目的:探讨轴突导向因子3A（Sema3A）对脂多糖（LPS）诱导的CD4 +CD25 +调节性T细胞（Tregs）稳定性的作用及机制。 方法:采用体外免疫磁珠法分离和培养C57BL/6J小鼠脾脏CD4 +CD25 + Tregs，将分离的细胞按随机数字表法分为对照组（仅给予抗小鼠CD3e和CD28诱导细胞处于激活状态）、LPS组（在对照组的基础上给予LPS 100 μg/L）、LPS+核转录因子-κB（NF-κB）抑制剂吡咯烷二硫代氨基甲酸酯（PDTC）组（给予LPS 100 μg/L+PDTC 25 mg/L）、LPS+磷酸盐缓冲液（PBS）组（给予LPS 100 μg/L+PBS 10 μL）、LPS+PDTC+重组Sema3A（rSema3A）组（给予LPS 100 μg/L+PDTC 25 mg/L+rSema3A 300 μg/L）和LPS+PBS+rSema3A组（给予LPS 100 μg/L+PBS 10 μL+rSema3A 300 μg/L）。各组培养24 h后，采用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）和免疫荧光法检测CD4 +CD25 + Tregs特异性标志物叉头翼状转录因子-3（Foxp-3）、细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4（CTLA-4）和膜相关转化型生长因子-β1（TGF-β1 m+）的基因及蛋白表达，采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测细胞上清液中白细胞介素-10（IL-10）和分泌型转化生长因子-β1（sTGF-β1）的水平，采用免疫荧光法检测细胞凋亡，采用甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）检测Foxp-3-Tregs特异性去甲基化区（Foxp-3-TSDR）的去甲基化程度，以反映CD4 +CD25 + Tregs的稳定性，采用电泳迁移率分析（EMSA）检测NF-κB信号通路的DNA结合活性，采用蛋白质免疫印迹试验（Western blotting）检测NF-κB信号通路活性。 结果:与对照组比较，LPS能够增加细胞稳定性，表现为Foxp-3、CTLA-4和TGF-β1 m+的基因及蛋白表达上调，IL-10和sTGF-β1分泌增加，细胞凋亡减少，Foxp-3-TSDR去甲基化程度增加；同时LPS可增加细胞内NF-κB信号通路的DNA结合活性，以及主要分子NF-κB抑制蛋白激酶β（IKKβ）和p65的磷酸化水平，说明LPS增加细胞稳定性的机制与NF-κB信号通路有关。与LPS组比较，PBS并未对细胞稳定性和NF-κB信号通路产生影响；但添加rSema3A后能进一步增加细胞稳定性，并激活NF-κB信号通路。而PDTC能够抑制rSema3A增加细胞稳定性的功能，表现为：与LPS+PBS+rSema3A组比较，LPS+PDTC+rSema3A组Foxp-3、CTLA-4和TGF-β1 m+的基因及蛋白表达明显下调〔Foxp-3基因（2 -ΔΔCt）：8.092±1.117比18.509±1.068，Foxp-3蛋白（相对荧光强度）：1.224±0.033比1.826±0.181；CTLA-4基因（2 -ΔΔCt）：3.254±0.760比11.840±0.827，CTLA-4蛋白（相对荧光强度）：1.305±0.058比1.842±0.111；TGF-β1 m+基因（2 -ΔΔCt）：3.589±1.180比8.509±0.472，TGF-β1 m+蛋白（相对荧光强度）：1.319±0.033比1.822±0.063，均 P<0.01〕，IL-10和sTGF-β1分泌减少〔IL-10（ng/L）：445.33±54.08比992.67±83.10，sTGF-β1（ng/L）：1 116.67±65.25比1 494.67±94.45，均 P<0.01〕，细胞凋亡明显增加（荧光强度：0.398±0.031比0.268±0.046， P<0.01），Foxp-3-TSDR去甲基化程度明显降低（灰度值：0.467±0.048比1.780±0.119， P<0.01），NF-κB信号通路的DNA结合活性被明显抑制（灰度值：1.23±0.02比3.95±0.06， P<0.01），IKKβ和p65的磷酸化水平降低〔p-IKKβ表达（p-IKKβ/IKKβ）：0.97±0.07比1.97±0.04，p-p65（p-p65/p65）：0.95±0.08比1.93±0.06，均 P<0.01〕。 结论:LPS能通过NF-κB信号通路增加CD4 +CD25 + Tregs稳定性；Sema3A能够进一步增加CD4 +CD25 + Tregs稳定性，并且与NF-κB信号通路有关。

目的:基于miRNA-mRNA调控网络进行生物信息学分析，探讨骨关节炎病变的相关分子机制。方法:从GEO数据库下载人血清样本miRNA表达数据集，通过R语言limma包获取差异表达miRNA,采用miRwalk 2.0版数据库预测其对应靶基因(mRNA)，并构建miRNA-mRNA调控网络。对靶基因进行功能GO分析和KEGG信号通路分析，构建靶基因所编码的蛋白质相互作用网络(PPI)，从中筛选出骨关节炎病变的核心基因。结果:共筛选出7个差异表达的miRNA(表达均为下调)和900个mRNA，这些基因主要涉及蛋白结合、DNA结合、转录等生理过程，参与Cell cycle、p53、Neurotrophin、PI3K-Akt等信号通路。蛋白相互作用分析表明MAPK1、TP53、MAPK14、CCND1、EP300、POLR2E、POLR2F、ABL1、RAC1、SKIV2L2为该调控网络的核心靶基因。结论:OA的发生和发展涉及多个的miRNA、靶基因和作用途径，而通过构建骨关节炎相关miRNA-mRNA调控网络，可为找出骨关节炎病的分子机制和今后临床上诊疗提供新的思路。

目的:总结Rubinstein-Taybi综合征（RSTS）的基因变异类型和临床表型特点，探讨其基因型与表型的相关性。方法:病例系列研究，收集2013年1月至2022年7月就诊于首都儿科研究所附属儿童医院，通过全外显子测序或染色体芯片、拷贝数变异测序，检出CREBBP或EP300基因变异的21例RSTS患儿的病例资料。总结其基因变异类型并回访其表型数目。根据变异类型将患儿分别分为点变异或拷贝数缺失组、EP300基因或CREBBP基因变异组、功能丧失或错义变异组。组间表型数目比较采用两独立样本秩和检验。结果:21例患儿中男12例、女9例，年龄范围为1月龄至14岁2月龄，14例（67%）点变异，7例（33%）拷贝数缺失；其中20例（95%）为新生变异。20例患儿随访获得详细表型数目，95%（19/20）在2岁以内出现神经发育迟缓，80%（16/20）具有特殊面容。组间表型数目比较，点变异组（14例）与拷贝数缺失变异组（6例）［5.0（3.0，7.0）比5.0（2.5，5.3）个， Z=0.75， P=0.452］；CREBBP基因组（10例）与EP300基因变异组（4例）［5.0（3.8，7.0）比4.0（2.0，6.0）个， Z=1.14， P=0.253］；功能丧失变异组（9例）与错义变异组（5例）［6.0（4.5，7.0）比3.0（2.5，5.5）个， Z=1.54， P=0.121］，差异均无统计学意义。 结论:RSTS患儿主要临床表型为神经发育迟缓，特定面容为疑似患者寻求基因检测提供依据。基因变异类型和表型数目无关。

目的:研究丁酸钠、曲古抑菌素A(trichostatin A,TSA)及腺病毒E1A相关的 300 kD蛋白(adenoviral E1A binding protein of 300 kD,P300)介导的组蛋白乙酰化在人非小细胞肺癌A549 细胞及人支气管上皮BEAS-2B细胞中对哮喘易感的解整合素-金属蛋白酶 33(a disintegrin and metalloproteinase 33,ADAM33)基因表达的影响.方法:将A549 细胞及BEAS-2B 细胞分别分为丁酸钠对照组(双蒸水处理)和 1、2.5、5 mmol/L 丁酸钠组,TSA 对照组(0.1%二甲基亚砜处理)和 0.2、0.4、0.8 μmol/L TSA组,按照组别分别予以相应处理;另将BEAS-2B细胞分为对照组(转染P300 突变质粒)和P300 组(转染P300 表达质粒);采用双荧光素酶报告基因法分析ADAM33 启动子活性的变化,实时荧光定量PCR(quantitative real time-PCR,qRT-PCR)检测ADAM33 mRNA表达,蛋白质印迹法检测ADAM33 蛋白表达.结果:在人非小细胞肺癌A549 细胞中,与对照组相比,1 mmol/L丁酸钠组及 0.2 μmol/L TSA组ADAM33 基因启动子活性明显降低(P＜0.01);在BEAS-2B细胞中,与对照组相比,1 mmol/L丁酸钠组及0.2 μmol/L TSA组ADAM33 基因启动子活性、mRNA及蛋白相对表达水平明显降低(P＜0.05 或P＜0.01).加大丁酸钠、TSA 药物浓度,ADAM33 表达无显著差异.在人支气管上皮 BEAS-2B 细胞中,与对照组相比,P300 组ADAM33 启动子活性、mRNA和蛋白相对表达水平明显降低(P＜0.05).结论:丁酸钠、TSA通过组蛋白乙酰化降低人非小细胞肺癌A549 细胞和人支气管上皮BEAS-2B细胞中ADAM33 表达,P300 通过组蛋白乙酰化降低人支气管上皮BEAS-2B细胞中ADAM33 表达.

目的:基于数据挖掘分析孤儿核受体HNF4α在肾透明细胞癌（ccRCC）中的表达及意义。方法:UALCAN分析HNF4α在肾透明细胞癌组织中的表达及其与患者总生存率的关系，分析与HNF4α表达具有相关性的基因群。TNMplot分析HNF4α基因mRNA在肿瘤、正常和转移组织中的表达。Kaplan-Meier Plotter分析HNF4α表达与肿瘤生存率的关系。STRING分析HNF4α蛋白质-蛋白质相互作用网络。结果:HNF4α在肾透明细胞癌细胞中显著下调（P=0.002）；在转移性肾透明细胞癌中表达水平进一步下调（P<0.001）；HNF4α表达水平在肿瘤分级4级显著低于1级（P=0.007），在4级显著低于3级（P<0.001）。HNF4α表达水平与肿瘤预后呈负相关（P=0.017）。HNF4α低表达组总生存率显著低于高表达组（P<0.001）。Pearson相关系数>0.5的HNF4α表达正相关的基因有27个，其中ERBB3、CUBN、HNF1A、CES2与HNF4α表达相关系数最高。HNF4α与HNF1A、EP300、LEF1、SMAD3、SMAD4、NCOA1、HIF1A、FOXO1以及PPARGC1A均存在相互作用，其相互作用网络节点为11，蛋白-蛋白相互作用富集P值为3.44e-08。结论:HNF4α在肾透明细胞癌中表达显著下调，并与肿瘤预后呈负相关，HNF4α及其相互作用关键因子可能在肾透明细胞癌发生、发展过程中扮演重要角色，具体作用及分子机制需进一步研究。

目的 探讨多重耐药假单胞菌属细菌对碳青霉烯类和氨基糖苷类两类抗生素耐药的分子机制.方法 2012年6月至2013年3月,海南省三亚市人民医院检验科收集到6株产碳青霉烯酶铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌,来自该医院4个不同的病区.VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定仪和16S rDNA扩增测序比对鉴定核实细菌种属.E-test法测定菌株对临床常用抗生素最低抑菌浓度.Carba NP法检测菌株是否产碳青霉烯酶.PCR扩增和测序比对明确碳青霉烯酶和氨基糖苷类甲基化酶的基因亚型.PCR和重叠PCR(overlap PCR)扩增Ⅰ型整合子及重要耐药基因侧翼基因环境,测序并拼接PCR产物明确耐药基因座位排列.SpeI酶切后脉冲场凝胶电泳(SpeI-PFGE)判断菌株之间亲缘关系,S1酶切后脉冲场凝胶电泳(S1-PFGE)进一步明确菌株间携带质粒的大小及其关联.结果 6株耐碳青霉烯类抗生素的假单胞菌属细菌,其中有3株为恶臭假单胞菌,3株为铜绿假单胞菌,且均为Carba NP试验阳性,产B组碳青霉烯酶.PCR进一步确证携带blaIMP-45,介导对除氨曲南外所有的β-内酰胺类药物耐药,且同时携带16s rRNA甲基化酶armA基因,介导对所有的氨基糖苷类药物耐药.基因环境的研究显示blaIMP-45和armA共同定位于Tn1548相关区域.SpeI-PFGE电泳表明除2株铜绿假单胞菌外,其他菌株彼此之间都不是近缘的克隆.S1-PFGE电泳结果表明这些菌株都携带大质粒(300～600 kb),质粒的大小并不完全一致.结论 在我院内检出同时携带blaIMP-45和armA的铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌,这些耐药基因在不同菌株之间的播散可能涉及质粒的接合转移及含耐药基因的可移动元件在不同种间的水平转移.

目的:通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病(AML)相关的差异表达基因(DEGs),探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制.方法:从基因表达数据库(GEO)下载符合本研究要求的小儿AML的转录组数据,采用基因表达分析工具(GEO2R)进行DEGs的筛选.利用基因本体功能注释(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析DEGs功能及通路富集情况;利用STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI)并利用Cytoscape软件及插件iRegulon筛选相关的核心基因(Hub genes)及转录因子,通过生物技术信息基因云(GCBI)在线数据库分析前5位的核心基因.结果:本研究共筛选出600个DEGs,其中407个基因上调,193个基因下调.GO分析,相关的DEGs主要参与细胞成分的组成,包括核浆、细胞质、核膜和核斑点.KEGG分析,DEGs主要在肿瘤坏死因子(TNF)、细胞因子受体相互作用及Jak激酶/信号转导与转录激活子(Jak-STAT)信号通路中富集.通过STRING数据库及Cytoscape软件共筛选出甲酰肽受体2(FPR2)、磷酸肌醇3激酶调节亚单位1(PIK3R1)、E1A结合蛋白p300(EP300)、热休克蛋白90α家族(HSP90AA1)和NRAS原癌基因(NRAS)等前20个连接度最高的核心基因,其中EP300、HSP90AA1和NRAS参与了白血病的发生发展.iRegulon共筛选出TP63、NFE2L1和TBX等55个作用于Hub基因的转录因子.结论:筛选出的核心基因和转录因子可能参与小儿AML的发生发展,并可能成为小儿AML的治疗新靶点.

目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨降糖消脂片治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的分子作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),中医药综合数据库(TCMID),中医药百科全书数据库(ETCM)和中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)获取降糖消脂片各药味的化学成分,于SwissTargetPrediction和STITCH数据库预测化学成分的靶点;借助人类基因数据库(GeneCardls),在线《人类孟德尔遗传》数据库(OMIM),治疗靶标数据库(TTD)和疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGeNET)筛选NAFLD靶点,并与降糖消脂片活性成分的靶点进行交集分析,获得降糖消脂片治疗NAFLD的靶点.借助STRING 11.0构建治疗靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用DAVID 6.8对治疗靶点进行富集分析.最后基于分子对接验证降糖消脂片关键成分与核心治疗靶点的作用特征.结果:降糖消脂片治疗NAFLD的关键成分包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、小檗碱、异鼠李素、白桦脂酸、齐墩果酸、熊果酸、芒柄花黄素和己糖醇,核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶l(MAPKl),Jun原癌基因(JUN),MAPK3,蛋白激酶B1(AKT1或者Aktl),肿瘤蛋白p53(TP53),E1A结合蛋白P300(EP300),Fos原癌基因(FOS),肿瘤坏死因子(TNF),β-淀粉样前体蛋白(APP)和细胞色素P450家族成员2E1(CYP2E1).富集分析表明降糖消脂片主要通过外源代谢、氧化还原和胆固醇代谢等生物过程,调节磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路,MAPK信号通路,NAFLD及胰岛素信号通路发挥对NAFLD的治疗作用.分子对接结果显示降糖消脂片关键成分与降糖消脂片治疗NAFLD核心靶点有较好的亲和力.结论:降糖消脂片可通过多种活性成分、多个关键靶点及多种作用途径治疗NAFLD.

目的 基于网络药理学分析白术-苍术药对干预溃疡性结肠炎(UC)的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台与中药分子机制的生物信息学分析工具分别筛选白术、苍术活性成分和靶基因;使用人类基因数据库GeneCards获得UC相关基因;使用Cytoscape软件构建"药物-活性成分-靶点-疾病"网络;通过String数据库分别构建苍术-白术药对治病靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络图;使用R语言软件对关键靶基因迸行GO功能富集和KEGG通路富集分析.结果 共筛选出16个药物有效活性成分;共检索出4209个UC相关基因;药对与疾病相关的共同靶点共筛选出31个;核心基因主要有E1A结合蛋白P300、肿瘤坏死因子-α、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等;信号通路主要有磷酸肌醇-3激酶/蛋白激酶B、核因子-κB、人类T细胞白血病病毒1型、MAPK、缺氧诱导因子-1等信号通路.结论 通过构建"药物-活性成分-靶点-疾病"网络,从多成分、多靶点、多通路阐释白术-苍术药对干预UC的作用机制,为后续深入研究提供依据和参考.

目的:采用网络药理学技术和生物信息学方法探讨旋覆代赭汤治疗胃食管反流病(GERD)的机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCMID、BAT-MAN数据库筛选旋覆代赭汤活性成分和预测靶点;通过GEO数据库和R语言分析GERD差异表达基因;通过TTD、DisGeNET、GeneCards数据库筛选GERD相关靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;基于DAVID数据库和R语言进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选得到旋覆代赭汤活性成分382个、预测靶点2364个;GERD基因表达分析共获得差异基因1549个;获得GERD疾病靶点2996个,与旋覆代赭汤的交集靶点共816个;根据化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,筛选出白桦脂醇、姜酮、槲皮素、延胡索乙素、葫芦巴碱等36个关键药效分子和E1A结合蛋白P300(EP300)、磷脂酰肌醇3-激酶CA(PIK3CA)、肿瘤蛋白p53(TP53)、蛋白激酶B1(Akt1)、CREB结合蛋白(CREBBP)、信号传导及转录激活蛋白3(STAT3)等164个关键靶点;富集到P<0.05的GO条目1018个,涉及细胞增殖的阳性调节、细胞因子活动、炎症反应、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联等;富集到P<0.05的KEGG通路183条,涉及内分泌抵抗、核转录因子-κB(NF-κB)信号通路、含血清素的神经突触、胃酸分泌、FoxO信号通路等.结论:初步探讨了旋覆代赭汤治疗GERD的潜在作用机制和有效活性成分,为旋覆代赭汤治疗GERD的后续研究提供依据.