合介导的基因编辑技术,将Nanoluc萤光素酶基因整合入T7噬菌体10A基因下游的非编码区,并成功构建发光噬菌体HT7;通过噬菌斑实验和液体扩增实验评估HT7噬菌体与T7噬菌体生物特性差异;此外用2022年1月至2023年6月解放军总医院第一医学中心临床采集分离的51株大肠埃希菌、20株肺炎克雷伯菌、14株金黄色葡萄球菌、6株屎肠球菌、5株粪肠球菌、3株鲍曼不动杆菌和1株铜绿假单胞菌评估HT7噬菌体的检测专一性和检出限。结果:构建的10个CRISPR靶向切割系统中,sgRNA8靶标的切割效率最高,成斑效率为0.18;噬菌体经pCas9/pCRISPR/PFN-1000 3质粒系统3轮重组筛选后,PCR验证均为2 798 bp的重组噬菌体条带,说明成功构建了HT7噬菌体。重组噬菌体在裂解效率( P<0.001)、一步生长曲线( P=0.001)、感染复数( P=0.031)的生物特性分析中,均有显著差异,裂解暴发点和对数生长节点均延长了10 min,最佳感染复数为0.1;临床样本测试,可识别裂解6株大肠埃希菌,其余菌株均不裂解,4.5 h内可检出低于10 CFU/ml的病原菌。 结论:成功开发了一种高效的噬菌体基因编辑系统,并成功构建发光噬菌体HT7,该噬菌体在4.5 h内能特异性检测出低于10 CFU/ml的大肠埃希菌,且对其他菌株无裂解作用,显示出良好的检测专一性和低检出限。
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编辑人员丨1周前
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尼可地尔通过激活蛋白激酶B信号通路减轻2型糖尿病大鼠心肌缺血再灌注损伤的机制研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨尼可地尔对2型糖尿病(T2DM)大鼠心肌缺血再灌注损伤的影响。方法:将60只SD大鼠分为非糖尿病假手术(Sham)组、非糖尿病缺血再灌注(I/R)组、非糖尿病尼可地尔-缺血再灌注(Nic)组、糖尿病假手术(DM Sham)组、糖尿病缺血再灌注(DM I/R)组以及糖尿病尼可地尔-缺血再灌注(DM Nic)组,每组10只。通过注射小剂量链脲佐霉素加高脂高糖饲料喂养建立T2DM大鼠模型,并在此基础上建立心肌缺血再灌注模型。再灌注结束后取血清测定肌酸激酶同工酶MB(CK-MB)、一氧化氮(NO)水平、心肌组织活性氧簇(ROS)含量以及心肌梗死面积。并进行心脏组织切片HE染色、原位末端凋亡(TUNEL)染色、麦胚凝集素(WGA)染色,采用Western blotting法检测心肌组织蛋白激酶B(Akt)、糖原合成酶激酶3β(GSK3β)、内皮型一氧化氮合酶(eNOS)蛋白磷酸化水平。实验数据多组间比较采用单因素方差分析,组间两两比较采用Dunnett′s检验。结果:与I/R组相比,DM I/R组大鼠心肌梗死面积更大、心肌组织损伤程度更重以及心肌细胞凋亡率更高,差异均具有统计学意义( P<0.01)。与DM I/R组相比,DM Nic组大鼠血清中CK-MB以及心肌组织中ROS含量降低,血清中NO水平升高,心肌组织损伤程度降低,并且心肌梗死面积和心肌细胞凋亡率降低,差异均具有统计学意义( P<0.01),此外Akt、GSK3β、eNOS蛋白磷酸化水平明显升高,差异均具有统计学意义( P<0.05)。然而,与Nic组大鼠相比,DM Nic组大鼠的心肌梗死面积、心肌细胞凋亡率、血清中CK-MB以及心肌组织中ROS含量升高,Akt、GSK3β、eNOS蛋白磷酸化水平降低,差异均具有统计学意义( P<0.01)。但是DM Nic组大鼠与Nic大鼠相比其血清中NO的含量差异并无统计学意义( P>0.05)。 结论:尼可地尔可能通过激活Akt信号通路,减轻T2DM大鼠心肌缺血再灌注损伤。
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编辑人员丨1周前
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昆明市2016-2018年男男性行为人群HIV-1分子网络特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析云南省昆明市2016-2018年MSM中HIV-1分子网络的特征,探讨HIV-1传播网络的危险因素,为干预的有效实施提供依据。方法:2016-2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份,通过巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因,按照最大似然进化树中bootstrap值>95%和基因距离<3%构建分子网络,对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。 结果:459份样品获得 pol序列,检测到7种HIV-1基因型,其中以CRF07_BC(49.2%,226/459)和CRF01_AE(40.3%,185/459)为主,其他基因型包括URFs(4.8%,22/459)、CRF08_BC(3.1%,14/459)、CRF55_01B(1.7%,8/459)、B亚型(0.7%,3/459)和CRF68_01B(0.2%,1/459)。共163条序列进入网络,入网率为35.5%(163/459),形成56个簇,簇内个体数在2~13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析,发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大;多因素logistic回归分析结果显示,性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素;按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准,有6个传播簇可判定为活跃传播簇,外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。 结论:昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂,进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴,活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预,本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。
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编辑人员丨1周前
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一种新型糖尿病视网膜病变大鼠模型的建立及其病理特点研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨一种新型的糖尿病视网膜病变(DR)大鼠模型的建立及其病理特点。方法:取褐色挪威(BN)大鼠36只,分为对照组、链脲佐菌素(STZ)组和STZ+亚精胺(SP)组,每组12只。STZ组和STZ+SP组尾静脉注射STZ,STZ+SP组玻璃体注射亚精胺,对照组给与同体积的溶剂。造模后继续饲喂12周,期间监测体重和空腹血糖。利用超声成像系统观察视网膜中央动脉血流供应情况。动物处死后取眼球行苏木精-伊红染色,观察视网膜基本结构,分析各层厚度。视网膜消化铺片行过碘酸雪夫染色和神经胶质抗原2免疫荧光染色,观察微血管和周细胞情况。采用流式细胞术检测视网膜组织活性氧簇(ROS)水平;最后利用分子生物学技术检测紧密连接蛋白闭合蛋白-1(claudin-1)和咬合蛋白(occludin) mRNA和蛋白表达。多组重复测量的计量资料的比较采用重复测量的方差分析,组间两两比较采用LSD- t法。 结果:与对照组比较,STZ组和STZ+SP组大鼠体重下降( P<0.05),血糖升高( P<0.05);与STZ组比较,STZ+SP组大鼠视网膜中央动脉舒张末期血流速度和收缩末期血流速度下降( P<0.05),搏动指数和阻力指数则升高( P<0.05)。病理学观察可见,STZ组和STZ+SP组大鼠神经细胞核层区排列疏松、紊乱,视网膜丛区水肿,且STZ+SP组表现的更为严重。与STZ组比较,STZ+SP组视网膜厚度和外丛层厚度/视网膜总厚度增加( P<0.05),毛细血管无细胞新生毛细血管形成增多和周细胞缺失明显。与对照组和STZ组比较,STZ+SP组视网膜组织ROS水平均升高( P<0.05)。与对照组比较,STZ+SP组claudin-1和occludin mRNA下降( P<0.05),相应的蛋白表达亦降低( P<0.05)。 结论:BN大鼠尾静脉注射STZ联合玻璃体注射SP能建立一种严重的DR动物模型,病变特征主要表现为更严重的视网膜血管顺应性下降,血流供应减少,视网膜水肿,新生无细胞毛细血管大量生成以及视网膜周细胞凋亡增多。
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编辑人员丨1周前
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SZT2基因变异所致发育性癫痫性脑病18型患儿临床及遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨 SZT2基因变异所致发育性癫痫性脑病18型(DEE18)患儿临床表型及遗传学特征。 方法:收集2020年3月、2023年7月在临沂市人民医院小儿神经内科就诊的2例 SZT2基因相关DEE18患儿的临床资料,应用全外显子测序(WES)及Sanger测序法对患儿及其父母进行基因检测,使用SWISS-MODEL软件对筛选出的 SZT2基因变异进行蛋白质3D建模。 结果:2例患儿均存在重度全面发育迟缓、癫痫发作及孤独症表现,伴有大头畸形、特殊面容、全身肌张力低下,影像学检查提示胼胝体畸形、透明膈腔持续存在,视频脑电图示背景活动慢、局灶性放电。其中患儿1自幼易惊且身材瘦小;患儿2免疫缺陷且癫痫成簇发作。WES结果显示患儿1携带 SZT2基因c.5811G>A(p.W1937X)(父源)和c.9269delG(p.S3090Ifs *94)(母源)复合杂合变异,患儿2携带c.6302A>C(p.H2101P)(父源)和c.7584dupA(p.E2529Rfs *20)(母源)复合杂合变异,2例患儿的父母临床表型均正常。上述4种变异为目前国内外尚未报道的新变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会指南评估:p.S3090Ifs *94为致病性变异,p.W1937X为致病性变异,p.E2529Rfs *20为可能致病性变异,p.H2101P为意义未明确变异。3D建模发现p.H2101P变异可导致编码的第2 101位氨基酸周围氢键发生明显改变,蛋白质稳定性降低;其余3种变异可导致肽链提前截断,蛋白质结构发生明显改变。 结论:SZT2基因变异引起的DEE18多为常染色体隐性遗传疾病,临床表现为全面发育迟缓、癫痫发作、孤独症、颅面部畸形、全身肌张力低下、脑电图异常放电、胼胝体畸形、透明膈腔持续存在、易惊、身材瘦小和免疫缺陷。4种 SZT2基因相关的新变异可能为本组DEE18患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨1周前
