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基于多数据库分析转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因及其生物学特征
编辑人员丨1周前
目的:通过生物信息数据库的挖掘,探究转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因、生物学特征和通路。方法:使用基因表达综合(GEO)数据库中转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的样本数据集GSE8401、GSE46517和GSE12237进行差异基因筛选,设定 P<0.05及logFC>2具有统计学意义,找出差异基因(DEGs)。进一步对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology)分析和DAVID数据库通路分析,使用String数据库制作DEGs的蛋白质相互作用(PPI)网络并利用Cytoscape可视化,使用分子复合物检测(MCODE)插件用于筛选Cytoscape中PPI网络的显著交互模块,使用cytoHubba插件对网络进一步分析,采用六种算法来选择枢纽基因,最后使用GeneMARIA数据库构建了枢纽基因和具有共同生物学功能的基因的共表达网络。 结果:最终得到158个DEGs( P<0.05,logFC>2),其中45个基因显著下调,113个显著上调。筛选所得的DEGs主要GO富集为:(1)生物过程(BP):DEGs主要富集在RNA剪接的调控,通过剪接体调控mRNA的剪接,DNA重组的正调控,双链断裂修复的正调控。(2)细胞成分(CC):DEGs主要集中在核小体,焦点黏附,细胞-基质结合点,核染色体,原始溶酶体,嗜酸性颗粒体。(3)分子功能(MF):DEGs主要集中在DNA转录因子结合和RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合上。通过string数据库,获得初步的DEGs的PPI网络(度截止=2,节点分数截止=0.2,k核心=2,最大深度=100),得到158个蛋白质节点和196条连线。通过Cytoscape筛选获得显著的交互模块,模块1的MCODE得分为4.8,而其seed基因为UBE2V1。筛选出核心DEGs 5个,分别为UBE2N、UBE2V2、RBX1、UBE2B和RXRA。 结论:泛素化途径和核调控的细胞死亡和代谢在转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移中发挥重要作用。
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编辑人员丨1周前
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聚腺苷二磷酸核糖聚合酶抑制剂在肿瘤放射治疗中的应用研究进展
编辑人员丨1周前
聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP)是一类在真核细胞中高表达的核酶,在DNA损伤修复中起关键作用。近年来,PARP抑制剂在肿瘤治疗中显示出巨大的潜力,几种小分子 PARP抑制剂已被美国食品药品管理局(FDA)批准用于多种肿瘤的维持治疗。PARP抑制剂主要通过抑制PARP酶促作用和PARP捕获作用,导致DNA单链断裂的持续存在,在DNA复制的过程中,转变为双链断裂。研究证明,PARP抑制剂不仅具有显著的抗肿瘤效应,而且与放射治疗联合具有一定的协同作用。本文将阐述PARP抑制剂联合放疗的潜在理论基础,总结近年来PARP抑制剂在肿瘤放射治疗中的临床前和临床研究进展,梳理该领域目前亟待解决的问题,并对其在抗肿瘤治疗中的应用前景进行展望。
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编辑人员丨1周前
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GNG4对卵巢癌顺铂耐药A2780/DDP细胞DNA损伤修复及化疗敏感性的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨GNG4与卵巢癌顺铂耐药A2780/DDP细胞DNA损伤修复及化疗敏感性的关系。方法:将A2780/DDP细胞分为500 ng/ml顺铂作用组(cDDP组)、短发夹RNA(shRNA)-GNG4沉默GNG4表达组(shRNA组)、500 ng/ml顺铂和shRNA-GNG4干预组(shRNA+cDDP组)、未经顺铂和shRNA-GNG4干预组(空白对照组)。采用蛋白质印迹法检测各组细胞GNG4和γH2AX蛋白的表达,单细胞凝胶电泳法检测各组细胞DNA损伤情况,免疫荧光法检测γH2AX基因在损伤位点的焦点形成情况,平板克隆形成实验检测细胞克隆形成能力。结果:与其他3组相比,shRNA+cDDP组GNG4蛋白表达水平最低,γH2AX蛋白表达水平最高,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。单细胞凝胶电泳法检测显示,空白对照组、cDDP组、shRNA组、shRNA+cDDP组细胞彗星尾DNA百分含量分别为(7.7±2.5)%、(12.3±3.6)%、(20.1±2.1)%、(38.6±2.8)%,Olive尾距分别为5.12±1.89、8.23±2.97、14.99±3.65、22.43±3.17,shRNA+cDDP组细胞彗星尾DNA含量和Olive尾距均高于其他3组,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。免疫荧光法检测显示,空白对照组、cDDP组、shRNA组、shRNA+cDDP组每个细胞中γH2AX的焦点数分别为(4.2±0.7)个、(5.1±0.5)个、(26.8±3.3)个、(71.3±6.2)个,shRNA+cDDP组均高于其他3组,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。空白对照组、cDDP组、shRNA组、shRNA+cDDP组克隆形成率分别为(78.27±5.01)%、(45.67±3.29)%、(26.20±5.76)%、(1.56±0.21)%,shRNA+cDDP组均低于其他3组,差异均有统计学意义(均 P<0.001)。 结论:下调GNG4的表达可增加卵巢癌A2780/DDP细胞对顺铂的敏感性,其可能是通过抑制顺铂诱导的DNA损伤修复功能实现的。
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编辑人员丨1周前
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PARP抑制剂在同源重组修复基因突变型前列腺癌中的临床研究进展
编辑人员丨1周前
DNA损伤修复基因突变是晚期前列腺癌中常见的突变类型,其中同源重组修复基因突变会导致肿瘤细胞DNA双链断裂修复能力受损,多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP)抑制剂可通过协同致死效应诱导突变肿瘤细胞死亡。PROfound Ⅲ期临床研究结果显示PARP抑制剂奥拉帕利可以显著改善同源重组修复基因突变患者的生存,标志着前列腺癌治疗进入基于基因特征检测的靶向、精准和个体化治疗时代。
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编辑人员丨1周前
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表观遗传学在肿瘤放射性DNA损伤修复中的研究进展
编辑人员丨1周前
放疗通过放射线诱导肿瘤细胞DNA双链断裂来治疗癌症,但肿瘤细胞中异常的DNA双链断裂修复往往会导致放疗抵抗,而表观遗传学在其中发挥至关重要作用。靶向表观遗传学相关的重要分子可能是潜在的肿瘤放射增敏手段,但将表观遗传学药物与放疗联合的临床应用还需要进一步的机制研究。本文将对表观遗传学在肿瘤放射性DNA损伤修复中的作用最新进展进行综述。
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编辑人员丨1周前
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TAB182维持RPA2 mRNA稳定性促进DNA同源重组修复的研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨TAB182促进同源重组(HR)修复的相关调控分子及机制。方法:利用shRNA敲低人乳腺癌MCF-7细胞中的TAB182基因,TAB182敲低的MCF-7细胞为沉默组,使用shRNA阴性对照物的MCF-7细胞为TAB182阴性对照组。通过RNA测序分析,筛选与TAB182相关差异表达的HR修复基因。qRT-PCR验证相关基因的mRNA表达,Western blot验证相关蛋白的表达。RAD51和BrdU免疫荧光检测DNA断裂末端形成的3′单链DNA(ssDNA);流式细胞术检测细胞周期阻滞和细胞凋亡;集落形成实验检测细胞的放射敏感性。结果:RNA测序分析和qRT-PCR验证结果一致,TAB182沉默组细胞中RPA2的mRNA表达降低( t=17.97, P<0.05)。相比于TAB182阴性对照组细胞,TAB182沉默组细胞RPA2在蛋白水平也显著减少。相比于TAB182阴性对照组,TAB182沉默组细胞中RAD51焦点(foci)的表达显著降低;3′ ssDNA结合蛋白标志物BrdU在TAB182沉默组细胞的细胞核中foci形成显著减少。在放射菌素D作用后的第4、8、12 h,相比于TAB182阴性对照组,TAB182沉默组细胞RPA2 mRNA的衰减加快( t=5.37、3.79、3.69, P<0.05)。相比于TAB182阴性对照组,TAB182沉默组细胞放射敏感性增加( t=3.48, P<0.05);且TAB182沉默组放射诱发的凋亡率显著增加( t=11.05, P<0.05)、照射后24 h的周期阻滞时间延长( t=8.40, P<0.01)。 结论:TAB182通过维持RPA2 mRNA的稳定性,促进RPA2的表达,在DSBs的同源重组修复通路中发挥作用。TAB182的缺失可增强肿瘤细胞的放射敏感性。
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编辑人员丨1周前
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遗传性光敏感性皮肤病
编辑人员丨1周前
遗传性光敏感性皮肤病包含一大类由于DNA核苷酸切除修复、DNA双链断裂修复或生化物质代谢等途径相关基因缺陷引起的疾病,皮肤光敏感常为首发症状。此类疾病往往合并严重的多器官系统受累,具有发病早、进展快、预后差的特点。作者综述遗传性光敏感性皮肤病临床特征和研究现状,提高临床医生的认识,帮助早期诊断和及时干预。
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编辑人员丨1周前
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DNA双链断裂修复基因 XRCC5、LIG4的多态性与脑胶质瘤的相关性分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨DNA双链断裂修复基因 XRCC5、LIG4的多态性与脑胶质瘤的相关性。 方法:以126例脑胶质瘤患者以及120例健康志愿者作为研究对象,检测 XRCC5基因rs828704、rs9288516位点以及 LIG4基因rs3093737、rs3093739、rs10131位点的多态性,分析其与脑胶质瘤易感性的关系。 结果:XRCC5基因rs828704、rs9288516位点及 LIG4基因rs3093737、rs3093739、rs10131位点在两组的分布均满足Hardy-Weinberg平衡( P>0.05)。病例组 XRCC5基因rs9288516位点的A等位基因、 LIG4基因rs10131位点的T等位基因频率高于对照组( P<0.05)。 XRCC5基因rs9288516位点、 LIG4基因rs10131位点在显性模型及加性模型下与胶质瘤易感性具有相关性( P<0.05); LIG4基因rs3093739位点在显性模型下与胶质瘤的易感性相关( P<0.05)。 结论:XRCC5基因rs9288516位点、 LIG4基因rs10131位点与胶质瘤的易感性存在相关性。
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编辑人员丨1周前
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PU-H71对增加宫颈癌细胞辐射敏感性的研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨热休克蛋白90(Hsp90)抑制剂PU-H71联合X射线照射对辐射抗性人宫颈癌细胞的作用。方法:利用生物信息学分析 Hsp90基因在宫颈癌组织和癌旁组织中的表达。通过分次照射法(2 Gy/次,共30次)获得辐射抗性的宫颈癌细胞系HeLa RR和SiHa RR,将细胞分为对照组(二甲基亚砜处理)、单纯照射组、PU-H71组(0.5 μmol/L PU-H71处理)、PU-H71+照射组(0.5 μmol/L PU-H71处理24 h后给予照射)。利用克隆形成法检测细胞存活。细胞处理后1、6、24 h,用免疫荧光法检测γH2AX聚焦点。细胞处理后1、2、6、12、24 h,利用蛋白质印迹法检测Rad51的表达;细胞处理后2 h,检测磷酸化的DNA依赖蛋白激酶催化亚基(p-DNA-PKcs)的蛋白质表达。细胞处理后48 h,流式细胞术检测细胞凋亡。 结果:PU-H71增强了辐射抗性宫颈癌细胞对X射线的敏感性。与单纯照射组相比,PU-H71+照射组HeLa RR和SiHa RR细胞,在10%存活下的辐射增敏比(SER)分别为1.36和1.27,而凋亡率分别提高了约72.1%和63.1%。PU-H71使辐射诱导的γH2AX聚焦点的持续时间延长,抑制了DNA依赖蛋白激酶催化亚基(DNA-PKcs)的磷酸化,从而限制非同源末端连接(NHEJ)修复,同时延迟了同源重组修复。结论:PU-H71通过抑制DNA双链断裂修复途径,增加了辐射抗性宫颈癌细胞的辐射敏感性,有望作为一种增强宫颈癌放射治疗疗效的放射增敏剂。
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编辑人员丨1周前
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编辑导读
编辑人员丨1周前
本期无重点号。论著《儿童鼻神经胶质异位13例临床分析》回顾性分析13例儿童鼻神经胶质异位患儿的临床资料,认为儿童鼻神经胶质异位临床罕见,临床表现缺乏特异性,术前CT及MRI检查有助于评估病变的部位、范围,并指导手术治疗,主要治疗方式为手术彻底切除。论著《Notch通路在鼻息肉中的表达及其与调节性T细胞表达和嗜酸粒细胞浸润的相关性研究》通过实时荧光定量聚合酶链反应检测慢性鼻窦炎和鼻中隔偏曲患者Notch通路受体Notch‐1、Notch‐2、Notch‐3、Notch‐4及其配体Jagged‐1、Jagged‐2、Delta‐1、Delta‐3 和Delta‐4 的表达,Th2型细胞因子[白细胞介素4(IL‐4)、IL‐5、IL‐13]、嗜酸粒细胞阳离子蛋白以及调节性T细胞关键转录因子Foxp3的表达,认为Notch‐1/Jagged‐1通路异常激活可能参与调控嗜酸粒细胞性慢性鼻窦炎伴息肉中调节性T细胞功能的抑制,以促进Th2型炎性反应及嗜酸粒细胞浸润。论著《DNA双链断裂修复能力与分化型甲状腺癌发生风险的病例对照研究》回顾性分析90例分化型甲状腺癌与50例甲状腺良性结节患者的病例资料,发现DNA双链断裂修复能力较低的人患分化型甲状腺癌的风险可能增加,辐射暴露可能是DNA双链断裂修复能力降低的危险因素。
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编辑人员丨1周前
