[目的]为快速鉴定和利用文冠果种质资源,探明文冠果种质亲缘关系.[方法]从 20 对SSR引物筛选得到 11 对条带清晰、多态性好的引物,对 29 个文冠果品种(系)进行分析,采用荧光毛细管电泳技术进行多态检测,通过邻接法进行聚类分析,利用数字和字母赋值编码构建分子身份证.[结果]共检测到 66 个等位基因(Na),每对引物检测到 3-10 个Na.Shannon信息指数(I)变化范围介于 0.349-1.723 之间,平均值为 1.16.不同引物揭示的多态信息含量(PIC)变幅介于 0.276-0.841,平均为 0.66.观测杂合度(Ho)变幅为 0.137-0.958,平均值为 0.739;期望杂合度(He)变幅为 0.187-0.79,平均值为 0.648;在 11个位点中,有 7 个位点的平均观测杂合度大于平均期望杂合度.遗传相似系数变化范围为 0-1,平均为 0.31,遗传相似系数在 0.6以上的有 15 个,仅占全部数据的 5.17%.邻接法聚类分析结果显示,在遗传距离为 0.42 时,可将 29 份文冠果种质分为三大类群.构建了 0/1 形式的指纹数据库和分子身份证,除个别品种外均具有唯一性,可用于品种鉴定.[结论]29 份文冠果种质资源的遗传多样性相对较高,但也存在一定的近交现象.利用SSR标记构建文冠果分子身份证操作简便可行,可为文冠果品种真伪鉴定、权益保护、身份识别、溯源管理及新品种选育提供技术支撑和科学依据.

该研究利用中国中医科学院中药资源中心筛选出的4对简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)引物对铁皮石斛主产区9个产地29个居群的铁皮石斛样品进行检测,4对SSR引物分别扩增出5,7,4,3条多态性带,根据不同居群的SSR指纹图谱构建DNA身份证.聚类分析可将来自29个居群样本分成四大类,且表现出较好的地域相关性,其中来自云南、贵州、四川的铁皮石斛样品聚为一类,来自安徽和广西的铁皮石斛单独聚为一类,来自广东丹霞、浙江永康、浙江乐清及泰宁的样品聚为一类.采用PopGene(version 1.32)软件包对29个铁皮石斛居群进行遗传相似性分析,相似系数变异在0.403 4～1.0.基于遗传相似系数可将不同居群铁皮石斛的遗传一致性分成A,B,C共3个等级,地理位置相近或生长地貌相似的居群遗传相似性系数较高,表明其遗传背景较为一致.本研究为铁皮石斛的品种鉴别及优良品种选育提供参考信息.

利用22对SSR引物对20个产地58个金银花农家种进行扩增,从中筛选出7对多态性较强、扩增带型稳定的引物建立金银花种质资源DNA身份证.结果 表明,7对核心引物可将58个金银花农家种区分.采用PopGene32(vesion1.32)软件包对58个金银花农家种进行遗传相似性分析,相似系数变异范围为0.366 7 ～0.916 7.依据相似系数,可反映58个金银花农家种之间的亲缘关系,并将58个农家种遗传一致性分为4类,为金银花的优良种质选育提供参考信息,为中药材道地性研究提供理论依据.

金腰属植物是我国传统的民族药药材,因近年来其野生资源逐渐减少,迫切需要进行遗传资源调查和保护研究.该研究在野外考察的基础上,采用SRAP技术对24种共计36份金腰属植物进行了遗传多态性和聚类研究.结果 显示利用18对SRAP引物进行扩增可获得374条多态性条带,平均每对引物扩增20.7条带型.利用生物学分析软件进行遗传参数分析表明群体的Na为2.000 0,Ne为1.408 4,平均Nei's指数为0.263 5,平均Shannon指数为0.419 1.UPGMA聚类分析显示在遗传相似系数约为0.70处可以将其分为3个大类群:有18个种共24份样品聚集为第Ⅰ类群,有3个种(变种)共7份样品为第Ⅱ类群,有3个种共5份样品为第Ⅲ类群.这些金腰在分子水平上呈现的差异与其分布的地理生态环境之间的差异是一致的.同时利用SRAP标记技术构建了36份金腰的DNA指纹图谱,获得每一份材料唯一的分子身份证带型.这些研究结果将为金腰属种质资源的鉴定、保护以及遗传多样性分析等提供有效方法和可靠依据,也为金腰属物种的进一步开发利用奠定了基础.

使用生物信息学方法分析野葛Pueraria lobata和甘葛藤P.thomsonii基因组SSR(simple sequence repeat)序列.分别获得66 191,71 968个SSR位点,据此开发了20对SSR引物,从中筛选出5对多态性较强、扩增带型稳定的引物,对江西产区9个不同粉葛栽培种进行遗传多样性分析,共得到16个多态信息位点,平均每个SSR引物多态信息含量(PIC)为0.600 7;对9个粉葛栽培种进行亲缘关系聚类,结果显示9个粉葛栽培种可归为6个种质.该研究利用5对核心引物组合,为江西粉葛种质建立了DNA身份证,为粉葛优良种质筛选和中药材道地性研究提供参考信息.

目的 建立乳鹿分子身份证快速鉴定方法,研发出乳鹿分子身份证快速检测试剂盒.方法 以乳鹿mtDNA Cytb作为靶基因,设计乳鹿特异性引物(扩增片段长度为46 bp),确定乳鹿分子身份证;应用分子克隆及测序技术,克隆乳鹿DNA检测的标准品并验证分子身份证序列的正确性;开发出乳鹿分子身份证快速检测试剂盒,并对试剂的特异性、重现性、稳定性及灵敏度进行考察.结果 利用乳鹿mtDNA Cytb基因设计小片段引物,56℃时特异性最强,乳鹿对照药材及乳鹿正品均在46 bp处出现一条特异性扩增条带,而阴性及空白对照均未出现扩增条带,确定了乳鹿的分子身份证;克隆测序后的乳鹿DNA序列与乳鹿mtDNA特异指纹区段序列同源性100％,同时验证了乳鹿分子身份证序列的正确性.自主研发的试剂特异性、重现性、稳定性良好,模板DNA最低检出量为5 pg·μL-.结论 本实验建立的乳鹿分子身份证快速鉴定方法特异、准确、可靠,研制的试剂盒操作简便、结果稳定,适用于DNA降解严重的材料.

目的 筛选一套适合中国药用梅品种鉴定标准的简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),用于构建药用梅品种DNA指纹身份证.方法 以30份药用梅农家种为材料,从180对SSR引物中,最终选取16对多态性较高、条带清晰且重复性好的SSR引物对30份药用梅农家种进行扩增.结果 30份药用梅共扩增出114个等位基因,平均等位基因数和多态信息含量分别为7.12和0.69,且在16个位点上识别两个具有相同基因型的随机个体的概率估计为5.24×10-17.最终筛选出4对扩增稳定、多态性强的核心引物,可将30个药用梅农家种进行有效区分,建立药用梅种质资源DNA指纹身份证.结论 SSR标记技术可以作为药用梅分子身份证构建的有效技术手段.

金针菇Flammulina filiformis是我国产量最高的工厂化栽培食用菌.为提高优良工厂化栽培金针菇种质的育种效率,本研究以国内外收集的105份金针菇种质为材料,开展体细胞不亲和评价,并采用SSR分子标记的方法对所有种质进行遗传多样性分析和聚类分析.20对SSR引物在105份种质中共扩增得到209个等位基因位点,所有种质间的遗传相似系数为0.71-1.00,在遗传距离0.76处可分为5个大类群.105份金针菇种质共包含67种不同的遗传背景,野生金针菇种质比栽培种质具有更丰富的遗传多样性.基于SSR的聚类分析结果和体细胞不亲和评价结果既相互印证,又可互为借鉴.本研究构建了包含44份金针菇种质的核心种质群体,占所有供试材料的41.90％,保留了100％等位基因.核心种质群体覆盖区域广泛,最大限度地保留了原始群体的遗传多样性和表型变异,可为育种的亲本选择提供参考.进一步构建了能同时反映每份金针菇种质SSR分子标记指纹图谱、收集地区、子实体颜色和栽培性状的分子身份证编码,并转换成可视二维码,为金针菇种质的高效标识和快速溯源提供了科学依据.

藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)种质资源的准确鉴别是遗传多样性研究及藜麦种业和产业发展的前提和基础.本研究利用MultipSeq多重PCR扩增子捕获技术获得656个SNP,对251份藜麦种质资源进行遗传多样性分析,并利用perl脚本构建每份种质资源的DNA指纹图谱,基于指纹图谱信息构建个体分子身份证.群体遗传结构分析表明,251份种质资源被划分为2个类群Ⅰ和Ⅱ,分别对应安第斯高原型藜麦群和智利低海拔型藜麦群;类群Ⅰ、Ⅱ群体遗传多样性指数分别为0.0037和0.0036,群体分化指数为0.14;群体主成分分析结果与群体遗传结构分析结果完全一致,类群间存在部分遗传交叉现象;系统发育分析显示类群Ⅰ包括以玻利维亚、秘鲁为主的152份种质资源,类群Ⅱ包括以智利为主的99份种质资源,其中类群Ⅰ又进一步划分为Ⅰ-1和Ⅰ-2两个亚群,亚群Ⅰ-1、Ⅰ-2的Nei's遗传距离为0.054.112份河北石家庄种质材料中,40份与玻利维亚种质群亲缘关系较近、24份与秘鲁种质群亲缘关系较近、48份与智利种质群亲缘关系较近.本研究构建的251份藜麦种质材料分子身份证能够达到对种质材料溯源和保护的作用,同时群体遗传多样性分析结果对于我国藜麦种质资源划分和系统整理具有一定的参考意义.

该研究利用筛选出的7对SSR引物,对中国20个省、市、自治区的210份种质资源进行分子标记试验,分析中国黄连木种质资源遗传多样性、亲缘关系、遗传分化特点并构建DNA分子身份证,为黄连木的资源保护、种质利用提供理论依据,结果表明:(1)7对引物在210份种质中共扩增出158个等位基因位点,平均每对引物的等位基因数为22.571个.(2)基因多样性(GD)变化幅度为0.654～0.913,平均为0.804;期望杂合度(He)变化范围0.257～0.771,平均为0.532;多态信息含量(PIC)变化范围0.639～0.907,平均为0.784.(3)从不同地区黄连木群体的遗传多样性来看,观测杂合度(Ho)介于0.373～0.600之间,平均值为0.520;期望杂合度(He)介于0.632～0.811之间,平均值为0.737;从各群体间遗传分化指数(Fst)来看,黄连木各地区群体间的遗传分化值在0.015～0.099之间,各群体间的遗传分化处于中等以下水平.(4)分子方差分析(AMOVA)结果显示,黄连木的遗传分化变异以群体内为主,占总变异量的94％,群体间的变异占6％.(5)UPGMA聚类、群体遗传结构分析和PCoA分析结果相一致,全部种质被划分为两大类,西南地区群体单独为一类,其他地区单独为一类.(6)利用7对SSR引物构建了210份黄连木种质的DNA分子身份证.